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北极海冰体积的反演及其趋势受年际雪变率的显著影响
摘要 我们估计了卫星反演的北极海冰厚度、海冰体积及其趋势的不确定性，这些不确定性源于缺乏可靠的雪厚度观测。为此，我们在由大气再分析强制进行的海洋模型模拟中模拟了 Cryosat2 型冰厚度反演，假设只有干舷是已知的模型输出。然后，我们使用不同的雪气候学将干舷转换为海冰厚度，并将得到的海冰厚度反演结果相互比较，并与再分析强制模拟的实际海冰厚度进行比较。我们发现，不同的雪气候学会导致获得的冰厚度和冰体积存在显著差异。此外，我们表明，使用任何积雪深度气候学通过冰厚度反演得出的北极冰量趋势都是非常不可靠的，因为冰量的估计趋势可能受到被忽视的积雪量年际变化的强烈影响。
Clusterprofiler GO和KEGG 富集分析R代码详解
连。这些关系可以是“is_a”或“part_of”，形成了一个有向无环图（DAG）的结构。 GO注释是将基因产 物与GO术语相关联的过程，这对于理解基因的功能和进行基因表达分析至关重要。 GO注释的结果可 以用于多种分析，包括基因本体论富集分析，这是一种统计方法，用于确定在一组基因中哪些GO术 语的出现频率显着高于随机预期，从而揭示基因集的生物学功能。
将药物-药物相似性添加到药物-靶标相互作用预测方法中是否会显著提高其效率？
摘要 预测药物-靶标相互作用 (DTI) 已成为一个重要的生物信息学问题，因为它是药物重新定位的关键和初步阶段之一。因此，科学家们正在尝试开发更准确的计算方法来预测药物-靶标相互作用。这些方法通常基于机器学习或推荐系统，并使用生物和化学信息来提高预测的准确性。在这些方法的背景下，有一个假设，即具有相似化学结构的药物具有相似的靶标。因此，药物之间的相似性作为化学信息被添加到计算方法中以改进预测结果。这里出现的问题是这种说法是否真的正确？如果是这样，应该使用什么方法来计算药物-药物化学结构的相似性？我们是否会从我们使用的任何 DTI 预测方法中获得同样的改进？在这里，我们研究了通过将药物-药物化学结构相似性添加到问题中可以实现的改进量。为此，我们考虑了不同类型的真实化学相似性、随机药物相似性、四个黄金标准数据集和四种最先进的方法。我们的结果表明，数据的类型和大小、用于预测相互作用的方法以及用于计算药物间化学相似性的算法都很重要，不能轻易地说增加药物相似性可以显著改善结果。因此，我们的结果可以为想要改进机器学习方法的科学家提供一份清单。
将药物-药物相似性添加到药物-靶标相互作用预测方法中是否会显著提高其效率？
大多数药物在临床试验的早期阶段就失败了，而且一种药物要想在市场上取得成功需要花费大量的时间和成本 [1, 2]。这些因素促使科学家们努力寻找更好、更便宜的方法来寻找合适的药物。解决这些问题最有效、最有趣的解决方案之一是药物重新定位 (也称为药物再利用)。药物重新定位确实可以加快研究速度，因为它省去了药物设计的早期阶段，但它也有缺点。例如，使用药物重新定位来确定用于治疗新疾病的药物剂量是这一观点面临的最重要挑战之一，因为该药物已经被考虑用于治疗另一种疾病，并且剂量特定。然而，这种观点已经找到了自己的地位，我们今天必须考虑它。
所有大脑网络的静息状态连接累积效应与 ADHD 症状显著相关
研究文章 | 所有大脑网络的静息状态连接的行为/认知累积效应与 ADHD 症状显着相关 https://doi.org/10.1523/JNEUROSCI.1202-23.2023 收稿日期：2023 年 4 月 19 日 修订日期：2023 年 11 月 30 日 接受日期：2023 年 12 月 18 日 版权所有 © 2024 作者
超强二硼化铪粒子对自润滑铝复合材料耐磨性能的显著增强研究
摘要 本研究主要研究了通过添加石墨和二硼化铪 (HfB 2 ) 颗粒来显著提高 AA6061 合金混合复合材料的磨损性能。AA6061 合金因其高腐蚀性和耐磨性而广泛应用于航空和汽车领域。采用搅拌铸造法，通过在 AA6061 基体中添加不同百分比的石墨和 HfB 2 颗粒来创建混合复合材料。使用 SEM 和显微硬度计检查所得复合材料的微观结构，以验证增强颗粒的均匀分布和合金的硬度。为了比较混合复合材料与基体 AA6061 合金的摩擦学性能，在不同的负载条件下进行了磨损实验。结果表明，加入 5% 的石墨颗粒和 15% 的 HfB 2 颗粒后，耐磨性显着提高。坚硬的 HfB 2 颗粒提高了承载能力和耐磨性。石墨和 HfB 2 的协同作用产生了一种混合复合材料，与基础 AA6061 合金相比，其磨损率和摩擦系数明显较低。这项研究的成果凸显了混合增强策略在开发具有增强摩擦学性能的先进材料方面的潜力，使其有望成为汽车悬架部件和车顶导轨的替代品。
PAM 放宽的 Cas9 基因组编辑器的全基因组分析揭示了水稻中 ABE8e 的显著脱靶效应
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2022 年 2 月 10 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.02.09.479813 doi：bioRxiv preprint
CRISPR 介导的 EGFR 过表达消融与舒尼替尼联合可显著抑制肾细胞癌增殖
受体酪氨酸激酶，如 VEGFR、PDGFR 和 EGFR，在肾癌中起着重要作用。在本研究中，我们研究了 EGFR 敲除作为肾细胞癌 (RCC) 的治疗方法。我们发现，与其他常用细胞系（如 HEK293、A549、Hela 和 DLD1）相比，肾细胞癌细胞系 (RC21) 的 EGFR 表达更高。通过 CRISPR/Cas9 消融 EGFR 可显著抑制肿瘤细胞生长并激活 MAPK（pERK1/2）通路。VEGFR 和 PDGFR 抑制剂舒尼替尼可减弱 EGFR 缺失诱导的 MAPK（pERK1/2）和 pAKT 表达，并进一步抑制 EGFR -/- 细胞增殖。我们发现 EGFR 的缺失最终会导致对 SAHA 和顺铂的耐药性。此外，EGFR缺失可诱导G2/M期停滞，并导致肾细胞癌对TNF相关凋亡诱导配体（TRAIL）的抵抗力增强。因此，单独使用CRISPR/Cas9或与舒尼替尼联合消融过表达的EGFR可能是肾细胞癌的新治疗选择。
英国生物样本库对早期全基因组关联研究中发现的全基因组显著信号的可重复性
摘要 随着大型生物库的建立，与各种表型相关的单核苷酸多态性 (SNP) 的发现速度加快了。一个悬而未决的问题是，早期全基因组关联研究 (GWAS) 中确定的具有全基因组意义的 SNP 是否也会在后来在生物库进行的 GWAS 中得到复制。为了解决这个问题，作者检查了一个公开的 GWAS 数据库，并确定了同一表型的两个独立 GWAS（早期的“发现” GWAS 和后来在英国生物库进行的复制 GWAS）。该分析评估了来自 4,397,962 名参与者的 9 种表型的 136,318,924 个 SNP（其中 6,289 个在发现 GWAS 中达到 p<5e-8）。总体复制率为 85.0%，二元表型的复制率低于定量表型（分别为 58.1% 和 94.8%）。二元表型的 SNP 效应大小下降了 18.0%，但定量表型的 SNP 效应大小增加了 12.0%。利用发现的 SNP 效应大小、表型特征（二元或定量）和发现的 p 值，我们建立并验证了一个模型，该模型预测 SNP 复制，受试者工作曲线下面积 = 0.90。虽然无法复制通常可能反映出缺乏效力，而不是真正的假阳性结果，但这些结果提供了关于哪些发现的关联可能在后续的 GWAS 中再次出现的信息。