硬件和软件系统容易受到错误和定时侧通道漏洞的影响。时序泄漏尤其难以消除,因为泄漏是一种新兴的特性,可以由整个系统中硬件和软件组件之间的微妙行为或相互作用产生,并带有根本原因,例如非恒定时间代码,编译器生成的时机变化以及微构造架构侧侧通道。本论文通过使用正式验证来排除这种错误并构建正确,安全和无泄漏的系统,为新方法提供了一个新的方法。本文介绍了一种新理论,称为信息保护改进(IPR),用于捕获非泄漏和安全性,在帕法特框架中实现IPR的验证方法,并将其应用于验证硬件安全模块(HSMS)。使用帕菲特,开发人员可以验证HSM实现泄漏的信息不超过DeScice预期行为的简洁应用程序级规范所允许的信息,并提供了涵盖实现的硬件和软件的证明,以至于其自行车级别的Wire-I/O-i/O-e-Level行为。本文使用Parfait在IBEX和基于PICORV32的硬件平台的顶部实现和验证了几个HSM,包括eCDSA证书签名的HSM和密码HSM。帕菲特为这些HSM提供了强大的保证:例如,它证明了ECDSA-IBEX实现(2,300行代码和13,500行Verilog)剥夺了其行为的40线规范所允许的范围。
防止域专家可用的常见错误。Julearn的创建是易于使用的,可用于具有不同背景的研究人员,并创造可重现的结果。此外,我们设计了Julearn,因此很容易扩展和维护,以便跟上神经科学和药物等不断发展的领域。Julearn的可访问性和可用性方面决定是核心,因为我们旨在帮助研究人员应用ML。我们通过仔细设计应用程序编程接口(API)来实现这一目标,仅包括一些简单的密钥功能和类来创建和评估复杂的ML管道。此外,我们添加了几个公用事业,使研究人员可以详细了解所得管道。为了使Julearn保持最新状态,我们在Scikit-Learn [3,4]的顶部构建了它,并遵循软件工程的共同最佳实践,例如单元测试和连续集成。
摘要 通过将催化失活的 Cas9 (dCas9) 与组蛋白脱乙酰酶 (Sir2a) 或乙酰转移酶 (GCN5) 的活性域融合,该 CRISPR 干扰/激活 (CRISPRi/a) 系统允许在转录水平上进行基因调控,而不会导致寄生虫基因组发生永久性变化。然而,dCas9 的组成性表达对研究必需基因构成了挑战,这可能会导致寄生虫的适应性变化,掩盖真正的表型。在这里,我们开发了一种无泄漏诱导型 CRISPRi/a 系统,通过整合 DiCre/loxP 调节子,允许在雷帕霉素瞬时诱导下表达 dCas9-GCN5/-Sir2a,这允许通过引入针对其转录起始区的向导 RNA 来方便地转录调控感兴趣的基因。利用在无性红细胞发育过程中处于沉默状态或从低水平到高水平表达的八种基因,我们评估了该系统在无性寄生虫中的稳健性和多功能性。对于大多数分析的基因,这种可诱导的 CRISPRi/a 系统导致目标基因在 mRNA 水平上上调或下调 1.5 到 3 倍。PfK13 和 PfMYST 表达的改变导致对青蒿素的敏感性改变。对于自噬相关蛋白 18(与青蒿素抗性相关的必需基因),通过可诱导的 CRISPRi/a 获得了 0.2 倍的上调或下调,导致生长迟缓。对于配子发生的主要调节器 PfAP2-G,通过 CRISPRa 获得了 0.10 倍的 PfAP2-G 转录本增加,导致。诱导寄生虫的配子体血症高出 4 倍。此外,可诱导的 CRISPRi/a 还可以调节配子体中的基因表达。这种可诱导的表观遗传调控系统为研究恶性疟原虫的基因功能提供了一种快速方法。