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World File Search System替代物
循环肿瘤DNA动力学和...
结果总共分析了110例患者的285个血液样本。较高的基线CFDNA浓度与较差的无进展生存率（PFS）和总生存期（OS）有关。处理2个循环后，ctDNA突变主要ITY中的变异等位基因频率（VAF）随着平均相对变化为–31.6％而降低。在2个循环恢复后的TP53，APC，TCF7L2和ROS1的VAF中减少与较长的PF相关。我们在每个时间点使用VAF的总和作为整体ctDNA负担的替代物。2个周期后的总和（VAF）≥50％的降低与PFS更长（6.1 vs. 2.7个月，P = 0.002），OS（11.3 vs. 5.9个月，P = 0.001）和较高的疾病控制率（86.3％vs. 51.1％，P <0.001）。vaf在疾病进展时增加，BRAF的VAF显着增加。
QH9：QM9分子的量子哈密顿预测基准
监督的机器学习方法已越来越多地用于加速电子结构预测作为第一原理计算方法的替代物，例如密度功能理论（DFT）。虽然许多量子化学数据集都集中在化学性质和原子力上，但实现对汉密尔顿基质的准确有效预测的能力是高度的，因为它是确定物理系统和化学特性的量子状态最重要，最基本的物理量。在这项工作中，我们生成了一个新的量子汉密尔顿数据集，称为QH9，以根据QM9数据集为999分子动力学轨迹的精确汉密尔顿矩阵和130,831个稳定的分子几何形状。通过使用各种分子设计基准任务，我们表明当前的机器学习模型具有预测任意分子的汉密尔顿矩阵的能力。QH9数据集和基线模型均通过开源基准提供给社区，这对于开发机器学习方法以及加速分子和材料设计的科学和技术应用可能非常有价值。我们的基准标有https://github.com/divelab/airs/tree/main/main/opendft/qhbench。
替代辅助进化算法中替代模型准确性对性能和模型管理策略的影响
替代辅助进化算法（SAEAS）来解决昂贵的优化问题。尽管SAEAS使用使用机器学习技术近似解决方案评估的替代模式，但先前的研究并未充分研究SAEAS中搜索性能和模型管理策略的Sherrotage模型准确性对搜索性能的影响。这项研究分析了替代模型准确性如何影响搜索绩效和模型管理策略。为此，我们构建了一个具有可调节精度的伪气管模型，以确保在不同的模型管理策略之间进行公平比较。我们比较了三种模型管理策略：（1）预选前（ps），（2）基于个人（IB）和（3）基于一代的基准基准问题的基于生成（GB）的基线模型，而基线模型不使用替代物。实验结果表明，较高的替代模型精度可提高搜索性能。但是，影响根据所使用的策略而变化。具体来说，随着估计精度的提高，PS证明了性能的明显趋势，而当准确性超过一定阈值时，IB和GB表现出强大的性能。模型策略
特刊大肠杆菌和动物
shiga毒素产生的大肠杆菌（STEC）感染导致疾病症状的无症状运输或发育，这可能会使次要后遗症衰弱。STEC感染已与消耗粪便污染的食物和水有关，尤其是在与受感染动物接触后的手到口水传播。农业食品链中的动物在STEC传播中起着重要作用，并且需要采取有效的控制措施，以防止农场分叉传播这些人类病原体。因此，几项研究旨在在动物宿主的背景下理解STEC生态，并利用洞察力来开发适当的控制和诊断措施。感染/疾病的动物模型也被用作人类疾病的替代物，以更好地了解STEC发病机理。本期特刊的目的是解决：i。动物-Stec相互作用； ii。STEC定植和/或致病性的动物模型； iii。动物中的控制和/或诊断； iv。替代动物模型研究文章，评论文章和与这些主题相关的简短沟通。
生化和生物物理研究通信
人工智能（AI）对我们的社会产生了革命性的影响。它正在帮助人类面对本世纪的全球挑战。传统上，AI是在软件或硬件中通过神经形态工程开发的。最近，已经提出了一种全新的策略。是所谓的化学AI（CAI），它利用了湿软件中的分子，超分子和系统化学的分子化学化学。在这项工作中，描述了两种有前途的CAI的有前途的方法。一个人指的是设计和实施可以通过光学或化学信号进行通信的神经替代物，并引起网络以进行计算目的并开发微/纳米型。另一种方法涉及可以在包括未来纳米米医学在内的各种情况下用于应用的“自下而上的合成细胞”。这两个主题均以基本层面的形式提出，主要是为了向广泛的非专家们介绍，并赞成对这些边界主题的兴趣兴起。
标题人脑的功能干涉扩散波谱
脑血流（CBF）对于大脑功能至关重要，与CBF相关的信号可以告知我们大脑活动。目前，需要高端医学仪器来对成年人进行CBF测量。在这里，我们使用廉价的检测器阵列来介绍并通过头皮引入并收集近红外光，以快速监测编码脑血流索引（BFI）的相干光波动（BFI），CBF的替代物来迅速监测相干的光波动，从而引入并收集了近红外光。与其他功能性光学方法相比，FIDWS测量BFI更快，更深，同时还提供连续的波吸收信号。在3.5 cm的源组合分离处实现明显的脉冲BFI波形，我们证实，光学BFI（而不是吸收）显示出与人脑脑血管生理学一致的分级超碳酸反应，并且BFI比在脑部激活过程中具有更好的对比度。通过低成本提供光学BFI的高通量测量，FIDW将扩大对CBF的访问。
相对于不同组织之间的核DNA量的线粒体DNA拷贝数差异
线粒体DNA是研究和诊断领域的广泛测试的遗传标记。尽管如此，对不同组织中其丰度和质量的了解仍然很少。为了获得有关mtDNA含量和质量的更深入的知识，我们研究了九个组织，包括血液，骨骼，脑，头发（根和轴），心肌，肝脏，肺，肺，骨骼肌，骨骼肌和颊粘膜，以及使用两个实时定量PCR的个体使用，具有不同的基于PCR的个体，具有不同的MTDNA和NDNA和NDNA的ndnna和NDNDNA。结果表明，nDNA的数量是估计个体组织中mtDNA量以及跨个体组织的较弱的替代物。尤其是头发显示出极大的变化，描绘了每个头发碎片的多个mtDNA分子的范围。此外，降解可能会导致PCR可用的片段更少。结果要求在下游基因分型测定之前平行确定mtDNA的数量和质量。
种群动力学和共培养成人和胎儿兔膀胱平滑肌细胞的蛋白质谱
膀胱膨胀是一种具有挑战性的外科手术，专门提供了泌尿科泌尿外科。因此，实验和临床研究集中在膀胱的组织工程上。1这些研究主要涵盖了膀胱组织的体外扩张，并评估它们在膀胱重建中的使用。2-4膀胱壁的组织工程涉及进行活检，扩展细胞，将其播种在合成或天然基质上，并将细胞矩阵复合物植入宿主中。5分别报道了成人组织和胎儿组织替代物的实验用途，以分别报道了膀胱不足或故障。 6-9然而，这些成年和胎儿细胞种群的相互作用尚未得到充分研究。我们以前已经证明，胎儿膀胱平滑肌细胞（SMC）在播种后早早从外植体中出现。然而，成人膀胱SMC的人口加倍时间（PDT）和S相比例比胎儿衍生的细胞短，这表明对这些细胞进行了初步研究
一种工程化的 Cas12i 核酸酶，是动物和植物中有效的基因组编辑工具
VI 型 CRISPR-Cas 系统在基因组编辑方面越来越有吸引力。然而，该系统的天然核酸酶通常效率低下，限制了它们的应用。在这里，我们使用结构引导的合理设计和蛋白质工程来优化一种未表征的 Cas12i 核酸酶 Cas12i3。结果，我们开发了 Cas-SF01，这是一种 Cas12i3 变体，在哺乳动物细胞中表现出显著改善的基因编辑活性。与 SpCas9 和其他 Cas12 核酸酶相比，Cas-SF01 显示出相当或更优异的编辑性能。与天然 Cas12i3 相比，Cas-SF01 具有扩展的 PAM 范围，并能有效识别 NTTN 和非规范 NATN 和 TTVN PAM。此外，我们还发现了一种氨基酸替代物 D876R，它显著降低了脱靶效应，同时保持了较高的靶向活性，从而开发出了 Cas-SF01 HiFi（高保真 Cas-SF01）。最后，我们表明 Cas-SF01 在小鼠和植物中具有较高的基因编辑活性。我们的结果表明，Cas-SF01 可以作为一种强大的基因编辑平台，具有高效性和特异性，适用于各种生物体的基因组编辑应用。
图形卷积网络用于模拟多孔介质中的多相流量和传输
多孔介质中多相流体动力学的数值模拟对于地球地下的许多能量和环境应用至关重要。数据驱动的次要模型为高保真数字模拟器提供了计算廉价的替代方案。虽然常用的卷积神经网络（CNN）在近似部分微分方程解决方案方面具有强大的功能，但CNN处理不规则和非结构化的模拟网格仍然具有挑战性。然而，地球地下的模拟模型通常涉及与复杂的网格网格的非结构化网格，从而限制了CNN的应用。为了应对这一挑战，我们基于图形卷积网络（GCN）构建了替代模型，以近似多孔介质中多相流和传输过程的空间 - 周期解。我们提出了一种适合耦合PDE系统双曲线特征的新GCN体系结构，以更好地捕获传输动力学。2D异质测试案例的结果表明，我们的替代物以高精度预测压力和饱和状态的演变，并且预测的推出对于多个时间步中仍然稳定。此外，基于GCN的模型可以很好地推广到训练数据集中看不见的不规则域几何和非结构化网格。