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World File Search System条形码
评估内部转录序列（其）作为DNA条形码的有效性以估计真菌多样性
通用系统发育标记，例如核核糖体内部转录序列（ITS），特别是ITS1和ITS2，通常用于估计环境样品中的真菌多样性。然而，许多研究报告了ITS1和ITS2在记录真菌多样性方面的性能和功效上的差异。为了更好地理解使用ITS1与ITS2的含义，需要对多种真菌分类群的全面表示，对于对它们在多个真菌分类单元中使用的荟萃分析是必要的。为了解决这个问题，进行了详尽的文献综述，以比较和对比ITS1和ITS2作为有效的DNA条形码。公开可用的数据集用于合成代表多种真菌分类群的模拟真菌群落，并测试了两个扩增子的功效，并将其与完整的效果进行了比较。这项研究假设ITS1和ITS2对于解决真菌分类单元的分辨率同样有效。具体来说，当比较系统发育分辨率的ITS1和ITS2时，通过两种方法都确定了一组重叠的分类单元，而某些分类单元则由单个其扩增子更好地解决。此处介绍的评估应使读者可以更好地理解ITS1与ITS2在研究真菌多样性和生态学方面的用途和局限性，并使他们能够开发出改进的方法，以更好地分类分辨率，并有助于识别潜在的新物种。
基于模拟群落评估中欧鱼类环境 DNA 条形码的五对引物
环境 DNA (eDNA) 宏条形码已成为检查鱼类群落的有力工具。在将基于 eDNA 的评估引入监管监测环境（例如欧盟水框架指令）之前，需要方法标准化。为了确保方法的准确性并满足监管标准，已经建立了各种采样、实验室和生物信息学工作流程。然而，全面监测鱼类的关键先决条件是选择合适的引物对，以准确识别给定水体中存在的鱼类。过去十年中，发表了针对不同遗传标记区域的各种鱼类特异性引物对。然而，尚未开展专门研究来评估常用鱼类引物对在评估中欧鱼类物种方面的性能。因此，我们创建了一个由 45 种中欧鱼类 DNA 组成的人工“模拟”群落，并检查了五对引物的检测能力和可重复性。我们的研究重点介绍了引物选择和生物信息学过滤对 eDNA 宏条形码结果的影响。在我们研究中评估的五对引物中，tele02（12S 基因）引物对是中欧淡水鱼 eDNA 元条形码的最佳选择。此外，MiFish-U（12S）和 SeaD NA-mid（COI）引物对表现出良好的检测能力和可重复性。然而，特异性较低的引物对（即针对脊椎动物）被发现不太可靠，并产生大量假阳性和假阴性检测。我们的研究说明了如何通过精心选择引物对和生物信息学流程使 eDNA 元条形码成为鱼类监测更可靠的工具。
DNA条形码用于识别和认证药用鹿（Cervus sp。）产品
鹿产品 elaphus）被认为是真正的中国中药（TCM）材料。 鹿具有很高的经济和装饰价值，导致形成了特征性的鹿行业，以在中医，健康食品，宇宙和其他发展和利用领域的处方准备中形成。 由于对鹿生产的需求量很高，产品昂贵且生产有限，但合法使用鹿只限于两种Sika Deer和Red Deer；禁止其他野鹿狩猎，因此有许多伪造产品的混合和掺假案例等。 有很多报道说其他动物（猪，牛，绵羊等） 组织或器官通常用于掺假和混乱，导致鹿传统医学和鹿产品中贸易欺诈的功效不佳。 以快速有效的方式对鹿产物进行身份验证，该分析使用了22种鹿产品（鹿角，肉，骨骼，胎儿，阴茎，尾巴，皮肤和羊毛），它们是盲型样品的形式。 使用修饰方案的总DNA提取，成功地从盲样品中得出了对PCR有用的DNA。 通过BLAST和系统发育聚类分析评估了三个候选DNA条形码基因座，COX1，CYT B和RRN12的歧视强度。 在爆炸分析中，22个盲样品在经过测试的三个基因基因座中获得了100％匹配的身份。 日本和七个被认为起源于西卡鹿的盲样样本被确定为c。elaphus）被认为是真正的中国中药（TCM）材料。鹿具有很高的经济和装饰价值，导致形成了特征性的鹿行业，以在中医，健康食品，宇宙和其他发展和利用领域的处方准备中形成。由于对鹿生产的需求量很高，产品昂贵且生产有限，但合法使用鹿只限于两种Sika Deer和Red Deer；禁止其他野鹿狩猎，因此有许多伪造产品的混合和掺假案例等。有很多报道说其他动物（猪，牛，绵羊等）组织或器官通常用于掺假和混乱，导致鹿传统医学和鹿产品中贸易欺诈的功效不佳。以快速有效的方式对鹿产物进行身份验证，该分析使用了22种鹿产品（鹿角，肉，骨骼，胎儿，阴茎，尾巴，皮肤和羊毛），它们是盲型样品的形式。使用修饰方案的总DNA提取，成功地从盲样品中得出了对PCR有用的DNA。通过BLAST和系统发育聚类分析评估了三个候选DNA条形码基因座，COX1，CYT B和RRN12的歧视强度。在爆炸分析中，22个盲样品在经过测试的三个基因基因座中获得了100％匹配的身份。日本和七个被认为起源于西卡鹿的盲样样本被确定为c。据揭示了12个盲样样品的原始种类正确标记了，而三个被认为起源于红鹿的盲样样品被鉴定为c。Elaphus，Dama Dama和Rangifer Tarandus。DNA条形码分析表明，所有三个基因座都能够区分这两个脑物种并识别出掺假物质的存在。DNA条形码技术能够在识别鹿产物中的原点物种方面提供了一种有用的敏感方法。
MIEM 指南：报告环境元条形码数据的最低限度信息
环境 DNA (eDNA) 和 RNA (eRNA) 宏条形码已成为评估环境样本生物多样性的常用工具，但方法、数据和元数据的记录不一致使得结果难以重现和综合。一个科学家工作组合作制定了一套最低限度的报告指南，涵盖宏条形码工作流程的组成步骤，从实验室的物理布局到数据归档。我们强调报告数据和元数据套件应遵循可查找、可访问、可互操作和可重现 (FAIR) 数据标准，从而为评估和理解研究结果提供背景。概述了每个工作流程步骤的记录注意事项，然后在可随已发表的研究或报告一起提供的清单中进行了总结。确保工作流程透明且有记录对于可重现的研究至关重要，并且应允许更有效地将宏条形码数据纳入管理决策。
通过在史密森尼国家自然历史博物馆收集陆地节肢动物来增强DNA条形码参考库黑暗分类墙中的另一个裂缝：富含物种和普通的eurytomidae（膜翅目，chalcidoidea）的定制DNA条形码方案
DNA条形码是加速物种鉴定和补充物种划界的绝佳工具。此外，DNA条形码参考文献是生物多样性监测，保护或生态学中任何元法编码研究的决定性主链特征。但是，在某些分类单元中，DNA条形码不能以令人满意的成功率产生，因此这些群体将在任何基于条形码的物种清单中都在很大程度上缺少。在这里，我们为eurytomidae（膜翅目，沙尔西多德亚）提供了定制的DNA条形码向前底漆，将高质量DNA条形码的成功率从33％提高到88％。eurytomidae是一种严重研究的，分类学上具有挑战性的，物种丰富的群，主要是寄生的黄蜂。较高的物种数量，多样化的生态作用以及广泛和共同存在确定Eurytomidae是陆地生态系统中众多关键家庭之一。现在可以在研究和监测陆地动物区系时包括eurytomidae，强调基于条形码的方法将需要定期使用不同的引物来避免其数据和推论中的偏见。新的DNA条形码方案也是我们对小组的综合分类研究的先决条件，旨在划界和表征Central