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马尔贝克葡萄品种的二倍体基因组组装使得能够对克隆表型变异背后的转录组差异进行单倍型感知分析
为了保留其品种属性，已建立的葡萄品种（Vitis vinifera L. ssp. vinifera）必须进行克隆繁殖，因为它们的基因组是高度杂合的。马尔贝克是一种源自法国的品种，因生产高品质的葡萄酒而受到赞赏，是品种 Prunelard 和 Magdeleine Noire des Charentes 的后代。在这里，我们将 PacBio 长读段三重合并到从父母遗传的两个单倍体补体中，构建了马尔贝克的二倍体基因组组装。经过单倍型感知的重复数据删除和校正后，获得了两个单倍相的完整组装，且单倍型转换错误率非常低（< 0.025）。单倍相比对确定了 > 25% 的多态性区域。基因注释（包括 RNA-seq 转录组组装和从头算预测证据）导致两个单倍相的基因模型数量相似。利用注释的二倍体组装体对四个表现出浆果组成特征差异的马尔贝克克隆种质进行转录组比较。使用任一单倍体作为参考对成熟果皮转录组进行分析，得到了相似的结果，尽管观察到了一些差异。特别是，在仅以 Magdeleine 遗传单倍型为参考鉴定的差异表达基因中，我们观察到假设的半合子基因的过度表达。克隆种质 595 的浆果花青素含量较高，与脱落酸反应增加有关，可能导致观察到的苯丙烷代谢基因的过度表达和与非生物应激反应相关的基因的失调。总体而言，结果强调了生产二倍体组装体的重要性，以充分代表高度杂合的木本作物品种的基因组多样性并揭示克隆表型变异的分子基础。
单倍型解析基因组组装和 VitExpress 的实现，VitExpress 是一个用于葡萄的开放式交互式转录组平台
与大多数作物不同，由于葡萄的杂合性，传统育种对葡萄的益处甚微。令人惊讶的是，我们今天看到的主要栽培葡萄品种与几个世纪前一样；它们缺乏适应不断变化的环境的特性。然而，气候变化和对环境的担忧要求葡萄栽培进行重大变革，需要过渡到基于知识的概念和先进的基因组学工具。我们在此报告了两种葡萄品种的单倍型解析基因组组装的生成以及 VitExpress 的建立，VitExpress 是一个开放的交互式转录组学平台，提供基因组浏览器和集成的网络工具，用于表达分析和基因相关性研究。这些社区资源和工具预计将促进葡萄研究的几个领域的进步。
CEP290 相关视网膜变性的基因编辑
方法 我们进行了一项 1-2 期开放标签单次递增剂量研究，其中患有由纯合或复合杂合 IVS26 变异引起的 CEP290 相关遗传性视网膜变性的 3 岁或以上人群，在病情较重的（研究）眼睛接受 EDIT-101 视网膜下注射。主要结果是安全性，包括不良事件和剂量限制性毒性作用。关键的次要疗效结果是最佳矫正视力相对于基线的变化、使用全视野刺激测试 (FST) 检测到的视网膜敏感度、Ora-视觉导航挑战移动性测试的得分、以及美国国家眼科研究所视觉功能问卷-25（成人）或儿童视觉功能问卷（儿童）的视觉相关生活质量评分。
遗传和分子诊断 - 癌症诊断，预后和治疗选择的测试
（恒河猴）RH系统包括RBC上发现的100多个抗原品种。RHD是最常见和最免疫原性的。当人们在RBC上具有RHD抗原时，它们被认为是RHD阳性的；如果他们的RBC缺乏抗原，则将其视为RHD-负。RHD抗原是以常染色体主导的方式遗传的，一个人可能是杂合（DD）（占Rh阳性的人的60％）或纯合（DD）（大约40％的RH阳性人）。纯合子总是将RHD抗原传递到其后代，而杂合子有50％的机会将抗原传递到其后代。RHD阴性的人没有RH抗原。尽管命名法是指rhd阴性为DD，但没有小的D抗原（即，它们缺乏RHD基因和相应的RHD抗原）。
大规模化学基因组适应度特征的比较
然而，由于 NIBR HIP 筛选包括删除必需和非必需基因的杂合菌株（如上所述），当我们将共享化合物的 HIP 和 HOP NIBR 数据集合并时，仍保留了 2725 个完整的 HIPHOP 筛选，涵盖 1771 种不同的化合物。然而，~56% 的 NIBR 筛选库（代表 596 种化合物）实际上可以被视为重复筛选，因为它们表现出与真实重复相当的相关性，即使它们是在不同浓度下筛选的。例如，当以不同的浓度筛选特定化合物时，我们会观察到这种“实际重复”，但抑制水平是可比的。支持这一观察的是，大多数这样的“重复”聚集在一起（~65%；如果至少有一对聚集在一起，则包括具有多个重复的重复）。鉴于这些实验注意事项，信息数据点
简介 Hb G-Makassar β-珠蛋白的检测...
我们的 Hb G-Makassar 直接编辑策略证明了电穿孔后 CD34 + 细胞单个碱基的高编辑效率，这种效率在杂合和纯合镰状细胞的红细胞分化过程中得以维持。此外，我们还能够通过一种新型 UPLC 方法和 LC-MS 解析并确认 Hb G-Makassar b 珠蛋白变体的安装。我们证明，在高编辑效率下，可以实现高双等位基因编辑，将 HbS 珠蛋白水平降低至 <15%，并减少暴露于缺氧条件下的编辑细胞的体外镰状化。结合自体干细胞移植，将致病镰状细胞突变直接编辑为自然发生且无症状的 Hb G-Makassar 是一种有前途的镰状细胞患者新治疗模式。
二甲双胍可以减轻由PCK2缺乏引起的骨骼发育不良
作为糖异生的重要酶，线粒体磷酸烯醇丙酮酸羧化酶（PCK2）具有进一步的复杂功能，超出了葡萄糖代谢的调节。在这里，我们报告了成骨细胞中PCK2的条件敲除导致一种表现为颅面畸形，长骨损失和骨髓脂肪细胞积累的病理表型。PCK2的消融改变了发展骨的代谢途径，尤其是脂肪酸代谢。然而，二甲双胍治疗可以减轻胚胎和产后杂合敲除小鼠的骨骼发育不良，至少部分通过AMPK信号通路部分。总体而言，这些数据表明PCK2对于骨发育和代谢稳态是关键，并建议调节二甲双胍介导的信号传导可以提供一种新颖而实用的策略来治疗代谢骨骼功能障碍。
svvalidation：一种基于长阅读的基因组结构变异的验证方法
尽管已经开发出各种方法来检测基因组序列中的结构变化（SV），但很少使用来验证这些结果。几个常用的SV呼叫者会产生许多假阳性SV，而现有的验证方法不够准确。因此，高效且准确的验证方法至关重要。在响应中，我们提出了Svvalidation，这是一种使用长阅读测序数据来验证SVS具有更高准确性和效率的新方法。与现有方法相比，Svvalidation在验证重复区域的SV方面的性能更好，并且可以确定SV的纯合性或杂合性。此外，Svvalidation在所有数据集中提供了最高的召回，精度和F1得分（提高7-16％）。此外，SVVALITATION适用于不同类型的SV。该程序可从https://github.com/ nwpuzhengyan/svvalidation获得。
TruSight 肿瘤学综合 - accessdata.fda.gov
– 如果肿瘤含量（按面积计算）低于 20%，则可能无法可靠地检测到体细胞驱动突变。 • 尚未评估 TSO Comprehensive 在接受器官或组织移植的患者样本中的表现。 • 尚未确定变异等位基因频率 (VAF) 低于 5% 的小 DNA 肿瘤分析变异的准确性。 • 仅在脑组织中确定了 RNA 中 EGFRvIII 剪接变异的准确性。 尚未确定其他组织类型中 EGFRvIII 的准确性。 • 已在细胞系中确定了插入 1-2 个碱基对和二核苷酸重复的检测限 (LoD) • 污染检测可能受以下因素影响： – 在高度重排的基因组中，存在缺失和杂合性缺失，TSO Comprehensive 软件可能会错误地