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通过替换 PHO4 基因，利用工业工程酿酒酵母提高甘蔗糖蜜乙醇产量
甘蔗糖蜜（SCM）是制糖过程中的副产品，总糖浓度约为50%。8 由于含糖量高，SCM已成为中国、巴西等国家生产非食品生物乙醇的主要原料。9 中国每年的SCM产量约为380万吨，是广西等蔗糖主产区乙醇发酵的主要原料。10 利用该原料生产乙醇具有来源集中、成本低的优势，在一定程度上可以解决制糖工业对环境的直接污染问题，将废弃物转化为有用资源，从而有可能提高经济效益。然而，SCM生物乙醇行业仍存在乙醇发酵水平低和环境污染严重的两个难题，这主要是由于缺乏高性能的工业酵母菌株造成的。酿酒酵母是工业生产生物乙醇最常用的微生物。各种研究表明，酿酒酵母菌株从 SCM 发酵中获得的乙醇含量 (EC) 约为 79.25 – 96.29 g L 1 。11,12 巴西最佳工业酿酒酵母菌株为 CAT1 和 PE2，EC 分别为 79.25 g L 1 和 77.35 g L 1 。11,13 此外，苏格兰 M 型野生酿酒酵母的 EC 为 82.17 g L 1 。14
DD 表格 2910-1，“丢失的 DD 表格 2910 的替换，受害者报告偏好声明”
估计此次信息收集的公共报告负担平均为每份回复 30 分钟，包括审查说明、搜索现有数据源、收集和维护所需数据以及完成和审查信息收集的时间。请将关于此负担估计或本次信息收集任何其他方面的评论（包括减轻负担的建议）发送至国防部华盛顿总部服务处，地址为 whs.mc-alex.esd.mbx.dd-dod-informationcollections@mail.mil。受访者应注意，尽管法律有其他规定，但如果信息未显示当前有效的管理和预算办公室控制编号，则任何人均不会因未遵守信息收集而受到任何处罚。
用脱氨酶替换 SpCas9 HNH 结构域可生成具有替代靶向范围的紧凑型碱基编辑器
碱基编辑器是 RNA 引导的脱氨酶，可实现位点特异性核苷酸转换。这些 Cas 脱氨酶融合蛋白的靶向范围主要取决于靶基因座处原间隔区相邻基序 (PAM) 的可用性，并且仅限于 CRISPR-Cas R 环内的窗口，其中单链 DNA (ssDNA) 可供脱氨酶接触。在这里，我们推断 Cas9-HNH 核酸酶结构域在空间上限制了 ssDNA 的可及性，并证明省略该结构域会扩大编辑窗口。通过将 HNH 核酸酶结构域与单体或异二聚体腺苷脱氨酶交换，我们还设计了具有 PAM 近端移位编辑窗口的腺嘌呤碱基编辑器变体 (HNHx-ABE)。这项工作扩展了碱基编辑器的靶向范围，并提供了明显更小的碱基编辑器变体。此外，它还提供了 Cas9 蛋白质工程的未来潜在方向，其中 HNH 结构域可以被作用于 ssDNA 的其他酶取代。
利用双主键编辑对大型 DNA 序列进行可编程删除、替换、整合和反转
与疾病相关的人类遗传变异范围从单碱基对替换到兆碱基重复、缺失和重排 1-3 。可以在人类细胞中安装、纠正或补充这些致病变异的基因编辑方法有可能促进对遗传疾病的了解，也可能实现新的治疗方法 4、5。过去十年来，已经开发出几种基于 CRISPR-Cas 系统的哺乳动物细胞基因编辑方法 6，包括核酸酶 7-9 、碱基编辑器 10、11 和主要编辑器 12 ，每种方法都有可能解决一组已知的致病序列变化。CRISPR-Cas 核酸酶（如 Cas9）可用于通过创建导致不受控制的插入/缺失混合的 DSB 来破坏基因。此外，配对的 Cas9 核酸酶策略可以介导长度从约 50 到 > 100,000 个碱基对的基因组 DNA 序列的靶向删除 13 。通过提供线性供体 DNA 序列，可以通过末端连接或同源性定向修复 (HDR) 过程在单个切割位点或成对切割位点之间定向插入新的 DNA 序列 14, 15。单核酸酶和成对核酸酶编辑方法虽然用途广泛，但它们也存在相当大的缺点。DNA 供体敲入伴随着高效的 indel 副产物 16，因为在大多数细胞类型中，HDR 与末端连接过程相比通常效率低下 17, 18。使用成对核酸酶进行靶向删除会产生多种副产物 13, 19，而且缺失的精确位置受到 PAM 可用性的限制。此外，在靶位或脱靶位点的 DSB 可促进大面积缺失 20-22、染色体异常 23、24 和染色体碎裂 25。 DSB 倾向于生成不良副产物和染色体改变的复杂混合物 26 - 28，这在应用基于核酸酶的编辑来操作较大的 DNA 序列时带来了相当大的挑战，特别是在治疗环境中。
3D打印功能分级的材料的特性，用于替换核反应器中不同金属焊接
大多数反应器中不同的金属焊缝是低合金钢零件和不锈钢管道之间的连接。造成不同金属焊接接头材料特性差异引起的残余应力造成的原发性水应力腐蚀破裂（PWSCC）损害很高。在世界范围内报告了许多事故，例如由于PWSCC引起的放射性冷却液泄漏，对核安全构成了巨大威胁。这项研究的目的是通过使用由金属3D印刷制造的功能分级材料（FGM）代替现有的不同金属零件来从根本上清除不同的金属焊缝的技术，该焊接由低合金钢和高质量不锈钢制成。进行了粉末的产生，混合比计算和金属3D打印，以制造低合金钢钢钢FGM，以及对FGM的热膨胀（CTE）测量的微结构分析，机械性能和系数。结果，观察到，随着FGM中的奥氏体含量的增加，CTE倾向于增加。FGM中热膨胀系数的逐渐变化表明，使用3D打印的添加剂制造可有效防止其整个层的热膨胀性能突然变化。关键字：功能分级材料（FGM）; PWSCC; 3D打印；反应堆;热膨胀系数（CTE）
使用 Cas9 和 AAV 研究全长 CFTR cDNA 替换引起的不利基因组和调控变化
一种替代全长 CFTR cDNA 的“通用策略”可治疗 99% 以上的囊性纤维化 (pwCF) 患者，无论他们的具体突变如何。基于 Cas9 的基因编辑被用于在气道基底干细胞的 CFTR 基因座处插入 CFTR cDNA 和截短的 CD19 (tCD19) 富集标签。该策略将 CFTR 功能恢复到非 CF 水平。在这里，我们通过评估 CFTR cDNA 插入后的基因组和调控变化来研究这种方法的安全性。首先通过使用 CAST-seq 量化基因重排来评估安全性。在验证编辑和富集的气道细胞中恢复的 CFTR 功能后，使用 ATAC-seq 表征 CFTR 基因座开放染色质谱。使用 scRNA-seq 评估编辑细胞中的再生潜力和差异基因表达。 CAST-seq 发现 0.01% 的等位基因发生易位，主要发生在非致癌脱靶位点，1% 的等位基因发生大量插入缺失。分化气道上皮细胞的开放染色质谱除 CFTR cDNA 和 tCD19 盒对应的区域外，没有出现明显变化，表明基因调控没有可检测到的变化。编辑后的干细胞产生的气道细胞类型与对照相同，基因表达的改变最小。总体而言，通用策略显示出轻微的不良基因组变化。
经导管主动脉瓣替换后，具有新产生的经导管心脏瓣膜的性别差异：系统评价和荟萃分析
1升天圣弗朗西斯医院，内科住院医师计划，埃文斯顿，美国伊利诺伊州60202，美国2巴塞特医疗保健网络，内科内科住院医师计划，纽约，纽约，纽约，13326，美国3美国3阅读医院 - 塔及其内科医学居留计划，西部雷丁，宾夕法尼亚州西部地区，19611年，美国4号Cardiov cardiov linda linda linda linda，linda linda，carever，犹他州大学盐湖城医学院医学，UT 84112，美国6心血管医学司，南加州大学，洛杉矶，加利福尼亚州洛杉矶，加利福尼亚州90007，美国7 Rush University Medical Center，Chicago Chicago，IL 60612，美国60612，美国8 Asciension Saint Saint Saint Saint Francis医院，心脏血管内医学部angkawipa.t@gmail.com
通过 CRISPR/Cas 介导的同源重组在模型硅藻 Thalassiosira pseudonana 中进行有效的基因替换
CRISPR/Cas 能够对包括模型硅藻 Thalassiosira pseudonana 在内的许多不同植物和藻类进行靶向基因组编辑。然而，迄今为止，仅报道了通过同源重组 (HR) 实现的有效基因靶向适用于单倍体生命周期阶段的光合生物。在这里，使用 Golden Gate 克隆组装的 CRISPR/Cas 构建体能够在二倍体光合生物中实现高效的 HR。使用序列特异性 CRISPR/Cas 并与 dsDNA 供体基质配对，在 T. pseudonana 中诱导同源重组，从而用抗性盒 (FCP: NAT) 替换 silacidin、硝酸还原酶和脲酶基因。通过嵌套 PCR 筛选出高达约 85% 的 NAT 抗性 T. pseudonana 菌落对 HR 呈阳性。使用反向 PCR 方法确认了 FCP: NAT 在每个位点的精确整合。硝酸还原酶和尿素酶基因的敲除分别影响了硝酸盐和尿素的生长，而 T. pseudonana 中 silacidin 基因的敲除导致细胞尺寸显著增加，证实了该基因在中心硅藻中调节细胞尺寸的作用。HR 的高效基因靶向使 T. pseudonana 像 Nannochloropsis 和 Physcomitrella 一样易于遗传处理，从而迅速推进了功能性硅藻生物学、生物纳米技术和生物技术应用，这些应用旨在利用硅藻的代谢潜力。
新加坡-AIP-Amendment-02-2024.pdf
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利用 5'UTR 二级结构精确滴定救援蛋白翻译的单转录本敲低-替换策略
基因治疗的一个主要目标是用功能性基因替换有缺陷的基因。一个重大的障碍是，蛋白质的表达不足或过度表达可能像编码突变一样容易导致疾病。目前显然需要将经过实验验证的基因治疗策略转化为临床应用。为了解决这个问题，我们开发了一个模块化的单转基因表达系统，用于用生理表达的变体替换目标基因。为了实现这一点，我们首先设计了一系列 5'UTR“衰减器”序列，这些序列可以预测地减少配对基因的翻译。这些序列通过允许控制高表达、普遍存在的启动子的翻译，提供了广泛的通用用途。重要的是，我们证明这允许通过在单个转录本上将 microRNA 适应的 shRNA 与其各自的替代基因配对来实现全新的敲除和救援应用。这种矫正方法的一个值得注意的候选对象是退行性且致命的运动神经元疾病 ALS。很大一部分非特发性 ALS 病例是由 SOD1 基因的各种突变引起的，随着治疗 ALS 的临床试验的启动，重要的是要考虑到功能丧失机制对其病理的影响与任何其他因素一样大。作为治疗由异质突变引起的单基因疾病的通用方法，我们通过改变衰减剂的强度证明了对稳定细胞系中 SOD1 替换的完全和可预测的控制。