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World File Search System晶体学
量子晶体学：当前发展和未来展望
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MAT SCI 361：晶体学和衍射
4晶格20 4.1晶格内的索引。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。20 4.1.1六角形棱镜。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。21 4.1.2表格。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。23 4.1.3方向指数。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。24 4.1.4区域。 。 。 。 。 。 。 。24 4.1.4区域。。。。。。。。。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>24 4.2纬度。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>25 4.2.1单元单元。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 27 4.2.2 Planne Group。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div>25 4.2.1单元单元。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>27 4.2.2 Planne Group。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div>27 4.2.2 Planne Group。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>27 4.3示例石墨烯。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。30 4.3.1太空格子或勇敢的格子。。。。。。。。。。。。。。。31 4.3.2单位单元内的位置。。。。。。。。。。。。。。。。。31 4.3.3六角形闭合结构HCP。。。。。。。。。。。。31 4.3.4菱形（六角形）。。。。。。。。。。。。。。。。。。。32
使用腺病毒 - 抗体分子胶结合物在体内靶向基因递送 CDP-DAG合酶调节植物生长和宽... 生物工程的可见聚合物网格以增强泌尿原始健康 阿尔茨海默氏病的α-核蛋白副病理学... 使用油脂矩阵的高吞吐量蛋白串行晶体学 通过呼吸阶段增强运动皮层可塑性... 小分子控制基因表达
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是此预印本版本的版权持有人，该版本发布于2025年2月1日。 https://doi.org/10.1101/2025.01.31.635969 doi：Biorxiv Preprint
大分子X射线晶体学和蛋白质结构...
新月形免疫学研究所（Bric-NII）提出了一个小型研讨会和“大分子X射线晶体学和蛋白质结构预测”的研讨会。加入我们，参加一个沉浸式的为期3天的活动，其中包括该领域的主要专家的演讲，并进行了一个探索大分子X射线晶体学和结构预测的理论和实践方面的研讨会。
由晶体学电子密度引导的蛋白质集合的生成建模
蛋白质是动态分子，在生物过程中和其他方面的热力学采样构象中的状态之间的过渡。尽管由X射线晶体学生成的模型通常描绘了单个构象，但这实际上是一个集合度量。蛋白质晶体是一个巨大的分子阵列，从衍射中重建的电子密度可捕获该阵列中原子位置之间的变异性。随着蛋白质链中的灵活性的增加，电子密度越来越散布。由于难以识别和建模特定构象产生平均密度，因此通常仅以B因子的形式间接报告最佳拟合模型周围的变异性。然而，如果可检测到的晶体学者在多个替代位置（通常称为Altlocs）中的原子模型。交替位置的蛋白质主链段仍然不足以识别，因为大多数可视化平台（例如Pymol和Chimerax）以及使用结构模型作为输入（例如Gromacs）的程序完全忽略了Altloc或用简单的启发式方法来解决它们[4]。最近的工作[11]创建了从PDB结构中提取的Altloc的全面目录，这表明该数据集应在努力中使用单个序列预测多个结构的努力。有趣的是，作者表明，对于一组良好的分离和稳定的Altlocs，即使结构合奏预测因子识别该区域是灵活的，他们也无法捕获实验确定的构象甚至骨架构象分布的双峰性。
2024 年中华民国液态晶体学会年会暨研讨会《议程》113 ...
邀请演讲i主持人：郑恪亭郑恪亭14：00–14：30 Go Watanabe教授（渡边渡边） / Kitasato University讲题IP-01 IP-01通过计算 - 科学14：30-14：30-14：50-14：50- / ip-02 ip-ip-02 and topolicy dopodical dopodical defaction：10：10：14： IP-03使用有机橡胶分子15：10-15：30 Pravinraj Selvaraj /中央大学光电系中央大学光电系中央大学光电系IP-04革命性极化控制：在扭曲的nematic nematic Liquid Crystals < / div>中革命光学活性，IP-03 IP-03无接触均匀的液晶对齐
CGE 2024-晶体学和出色的设备
高熵合金（HEA）最近成为了一类新的材料，由于其有趣的吸附性能，它们引起了人们对氢储存应用的兴趣。与常规合金不同，HEAS由五个或更多的化学元素组成，比例可能在5个范围内。％至35 at。％。所得的高混合熵促进了多元素实心溶液相的形成，通常表现出简单的晶体学结构（BCC，FCC或HCP）。这一独特的功能增强了HEAS吸收和吸收氢的能力，并使它们成为氢存储应用的有希望的候选者。我们的工作针对由Ti，V，Cr，Mn和/或Fe组成的HEA。在合理的压力和温度条件下，这些合金在氢吸附性能方面已经显示出有望[MAR23]。然而，研究的组合物表现出不同晶体学结构的几个阶段的混合，从而阻止了对合金特性的结构影响。因此，我们工作的目的是探索其他化学成分，以便可能i）合成单相合金和ii）在环境温度下调整平衡压力。目前的贡献侧重于三种合金，即Ti 25 V 35 Cr 32 Mn 8，Ti 25 V 35 Cr 34 Fe 6和Ti 23 V 37 Cr 30 Mn 5 Fe 5。X射线和中子衍射的互补性，与细MEB-EDX分析相结合，阐明了在晶体学结构和化学组成方面，阐明了微米尺度上存在的细微差异。通过Sievert的体积方法衡量的压力组分等温线对这些研究进行了补充，证实了这些合金对潜在应用的极大兴趣，在298 K.
揭示蛋白质集合：用于X射线晶体学和冷冻EM
1加利福尼亚大学旧金山分校的生物工程和治疗科学系，加利福尼亚州旧金山，美国2结构生物学计划，CUNY高级科学研究中心，纽约，纽约，纽约，10031 3博士。生物学计划，研究生中心 - 纽约市纽约市，纽约，纽约10016 4 Atomwise，Inc。，旧金山，加利福尼亚州，美国加利福尼亚州，美国5化学和生物化学系，纽约市城市学院，纽约，纽约，纽约，10031年，10031年10031 6 Ph.D.生物化学，生物学和化学方案，研究生中心 - 纽约市城市大学，纽约，纽约10016†当前地址：重播，5555 Oberlin Drive，Ste。 120，圣地亚哥，CA 92121 *通信：mullane.stephanie@gmail.com摘要：在其折叠状态下，在多种构象状态之间交换对其功能至关重要的构象状态。 传统的结构生物学方法，例如X射线晶体学和低温电子显微镜（Cryo-EM），产生了集合平均值的密度图，反映了各种构象的分子。 然而，大多数从这些地图得出的模型明确表示单个构象，从而忽略了生物分子结构的复杂性。 为了准确反映生物分子形式的多样性，迫切需要朝着建模反映实验数据的结构合奏。 但是，将信号与噪声区分开的挑战使手动创建这些模型的努力变得复杂。 为了响应，我们将最新的增强功能引入了QFIT，这是一种自动化计算策略，旨在将蛋白质构象异质性纳入内置在密度图中的模型中。 Phenix，Refmac，Buster）。生物学计划，研究生中心 - 纽约市纽约市，纽约，纽约10016 4 Atomwise，Inc。，旧金山，加利福尼亚州，美国加利福尼亚州，美国5化学和生物化学系，纽约市城市学院，纽约，纽约，纽约，10031年，10031年10031 6 Ph.D.生物化学，生物学和化学方案，研究生中心 - 纽约市城市大学，纽约，纽约10016†当前地址：重播，5555 Oberlin Drive，Ste。120，圣地亚哥，CA 92121 *通信：mullane.stephanie@gmail.com摘要：在其折叠状态下，在多种构象状态之间交换对其功能至关重要的构象状态。 传统的结构生物学方法，例如X射线晶体学和低温电子显微镜（Cryo-EM），产生了集合平均值的密度图，反映了各种构象的分子。 然而，大多数从这些地图得出的模型明确表示单个构象，从而忽略了生物分子结构的复杂性。 为了准确反映生物分子形式的多样性，迫切需要朝着建模反映实验数据的结构合奏。 但是，将信号与噪声区分开的挑战使手动创建这些模型的努力变得复杂。 为了响应，我们将最新的增强功能引入了QFIT，这是一种自动化计算策略，旨在将蛋白质构象异质性纳入内置在密度图中的模型中。 Phenix，Refmac，Buster）。120，圣地亚哥，CA 92121 *通信：mullane.stephanie@gmail.com摘要：在其折叠状态下，在多种构象状态之间交换对其功能至关重要的构象状态。传统的结构生物学方法，例如X射线晶体学和低温电子显微镜（Cryo-EM），产生了集合平均值的密度图，反映了各种构象的分子。然而，大多数从这些地图得出的模型明确表示单个构象，从而忽略了生物分子结构的复杂性。为了准确反映生物分子形式的多样性，迫切需要朝着建模反映实验数据的结构合奏。但是，将信号与噪声区分开的挑战使手动创建这些模型的努力变得复杂。为了响应，我们将最新的增强功能引入了QFIT，这是一种自动化计算策略，旨在将蛋白质构象异质性纳入内置在密度图中的模型中。Phenix，Refmac，Buster）。这些QFIT中的这些算法改进是由跨蛋白质范围的上级和几何指标证实的。重要的是，与更复杂的多拷贝集合模型不同，可以在大多数主要的模型构建软件中手动修改QFIT生产的多构形式模型（例如，coot）和拟合度可以通过使用标准管道来进一步改善（例如通过减少创建多配量模型的障碍，QFIT可以促进有关大分子构象动力学和功能之间关系的新假设的发展。
药物发现和开发中 X 射线晶体学概述：综述 Adnan Eshaq Alshennawi 1、Naif Abdulaziz A Alhamdan 2、Joud Saud Dia
X 射线晶体学在药物发现和开发中至关重要，因为它可以提供有关目标蛋白质及其与 1 种潜在候选药物相互作用的详细结构数据。本综述旨在概述 X 射线晶体学在制药行业中的应用，重点介绍其在理解蛋白质-配体相互作用、指导合理药物设计和帮助基于结构的药物优化方面的作用。该研究利用来自各种来源的二手数据，包括已发表的研究文章、评论论文和数据库，全面回顾了 X 射线晶体学在药物发现中的现状。涵盖的关键主题包括 X 射线晶体学的基本原理、蛋白质结晶过程、数据收集和结构测定，以及与该技术相关的挑战和局限性。通过强调 X 射线晶体学在药物发现中的成功和局限性，本综述旨在提供见解，帮助研究人员优化这一强大工具在开发新型疗法中的使用。最终，更好地了解 X 射线晶体学在药物发现和开发中的作用可以设计出更有效、更具体、安全性更高的药物分子。
第 61 门课程：量子晶体学
量子晶体学 (QCr) 是一个快速发展的领域，它将理论与实验相结合，以了解原子和分子水平上物质的基本行为。它提供的分子或晶体结构的测定质量超过了传统的 X 射线或电子晶体学方法所获得的质量。通过用丰富的电子和键合信息丰富结构信息，QCr 为合理的药物设计和新材料的工程做出了重大贡献。在本学院期间，我们将提供易于理解的深入量子力学和相关半经验方法教育，旨在为理解材料结构、物理化学性质以及材料对物理变化和实验探测的响应奠定坚实的基础。将简要回顾晶体学实验的理论基础，并详细介绍和培训量子晶体学方法的数据收集和分析方法。本学院的演讲者将超越理论计算，展示理论与实验之间的深层相互作用：例如，通过展示如何使用实验观察来限制或约束第一性原理计算，或以其他方式展示计算如何改善对实验结果的解释。为了实现这一总体目标，将强调理论和实验领域之间的协同作用，以提供对量子晶体学不同领域的整体看法。由于新的耦合方法和新社区的相互联系，这一知识领域在过去几年中经历了重要的推动。本学院将汇集这两个社区的学生，为这一新知识领域提供素材，并让学生之间的跨学科发展。研讨会将提供与主题相关的软件的使用和开发动手教程，包括开发所需的输入数据和使用案例研究。此外，学院将受益于与同时运行的电子晶体学学院的协同作用，两个学院将共享几场讲座。这将为探索晶体学在量子科学和结构研究中的跨学科应用提供独特的机会。