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NOGEA：一种面向网络的基因熵方法，用于解剖疾病共病和药物重新定位
摘要 高通量技术的快速发展使得人们能够识别越来越多的疾病相关基因（DAG），这对于了解疾病的起始和开发精准治疗至关重要。然而，DAG 通常包含大量冗余或假阳性信息，导致难以量化和优先考虑这些 DAG 与人类疾病之间的潜在关系。在本研究中，提出了一种面向网络的基因熵方法（NOGEA），通过定量计算主基因在有向疾病特异性基因网络上的扰动能力来准确推断导致特定疾病的主基因。此外，我们证实了 NOGEA 识别的主基因对于预测疾病特异性的起始事件和进展风险具有很高的可靠性。主基因还可用于提取不同疾病的底层信息，从而揭示疾病共病的机制。更重要的是，已批准的治疗靶点在相互作用组网络中拓扑定位在主基因的小邻域中，这为预测药物-疾病关联提供了一种新方法。通过此方法，11 种旧药被重新鉴定并预测对治疗胰腺癌有效，然后通过体外实验进行验证。总的来说，NOGEA 有助于识别控制疾病起始和共现的主基因，从而为药物疗效筛选和重新定位提供了有价值的策略。NOGEA 代码可在 https://github.com/guozihuaa/NOGEA 上公开获取。
使用多标签学习和社区检测方法 (DTI-MLCD) 预测药物-靶标相互作用
1 上海交通大学微生物代谢国家重点实验室、生命科学与技术学院，上海 200240；2 深圳市南山区西丽街道万科云城一期 8 号楼鹏程实验室，518055；3 卡尔加里大学 摘要 识别药物-靶标相互作用 (DTI) 是药物发现和药物重新定位的重要步骤。为了降低大量的实验成本，蓬勃发展的机器学习已被应用于该领域并开发了许多计算方法，尤其是二元分类方法。然而，当前方法的性能仍有很大改进空间。多标签学习可以减少二元分类学习所面临的困难并具有较高的预测性能，并且尚未得到广泛探索。它面临的关键挑战是指数级的输出空间，考虑标签相关性可以帮助它。因此，我们通过引入用于 DTI 预测的社区检测方法 (称为 DTI-MLCD) 来促进多标签分类。另一方面，我们更新了2008年提出并沿用至今的金标准数据集。我们在更新前后的金标准数据集上执行了所提出的DTI-MLCD，结果表明它比其他经典机器学习方法和其他基准提出的方法更具优越性，证实了它的有效性。本研究的数据和代码可以在https://github.com/a96123155/DTI-MLCD找到。 关键词：药物-靶标相互作用，数据集更新，多标签学习，标签相关性，社区检测 1.引言 对于药物开发来说，药物发现（即发现潜在的新药）和药物重新定位（即获得具有新功效的旧药）是两个重要且成本高昂的策略[2]，而实现它们的重要步骤就是预测DTI。近年来，许多研究将流行的机器学习技术应用于实现智能医疗，在一定程度上加速了药物开发的进程。对于DTIs预测，利用机器学习技术不仅可以缩小实验研究的实验范围，而且可以对实验研究起到指导作用。近年来有很多综述文章[3-7]总结了机器学习方法在DTIs预测领域的进展，二分类方法是其中一个重要分支。对于二分类方法
FDA 药品安全通讯更新了 FDA 对服用某类药物的患者出现自杀想法或行为报告的持续评估
2024 年 1 月 11 日 FDA 药品安全通报美国食品药品管理局 (FDA) 一直在评估使用一类称为胰高血糖素样肽-1 受体激动剂 (GLP-1 RA；见下表 1 中的列表) 的药物治疗的患者的自杀想法或行为报告。这些药物用于治疗 2 型糖尿病患者或帮助肥胖或超重患者减肥。我们的初步评估没有发现使用这些药物会导致自杀想法或行为的证据。在过去的几个月中，我们对 FDA 不良事件报告系统 (FAERS) 中收到的自杀想法或行为报告进行了详细审查。由于提供的信息通常有限，并且这些事件可能受到其他潜在因素的影响，因此我们认为这些报告中的信息并未证明与使用 GLP-1 RA 之间存在明确的关系。同样，我们对临床试验（包括大型结果研究和观察性研究）的审查未发现使用 GLP-1 RA 与自杀想法或行为的发生之间存在关联。但是，由于在使用 GLP-1 RA 的人群和比较对照组中观察到的自杀想法或行为数量很少，我们不能明确排除可能存在小风险；因此，FDA 正在继续调查这个问题。其他评估包括对所有 GLP-1 RA 产品的临床试验的荟萃分析和对 Sentinel 系统中的上市后数据的分析。荟萃分析是对临床试验结果的大型综合分析。Sentinel 是一个非常大的数据网络，其中包含健康保险索赔和患者健康记录，可用于调查有关 FDA 监管产品的安全问题。我们将在完成审查或有更多信息要分享后传达我们的最终结论和建议。患者不应在未先咨询您的医疗保健专业人员的情况下停止服用 GLP-1 RA，因为停止服用这些药物可能会使您的病情恶化。如果您有任何问题或顾虑，请咨询您的医疗保健专业人员。如果您出现新的或恶化的抑郁症、自杀想法，或情绪或行为有任何异常变化，请告知您的医疗保健专业人员。致电或发短信至 988，或访问网站 https://988lifeline.org/，该网站每周 7 天、每天 24 小时为处于困境中的人们提供免费支持。目前获准用于治疗肥胖或超重患者的 GLP-1 RA 处方信息包含有关自杀想法和行为风险的信息。此类信息也包含在其他类型减肥药的标签中，并且基于对用于减肥或测试的各种旧药的此类事件报告。