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蛋白质语言模型在生命之树中偏见
蛋白质语言模型（PLM）已用于了解疾病和设计新型蛋白质。在设计任务中，PLM下的蛋白质序列的可能性通常被用作蛋白质适应性的代理，因此了解信号可能捕获的信号可能性至关重要。在这项工作中，我们发现PLM的可能性无意间编码了一种物种偏见：来自某些物种的蛋白质序列的可能性在系统上更高，与所讨论的蛋白质无关。我们量化了这种偏见，并表明它在很大程度上是由于流行蛋白序列数据库中的不等物种表示。我们进一步表明，对于某些蛋白质设计应用，例如增强热稳定性可能会有害。这些结果突出了理解和策划PLM训练数据以减轻偏见并提高序列空间不足部分的蛋白质设计能力的重要性。
低频体细胞突变是在热带树中遗传的吉安氏菌和Sextonia rubra
体细胞突变可能在植物进化中起作用，但与植物体细胞突变有关的常见期望仍未得到充分的测试。与大多数动物不同，假定植物种系在发育后期被搁置，这导致人们期望植物会沿生长积累体细胞突变。因此，对躯体突变的命运做出了一些预测：突变在植物组织中的频率通常很低。高频的突变具有更高的代际传播的机会。树的分支拓扑决定了突变分配；暴露于紫外线（紫外线）辐射会增加诱变。为了深入了解植物中突变的积累和传播，我们产生了两个高质量的参考基因组和一个独特的数据集，该数据集的60个高覆盖范围 - 整体 - 基因组序列的两种热带树种，番茄科植物（Fabaceae）（fafaceae）（fafaceae）和sextonia rubra（lauraceae）。，我们在D.圭亚那的D. guianensis中发现了15,066个从头突变，在S. rubra中发现了3,208个，令人惊讶的是，几乎全部都以低频发现。我们证明1）低频率突变可以传输到下一代； 2）突变系统发育偏离树的分支拓扑； 3）突变率和突变光谱并不明显受到紫外线暴露差异的影响。总的来说，我们的结果表明，植物生长，衰老，紫外线暴露和突变速率之间的联系比通常想象的要复杂得多。
Viperin免疫力通过保守的脚手架上的连续创新在生命之树中演变
。CC-BY-NC 4.0国际许可证的永久性。是根据作者/资助者提供的预印本（未经同行评审的认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2023年9月13日发布的此版本中显示此版本的版权持有人。 https://doi.org/10.1101/2023.09.13.557418 doi：Biorxiv Preprint
极地生长素转运的调节识别源碳关系的分子决定因素和杨树中的下沉强度
源对碳（C）分配是由水槽强度驱动的，即水槽器官进口C的能力，在组织生长和生物量生产率中起着核心作用。但是，在树木中尚未彻底表征水槽强度的分子驱动因素。生长素作为主要的植物植物激素，可调节源组织中光剂量的动员，并提高碳水化合物向水槽器官（包括根）的易位。在这项研究中，我们使用了“生长素刺激的碳汇”方法来了解杨树中长距离源 - 键C分配中涉及的分子过程。杨树碎屑被叶面喷涂，上面喷涂了极地生长素传输调节剂，包括生长素增强剂（AE）（即IBA和IAA）和生长素抑制剂（AI）（即NPA），然后全面使用生物量评估，均经材料来对叶片，茎和根组织进行全面的分析，均质和均质概况，均经均经材料，c isotope and coptope and coptope and coptoper nertem nertops和coptoper nertops nekotom and et necotom nerting nekoling，et negoling noursem。生长素调节剂改变了根部干重和分支模式，AE增加了光合固定的C从叶片到根组织。转录组分析在AE条件下确定了根组织中高度表达的基因，其中包括编码多半乳糖醛酸酶和β-淀粉酶的转录本，这些转录物可能会增加水槽的大小和活性。代谢分析表明，总代谢的变化，包括甲醇的相对丰度含量改变，在AE和AI条件下，根组织中柠檬酸盐水平的相反趋势。总而言之，我们假设一个模型表明，流动糖醇，淀粉代谢衍生的糖和TCA-Cycle中间体可以作为杨树中的源– sink C关系，作为水槽强度的关键分子驱动因素。
EAGLE 家族树中的绅士流氓
公司，1929 年。维基百科。 “戈尔奇·福克（1933年）。” 2013 年 11 月 12 日。2013 年 11 月 12 日取自 http://en.wikipedia.org/wiki/Gorch_Fock_(1933)#History_and_details 维基百科。 “ 尼俄柏 (纵帆船) 。” 2013 年 7 月 21 日。2013 年 11 月 11 日取自 http://en.wikipedia.org/wiki/Segelchulschiff_Niobe
利用 CRISPR-Cas9 同时进行 HDR 过表达和 NHEJ 抑制，在杨树中进行精确的外源插入和序列替换
CRISPR 介导的基因组编辑已成为生物性状遗传修饰的有力工具。然而，开发基于同源定向 DNA 修复 (HDR) 的高效、位点特异性基因敲入系统仍然是植物面临的重大挑战，尤其是在杨树等木本植物中。本文表明，同时抑制非同源末端连接 (NHEJ) 重组辅因子 XRCC4 和过度表达 HDR 增强因子 CtIP 和 MRE11 可以提高基因敲入的 HDR 效率。使用这种方法，BleoR 基因被整合到 MKK2 MAP 激酶基因的 3' 端以产生 BleoR-MKK2 融合蛋白。根据 TaqMan 实时 PCR 评估的完全编辑核苷酸，与没有 HDR 增强或 NHEJ 沉默相比，当使用 XRCC4 沉默结合 CtIP 和 MRE11 过度表达时，HDR 介导的敲入效率高达 48%。此外，HDR 增强子过表达和 NHEJ 抑制的组合还提高了基因组靶向效率，使 CRISPR 诱导的插入和缺失 (InDels) 减少了 7 倍，从而对杨树中基于 MKK2 的盐胁迫反应没有功能性影响。因此，这种方法不仅适用于杨树和植物或农作物，也适用于哺乳动物，以提高 CRISPR 介导的基因敲入效率。
利用 CRISPR-Cas9 同时进行 HDR 过表达和 NHEJ 抑制，在杨树中进行精确的外源插入和序列替换
CRISPR 介导的基因组编辑已成为生物性状遗传修饰的有力工具。然而，开发基于同源定向 DNA 修复 (HDR) 的高效、位点特异性基因敲入系统仍然是植物面临的重大挑战，尤其是在杨树等木本植物中。本文表明，同时抑制非同源末端连接 (NHEJ) 重组辅因子 XRCC4 和过度表达 HDR 增强因子 CtIP 和 MRE11 可以提高基因敲入的 HDR 效率。使用这种方法，BleoR 基因被整合到 MKK2 MAP 激酶基因的 3' 端以产生 BleoR-MKK2 融合蛋白。根据 TaqMan 实时 PCR 评估的完全编辑核苷酸，与没有 HDR 增强或 NHEJ 沉默相比，当使用 XRCC4 沉默结合 CtIP 和 MRE11 过度表达时，HDR 介导的敲入效率高达 48%。此外，HDR 增强子过表达和 NHEJ 抑制的组合还提高了基因组靶向效率，使 CRISPR 诱导的插入和缺失 (InDels) 减少了 7 倍，从而对杨树中基于 MKK2 的盐胁迫反应没有功能性影响。因此，这种方法不仅适用于杨树和植物或农作物，也适用于哺乳动物，以提高 CRISPR 介导的基因敲入效率。
一种测定桦树和杨树中CRISPR/Cas系统切割效率的方法
摘要 测定Cas9对靶位点的切割效率对于基因组编辑非常重要。然而，这种测定只能通过体外方法进行，因为需要纯化Cas蛋白和合成gRNA。在这里，我们开发了一种体内方法，称为植物瞬时CRISPR/Cas编辑（TCEP）来测定Cas9的切割效率。按常规方法构建农杆菌介导的植物转化CRISPR/Cas载体。利用我们建立的瞬时转化方法，Cas9蛋白和gRNA瞬时表达并形成复合物以切割其靶位，从而导致动态DNA断裂。使用qPCR定量断裂的DNA以测量Cas9的切割效率。我们利用TCEP和体外方法研究了白桦和山杨×波利纳植物中Cas9对不同靶位点的切割效率。 TCEP法测定结果与体外法一致，说明TCEP法测定切割效率可靠。另外，利用TCEP法，我们发现热处理和超声处理均能显著提高CRISPR/Cas效率。因此，TCEP法具有广泛的应用价值，不仅可用于分析CRISPR/Cas效率，还可用于确定Cas9切割中涉及的因素。
梨和其他酒渣鼻果树中的DNA标记和分子育种
梨（pyrus spp。）是属于家庭酒渣鼻的最重要的可食用水果之一。DNA标记，分子遗传学和基因组学以及梨的分子繁殖取得了巨大进展。可靠的DNA标记物的发展，例如简单的序列重复和单核苷酸多态性，已允许梨饰的DNA分析，评估梨物种内的遗传多样性以及梨种类之间的系统发育关系的分析。参考遗传链接图和全基因组分子标记物已使实用的标记辅助选择可以抵抗黑点和/或梨sc疮疾病，自我兼容，收获时间和日本梨育种计划中的果皮。分子育种已显示出实用育种的选择效率的三倍以上。此外，采用两种基于基因组学的新方法（基因组范围的关联研究和基因组选择）的育种计划正在进行水果质量和质地，以及用于育种的定量特征。的共线性和功能同步，并已被用来有效预测相关物种中感兴趣基因的功能并开发选择标记。
在桉树中实施 CRISPR/Cas9 技术...
1 植物科学研究实验室，图卢兹第三大学，CNRS，UPS，UMR 5546，24 Chemin de Borde Rouge，31320 Castanet-Tolosan，法国； ying.dai@lrsv.ups-tlse.fr （YD）; annabelle.dupas@lrsv.ups-tlse.fr （广告）; luciano.medina@lrsv.ups-tlse.fr （LM）; nils.blandel@lrsv.ups-tlse.fr （注意）； san-clemente@lrsv.ups-tlse.fr（HSC）; ladouce@lrsv.ups-tlse.fr（荷兰）; mounet@lrsv.ups-tlse.fr（调频）； grima@lrsv.ups-tlse.fr (JG-P.) 2 UMR 990，水果基因组学和生物技术，图卢兹大学，INP-ENSA 图卢兹，Avenue de l'Agrobiopole，31326 Castanet-Tolosan，法国； guojian.hu@etu.ensat.fr 3 TBI，图卢兹大学，CNRS，INRAE，INSA，31400 图卢兹，法国； Myriam.Badawi@univ-lemans.fr（MB）; hernandg@insa-toulouse.fr (GH-R.) 4 海洋分子健康实验室，MMS EA2160 勒芒大学，72085 勒芒，法国 * 通讯地址：wang@lrsv.ups-tlse.fr