质量控制 A00002 DNA 定量(批次 96 个样本)样本组 188.40 欧元 211.01 欧元 226.08 欧元 A00003 库质量控制(生物分析仪 + qPCR)样本 27.44 欧元 30.73 欧元 32.93 欧元 A00004 样本质量控制(DNA)样本 10.11 欧元 11.32 欧元 12.13 欧元 A00005 样本质量控制(DNA,批次 50 个样本)样本组 322.29 欧元 360.96 欧元 386.75 欧元 A00490 样本质量控制(DNA,高灵敏度)样本 67.53 欧元 75.63 欧元 81.04 欧元 A00006 样本质量控制(DNA,低完整性样本)样本 31.26 欧元 35.01 欧元 37.51 欧元A00009 样品质量控制 (RNA) 样品 7.86 € 8.80 € 9.43 € A00010 样品质量控制 (RNA, 批次 50 个样品) 样品组 269.08 € 301.37 € 322.90 € A00008 样品质量控制 (RNA, 超灵敏度) 样品 13.29 € 14.88 € 15.95 € 文库制备 A00019 定制捕获 Roche (用户提供诱饵) 杂交 118.08 € 132.25 € 141.70 € A00021 人类外显子组捕获 (Roche) 杂交 294.00 € 329.28 € 352.80 € A00468 人类外显子组捕获后池化 (v8, Agilent) 样品 240.98 € 269.90 € 289.18 欧元 A00472 文库制备 5hmC-EM-Seq 样本 120.04 欧元 134.44 欧元 144.05 欧元 A00015 文库制备 5mC-EM-Seq 样本 119.42 欧元 133.75 欧元 143.30 欧元 A00023 文库制备 DNA(用于 Roche 外显子组捕获)样本 55.75 欧元 62.44 欧元 66.90 欧元 A00012 文库制备 DNA(无 PCR)样本 81.26 欧元 91.01 欧元 97.51 欧元 A00014 文库制备 DNA(超低输入)样本 89.14 欧元 99.84 欧元 106.97 欧元 A00091 文库制备 HiC(完整 HiC/OmniC 试剂盒)样本 2,213.82 欧元2,479.48 欧元 2,656.58 欧元 A00013 文库制备 HiC 部分(内部)样本 116.84 欧元 130.86 欧元 140.21 欧元 A00018 文库制备 mRNA(低输入)样本 136.11 欧元 152.44 欧元 163.33 欧元 A00016 文库制备 mRNA(链)样本 57.73 欧元 64.66 欧元 69.28 欧元 A00017 文库制备总 RNA(链)样本 111.28 欧元 124.63 欧元 133.54 欧元 A00025 TruSight Oncology 500 ctDNA 面板样本 440.55 欧元 493.42 欧元 528.66 欧元 A00026 TruSight Oncology 500 FFPE DNA 和 RNA 面板样本793.48 欧元 888.70 欧元 952.18 欧元 A00027 TruSight Oncology 500FFPE DNA 面板样本 452.68 欧元 507.00 欧元 543.22 欧元 短读测序 A00044 大规模测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 S4) Gb 4.28 欧元 4.79 欧元 5.14 欧元 A00045 大规模测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 S4) FAST TRACK Gb 6.21 欧元 6.96 欧元 7.45 欧元 A00473 测序 Gb (1x35, NovaSeq 6000 S4) Gb 44.80 欧元 50.18 欧元 53.76 欧元 A00474 测序 Gb (1x35,NovaSeq 6000 S4)快速通道 Gb 57.22 欧元 64.09 欧元 68.66 欧元 A00475 测序 Gb (1x35,NovaSeq 6000 S4,4D 通道) Gb 48.04 欧元 53.80 欧元 57.65 欧元 A00476 测序 Gb (1x35,NovaSeq 6000 S4,4D 通道)快速通道 Gb 61.02 欧元 68.34 欧元 73.22 欧元 A00046 测序 Gb (2x100,NovaSeq 6000 S1) Gb 23.44 欧元 26.25 欧元 28.13 欧元 A00047 测序 Gb (2x100,NovaSeq 6000 S1) 快速通道 Gb 29.76 欧元 33.33 欧元 35.71 欧元 A00048 测序 Gb (2x100, NovaSeq 6000 S2) Gb 16.56 欧元 18.55 欧元 19.87 欧元 A00049 测序 Gb (2x100, NovaSeq 6000 S2) 快速通道 Gb 21.04 欧元 23.56 欧元 25.25 欧元 A00050 测序 Gb (2x100, NovaSeq 6000 S4) Gb 9.65 欧元 10.81 欧元 11.58 欧元 A00051 测序 Gb (2x100, NovaSeq 6000 S4) 快速通道 Gb 12.42 欧元 13.91 欧元 14.90 欧元 A00054 测序 Gb (2x100, NovaSeq 6000 SP) Gb 28.57 欧元 32.00 欧元 34.28 欧元 A00055 测序 Gb (2x100, NovaSeq 6000 SP) 快速通道 Gb 35.92 欧元 40.23 欧元 43.10 欧元 A00707 测序 Gb (2x100, NovaSeq X 1.5B) Gb 10.09 欧元 11.30 欧元 12.11 欧元 A00704 测序 Gb (2x100, NovaSeq X 10B) Gb 6.01 欧元 6.73 欧元 7.21 欧元 A00682 测序 Gb (2x100, NovaSeq X 25B) Gb 3.75 欧元 4.20 欧元 4.50 欧元 A00056 测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 S1) Gb 16.74 欧元 18.75 欧元 20.09 欧元 A00057 测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 S1) FAST TRACK Gb 21.37 欧元 23.93 欧元 25.64 欧元 A00058 测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 S2) Gb 11.74 欧元 13.15 欧元 14.09 欧元 A00059 测序Gb (2x150, NovaSeq 6000 S2) 快速通道 Gb 15.20 欧元 17.02 欧元 18.24 欧元 A00060 测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 S4) Gb 4.87 欧元 5.45 欧元 5.84 欧元 A00065 测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 S4) 快速通道 Gb 6.25 欧元 7.00 欧元 7.50 欧元 A00063 测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 SP) Gb 21.22 欧元 23.77 欧元 25.46 欧元 A00064 测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 SP) 快速通道 Gb 26.75 欧元29.96 欧元 32.10 欧元 A00706 测序 Gb (2x150, NovaSeq X 1.5B) Gb 7.32 欧元 8.20 欧元 8.78 欧元 A00676 测序 Gb (2x150, NovaSeq X 10B) Gb 4.34 欧元 4.86 欧元 5.21 欧元 A00670 测序 Gb (2x150, NovaSeq X 25B) Gb 2.82 欧元 3.16 欧元 3.38 欧元 A00066 测序 Gb (2x250, NovaSeq 6000 SP) Gb 17.71 欧元 19.84 欧元 21.25 欧元 A00067 测序 Gb (2x250, NovaSeq 6000 SP) 快速通道 Gb 21.99 欧元 24.63 欧元 26.39 欧元 A00068 测序 Gb (2x50, NovaSeq 6000 S1) Gb 32.63 欧元 36.55 欧元 39.16 欧元 A00069 测序 Gb (2x50, NovaSeq 6000 S1) 快速通道 Gb 41.27 欧元 46.22 欧元 49.52 欧元 A00070 测序 Gb (2x50, NovaSeq 6000 S2) Gb 23.08 欧元 25.85 欧元 27.70 欧元 A00071 测序 Gb (2x50, NovaSeq 6000 S2) 快速通道 Gb 29.90 欧元 33.49 欧元 35.88 欧元 A00074 测序Gb (2x50, NovaSeq 6000 SP) Gb 47.51 欧元 53.21 欧元 57.01 欧元 A00075 测序 Gb (2x50, NovaSeq 6000 SP) 快速通道 Gb 58.82 欧元 65.88 欧元 70.58 欧元 A00708 测序 Gb (2x50, NovaSeq X 1.5B) Gb 15.92 欧元 17.83 欧元 19.10 欧元 A00705 测序 Gb (2x50, NovaSeq X 10B) Gb 9.34 欧元 10.46 欧元 11.21 欧元 A00683 测序 Gb (2x50, NovaSeq X 25B) Gb 5.98 欧元 6.70 欧元 7.18 欧元A00039 测序通道 (150 次循环,v3,MiSeq) 运行 1,053.46 欧元 1,179.88 欧元 1,264.15 欧元 A00040 测序通道 (300 次循环,v2,MiSeq) 运行 1,197.74 欧元 1,341.47 欧元 1,437.29 欧元 A00041 测序通道 (50 次循环,v2,MiSeq) 运行 936.84 欧元 1,049.26 欧元 1,124.21 欧元 A00042 测序通道 (500 次循环,v2,MiSeq) 运行 1,353.70 欧元 1,516.14 欧元 1,624.44 欧元 A00043 测序通道 (600 次循环,v3,MiSeq) 运行1,737.36 欧元 1,945.84 欧元 2,084.83 欧元 长读 A00076 1D 天然条形码 (ONT) 样品组 212.07 欧元 237.52 欧元 254.48 欧元 A00079 Cas9 富集 + 条形码 (ONT) 样品 119.46 欧元 133.80 欧元 143.35 欧元 A00077 Cas9 富集 + 文库制备 (ONT) 样品 291.93 欧元 326.96 欧元 350.32 欧元 A00471 Cas9 富集 + 池 (ONT) 样品组 215.48 欧元 241.34 欧元 258.58 欧元 A00187 DNA 纯化文库制备前样品 44.27 欧元 49.58 欧元 53.12 欧元 A00080 DNA 快速条形码(ONT)样本组 247.33 欧元 277.01 欧元 296 欧元。80 欧元 A00081 基因组 DNA 提取样品 151.97 欧元 170.21 欧元 182.36 欧元 A00668 文库制备 (PacBio) 样品 458.64 欧元 513.68 欧元 550.37 欧元 A00085 文库制备直接 RNA (ONT) 样品 252.99 欧元 283.35 欧元 303.59 欧元 A00086 文库制备 DNA 1D (ONT) 样品 522.10 欧元 584.75 欧元 626.52 欧元 A00087 文库制备 DNA 1D (ONT, Flongle FC) 样品 363.07 欧元 406.64 欧元 435.68 欧元 A00089 文库制备 DNA 条形码 (ONT) 样品 97.04 欧元 108.68 欧元 116.45 欧元A00090 文库制备 DNA 快速 (ONT)(最多 24 个样本)样本组 156.46 欧元 175.24 欧元 187.75 欧元 A00092 文库制备 PCR-cDNA (ONT) 样本 436.64 欧元 489.04 欧元 523.97 欧元 A00093 文库制备 PCR-cDNA 条形码 (ONT) 样本 144.30 欧元 161.62 欧元 173.16 欧元 A00094 文库制备 Ultra HMW DNA (ONT) 样本 493.31 欧元 552.51 欧元 591.97 欧元
tronics 任务: 开发生化检测方法 优化现有的液滴微流体工作流程和设备 从环境 DNA 样本创建宏基因组文库 使用无细胞表达平台进行蛋白质合成 对宏基因组样本产生的 DNA 文库进行超高通量筛选 使用 Python 或 R 分析高通量数据集 将研究结果传达给国际项目伙伴和科学界 我们提供: 三年合同(65%),工资按照 TV-L E13 计算 位于加兴 TUM 最大校区的熟悉且协作的研究环境 作为 TUM 博士生,您将自动加入 TUM 研究生院并受益于进一步的
CIS 展示是一种基于重组 DNA 的技术,无需克隆即可将表达的肽或蛋白质库与其自身的 DNA 序列连接起来。细菌复制起始蛋白 RepA 的活性是该技术的核心。该蛋白质是一种大肠杆菌质粒复制起始蛋白,具有独特的特性,即专门与其来源的相同 DNA 模板结合——“顺式活性”。CIS 展示提炼了这种天然系统的基本成分,因此 RepA 及其遗传控制元件被携带在短线性 DNA 序列上,该序列可以通过聚合酶链式反应 (PCR) 轻松生成。这些控制元件是 CIS 元件和 ori 区域,它们终止转录复合物,因此可以将新生表达的 RepA 蛋白加载到其自身模板的 ori 区域上。通过编码与 RepA 融合的肽或蛋白质库,表达的库肽附着在其编码 DNA 上(图 1)。随后可以对 DNA 代码进行测序以显示肽序列 (1)。 CIS 展示是一种重组程序,需要细菌转录和翻译机制的组件才能运行;然而,该过程可以在细胞外进行,而噬菌体展示等其他技术则需要在细菌内部复制(1-2)。因此,CIS 展示可以以纯无细胞的方式使用细菌细胞裂解物,从而克服了其他技术需要将 DNA 转移到细胞中的局限性,而转移是一种低效的过程,并且限制了文库的大小。实际上,这意味着 CIS 展示操作简单,可以快速生成和筛选更大的文库,从而缩短从文库设计到命中识别的时间。几天内就可以生成超过 10 13 个与其自身代码相关的不同肽的文库,并在几周内进行筛选。与 RepA 融合的肽专门且有效地与其自身的 DNA 连接:在使用肽标签的测试中,超过 40%
我们将对样品进行质量控制测试。对于基于DNA的文库(例如,整个基因组测序和甲基序列文库),我们不会在片段分析仪上运行样品,因为这些样品先前已被证明可以减少片段分析仪的分辨率(我们非常依赖于准确性)。研究人员应在琼脂糖凝胶上运行这些样品,以确保DNA质量良好并且没有明显的RNA。GTC没有带宽来执行此操作的带宽,并且必须由研究人员完成。提交项目信息表格时,请提供琼脂糖凝胶的图片,显示DNA的状况。许多DNA隔离方案包括使用RNase来摆脱该组件。质量更好的DNA会导致质量更好的DNA库。
本文提到的所有测试均遵循相同的实验室流程。样本通过基于杂交捕获的靶标富集策略进行制备,以便进行后续的下一代测序。患者基因组 DNA 的等分试样被打碎。通过连接含有独特患者索引的测序接头,将碎裂的 DNA 构建成一个文库。该文库经过纯化,然后通过与一组生物素化探针杂交来富集感兴趣的靶标,然后将其捕获在链霉亲和素包被的珠子上。然后将索引样本汇集并加载到大规模并行的下一代测序仪上进行双端测序。探针设计和 NGS 数据分析针对具有已知假基因区域的基因进行了优化,并根据需要进行了额外的确认测试。
高通量基因筛选是一种强大的方法,可用于在全基因组范围内研究基因功能并识别对某些压力负责的基因。在这里,我们开发了一种 piggyBac 策略,可将汇集的 sgRNA 文库稳定地递送到细胞系中。我们使用这种策略在家蚕细胞中进行基于全基因组成簇的规律间隔短回文重复技术 (CRISPR)-Cas9 的筛选。我们首先构建了一个包含 94,000 个 sgRNA 的单向导 RNA (sgRNA) 文库,该文库靶向 16,571 个蛋白质编码基因。然后,我们使用 piggyBac 转座子在 BmE 细胞中生成敲除集合。我们确定了 1006 个在正常生长条件下对细胞生存至关重要的基因。在已确定的基因中,82.4%(829 个基因)与七种动物物种中的必需基因同源。我们还确定了 838 个基因,它们的缺失促进了细胞生长。接下来,我们分别使用温度和杆状病毒对生物或非生物胁迫进行了针对特定环境的阳性筛选,从每个筛选中确定了几个关键基因和途径。总之,我们的结果为家蚕基因组的功能注释和解释导致各种条件的关键基因提供了一个新颖而通用的平台。这项研究还展示了在非模式生物中进行全基因组 CRISPR 筛选的有效性、实用性和便利性。
摘要 基因筛选是基因组功能注释的有力工具。在多细胞生物中,允许在空间和时间上控制基因消除的方法极大地促进了基因功能的探究。在这里,我们描述了一个大规模转基因短向导 (sg) RNA 文库,用于以组成性或条件性方式有效地基于 CRISPR 破坏特定靶基因。该文库目前由 2600 多个质粒和 1700 个果蝇系组成,重点是靶向激酶、磷酸酶和转录因子,每个都在 Gal4/UAS 系统的控制下表达两个 sgRNA。我们表明,条件性 CRISPR 诱变在许多靶基因中都很有效,并且可以有效地用于各种体细胞组织以及生殖系。为了防止通常与过量 Cas9 蛋白相关的假象,我们开发了一系列新型 UAS-Cas9 转基因,这些转基因允许对 Cas9 表达进行微调,以实现高基因编辑活性,而不会产生可检测的毒性。功能测定以及基因组 sgRNA 靶位点的直接测序表明,绝大多数转基因 sgRNA 系可介导有效的基因破坏。此外,我们在所有后生动物中进行了迄今为止最大的完全转基因 CRISPR 筛选,这进一步证明了我们文库的高效率和准确性,并揭示了许多迄今为止尚未鉴定的发育必需基因。
摘要:高通量遗传筛选有助于发现触发特定细胞功能和/或表型的关键基因或基因序列。功能丧失性遗传筛选主要通过RNA干扰(RNAi)、CRISPR敲除(CRISPRko)和CRISPR干扰(CRISPRi)技术实现。功能获得性遗传筛选主要依赖于cDNA文库的过表达和CRISPR激活(CRISPRa)。碱基编辑可以进行功能获得性和功能丧失性遗传筛选。本综述讨论了基于Cas9核酸酶的遗传筛选技术,包括Cas9介导的基因组敲除和基于dCas9的基因激活和干扰。我们将这些方法与以前基于RNAi和cDNA文库过表达的遗传筛选技术进行了比较,并提出了CRISPR筛选的未来前景和应用。
Xu,D.,Zhou,D.,Bum-erdene,K.,Bailey,B.J.,Sishtla,K.,Liu,S.,Wan,J.,Aryal,U.K.,U.K.,Lee,J.A.,Wells,C。D.,Fishel,M。L.,Corson,T。W.,Pollok,K。,&Meroueh,S。O. (2020)。 通过分子对接富含从胶质母细胞瘤基因组数据选择的多个靶标,对化学文库的表型筛选。 ACS化学生物学。 https://doi.org/10.1021/acschembio.0c00078A.,Wells,C。D.,Fishel,M。L.,Corson,T。W.,Pollok,K。,&Meroueh,S。O.(2020)。通过分子对接富含从胶质母细胞瘤基因组数据选择的多个靶标,对化学文库的表型筛选。ACS化学生物学。https://doi.org/10.1021/acschembio.0c00078https://doi.org/10.1021/acschembio.0c00078