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World File Search System斑马鱼
斑马鱼使用卢克斯快速蓝色染色
成功地，我们使用LFB开发了整个安装染色方案，以染色斑马鱼模型髓鞘和神经细胞。我们已经优化了LFB在整个生物体中穿透中枢神经系统的细胞成分。我们开发的染色方法成功地突出了斑马鱼发育中的大脑的神经解剖学。使用斑马鱼幼虫的LFB髓磷脂染色程序的流程图如图1所示。此外，我们的修改协议还达到了斑马鱼大脑结构的整个固定染色，而无需构成样品结构。我们在斑马鱼标本中使用了4％的常规固定剂（常规固定剂）。在固定过程之前，用蛋白酶K处理斑马鱼样品。蛋白酶K处理可显着改善污渍渗透到整个固定标本中。之后，蛋白酶K处理斑马鱼在4°C下放置在固定剂中过夜。对于其他透化，我们使用Triton X-100洗涤剂来改善染色渗透，而不会影响固定样品的结构形态。在使用卢克索快蓝色和甲三角紫的斑马鱼标本的染色过程中显示（图2）。
斑马鱼胚胎中DNA纳米摄取的时空动力学用于靶向组织生物成像应用
制造机器（替代模型）通过利用样本数据（也称为培训数据）来改善自己的表现。1在过去的几十年中，ML在各个工程领域都逐渐成为有前途的工具。尤其是，由ML训练的基于人工智能（AI）的替代模型可以为未知输入配置提供快速，准确的输出预测，从而取代劳动力强度的实验或模拟计算，要求高计算成本。2–14此外，基于ML的模型也可以从人类无法掌握的给定复杂数据表中得出有意义的推论。例如，Alphafold 15和Alphago 16证明了ML在执行基于规则的计算机程序中无法想象的杰出任务中的能力。近年来，大量的研究集中在ML模型的进一步增强上。例如，在可解释的人工智力（XAI）的领域取得了很大的进步，目的是通过阐明其决策来增强ML模型的解释能力 -
斑马鱼胚胎发生过程中的翻译控制中的 UTR
1 巴塞尔大学生物中心，瑞士巴塞尔 4056。2 华盛顿大学电气与计算机工程系，美国华盛顿州西雅图 98195。3 华盛顿大学 Paul G. Allen 计算机科学与工程学院，美国华盛顿州西雅图 98195。4 Allen 细胞谱系追踪发现中心，美国华盛顿州西雅图 98195。联系方式：madalena.pinto@unibas.ch (MMR-P.)；alex.schier@unibas.ch (AFS)
甲基苯丙胺的连续治疗促进斑马鱼中心脏病理症状的发展
慢性甲基苯丙胺的使用是一种广泛的药物流行，与脉动dIAC形态和电重塑有关，从而导致多种疾病性疾病的发展。虽然已经记录了甲基苯丙胺来诱导心律不齐，但大多数结果源自从经历了不同持续时间的甲基苯丙胺滥用的用户的临床试验中，尚未提供有关在标准化设置中使用甲基苯胺的文献。此外，关于甲基苯丙胺如何影响心血管系统的潜在分子机制仍然难以捉摸。在心脏毒性和心律不齐之间寻求与斑马鱼中甲基苯丙胺滥用的关系，以识别和了解与甲基苯丙胺相关的不良心脏症状。斑马鱼首先在2周的持续时间内每周用甲基苯丙胺治疗3次。在治疗后立即使用内部开发的电力学分析的采集系统进行了脑电图测量（ECG）测量。对斑马鱼心肌细胞中cAMP表达和Ca 2+调节进行了后续分析。营地对于心肌纤维化和心律不齐的发展至关重要，这是心血管疾病发展的明显症状。Ca 2+失调也是引起心律不齐的一个因素。在治疗的第一周，用甲基苯丙胺给药的斑马鱼表现出降低的心率，这在整个第二周持续存在，并且显着低于未经治疗的鱼的心率。的结果还表明，在治疗的早期阶段，心率变异性增加，随后在实验期间，经甲基胺治疗的鱼的晚期减少，表明对甲基苯丙胺暴露的双相反应。甲基苯丙胺处理的鱼在整个实验过程中也表现出QTC间隔的减少。CAMP和Ca 2+测定法的结果表明，cAMP被上调，Ca 2+因甲基苯丙胺治疗而失调。胶原式测定表明对甲基苯丙胺的纤维化反应显着
单细胞分析和斑马鱼头像揭示了LGALS1作为胶质母细胞瘤的免疫调节靶标的
胶质母细胞瘤（GBM）仍然是最恶性的原发性脑肿瘤，中位生存期很少超过2年。肿瘤性质和免疫抑制微环境是导致当前治疗方法反应率较差的关键因素。GBM相关的巨噬细胞（GAM）经常表现出可促进肿瘤进展的免疫抑制特征。但是，他们与GBM肿瘤细胞的动态相互作用仍然很熟悉。在这里，我们使用了患者衍生的GBM干细胞培养物，并结合了GAM-GBM共培养的单细胞RNA测序，并在正局主题斑马鱼异种移植模型中对GAM-GBM相互作用的实时监测进行实时监测，以洞悉细胞，分子和空间异质性。我们的分析表明，GBM诱导的GAM极地和吸引和激活GAM的能力（与患者生存相关的特征），GBM患者的定位异质性。差异基因表达分析，原始肿瘤样品的免疫组织化学以及斑马鱼中的敲除实验随后将LGALS 1鉴定为免疫抑制的主要调节剂。总的来说，我们的工作高光可以在临床上研究GAM-GBM相互作用
评估Musa Acuminata Corm（Rhizome）的水提取物在链霉菌素（STZ）诱导的糖尿病性斑马鱼中的抗糖尿病潜力
抽象背景信息：糖尿病（DM）在新兴国家和发达国家都大大峰值，并且使用营养方法来控制糖尿病控制，最近引起了很多关注。香蕉（Musa spp。）在世界热带地区无处不在。在热带和亚热带气候中发现了野生植物穆萨·阿克米纳塔（Musa acuminata），也称为卡文迪许香蕉。近年来，敏锐的敏锐的健康优势引起了很多关注。植物的每个组成部分都被用于传统医学治疗多种疾病。虽然已经报道了Musa Acuminata各个部分的抗糖尿病潜力，但尚未对CORM进行广泛的研究。目的：考虑到缺乏有关抗糖尿病性抗糖尿病潜能的数据，我们建议使用斑马鱼模型评估相同的数据。材料和方法：腹膜内施用链霉菌素（STZ）在斑马鱼中诱导糖尿病。将鱼类维持在2％的蔗糖溶液中，用于48小时，以诱导糖尿病，然后将其转移到10、20或30 µg/ml的相应的含有CORM提取物的治疗罐中；在第8天，它们都被安乐死并用于生化和组织病理学分析。结果：在10、20和30 µg/ml时，穆萨·阿克米纳塔（Musa acuminata Corm）提取物（MACE）在糖尿病斑马鱼模型中引起了明显的葡萄糖降低作用。这是从酶分析中可以明显看出的。在这一点上，这项研究中鉴定出的MACE的抗糖尿病潜力的精确作用方式无法完全解密。组织病理学分析还揭示了绒毛的生长增长，并且在经过MACE治疗组的肠道中增加了杯状细胞的数量。结论：MACE在预防糖尿病并发症等高胆固醇和高脂血症等糖尿病并发症中的作用支持其主张，即它可以用作辅助药物或替代其他糖尿病药物。需要进行其他研究才能缩小负责这种效果的主动植物成分以及发挥这种作用的机制。
斑马鱼药物筛选证实厄洛替尼是 T 细胞急性淋巴细胞白血病中 Wnt/β-Catenin 信号和自我更新的抑制剂
图 1：6xTCF/LEF-miniP:GFP 斑马鱼系对 Wnt 信号通路的小分子调节剂产生可量化的反应。(A) Wnt/β-catenin GFP 报告基因 6xTCF/LEF-miniP:dGFP 转基因斑马鱼系的示意图。(B) 受精后 48 小时 (hpf) 的 6xTCF/LEF-miniP:dGFP 斑马鱼幼虫。GFP 荧光表明 Wnt 信号活跃，尾鳍 (虚线框) 用于量化。(C) 用 DMSO、Wnt 通路抑制剂 XAV939 或 Wnt 通路激活剂 BIO 处理 24 小时的 6xTCF/LEF- miniP:dGFP 幼虫中的代表性尾鳍荧光。从左到右的面板显示了明场图像、GFP 荧光和使用 ImageJ 软件对荧光进行标准化阈值处理。图中标出了与 DMSO 相比荧光增加或减少的百分比。比例尺 = 500 μm。
使用斑马鱼研究多外观跳过作为啮齿动物的心肌病和心力衰竭的啮齿动物模型，用于翻译研究和治疗发现微生物
摘要：shot弹枪宏基因组测序用于研究切达干酪的微生物群落的多样性，在32个月内成熟。比较了从基于组装的，基于非组装和Motus2测序管道的分类单元丰度的变化，以描绘每个年龄段的社区预计。从58个样品中获得了11种通过质量阈值的元基因组组装基因组（MAG）。尽管cremoris lactocococcus cremoris和paracasei在shot弹枪样品中占主导地位，但使用MG-Rast鉴定了其他物种。NMDS对微生物群落的β多样性的分析揭示了年龄段（7个月至32个月）中奶酪的相似性。正如预期的那样，克雷莫氏乳糖菌的丰度因成熟而始终减少，而可渗透细胞的比例增加。在成熟时期，生存的乳酸酶杆菌的相对丰度逐渐增加，但在试验之间的速度可变。读取归因于siphoviridae和ascomycota的相对丰度低于1％。PMA处理的奶酪的功能性纤维与未经PMA处理的奶酪的功能不同。起动器旋转在乳球菌的单个核苷酸变体pro纤维中反射（使用motus2的SNV），而输入的牛奶是区分乳酸乳酸菌 / casei casei snv pro的领先因素。从Kraken2，非组装基于非组装的（MG-RAST）和标记基因簇（MOTUS2）的相对丰度估计值在两个主要分类单元的年龄组之间是一致的。宏基因组学启用了序列变体分析，低于细菌种类水平和功能性培养，可能会影响成熟过程中奶酪亚群之间的代谢相互作用，这可以帮助解释奶酪的整体膨胀。未来的工作将使微生物变体与挥发性释放物相结合，以将与奶酪粉的化合物的开发相关联，在每个成熟阶段。
比较单细胞谱分析揭示了斑马鱼心脏必不可少的不同心脏居民巨噬细胞
抽象的斑马鱼具有强大的受伤后心脏再生的能力，并且免疫系统在此过程中起着关键作用。我们先前表明，即使在受伤后的第一周内恢复了浸润性的巨噬细胞数量，也会延迟延迟通过氯膦酸盐脂质体（–1D_CL，巨噬细胞延迟模型）会损害中性粒细胞的分辨和心脏再生（Lai等人，2017年）。因此，通过比较心脏修复期间的这些晚期巨噬细胞与对照巨噬细胞的比较，学习再生巨噬细胞的证明是很有趣的。在这里，我们通过将非再生性巨噬细胞模型与再生对照进行比较，进一步研究了心脏再生的机理见解。时间RNASEQ分析表明，–1D_CL治疗导致炎症分辨率破坏，反应性氧稳态和心脏修复过程中能量代谢。对再生性与非再生性心脏的发炎细胞的比较单细胞RNASEQ分析进一步鉴定出异质的宏观斑点和中性粒细胞，显示出替代性激活和细胞串扰，导致中性粒细胞保留和慢性炎症。在巨噬细胞中，仅在再生心脏中富集了两个住宅亚群（HBAA + MAC和TIMP4.3 + Mac 3），并且在 + 1D_CL处理后几乎没有恢复。为了耗尽居民巨噬细胞而不会延迟循环巨噬细胞的招聘，我们通过在CryoInjury之前的8 d（–8d_cl）在8 d（–8d_cl）中管理CL来建立了居民巨噬细胞的模型。引人注目的是，常驻巨噬细胞缺乏斑马鱼仍然表现出血运重建，心肌细胞存活，碎屑清除和细胞外基质重塑/疤痕的缺陷，而无需从循环/单核细胞衍生的巨噬细胞中获得功能补偿。我们的结果表征了炎症细胞与识别独特的居民巨噬细胞之间的不同功能和相互作用的特征。斑马鱼心脏再生的先决条件。
用于疾病建模和再生的斑马鱼调控基因组资源
在过去的几十年里，斑马鱼因其发育快、基因操作简单、成像简单、与人类共享保守的疾病相关基因和途径等优势，成为一种越来越受欢迎的疾病模型。与此同时，疾病机制的研究越来越多地关注非编码突变，这需要增强子和启动子等调控元件的基因组注释图。与此同时，斑马鱼研究的基因组资源正在扩大，产生了各种基因组数据，有助于定义调控元件及其在斑马鱼和人类之间的保守性。在这里，我们讨论了生成斑马鱼基因组调控元件功能注释图的最新进展，以及如何将其应用于人类疾病。我们重点介绍了社区驱动的发展，例如 DANIO-CODE，以生成斑马鱼基因组数据和功能注释的集中和标准化目录；考虑当前注释图谱的优势和局限性；并提供解释和整合现有图谱与比较基因组学工具的考虑因素。我们还讨论了开发标准化基因组学协议和生物信息学流程的必要性，并为开发分析和可视化工具提供建议，这些工具将整合各种多组学批量测序数据以及快速扩展的单细胞方法数据，例如使用测序对转座酶可及染色质进行单细胞测定。此类整合工具对于利用批量基因组学提供的多组学染色质表征以及新兴单细胞方法提供的细胞类型分辨率至关重要。总之，这些进展将构建一个广泛的工具包，用于探究斑马鱼的人类疾病机制。