图 2. CTS Cas9 的 TCR 敲除效率高于供应商 A Cas9。将每个 Cas9 (7.5 pmol) 和靶向 alpha 和 beta T 细胞受体基因 (TRAC 和 TRBC) 区域的 Invitrogen ™ TrueGuide ™ 合成 sgRNA (7.5 pmol) 混合以创建 Cas9-RNP 复合物。每个 Cas9-RNP 复合物用于使用 Neon 转染系统 (货号 MPK5000) 转染 500,000 个 T 细胞。 72 小时后收获细胞,用 Invitrogen ™ eBioscience ™ 可固定活力染料 (FVD) 紫罗兰 (货号 65-0863-14) 和 eBioscience ™ 抗 TCR a/b 抗体 (货号 12- 9986-42) 染色,然后在 Invitrogen ™ Attune ™ NxT 流式细胞仪上进行分析,并使用基于 NGS 的 TAV 进行基因分型。 (A) TCR KO 效率的流式细胞术数据示例。与供应商 A Cas9 相比,CTS Cas9 的 KO 效率超过 88.7%,而供应商 A Cas9 的 KO 效率为 61.7%。 (B) 基于 NGS 的 TAV 的平均 KO 效率。与供应商 A Cas9 相比,CTS Cas9 在各种目标上实现了更高的平均 KO 效率。所有反应均重复进行三次 (** P < 0.01)。
RNase A是一种用于分子生物学应用的牛胰腺内切核酸酶。RNase A的主要应用是从制备质粒DNA以及提取质粒DNA中去除RNA。它也用于去除非特异性结合的RNA; RNase保护分析; RNA序列的分析以及蛋白质样品中包含的RNA的水解。rNase A在嘧啶核苷酸的3¢磷酸盐处攻击。PG-PG-PC-PA-PG的序列将被裂解以得到PG-PG-PCP和A-PG。最高的活性用单链RNA表现出来。RNase A是一个包含4个二硫键的单链多肽。 rnase a可以通过烷基化12或119的烷基化来抑制,这些烷基化存在于酶的活跃部位中。 RNase A的活化剂包括钾和钠盐。 Molecular mass: 13.7 kDa (amino acid sequence) Extinction coefficient: E1% = 7.1% (280nm) Isoelectric point: pI: 9.6 Optimum temperature: 60°C (activity range of 15 - 70°C) Optimum pH: 7.5 (activity range of 6 - 10) Inhibitors: Ribonuclease inhibitor Activity (Kunitz): ≥60 units/mg蛋白质RNase A是一个包含4个二硫键的单链多肽。rnase a可以通过烷基化12或119的烷基化来抑制,这些烷基化存在于酶的活跃部位中。RNase A的活化剂包括钾和钠盐。 Molecular mass: 13.7 kDa (amino acid sequence) Extinction coefficient: E1% = 7.1% (280nm) Isoelectric point: pI: 9.6 Optimum temperature: 60°C (activity range of 15 - 70°C) Optimum pH: 7.5 (activity range of 6 - 10) Inhibitors: Ribonuclease inhibitor Activity (Kunitz): ≥60 units/mg蛋白质RNase A的活化剂包括钾和钠盐。Molecular mass: 13.7 kDa (amino acid sequence) Extinction coefficient: E1% = 7.1% (280nm) Isoelectric point: pI: 9.6 Optimum temperature: 60°C (activity range of 15 - 70°C) Optimum pH: 7.5 (activity range of 6 - 10) Inhibitors: Ribonuclease inhibitor Activity (Kunitz): ≥60 units/mg蛋白质
欧洲委员会要求对经过遗传修饰的有机体(GMO)进行EFSA小组,以评估第4节(危险识别)以及EFSA科学意见对使用锌型3型技术(ZFN-3)的工厂开发的植物开发的植物的科学意见(Zfn-3)和其他核定型(ZFN-3)的植物(ZFN-3)的效果(ZFN-3)(ZFN-3)的作用( SDN-1,SDN-2和寡核苷酸指导的诱变(ODM)。在发表这种意见时,GMO面板将与通过SDN-1,SDN-2和ODM产生的植物与与通过SDN-3和常规育种获得的植物相关的植物进行了比较。与SDN-3方法不同,SDN-1,SDN-2和ODM方法的应用旨在以一种可能导致植物不包含任何转基因,内元或顺式的植物来修饰基因组序列。因此,GMO面板得出结论,这些考虑与第4节中包含的转基因,内元或面条的存在,以及SDN-3的意见的结论无关,与通过SDN-1,SDN-1,SDN-2或ODM获得的植物无关。总体而言,与SDN-3和常规育种相比,GMO面板没有发现与通过SDN-1,SDN-2或ODM产生的基因组修饰的新危害。此外,转基因专家小组认为,现有的对遗传修饰工厂的食物和饲料的风险评估指南以及对遗传修改工厂的环境风险评估的指南,但仅部分适用于通过SDN-1,SDN-1,SDN-2或ODM生成的工厂。的确,如果最终产物的基因组不包含外源性DNA,则这些与外源性DNA有关的指导文档的要求与通过SDN-1,SDN-2或ODM接近开发的植物的风险评估无关。
CRISPR (clustered, regularly interspaced, short palindromic repeats) 是一种来自细菌降解入侵的病毒 DNA 或其 他外源 DNA 的免疫机制。在该机制中, Cas 蛋白( CRISP‐associated protein )含有两个核酸酶结构域,可以 分别切割两条 DNA 链。一旦与 crRNA ( CRISPR RNA )和 tracrRNA 结合形成复合物, Cas 蛋白中的核酸酶即 可对与复合物结合的 DNA 进行切割。切割后 DNA 双链断裂从而使入侵的外源 DNA 降解。
图 1. 基于 Cas12a 的基因驱动显示出受温度调节的超孟德尔遗传率。(a)CopyCat 基因驱动系统示意图。DsRed 标记的 Cas12a 是一种静态转基因,它通过等位基因转换提供复制 GFP 标记的 CopyCat 元素的核酸酶,而等位基因转换由周围的同源臂驱动。(b)表达 Cas12a 的雄性与携带黑檀木 CopyCat 构建体(e1 或 e4 基因驱动)的处女雌性杂交方案。收集的处女雌性(Cas12a-dsRed + 基因驱动-GFP)与黑檀木突变雄性杂交,通过筛选 F2 后代中的 GFP 标记来评估种系传递率。深灰色半箭头表示雄性 Y 染色体。F1 雌性中的绿色三角形表示潜在的基因驱动复制到野生型染色体上。 (c) 通过对 GFP 标记的乌木 CopyCat 构建体的 F2 后代进行表型评分,评估 F1 雌性生殖系中的基因驱动活性。遗传率测量值与平均遗传率 (%)(也以黑条表示)和进行的 F1 杂交次数 (n) 一起报告在图表顶部。
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CRISPR-Cas 系统可通过非同源末端连接 (NHEJ) 基因破坏突变等位基因来治疗常染色体显性遗传病。然而,目前的 CRISPR-Cas 系统无法将许多单核苷酸突变与野生型等位基因区分开来。在这里,我们对六种 Cas12j 核酸酶进行了功能性筛选,并确定 Cas12j-8 是一种具有超紧凑尺寸的理想基因组编辑器。Cas12j-8 表现出与 AsCas12a 和 Un1Cas12f1 相当的活性。Cas12j-8 是一种高度特异性的核酸酶,对原间隔区相邻基序 (PAM) - 近端区域中的单核苷酸错配敏感。我们通过实验证明 Cas12j-8 能够对具有单核苷酸多态性 (SNP) 的基因进行等位基因特异性破坏。Cas12j-8 识别简单的 TTN PAM,可提供高靶位点密度。计算机模拟分析显示,Cas12j-8 能够对 ClinVar 数据库中的 25,931 个临床相关变异和 dbSNP 数据库中的 485,130,147 个 SNP 进行等位基因特异性破坏。因此,Cas12j-8 特别适合用于治疗应用。
成功的基因编辑需要针对每个目标基因和目标器官开发出经过精心优化的组合物。获得各种核酸酶和向导(具有高活性和特异性以及适用的 PAM)以及正确的递送工具是关键。不同的编辑目标需要特定的核酸酶特性,例如核酸酶大小或 PAM 使用,同时表现出极好的特异性。Emendo Biotherapeutics 开发了一种双平台技术,结合了发现流程和尖端蛋白质工程能力,并得到了广泛的计算和机器学习工具的支持。
尤文氏肉瘤 (ES) 是由致癌的 EWS-FLI1 融合蛋白引起的,该融合蛋白是由 t (11; 22) 染色体易位引起的。EWS-FLI1 将 BRCA1 隔离在转录复合物中,以防止其进行同源重组 (HR)。与这种 HR 缺陷一致,癌细胞系药物敏感性项目发现 ES 细胞对 PARP 抑制剂敏感。HR 是抑制 DNA 复制错误以维持基因组完整性的众多途径之一。酵母遗传学已经阐明了包括 HR 在内的途径之间的合成致死关系,这些关系可以解决停滞的复制叉,并且可以作为癌症治疗的靶点。在酵母中,在滞后链 DNA 合成中起作用的 RAD27(人类 FEN1)核酸内切酶的突变与 HR 基因的突变一起是合成致死的。我们已经证明,这种合成致死关系是保守的,因为人类 BRCA 突变癌细胞对 FEN1 抑制高度敏感。有趣的是,我们发现 PARP 抑制剂抗性的 ES 细胞系 (SK-ES-1) 对我们专有的 FEN1 抑制剂的敏感性与 BRCA 突变癌细胞一样。通过挖掘大规模 CRIPSR 筛选数据库,我们发现 FEN1 对所有五种测试的 ES 细胞系都具有独特的必要性。为了评估 FEN1 作为 ES 治疗的潜在靶点,该合作试点项目将进行三项研究:1) 将 FEN1 抑制剂结果扩展到一组 ES 细胞系,并与 PARP 抑制剂和临床相关化疗药物进行比较研究;2) 使用 siRNA 敲低 FEN1 来验证 FEN1 抑制剂研究;3) 确定 EWS-FLI1 融合蛋白如何促进 ES 细胞对 FEN1 的依赖。