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fstest：用于变体呼叫格式文件的互固定索引估计
摘要。固定指数（F ST）统计数据为影响人群内部遗传变异结构的进化过程提供了批判性见解。f st统计数据已被广泛应用于种群和进化遗传学，以识别选择压力靶向的基因组区域。使用高通量基因分型或测序数据来估计哈德逊，威尔和科克汉姆，尼尔和赖特的四个F ST统计数据。在这里，我们引入了FSTEST 1.3，并将其性能与两个广泛使用的软件VCFTools 0.1.16和Plink 2.0进行了比较。染色体1000个基因组中的III期变体数据中属于南亚（n = 211）和非洲（n = 274）种群作为示例案例。在对南亚人群与非洲人群的成对比较中，计算了每个单核苷酸多态性（SNP）的不同F ST估计值，而VCFTOOLS 0.1.16和PLINK 2.0的FSTEST 1.3的结果均得到了证实。使用FSTEST 1.3和VCFTOOLS 0.1.16进行了两个基于固定数量的SNP的基于固定数量的SNP和另一个基于固定数量的碱基对（BP）的方法。我们的结果表明，使用固定数量的BP，在滑动窗口分析中，覆盖范围较低的基因型数据的区域可能会导致f st的高估。fstest 1.3可以通过估计沿染色体的连续SNP的平均值来减轻这一挑战。fstest 1.3允许使用少量代码对VCF文件进行直接分析，并且可以在几分钟内以超过一百万个SNP在台式计算机上计算F ST估算值。fstest 1.3可以在https://github.com/similab/fstest上免费获得。
