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World File Search System构象
构象-Changes-and-atp-Hydrolysy-in-Zika- ...
摘要我们计算研究Zika NS3解旋酶，这是一种使用ATP水解能进行核酸重塑的生物运动。通过经典和QM/MM模拟，我们探索了图案V的构象局势，该构象形象V连接了用于ATP水解和核酸结合的活性位点的保守环。由元磷酸组形成引发的ATP水解涉及由GLU286质子抽象激活的水分子的亲核攻击。基元V氢键通过Gly415骨干NH组与该水键合，从而有助于水解。当无机磷酸盐从镁离子的配位壳移开时，释放自由能，自由能被释放出来，从而诱导了基序V的构象构象构象构象构象形态的显着转移，以在Gly415 NH和Glu285之间建立氢键。Zika NS3解旋酶充当棘轮生物电动机，其基序V转变由Gly415的γ-磷酸在ATPase位点引导。
构象命令行文档2.3
配置： - keep-Input-sd-tag [= arg（= 1）]保留构象的输入SD标签。- -max-nof-conf arg（= 1）设置要生成的最大构象数。-rmsd-ensemble [= arg（= 1）]计算集合内的最小RMSD。仅当要求2构象异构体带有-max-nof-conf时可用。暗示 - Write-Log-File。-RMSD输入[= arg（= 1）]计算输入构象最接近的集合成员的最小RMSD。暗示 - Write-Log-File。- Write-log-file [= arg（= 1）]编写一个日志文件，其中包含有关构象异构体计算结果的其他信息（例如，每个分子的构象异构体数，如果要求，RMSD）。以相同的基本名称和“ .log”扩展名的输出文件旁边放置日志文件。
与构象相关的自由能概况...
KRAS基因G12突变与多种癌症有关。采用多重复制高斯加速分子动力学（MR-GaMD）模拟研究了G12C、G12D和G12R突变引起的开关结构域构象变化。自由能图表明，与GTP结合的WT KRAS相比，G12C、G12D和G12R诱导的能量状态更高，使开关结构域的构象更加无序，从而干扰KRAS与效应分子的结合。基于MR-GaMD轨迹的动力学分析表明，G12C、G12D和G12R不仅改变了开关结构域的灵活性，而且影响了其运动行为，这表明这三个突变可用于调控KRAS的活性。相互作用网络分析验证了GTP与开关S Ⅰ相互作用的不稳定性在开关结构域的高度无序状态中起着重要作用。此项工作有望为深入了解KRAS的功能提供有用的信息。
人工智能引导的内在构象挖掘
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可下可用（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2021 年 11 月 21 日发布。；https://doi.org/10.1101/2021.11.21.469457 doi：bioRxiv 预印本
分子气相构象合奏
https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2023-hc8jv-v3 orcid：https：//orcid.org/0000-0000-0001-7981-5162不通过chemrxiv peer-review dectect content。 许可证：CC由4.0https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2023-hc8jv-v3 orcid：https：//orcid.org/0000-0000-0001-7981-5162不通过chemrxiv peer-review dectect content。许可证：CC由4.0
DNA 纳米笼的可调构象波动
https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2025-zx11g ORCID：https://orcid.org/0000-0002-0143-8894 内容未经 ChemRxiv 同行评审。许可：CC BY-NC-ND 4.0
含 RGD 延伸肽的构象动力学
摘要：RGD 是用于生物材料中促进细胞粘附的大量三肽的例子，但游离或表面结合的 RGD 三肽的效力比天然蛋白质中的 RGD 结构域低几个数量级。我们设计了一组长度不等的肽，由中心三个残基为 RGD 的纤连蛋白片段组成，以便在不改变结合位点化学环境的情况下改变它们的构象行为。利用这些肽，我们测量了活性位点的构象动力学和瞬态结构。我们的研究揭示了侧翼残基如何影响构象行为和整合素结合。我们发现结合位点的无序对 RGD 肽的效力很重要，并且 RGD 位点附近的瞬态氢键会影响肽的能量景观粗糙度和肽结合。这种现象与长程折叠相互作用无关，有助于解释为什么短结合序列（包括 RGD 本身）不能完全复制细胞外基质蛋白的整合素靶向特性。我们的研究强调肽结合是一个整体事件，在设计功能性生物材料的肽表位时，应考虑比直接参与结合的片段更大的片段。■ 简介
对DNA构象变化的动态见解以及镁离子对
1,2 deen dayal upadhyay gorakhpur大学物理学系，戈拉赫布尔摘要：分子动力学模拟被用来仔细检查DNA链的构象变化，并阐明镁离子对拓扑异构酶IA酶的影响。通过均方根偏差（RMSD），均方根波动（RMSF），氢键距离，二面角和溶剂可访问的表面积（SASA）的计算，我们精心仔细检查了结构动力学。结果揭示了DNA链改变的复杂模式，展示了镁离子在调节拓扑异构酶IA酶行为中的深刻作用。这项研究为控制DNA构象变化的分子机制提供了基本见解，为进一步理解拓扑异构酶IA酶功能的生化复杂性奠定了基础。关键字：拓扑异构酶IA，MD模拟，DNA裂解，基因组稳定性。
使用分子建模方法探索碳水化合物构象和连接
机器学习的最新进展为算法交易开辟了新的可能性，从而在复杂的市场环境中优化了交易策略。本论文旨在通过开发机器学习模型来改善算法交易方法，以实现限制顺序书籍的现实模拟和学习最佳策略。由三篇论文组成，论文结合了理论见解与实际应用。第一篇论文介绍了使用经常性神经网络的限制顺序簿的动态探索的生成模型。该模型通过将每次限制订单簿的每个过渡的概率归结为订单类型，价格水平，订单大小和时间延迟的条件概率的产品，从而捕获了限制订单簿的完整动态。这些条件概率中的每一个都是通过复发性神经网络建模的。此外，本文引入了与订单执行相关的生成模型的几个评估指标。生成模型均经过由马尔可夫模型和纳斯达克斯德哥尔摩交换的真实数据进行的合成数据训练。第二篇论文提出了一种迭代性确定性政策方法，用于金融中随机控制问题，这使临时市场和永久性市场影响不大。该方法基于派生的策略梯度定理，并使用Mini Batch随机梯度下降进行优化。它都应用于OR-der执行和选项对冲，表明了几种目标和市场动态的表现始终如一。第三篇论文研究了具有基于参数的探索的策略梯度方法，其中在情节开始时采样单个确定性策略，并在整个情节中使用。显示了基于参数的和基于操作的外观之间的边际等效性，促进了以基于动作的指示的策略梯度方法的先前建立的收敛结果的适应。在温和的假设下呈现到一阶固定点的收敛速率，并且在引入的Fisher-Non-Non-depentore条件下建立了全球收敛，以基于参数 - 基于参数。
生物分子冷凝物的固有无序蛋白质的构象熵
最近已经发现，真核细胞宿主具有多种生物分子冷凝水。这些冷凝水通常包含具有内在无序区域（IDR）的蛋白质和/或RNA成分。虽然已经提出并证明了IDR在冷凝物生物学中扮演许多角色，但我们在这里建议IDR的另外至关重要的作用，这是将不需要的“入侵者”排除在冷凝水之外。这种排除效应来自IDR的较大构象熵，即，占用空间的自由能成本很高，否则IDR将可以使用。通过将聚合物理论与贴纸模拟相结合，我们表明，相关的插入自由能随着冷凝水中的IDR浓度以及入侵者的大小而增加，从而使大型入侵者的表面积达到线性缩放。我们发现，在逼真的IDR浓度下，颗粒的颗粒与平均蛋白质的大小（直径为4 nm）可以超过97％，将其排除在冷凝水之外。要克服这种熵屏障，分子必须与凝聚力成分相互作用，以招募作为客户进入冷凝水。将开发的尺寸排斥理论应用于生物冷凝水中表明，冷凝水IDR可能在生物体和冷凝物类型中起一般的排他性作用。