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要解决正在进行的全球生物多样性危机,必须以强大的信息为基础保护方法(Buxton等,2021)。动物福利,渔业管理,海鲜可追溯性以及许多其他组织在很大程度上依赖于精确识别鱼(Ward等,2009)。常规的形态分类法仅限于描述隐性物种,少年或加工的海鲜物品(Costa&Carvalho,2007年)。关于垂钓者捕获率和物种组成的统计数据已被广泛用于监测商业和娱乐性重要物种的丰富性变化(Beaudreau&Levin,2014; Florisson,2015; Kroloff,2016; Kroloff,2016; Thurstan et al。,2016; Quinn,2018; Quinn,2018; Chan et al.Chan et al。,2019年; Re.e rece and''DNA条形码,使用线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因已成为可靠的方法
该协议集合描述了达尔文生命项目中DNA条形码的标准操作程序。SOP涵盖了海洋生物协会的大型藻类和海洋生物,真菌和地衣的条形码,牛津大学的生物,爱丁堡皇家植物园的植物和地衣在伦敦自然历史博物馆的植物和地衣。
。CC-BY 4.0国际许可证。根据作者/资助者提供了预印本(未经同行评审的认证)提供的,他已授予Biorxiv的许可证,以在2025年2月8日发布的此版本中在版权所有者中显示预印本。 https://doi.org/10.1101/2025.02.07.636998 doi:Biorxiv Preprint
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自然界分布稀疏的树突属是最大的兰花科之一。DNA条形码可能是快速,准确鉴定树突物种的最佳选择。本研究的目的是使用DNA条形码技术来描述树突物种。在这里,我们使用了dendrobium sp的标本。从Makawanpur的Brindaban植物园(540 m ASL)收集为测试对象。我们从标本中放大并测序了三个叶绿体基因座,RBCL(Rorose-1,5-双磷酸羧化酶),MATK(成熟酶K)和PSBA-TRNH(基因间间隔)。我们从NCBI中检索了十二个质体序列,代表了六种树枝状物种(D. Candidum,D。Crepidatum,D。Chrysanthum,D。Denneanum,D。Fimbriatum和D. Moschatum)在尼泊尔报道。同样,还检索了一个质子质体的质体胶质体,以用作组外。从每个登录中提取RBCL,MATK和PSBA-TRNH的各个对齐序列。使用Mega X的最大似然方法进行进化分析。结果表明,与用单个基因座序列生成的序列相比,与所有三个基因座(RBCL,MATK和PSBA-TRNH)的组合序列产生的进化树更好。但是,需要其他标记才能提高准确性。
This Study •There are unconfirmed speculations that rays are being used to replace chapínin turnovers.•Detect the presence of Nurse Shark, as protected from fishing, possession, and sale , in shark fillets and shark processed products•A recent study found that nurse sharks were sold to local fish markets (Franqui-Rivera, 2020)•Demonstrates seafood fraud as the prohibited take and sale of a protected species
Avise,J。C.(1989)。分子标记,自然历史和进化。纽约,纽约:施普林格。Bellwood,D。R.和Meyer,C。P.(2009)。 在海洋生物多样性热点中寻找热量。 生物地理学杂志,36,569–576。 https://doi.org/10.1111/j.1365-2699.2008.02029.x Bermingham,E.,McCafferty,S。,&Martin,A。P.(1997)。 鱼类生物地球和分子时钟:来自巴拿马伊斯兰教的观点。 在T. D. Kocher和C. A. Stepien(编辑) ),鱼类的分子系统学(pp。 113–128)。 圣地亚哥,加利福尼亚州:学术出版社。 Bouckaert,R。R.,Heled,J.,Kühnert,D.,Vaughan,T.,Wu,C.-H.,Xie,D. (2014)。 野兽2:用于贝叶斯进化分析的软件平台。 PLOS计算生物学,10,E1003537。 https://doi.org/10.1371/journ al.pcbi.1003537 Chase,J.M。,&Leibold,M。A. (2002)。 空间量表决定了生产力的关系。 自然,416,427–430。 https:// doi。 org/10.1038/416427a Chin,T。C.,Adibah,A。 B.,Danial Hariz,Z。 A.和Siti Azizah,M。N.(2016)。 通过DNA钢筋编码:提高食品市场的透明度来检测马来西亚标记错误的海鲜产品。 食品控制,64,247–256。 https://doi.org/10.1016/j.foodc ont.2015.11.042 Cinner,J.E.,Graham,N.A。J. (2013)。 在珊瑚礁渔业状况下,当地人口密度和与市场距离的全球影响。 罗马。Bellwood,D。R.和Meyer,C。P.(2009)。在海洋生物多样性热点中寻找热量。生物地理学杂志,36,569–576。https://doi.org/10.1111/j.1365-2699.2008.02029.x Bermingham,E.,McCafferty,S。,&Martin,A。P.(1997)。鱼类生物地球和分子时钟:来自巴拿马伊斯兰教的观点。在T. D. Kocher和C. A. Stepien(编辑),鱼类的分子系统学(pp。113–128)。圣地亚哥,加利福尼亚州:学术出版社。 Bouckaert,R。R.,Heled,J.,Kühnert,D.,Vaughan,T.,Wu,C.-H.,Xie,D. (2014)。 野兽2:用于贝叶斯进化分析的软件平台。 PLOS计算生物学,10,E1003537。 https://doi.org/10.1371/journ al.pcbi.1003537 Chase,J.M。,&Leibold,M。A. (2002)。 空间量表决定了生产力的关系。 自然,416,427–430。 https:// doi。 org/10.1038/416427a Chin,T。C.,Adibah,A。 B.,Danial Hariz,Z。 A.和Siti Azizah,M。N.(2016)。 通过DNA钢筋编码:提高食品市场的透明度来检测马来西亚标记错误的海鲜产品。 食品控制,64,247–256。 https://doi.org/10.1016/j.foodc ont.2015.11.042 Cinner,J.E.,Graham,N.A。J. (2013)。 在珊瑚礁渔业状况下,当地人口密度和与市场距离的全球影响。 罗马。圣地亚哥,加利福尼亚州:学术出版社。Bouckaert,R。R.,Heled,J.,Kühnert,D.,Vaughan,T.,Wu,C.-H.,Xie,D.(2014)。野兽2:用于贝叶斯进化分析的软件平台。PLOS计算生物学,10,E1003537。https://doi.org/10.1371/journ al.pcbi.1003537 Chase,J.M。,&Leibold,M。A.(2002)。空间量表决定了生产力的关系。自然,416,427–430。https:// doi。org/10.1038/416427a Chin,T。C.,Adibah,A。B.,Danial Hariz,Z。 A.和Siti Azizah,M。N.(2016)。 通过DNA钢筋编码:提高食品市场的透明度来检测马来西亚标记错误的海鲜产品。 食品控制,64,247–256。 https://doi.org/10.1016/j.foodc ont.2015.11.042 Cinner,J.E.,Graham,N.A。J. (2013)。 在珊瑚礁渔业状况下,当地人口密度和与市场距离的全球影响。 罗马。B.,Danial Hariz,Z。A.和Siti Azizah,M。N.(2016)。通过DNA钢筋编码:提高食品市场的透明度来检测马来西亚标记错误的海鲜产品。食品控制,64,247–256。https://doi.org/10.1016/j.foodc ont.2015.11.042 Cinner,J.E.,Graham,N.A。J.(2013)。在珊瑚礁渔业状况下,当地人口密度和与市场距离的全球影响。罗马。保护生物学,27,453–458。https://doi.org/10.1111/j.1523-1739.2012.01933.x Cinner,J.E.,Huchery,C.,Macneil,M.A.,Graham,N.A.J.世界珊瑚礁之间的亮点。自然,535(7612),416–419。https://doi.org/10.1038/ Natur E18607 Collet,A.,Durand,J.D.,Desmarais,E.DNA条形码在大型后可以改善有关鱼类生物多样性的知识:来自SW印度洋La Reunion的一个例子。线粒体DNA A部分,29(6),905–918。https:// doi。org/10.1080/24701 394.2017.1383406 Collins,R.A。,&Cruickshank,R.H。(2014)。已知已知的未知数未知数未知和未知数在DNA Barcoding中:对Dowton等人系统生物学的评论,63(6),1005–1009。https://doi.org/10.1093/sysy.1093/sysysbi O/syu060 delrieu-delrieu--trottin,E.,e.,j。t。法国波利尼西亚海岸鱼类的DNA条形码参考库。科学数据,6(1),114。https:// doi。org/10.1038/s4159 7-019-0123-5 Di Pinto,A.,Marchetti,P.,Mottola,A.,Bozzo,G.,G.,Bonerba,E.使用DNA条形码在鱼片中的物种鉴定。渔业研究,170,9-13。https:// doi。org/10.1016/j.fishr es.2015.05.006 Durand,J.-D.,Hubert,N.,Shen,K.-N。,&Borsa,P。(2017)。DNA灰色mul虫。《鱼类生物学与渔业》中的评论,27(1),233-243。粮农组织(2018)。https://doi.org/10.1007/s1116 0-016-9457-7 Erdmann,M。,&Allen,G。R.(2012)。 东印度群岛的礁鱼。 珀斯,澳大利亚:嗯。 la Cheation MondialedesPêches等人2018。 atteindre les objectifs dedévelopment耐用。 Ficetola,G。F.,Miaud,C.,Pompanon,F。,&Taberlet,P。(2008)。 使用水样中的环境DNA检测物种。 生物学信,4,423–425。 https://doi.org/10.1098/rsbl.2008.0118 Froese,R。,&Pauly,D。(2014)。 fishbase .http://www.fishb ase.org,electronic版本访问了11/2019。 Fujisawa,T。和Barraclough,T。G.(2013)。 使用Single-Locus数据和广义混合Yule Colescent方法对物种进行分解:对模拟数据集的修订方法和评估。 系统生物学,62(5),707–724。 https://doi.org/10.1093/sysbi o/syt033 Gaboriau,T.,Leprieur,F.,Mouillot,D。,&Hubert,N。(2018)。 物种地理位置对印度太平洋地区珊瑚礁鱼类生物多样性当前模式的影响。 Ecograph,40,1295–1306。 https://doi.org/10.1111/ecog.02589https://doi.org/10.1007/s1116 0-016-9457-7 Erdmann,M。,&Allen,G。R.(2012)。东印度群岛的礁鱼。珀斯,澳大利亚:嗯。la Cheation MondialedesPêches等人2018。atteindre les objectifs dedévelopment耐用。Ficetola,G。F.,Miaud,C.,Pompanon,F。,&Taberlet,P。(2008)。使用水样中的环境DNA检测物种。生物学信,4,423–425。https://doi.org/10.1098/rsbl.2008.0118 Froese,R。,&Pauly,D。(2014)。fishbase .http://www.fishb ase.org,electronic版本访问了11/2019。Fujisawa,T。和Barraclough,T。G.(2013)。使用Single-Locus数据和广义混合Yule Colescent方法对物种进行分解:对模拟数据集的修订方法和评估。系统生物学,62(5),707–724。https://doi.org/10.1093/sysbi o/syt033 Gaboriau,T.,Leprieur,F.,Mouillot,D。,&Hubert,N。(2018)。物种地理位置对印度太平洋地区珊瑚礁鱼类生物多样性当前模式的影响。Ecograph,40,1295–1306。https://doi.org/10.1111/ecog.02589
图 1. a. 带有 poly-A 读数的动态条形码示意图。b. 实验装置的示意图。c. 基于突变特征的条形码比例,结合两个系统的数据:对具有完整 PAM 基序的原型间隔物进行编辑(活性);不存在 PAM 基序(非活性);和未切割的 gRNA(原始)。d. 不同 gRNA 中原始条形码随时间的比例。e. 考虑不同 gRNA 之间的错配、间隙和间隙延伸,条形码随时间的变化。f. 具有 21 bp 间隔物(左)或 26 bp 间隔物(右)的 gRNA 的原始条形码随时间的比例。箱线图按不同时间点的平均间隔物长度着色(Cas9 系统)。g. 原始核苷酸随时间变化的百分比,将间隔物相对于 PAM 序列对齐(Cas9 系统)。h。考虑到按 Cas9 版本分类的所有不同 gRNA,C>T 突变随时间变化的百分比。对于所有箱线图,箱线表示四分位距 (IQR),每个箱线内的水平线表示中位数。
与其他语言一样,条形码技术已发展为适用于不同应用的许多符号体系。已开发了 200 多种不同的条形码符号体系。最熟悉的符号体系是用于食品等消费品的通用产品代码 (UPC)。UPC 标签简单、格式严格,旨在让高度复杂的阅读器读取低质量的标签。商品上的 UPC 代码具有在手持阅读器或多光束扫描仪可以移动到标签上许多位置的环境中使用的优势。可能需要扫描数百次才能确定良好的扫描效果。校验和包含在编码方案中以验证扫描。作为最后的手段,UPC 标签通常具有人可读部分,可由操作员输入到终端中。