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斑马鱼（Danio rerio）脑中压力的多个面孔
由于暴露于压力源而变化的某些基因的表达尚未在大脑中进行详细研究。因此，进行了斑马鱼的压力试验，旨在识别大脑不同区域中相关的基因调节途径。作为此试验中的急性压力源，已经使用了奖励，进食限制和空气暴露。通过主成分分析（PCAS）分析了来自实验性鱼大脑的基因表达数据，从而根据大脑的调节途径对单个基因进行了编译。结果并未表明整个治疗和性别组的相互反应。评估属于大样本量的类似样品结构是否可以根据处理的基因表达模式进行分类，因此数据已被引导并用于构建随机森林模型。这些揭示了分类的高精度，但是发现雌性和雄性斑马鱼的不同基因最大程度地促成了分类算法。这些分析表明，在大多数情况下，少于八个基因对于准确的分类而言是足够的。主要是属于应力轴，同位素调节途径或5-羟色胺能途径的基因对分类模型的结果具有最强的影响。
斑马鱼胚胎的脂质转染
斑马鱼是发育和生物医学研究中广泛使用的模型生物，具有体外受精、胚胎透明和与人类遗传相似等优点。然而，将外源遗传物质引入斑马鱼胚胎的传统方法，尤其是显微注射，带来了巨大的技术挑战并限制了通量。为了解决这个问题，我们开发了一种新方法，利用 Lipofectamine LTX 通过脂质转染将核酸有效地递送到斑马鱼胚胎中。我们的方案绕过了显微注射的需要，提供了一种经济高效、高通量且用户友好的替代方案。该方案概述了斑马鱼基因递送的新策略，以提高该模型系统中遗传研究的效率和范围。
斑马技术 2023 年年度报告
对于我们的投资者来说，2023 年是我们 50 多年历史上最具挑战性的一年。我们的许多客户都在应对宏观不确定性和疲软的“商品经济”，同时继续吸收疫情期间建立的产能，以应对电子商务活动的激增。由于这些经济逆风，我们在每个主要终端市场的主要产品销售均出现两位数下滑，影响了盈利能力和现金流。我们采取了大胆的行动来应对和减轻需求环境的影响，包括一项 1.2 亿美元的年度成本节约计划。我们正在重新分配资源，以加速包括日本在内的渗透率较低的市场以及制造业和政府部门的增长，并正在利用 RFID 和机器视觉解决新的自动化用例。通过这些行动，我们有能力在终端市场复苏时推动盈利性销售增长。
斑马DNA云3.10
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斑马鱼作为心血管和代谢疾病的模型：精密医学的未来
摘要：斑马鱼（Danio Rerio）已成为研究心血管和代谢性疾病的欣赏和多功能模型生物体，为基础研究和药物发现提供了独特的优势。斑马鱼和人类之间的遗传保护及其高繁殖力和透明的胚胎，可以有效地进行大规模的遗传和以药物为导向的筛查研究。斑马鱼具有简化的心血管系统，该系统与哺乳动物具有相似性，使其特别适合对心脏发育，功能和疾病的各个方面进行建模。斑马鱼胚胎的透明度可以实时可视化心血管动力学，为早期胚胎事件提供见解，并促进与心脏有关的异常研究。在代谢研究中，斑马鱼为肥胖，2型糖尿病，高脂血症和其他代谢障碍提供了成本效益的平台。它们的高生殖速率允许生成大量的统计分析，而高级遗传工具（例如CRISPR/CAS9）则可以使用精确的基因编辑来模拟与人类疾病相关的特定遗传突变。斑马鱼代谢模型在阐明了代谢性疾病的分子机制，研究环境因素的影响并识别潜在的治疗靶点方面发挥了作用。此外，斑马鱼胚胎对小分子的渗透性促进了药物发现和筛查，为鉴定具有治疗潜力的化合物提供了一种快速而经济的方法。总而言之，斑马鱼心血管和代谢疾病模型继续对我们对疾病发病机理的看法做出重大贡献，为转化研究和开发新的治疗干预提供了平台。斑马鱼的多功能性，可伸缩性和遗传可操作性将其定位为无价的资产，以揭示心血管和代谢性疾病的复杂性。本评论概述了斑马鱼模型的关键特征和研究心血管和代谢疾病的贡献。我们讨论了使用斑马鱼模型研究人类疾病的好处和缺点，以及迄今为止这项努力的进步所揭示的关键发现。
在胚胎，幼虫和成年斑马鱼中高效的他莫昔芬可诱导的Cre重组
在成人生物体中灭活基因功能的能力对于研究诸如再生和行为等生物学过程至关重要。这是通过工程化等位基因来实现的，该等位基因可以使用CRE重组酶有条件地灭活，然后使用药物诱导的CRE重组酶灭活基因功能。最近的一些研究清楚地表明，工程在斑马鱼中的有条件等位基因的可行性。同时，实现足够程度的重组以诱导完全丧失功能的丧失仍然是一个主要限制。在此，我们通过设计由斑马鱼β-Actin2基因的内含子增强子的斑马鱼泛素启动子组成的重组泛素启动子UBB R来解决这一限制。使用PHIC31介导的靶向集成，我们证明了UBB R在所有胚胎和幼虫阶段测试的UBB R显然均优于父母启动子以及目前可用的无处不在的Creer T2驱动线。此外，我们生成的UBB R：CRER T2驱动线使成人斑马鱼心中的Floxed等位基因几乎完全失活。最后，我们证明了我们的UBB R启动子在其他基因组基因座集成时会保留高活性，从而使其独特地适合于斑马鱼的所有阶段的转基因表达。
斑马鱼中的单个基对替代区分先天和急性惊吓行为调节
行为阈值定义了足以引起行为反应的最低刺激强度。在开发过程中建立基线行为阈值对于整个动物一生的适当反应至关重要。尽管这种先天的阈值是相关的，但在开发过程中建立行为阈值至关重要的分子机制尚不清楚。声学惊吓是一种保守的行为，其阈值在发育过程中建立但随后受到严格调节。我们以前已经确定了斑马鱼突变线（Escapist），该突变符（Escapist）显示出降低的基线或先天声学惊吓阈值。在这里，我们确定了位于突触器7a（SYT7A）基因的编码序列中的25号染色体上的单个碱基对取代，该基因与逃避现实的声学超敏表型紧密相关。通过生成我们删除SYT7A开放阅读框架的动物，并随后与Escapist系列进行了互补测试，我们证明了SYT7A功能的丧失并不是逃避现实行为表型的原因。尽管如此，逃避现实突变体提供了一种强大的工具，可以破译行为阈值的急性和发育调节之间的重叠。广泛的行为分析表明，在逃避现实的突变体中，先天声音惊吓阈值的建立受损，而其急性阈值的调节仍然完好无损。此外，我们的行为分析揭示了基线对视觉刺激的反应不足，但没有在急性调节视觉刺激的响应中。一起，这项工作消除了SYT7A作为逃避现实表型的病因的丧失，并表明调节逃避现实幼虫中行为阈值的机制可以独立于调节急性阈值调节的机制。
使用基因破坏陷阱方法的正向遗传筛选确定了斑马鱼心脏功能中与Grin2Bb相关的RNA转录本（GRIN2BBART）的新作用
基于LNCRNA的控制会影响心肌梗塞，冠状动脉疾病，肥大和肌肌肌肉营养不良等心脏病生理学。本研究使用基因破裂的转座子（GBT）来筛选斑马鱼（Danio rerio）进行插入诱变。我们确定了三个插入突变体，其中GBT捕获了心脏基因。成年活的GBT突变体之一患有心动过心（心律不齐）和心脏室肿大或肥大。我们将其命名为“ Bigheart。” Bigheart突变插入图中的Grin2Bb或N-甲基D-天冬氨酸受体（NMDAR2B）基因内含子2的反向取向。相邻cDNA末端分析的快速扩增表明，在grin2bb的内含子2中有一个新的插入位点转录本。对野生型斑马鱼心脏室的RNA测序的分析显示，在插入部位显示了可能的新转录本。由于此推定的lncRNA转录本满足了规范的特征，因此我们称此转录本GRIN2BB相关的RNA转录本（grin2bbart）。使用原位杂交，我们确定了心脏，中枢神经系统中的局部grin2bbart表达，以及发育中的胚胎和野生型成人斑马曲线中心和大动脉中的肌肉。Bigheart突变体降低了grin2bbart的表达。我们表明，Bigheart基因陷阱插入切除切除了心律不齐和心房肥大，并恢复了Grin2Bbart的表达。吗啡介导的grin2bbart的反义下调模仿Bigheart突变体的野生型斑马鱼胚胎胚胎；这表明Grin2Bbart与Bigheart相关。Western印迹分析突出显示心血管组织使用grin2bb作为钙渗透离子通道。对Bigheart突变体进行的钙成像实验表明心脏中的钙不当。Bigheart心脏转录组显示钙稳态，心脏重塑和收缩基因的差异表达。
父亲饥饿会影响斑马鱼后代发育和终身健康期间的代谢基因表达
fi g u r e 1 A斑马鱼模型，用于研究父亲饥饿的代际作用。使用拆分离合器设计的IVF实验设计：在实验开始时（第0天）称量AB菌株中的所有雄性，然后随机分成喂养和饥饿的组。饥饿的雄性被完全剥夺了食物，而喂养的雄性每天三遍喂食干燥和活的（Artemia）食物的标准饮食。在实验期间，所有雄性的女性数量相等。18天后，再次称重男性，并收集射精。卵，分为两半的IVF。的精子分别使用了一个和一个饥饿的雄性，用于施肥一半的卵子。收集的精子用于从两名不同女性的卵中施肥。在第19天，在PRIM-5阶段（24 hpf）收集胚胎以进行转录组分析。幼虫长度是在第5天和第8天测量的。F1幼虫的一部分已成长为成年。f1雄性和雌性被交叉至野生型AB鱼，其后代是通过自然产卵获得的。在2和24 hpf下研究了F2胚胎的表型。在设计的右侧显示了实验设置和收集数据的时间表。使用biorender.com创建。