(未经同行评审认证)是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2024 年 12 月 21 日发布。;https://doi.org/10.1101/2024.12.19.629292 doi:bioRxiv preprint
脆性 X 综合征 (FXS) 是一种遗传性疾病,由 X 染色体上的脆性 X 信使核糖核蛋白 1 (FMR1) 基因突变引起,导致智力障碍、行为障碍和独特的身体特征。该基因编码 FMRP 蛋白,该蛋白对于调节突触功能和可塑性至关重要。1,2 在 FXS 中,CGG 三核苷酸重复扩增超过 200 次重复会导致 FMR1 基因启动子区域高甲基化,从而导致转录沉默和随后的 FMRP 缺失。3 这种缺失会破坏对 mRNA 翻译的正常抑制,导致突触处各种蛋白质的过度合成。这些蛋白质的过量产生会干扰突触信号传导和可塑性,导致 FXS 中观察到的认知障碍和行为特征。4
遗传控制 - 故意引入遗传特征来控制害虫或媒介种群 - 提供了一种强大的工具来增强传统的质量控制工具,这些工具已成功减轻了疟疾负担,但由于一系列操作挑战而损害了疟疾负担。自我维持的遗传控制策略在实验室环境中显示出很大的潜力,但是由于其侵入性和持久性而导致的犹豫可能会延迟其实施。在这里,我们描述了一种自限制策略,该策略旨在基于Y染色体链接的基因组编辑器(YLE)具有地理和时间限制的效果。YLE包括一个CRISPR-Cas9构建体,该构建体始终由男性遗传,但产生了常染色体显性突变,该突变被传播到后代的90%以上,并导致女性特异性无菌。据我们所知,我们的系统代表了Y染色体工程中的一种培养方法,以生成蚊子的遗传控制菌株。数学建模表明,这种YLE技术对人口抑制的有效效果高于其他自限制策略的最佳版本,例如广泛使用的无菌昆虫技术或携带主要致命基因的昆虫的释放。
基因组编辑可以对内源性顺式调控元件进行序列功能分析,从而推动对其机制的理解和基因疗法的发展。然而,这些方法不能与染色质结构和长单分子染色质纤维可及性的直接可扩展读数相结合。在这里,我们利用双链 DNA 胞嘧啶脱氨酶通过靶向 PCR 和长读测序以高深度和分辨率分析内源性目标基因座的染色质可及性,我们将这种方法称为靶向脱氨酶可及染色质测序 (TDAC-seq)。TDAC-seq 凭借目标基因座的高序列覆盖率,可以与 CRISPR 扰动独特地整合,从而实现顺式调控元件的功能解剖,其中遗传扰动及其对染色质可及性的影响叠加在同一单个染色质纤维上并以单核苷酸分辨率解析。我们利用 TDAC-seq 解析了在红细胞分化过程中激活人类 CD34+ 造血干细胞和祖细胞中胎儿血红蛋白的 CRISPR 编辑,以及在合并的 CRISPR 和碱基编辑筛选中平铺控制珠蛋白位点的增强子。总之,TDAC-seq 能够通过基因组编辑实现单分子染色质纤维的高分辨率序列功能映射。
在凝胶制备过程中,使用浓度为 1.5% 的 TBE 缓冲液 (Tris-Borate-EDTA) 琼脂糖作为核酸电泳的基质。采用了两种不同的方法,以适应染色技术。为了使用 GelRed® 进行电泳后染色,在不添加任何类型的染料的情况下制备凝胶,然后将染料与浓度为 1:9 的上样缓冲液混合。使用该混合物将样品上样到琼脂糖凝胶中,使用 2ul 缓冲液 + GelRed® 和 6ul 扩增的 PCR 产物。然而,为了染色预电泳凝胶,通过预染色将溴化乙锭掺入琼脂糖中。这是通过在融化后将 0.5 μg/mL 的 EtBR 添加到 100 mL 琼脂糖中来实现的。在这两种方法中,电泳技术都是在以下条件下进行的
Active Motif 的 ChIP-IT® FFPE 染色质制备 II 和 ChIP-IT® FFPE II 试剂盒是我们的第二代 FFPE ChIP 试剂盒,其中繁琐的脱蜡和脱水程序已简化,可使用更少的试剂和手动时间制备高质量的 ChIP 富集 DNA。这种新的染色质制备方案最适合处理有限数量的新鲜制备或高质量 FFPE 组织(第一代 FFPE 染色质制备方案应用于珍贵或高度降解的 FFPE 样本)。ChIP-IT FFPE II 试剂盒已针对染色质制备后使用进行了优化,使用专门配制的试剂和方案指南来提高灵敏度,并能够从极其有限的起始材料中进行 qPCR 和下一代测序分析。
*1 本产品含有沉淀物。搅拌均匀,添加沉淀物,制备染色溶液。 *2 染色溶液可以在几天到一个星期内重复使用几次。请根据使用频率和染色程度使用。 *3 若染色时间增加,脱色所需时间也会增加。如果脱色过夜,将染色时间延长约 45 至 60 分钟将使您获得更清晰的电泳图像。 *4 如果将其放置于室温水中 2 小时,或放置于冰箱中过夜,您将获得清晰且无背景的图像。
Term Definition NNUHFT Norfolk and Norwich University Hospital Foundation Trust NICU Neonatal Intensive Care Unit MAS Meconium Aspiration Syndrome NICE National Institute of Health and Care Excellence INO Inhaled nitric oxide ECMO Extra-corporeal membrane oxygenation FBC Full Blood Count CRP C-Reactive Protein PPHN Persistent pulmonary Hypertension of the Newborn PEEP Positive End Expiratory Pressures猫儿童急性运输服务CFM脑功能监测CXR胸部X射线ABG动脉血液HFNC高流量鼻插管
髓样白血病是具有多种突变景观的异质性癌症。尽管许多突变的基因属于普通蛋白质复合物,但有些缺乏已知的功能伙伴,并且具有不清楚的作用。pHF6是一种良好的染色质结合蛋白,复发突变赋予急性和慢性髓样白血病的不利预后。在这里,使用人PHF6敲除和救援,我们表明PHF6是一种转录阻遏物,可结合活性染色质并抑制茎基因程序。我们剖析了九个临床错义突变,并表明所有人都会产生不稳定的,肌莫尔的或非功能性的PHF6蛋白。在收敛的证据线指导下,我们将PHIP(一种新认识的AML突变蛋白)视为PHF6的功能合作伙伴。我们表明PHIP损失表PHF6损失,并且PHF6需要PHIP占据染色质并发挥下游转录效应。我们的工作将两个不同的白血病蛋白统一的PHF6和PHIP统一成为一种抑制AML茎的常见功能复合物。