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重新评估弓形虫和犬新孢子虫基因组，发现错误组装、核型差异和染色体重排
新孢子虫主要感染牛，导致牛流产，估计每年对全球经济造成 10 亿美元的损失。然而，对其生物学的研究一直被忽视，因为既定范式认为它与其近亲、广泛研究的人类病原体弓形虫几乎完全相同。通过使用第三代测序技术重新审视基因组序列、组装和注释，我们在此表明，新孢子虫基因组最初是在与弓形虫同源的假设下错误组装的。我们表明这些物种之间发生了重大染色体重排。重要的是，我们表明最初命名为 Chr VIIb 和 VIII 的染色体确实融合了，从而将新孢子虫和弓形虫的核型都减少到 13 条染色体。我们重新注释了新孢子虫基因组，揭示了 500 多个新基因。我们对非光合质体和线粒体基因组进行了测序和注释，并表明尽管顶质体基因组几乎相同，但物种和菌株之间存在高水平的基因碎片化和重组。我们的结果纠正了目前在 N. caninum 和 T. gondii 基因组数据库中广泛分布的组装伪影，更重要的是，突出了线粒体是以前被忽视的变异源，并为改变同源性范式铺平了道路，鼓励重新思考基因组作为这些病原体比较独特生物学的基础。
利用寡核苷酸荧光原位杂交 (FISH) 探针对西伯利亚野黑麦 (Elymus sibiricus L.) 进行分子核型分析
西伯利亚野黑麦 (Elymus sibiricus L.) 是一种异源四倍体物种，是一种原产于温带地区的潜在优质多年生牧草作物。我们利用代表 10 个重复序列的荧光结合寡核苷酸，包括 6 个微卫星重复序列、2 个卫星重复序列和 2 个核糖体 DNA，通过连续荧光原位杂交和基因组原位杂交分析来表征 E . sibiricus 染色体。我们的结果表明，微卫星重复序列 ( AAG ) 10 或 ( AGG ) 10 、卫星重复序列 pAs1 和 pSc119.2 以及核糖体 5S rDNA 和 45S rDNA 是唯一染色体的特异性标记。通过进一步的多态性筛选，在不同 E .西伯利亚小麦品种的基因组多态性分析采用 (AAG) 10、Oligo-pAs1 和 Oligo-pSc119.2 探针混合物。不同基因组和不同个体染色体之间的染色体多态性各不相同。特别是在种群内和种群间鉴定出 H 基因组中两种不同形式的 E 染色体。本文讨论了这些结果对西伯利亚小麦基因组研究和育种的意义，以及改进基于荧光原位杂交的核型分析的新方法。
亲本和子代获得 1q 染色体重复
图 1 hiPSC-NSC 的生成和核型分析。A、在 Matrigel 上生长的 R-iPSC4-hiPSC 菌落。B、用胶原酶 IV 消化 hiPSC 后形成的胚状体 (EB)。C、用 TGF β 抑制剂 SB421543 和 BMP 抑制剂 dorsomorphin 处理的 EB 接种到聚-l-鸟氨酸和层粘连蛋白包被的板上后 7-10 天出现玫瑰花结状结构。D、通过解离玫瑰花结状结构并接种到聚-l-鸟氨酸和层粘连蛋白包被的板上获得神经外胚层细胞。E、F、这些细胞表达 NSC 标记物 Nestin (E) 并在分化第 30 天分化为表达微管相关蛋白 2 (MAP2) 的神经元 (F)。细胞核用 Hoechst 33342 (蓝色) 染色。比例尺：100 µ m。G、H、基于全基因组 SNP 阵列的 hiPSC-NSC 核型分析。针对位于该区域的阵列上所有 SNP，绘制了每条染色体的 B 等位基因频率（上图）和 log 2 R 比率（下图）。每个点都是一个 SNP。虽然第 10 代（p10）的细胞没有显示任何主要核型异常（G），但 p16 的 hiPSC-NSC 表现出 1 号染色体整个长臂的重复，dup(1)q（H）
引用Ouboukss F，El Amrani Z，Bouchahta H，Ratbi I，Sbiti A，Liehr T，Sefani A和Natiq A（2024），一种母线衍生的复杂的小型超级超级超级超级
Weise，2007年）。SSMC可能具有不同的形状和宪法，例如环，中心分钟和倒置重复形状。另外，它们可能是连续的，不连续的，单，多，新中心，复杂的，或形成其他稀有亚组，如Liehr 2023中所述。最小的SSMC亚组之一是由所谓的复杂SSMC组成的，它们包含染色体材料，该染色体材料源自多个，通常是两个染色体（Trifonov等，2008; Liehr等，2013; Liehr，2023）。SSMC的临床表现显示出显着的可变性，并且在常规核型分析中意外检测到它们（Liehr等，2010）。在我们的常规染色体分析中，发现一个14个月大的男孩患有SSMC。r带技术显示47，XY，+MAR（ISCN，2020）。他父亲的核型为46岁，XY，而在他的母亲中，发现了染色体8和14之间的平衡倒数易位。
哺乳动物细胞中的 CRISPR-Cas9 编辑
其他考虑因素！！• 贴壁细胞还是悬浮细胞？：两种方法都行，但悬浮细胞通常更容易（尤其是大规模培养）• 我的细胞系有核型分析数据吗？（细胞系可以是非整倍体 -> 更多等位基因可 KO）• 您所需的细胞系是否表达您需要的途径？
miR-15a-5p 和 miR-21-5p 通过靶向 PDCD4、ARL2 和 BTG2 导致细胞遗传学正常的急性髓系白血病产生化学耐药性
图 1 miR-21-5p、miR-340-5p、miR-181c-5p 和 miR-15a-5p 在化疗耐药性 AML 患者中过表达。A、通过小 RNA 测序分析了 AML 患者中 miR-21-5p、miR-340-5p、miR-181c-5p 和 miR-15a-5p 的表达，这些患者具有正常核型，对阿糖胞苷和柔红霉素联合标准化疗敏感（n = 27）或耐药（n = 20）。箱线图基于几何平均值（log 10 CPM）。使用检验获得 P 值。*** 表示显着差异 P ≤ .001。 B，通过 qRT-PCR 分析了 AML 患者中 miR-15a- 5p 和 miR-21-5p 的表达，这些患者具有正常核型，对阿糖胞苷和柔红霉素联合标准化疗敏感（n = 27）或耐药（n = 20）。箱线图基于几何平均值 (log 10)。使用 at 检验获得 P 值。*** 表示存在显著差异 P ≤ .001
高度重排的非洲假鳃鳉鱼核型中卫星 DNA 基序保守，间质端粒位点缺乏
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，根据 提供（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2023 年 3 月 29 日发布。；https://doi.org/10.1101/2023.03.28.534604 doi：bioRxiv 预印本
肿瘤学临床途径 - 骨髓增生综合征（...
*鱼在MDS工作中不会增加价值，除非染色体/核型是次优的；因此，理想情况下，应使用局部病理实验室或推荐实验室建立工作流程，以便仅当染色体/核型具有不令人满意的分辨率或<20个中期酶时才进行鱼类。此外，如果需要，可以对随后的外周血样本进行鱼类和分子研究。但是，据了解，在某些资源有限的领域，这种反射测试算法可能是不可能的。在这种情况下，预先订购鱼可能符合患者的最大利益，以避免诊断过多的延误**可以在随后的外周血样本中进行，只要中性粒细胞至少占WBC ***的至少20％的wbc ***占GLA的总数的20％，以获取va spotity for va spotistion for va sposities for va sposities for va spostose for va spostosity for n va spostosity for n va sponsity for n dif for va sposity