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在光谱可寻址分子多量子比特模型系统中建模构象灵活性
摘要：偶极耦合多自旋系统具有用作分子量子比特的潜力。本文我们报告了一种分子多量子比特模型系统的合成，该系统具有三个可单独寻址、弱相互作用、自旋 1 = 2 中心，这些中心具有不同的 g 值。我们使用脉冲电子顺磁共振 (EPR) 技术来表征和分别处理各个电子自旋量子比特；Cu II、Cr 7 Ni 环和氮氧化物，以确定量子比特间偶极相互作用的强度。在 Cu II 光谱上检测的方向选择性弛豫诱导偶极调制增强 (os-RIDME) 揭示了强相关的 Cu II -Cr 7 Ni 环关系；对氮氧化物共振进行检测测量了氮氧化物和 Cu II 或氮氧化物和 Cr 7 Ni 环的相关性，并根据不同的弛豫动力学切换相互作用，这表明可以实现基于 EPR 的量子信息处理（QIP）算法。
与构象相关的自由能概况...
KRAS基因G12突变与多种癌症有关。采用多重复制高斯加速分子动力学（MR-GaMD）模拟研究了G12C、G12D和G12R突变引起的开关结构域构象变化。自由能图表明，与GTP结合的WT KRAS相比，G12C、G12D和G12R诱导的能量状态更高，使开关结构域的构象更加无序，从而干扰KRAS与效应分子的结合。基于MR-GaMD轨迹的动力学分析表明，G12C、G12D和G12R不仅改变了开关结构域的灵活性，而且影响了其运动行为，这表明这三个突变可用于调控KRAS的活性。相互作用网络分析验证了GTP与开关S Ⅰ相互作用的不稳定性在开关结构域的高度无序状态中起着重要作用。此项工作有望为深入了解KRAS的功能提供有用的信息。
对二聚体受体及其聚合物太阳能电池的构象的效率超过18％
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人工智能引导的内在构象挖掘
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可下可用（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2021 年 11 月 21 日发布。；https://doi.org/10.1101/2021.11.21.469457 doi：bioRxiv 预印本
Kim，B。H.，Choi，Y.H.，Yang，J.J.，Kim，S.，Nho，K.，Lee，J.M。，＆Alzheimer's Disision神经影像学计划。 （2020）。识别新的Gen 尼古丁促进了链球菌链球菌外多糖合成，细胞聚集和总乳酸脱氢酶活性 道路建设项目的临时交通控制装置检测 骨细胞EGLN1/PHD2通过FGF23 辐射诱导的光子疗法与质子治疗的淋巴细胞减少症患者患者 燃烧的余烬：朝着更透明和强大的气候变化风险评估 硬化蛋白耗竭会诱导小鼠的骨髓炎症 等离子体P-TAU217预测常染色体显性阿尔茨海默氏病的体内脑病理学和认知 使用与身体部位的约束融合进行自动驾驶的计算有效的行人检测 通过联合多任务稀疏规范相关分析和分类来识别诊断特异性基因型 - 表型关联 非遗传性视网膜疾病的基因治疗 结合tau低聚物并抑制供体提取物的病理播种的构象抗体的晶体结构 祖先古细菌用吡咯氨酸扩大了遗传密码 贝叶斯自适应阶段I/II/II临床试验设计延迟...
Kim，B。H.，Choi，Y.H.，Yang，J.J.，Kim，S.，Nho，K.，Lee，J.M。，＆Alzheimer's Disision神经影像学计划。 （2020）。 鉴定了与阿尔茨海默氏病中皮质厚度相关的新型基因：系统生物学方法的神经影像学方法。 阿尔茨海默氏病杂志，75（2），531-545。 https://doi.org/10.3233/jad-191175Kim，B。H.，Choi，Y.H.，Yang，J.J.，Kim，S.，Nho，K.，Lee，J.M。，＆Alzheimer's Disision神经影像学计划。（2020）。鉴定了与阿尔茨海默氏病中皮质厚度相关的新型基因：系统生物学方法的神经影像学方法。阿尔茨海默氏病杂志，75（2），531-545。 https://doi.org/10.3233/jad-191175
R环形成的机制和Cas9 的构象激活 原发性纤毛通过Wnt信号通路促进人类神经元的分化 使用方向性和可扩展深度阵列传感局部场电位：disc 增加对免疫检查点抑制剂的反应增加了饮食中的蛋氨酸限制 有效的CRISPR/CAS12A基于甲虫中代谢工程的基因组编辑工具箱
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证。是根据作者/资助者提供的预印本（未经Peer Review的认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2021年9月16日发布的此版本中在版权所有者中显示预印本。 https://doi.org/10.1101/2021.09.16.460614 doi：biorxiv Preprint
BTK 活性位点抑制剂对全长 BTK 构象状态的不同影响
摘要布鲁顿酪氨酸激酶 (BTK) 是治疗 B 细胞疾病（包括白血病和淋巴瘤）的靶向药物。目前已获批准的 BTK 抑制剂，包括伊布替尼（一种首创的 BTK 共价抑制剂），可直接与激酶活性位点结合。虽然药物结合可有效阻断 BTK 的催化活性，但药物结合对全长 BTK 整体构象的影响尚不清楚。在这里，我们发现了一组活性位点抑制剂在全长 BTK 中引起的一系列构象效应，包括调节域构象平衡的大规模转变。此外，我们发现 BTK SH2 结构域中的远程伊布替尼抗性突变 T316A 通过破坏全长 BTK 的紧凑自抑制构象来驱动虚假的 BTK 活性，使构象集合远离自抑制形式。 BTK 抑制剂的未来开发将需要考虑抑制剂结合的长期变构后果，包括这些 BTK 抑制剂在治疗 COVID-19 中的新兴应用。
慢交换构象开关通过高保真 Cas9 调控脱靶切割
。CC-BY 4.0 国际许可（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2020 年 12 月 7 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.12.06.413757 doi：bioRxiv 预印本
Src 激酶构象失活的全原子自适应偏置路径优化：αC 螺旋和活化环协同运动中的开关静电网络
我们采用一种通过精心选择的约化变量空间来优化构象途径的方法，以增进我们对蛋白质构象平衡的理解。自适应偏置路径优化策略利用约化变量空间中路径区域的无限制增强采样来确定两个稳定终态之间的宽路径。应用于 Src 酪氨酸激酶催化结构域的失活转变揭示了对这种研究透彻的构象平衡的新见解。通过识别沿路径的运动和结构特征获得的机制描述包括支持转变的切换静电网络的细节。沿路径的自由能垒来自螺旋 α C 的旋转，它与活化环 (A 环) 以及 C 叶远端区域的运动紧密相关。约化变量的路径轮廓清楚地显示了高度相关的运动。网络中残基之间的静电相互作用交换是这些相互依赖运动的关键。此外，全原子模型在定义路径时提高的分辨率显示出 A 环运动的多个组成部分，并且 A 环的不同部分在整个路径的长度上做出贡献。
螺旋 10 区域作为 A 类 β-内酰胺酶抑制剂结合变构位点的构象动力学
摘要：β-内酰胺酶抑制蛋白（BLIP）能有效灭活A类β-内酰胺酶，但效力程度差异很大。了解BLIP在A类β-内酰胺酶抑制中的不同作用可以为抑制剂设计提供参考。然而，基于X射线晶体学获得的静态结构，这个问题很难得到解决。在本研究中，离子迁移质谱、氢氘交换质谱和分子动力学模拟揭示了三种A类β-内酰胺酶的构象动力学，BLIP对它们的抑制效率不同。与TEM1和SHV1相比，PC1的构象更长。几个重要的环区域的局部动力学不同，即突出环、H10环、Ω环和SDN环。与BLIP结合后，这些环协同重排以增强结合界面并使催化位点失活。具体来说，在 SHV1 和 PC1 的突出环中发现构象动力学的不利变化，从而导致结合效果降低。有趣的是，BLIP 上的单个突变可以补偿该区域的不利变化，从而表现出对 SHV1 和 PC1 的增强的抑制作用。此外，还揭示了 H10 区域是一个重要的变构位点，可以调节 A 类 β-内酰胺酶的抑制作用。这表明刚性的突出环和灵活的 H10 区域可能是有效抑制 TEM1 的决定因素。我们的研究结果为 β-内酰胺酶的构象动力学及其与 BLIP 的结合提供了独特而明确的见解。这项工作可以扩展到其他感兴趣的 β-内酰胺酶并启发新型抑制剂的设计。