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乳腺癌 CAR-T 细胞疗法和抗体-药物偶联物的细胞表面靶点的鉴定
背景：肿瘤学中两种有前景的治疗策略是嵌合抗原受体-T 细胞 (CAR-T) 疗法和抗体药物偶联物 (ADC)。为了有效和安全，这些免疫疗法需要表面抗原在肿瘤中充分表达，而在正常组织中表达较少或不表达。为了确定专门针对乳腺癌 (BC) 分子和病理亚型的 ADC 和 CAR-T 的新靶点，我们基于多个公开可用的数据集提出了一种新颖的计算机模拟策略，并全面解释了进一步实施的工作流程。方法：我们对 Cancer Genome Atlas BC RNA 测序数据进行了差异基因表达分析，以识别 BC 亚型特异性上调基因。为了充分解释所提出的靶点发现方法，作为概念验证，我们为每种亚型选择了 200 个上调最多的基因，并通过几个公开的数据库对它们在 BC 和正常组织中的蛋白质表达进行了全面分析，以确定可能最安全和可行的靶点。结果：我们确定了 36 种潜在适用且亚型特异性的肿瘤表面抗原 (TSA)，包括成纤维细胞生长因子受体 4 (FGFR4)、癌胚抗原相关细胞粘附分子 6 (CEACAM6)、GDNF 家族受体 α 1 (GFRA1)、整合素 β-6 (ITGB6) 和外核苷酸焦磷酸酶/磷酸二酯酶 1 (ENPP1)。我们还确定了 63 对可能适合共同靶向策略的潜在 TSA 对。最后，我们在一组患者、多种 BC 细胞系和 METABRIC 数据库中验证了亚型特异性。结论：总体而言，我们的计算机模拟分析提供了一个框架，用于识别新的 CAR-T 和 BC 抗体疗法的开发所需的新型和特异性 TSA。关键词：差异基因表达、乳腺癌、内在亚型、CAR-T、抗体 e 药物偶联物、肿瘤表面抗原
系统和市场范围的影响分析，对负载服务实体的协调需求响应和电池存储操作
摘要：由于电力市场，环境问题，传输限制和可变可再生能源（VRE），需求响应（DR）和电池储能系统（BESS）的协调运行变得至关重要。反过来，实体对DR和BES的最佳协调操作会影响整体电力市场成果和传输网络条件。对寻求实践实体的协调操作是可取的，但它可能会对其他市场参与者的成本和收入产生不利影响或导致系统拥塞。尽管很少有协调的操作模型，但我们在这项研究中的目的是为DR和BESS的协调运营提供一种新型的基于多物镜优化的方法，以增强市场利益。此外，另一个目标是第一次同时研究这种协调模型对传输网络和电力市场的综合影响。本文提出了一种通过负载服务实体（LSE）提高其利用的新方法，以协调DR和BESS利用。此外，它还采用了基于代理的电力系统建模（AMES）来测试我们在日益市场和传输系统条件下协调的DR和BESS方法。案例研究的仿真结果表明，所有LSE的运营成本都下降了，而部署LSE1的BESS节省了多达98,260美元/天的成本。尽管廉价的公司（Gencos）的收入减少了，但昂贵的Gencos的收入增加或显示出不同的趋势。例如，Genco 3的收入为25％的贝斯容量的收入下降了8765美元，而收入为6328美元，收入增加了37.5％，贝斯容量为37.5％。LMP的差异被广泛用作风险指数，使用协调方法的LSE大大降低了，其他LSE的差异有所下降，但对于较便宜的GENCOS而言，在本地节点没有LSE，则增加了。由于LSE的BESS部署决策可以在整个系统或市场范围内产生后果，因此部署前的模拟分析可以帮助减少市场扭曲或系统拥塞。
寻找乳腺癌中的自噬生物标志物
自噬会导致耐药性和药物诱导的癌细胞毒性。针对自噬过程可以大大改善化疗效果。由于在临床环境中难以可靠地测量自噬水平，因此特定抑制剂或激活剂的发现受到了阻碍。我们通过将具有不同 ER/PR/Her2 受体状态的乳腺癌细胞系暴露于已知但不同的自噬诱导剂（每种诱导剂都有独特的分子靶点，即他莫昔芬、曲妥珠单抗、硼替佐米或雷帕霉素）来研究药物诱导的自噬。在自噬通量最早出现时提取的总 RNA 的差异基因表达分析显示了细胞和药物特异性变化。我们分析了差异表达基因列表，以找到一个共同的、与细胞和药物无关的自噬特征。所有药物均显著调节了 12 种 mRNA，其中 11 种通过 Q-RT-PCR 进行了正交验证（ Klhl24 、 Hbp1 、 Crebrf 、 Ypel2 、 Fbxo32 、 Gdf15 、 Cdc25a 、 Ddit4 、 Psat1 、 Cd22 、 Ypel3 ）。与药物无关的 mRNA 特征同样由线粒体靶向药物 MitoQ 诱导。对 KM-plotter 癌症数据库进行的计算机模拟分析表明，这些 mRNA 的水平在人类样本中是可检测到的，并且与乳腺癌预后结果相关，包括所有患者的无复发生存期 (RSF)、所有患者的总生存期 (OS) 和 ER + 患者的无复发生存期 (RSF ER +)。 Klhl24 、 Hbp1 、 Crebrf 、 Ypel2 、 CD22 和 Ypel3 水平高与更好的结果相关，而 Gdf15 、 Cdc25a 、 Ddit4 和 Psat1 水平低与乳腺癌患者预后较好相关。该基因特征揭示了候选自噬生物标志物，可在临床前和临床研究中进行测试，以监测自噬过程。
Sabin Carlo -CVN
在2013年，我在马德里核融合研究所获得了博士学位。主要目标是使用分子动力学（MD）研究与育种毯有关的不同问题。我们的研究是与洛斯阿拉莫斯国家实验室合作进行的，我在那里工作了7个月。我的博士学位后，J。Kohanoff教授邀请我加入贝尔法斯特皇后大学的原子模拟中心，在那里我使用AB Initio在生物学媒体中研究了冲击波的效果。在接下来的三年中，我在赫拉克里翁大学工作，在那里我们使用原子模拟分析了2D材料的非线性物理学。捷克技术大学的布拉格我的研究重点是纳米结构材料的原子设计和模拟。最近，我们检查了钨超速影响造成的损害。第一篇论文出现在核融合中（该期刊的封面，强调了作品的重要性），还有另外两篇论文正在进行中。然后，我曾在核期货研究所（英国班戈）工作，在那里我参与了几个项目（实验和建模），从高熵合金到面向等离子体的材料。在2021年，我因我的项目“针对极端环境的新型Hea Coatings设计”而获得了50,000英镑（Bangor University Innovation and Impact Award）。在2023年，我获得了类似项目的Royce本科实习计划（5,000英镑）。我曾担任Westinghouse，Jacobs，Tribosonics和土耳其航空航天的顾问。我在HPC设施中编写了14项有关计算资源的建议。在克里特岛，我共同监督了两位硕士学生。（> IT4I中的26 000 000 cpu/hs，超级计算设施（Ostrava，czr），如pi或co-pi。现在，我正在完成布拉格的一名博士学位学生的共同判决。博士学位前，我在Zaragoza大学和ISIS Neutron Spallation Source（英国）的磁性实验室工作了五年。
利用AI进行节能智能城市
建筑系，Al al-Bayt University，Mafraq，25113，Jordan摘要：随着全球城市面临的能源需求和环境可持续性的挑战，创新解决方案的需求变得更加紧迫。在人工智能进展（AI）的驱动下，智能城市为提高能源效率，优化城市规划和改善整体城市生活条件提供了有希望的途径。本研究探讨了如何利用AI来通过专注于促进可持续增长的建筑和城市规划解决方案来开发节能智能城市。该研究包括有关AI在管理能源消耗，优化运输系统和有助于城市规划工作的作用的全面文献综述。这项研究的一个关键组成部分是对约旦和国际城市（例如新加坡，巴塞罗那和哥本哈根）的案例研究的比较分析，以评估在当地情况下AI驱动的解决方案的潜力。本文提出了一项案例研究，该案例研究将AI驱动的智能城市模型应用于Amman，Jordan，该案例使用AI驱动的模拟分析了该市的城市基础设施，能源管理和运输系统。通过整合来自IoT设备，地理信息系统（GIS）和数字双技术技术的实时数据，该研究模拟了节能干预措施，改善的交通流量和优化的城市设计。关键结果包括减少能源消耗，碳排放，交通拥堵和整体成本节省，这表明AI如何为现代城市的可持续发展做出贡献。1。这项研究还比较了约旦（Abdali Boulevard）和萨拉亚·阿卡巴（Saraya Aqaba）等约旦发展的结果和国际示例，从而揭示了对约旦实施智能城市解决方案的进步和挑战的宝贵见解。案例研究的发现为AI在面临类似可持续性挑战的其他城市环境中应用提供了一个框架，重点是增强本地政策框架，基础设施以及能够成功整合AI解决方案的能力。关键词：人工智能，智能城市，能源效率，城市规划，可持续建筑。简介
![arXiv:2208.04918v1 [astro-ph.IM] 2022 年 8 月 9 日](/simg/g:\will\search\icon\source\9\9d15cac181c360859687f326fefb237d55bfa250.webp)
arXiv:2208.04918v1 [astro-ph.IM] 2022 年 8 月 9 日
背景。下一代望远镜的选址是在望远镜首次发射前的几十年选定的。选址通常基于近期的测量结果，但该测量结果太短，无法解释观测条件的长期变化，例如由人为气候变化引起的变化。因此，对于典型寿命为 30 年的天文设施，了解气候演变以优化观测时间至关重要。目标。在本研究中，我们分析了八个站点的天文观测条件趋势。大多数站点要么已经拥有提供现场天气参数测量的望远镜，要么是下一代望远镜的候选地。为了精细地表示地形，我们使用高分辨率模型比对项目提供的最高分辨率全球气候模型 (GCM) 集合，该集合是欧盟“地平线 2020 PRIMAVERA”项目的一部分。方法。我们评估了仅大气和耦合的 PRIMAVERA GCM 历史模拟，并与现场测量和欧洲中期天气预报中心 1979-2014 年期间的第五代大气再分析 (ERA5) 进行了比较。然后使用 PRIMAVERA 未来气候模拟分析 2015-2050 年期间当前场地条件变化的预测。结果。在大多数站点，我们发现 PRIMAVERA GCM 在温度、比湿和可降水蒸气方面与现场观测和 ERA5 相比具有良好的一致性。PRIMAVERA 模拟这些变量的能力提高了对其预测的信心。对于这些变量，模型集合预测所有站点都呈上升趋势，这将导致天文观测条件与当前条件相比逐渐变差。另一方面，预测相对湿度、云量或天文观测没有显著趋势，与观测和重新分析相比，PRIMAVERA 不能很好地模拟这些变量。因此，这些预测的信心不大。结论。我们的研究结果表明，气候变化将对天文观测的质量产生负面影响，并可能增加因场地条件恶劣而造成的时间损失。我们强调，天文学家在选址和监测过程中必须纳入长期气候预测。我们表明高分辨率 GCM 可用于分析气候变化对下一代望远镜场地特征的影响。
根据转录组学与转移性实体肿瘤患者生存期的相关性识别关键预后基因的中心网络枢纽
摘要背景：癌症中失调的通路可能对枢纽依赖。识别这些失调的网络并加以靶向可能会带来新的治疗选择。目标：考虑到中心枢纽与致死率增加相关的假设，识别中心网络中的关键枢纽靶标可能有助于开发出对晚期转移性实体瘤疗效更高的新型药物。设计：探索 WINTHER 试验（N = 101 名患有各种转移性癌症的患者）的转录组数据（22,000 种基因产物），其中肿瘤和正常器官匹配的组织均可用。方法：对转录组中的所有基因进行回顾性计算机模拟分析，以识别肿瘤和正常组织之间表达不同的基因（配对 t 检验），并使用生存分析（Cox 比例风险回归算法）确定它们与生存结果的关联。根据已识别基因的生物学相关性，然后确定中心网络内感兴趣的枢纽靶标。根据这些基因的表达水平对患者进行分组（ K 均值聚类），并检查这些组与生存期的关联（Cox 比例风险回归算法、森林图和 Kaplan-Meier 图）。结果：我们确定了四个关键的中心枢纽基因 - PLOD3、ARHGAP11A、RNF216 和 CDCA8，与类似的正常组织相比，它们在肿瘤组织中的高表达与较差的结果具有最显著的相关性。这种相关性与肿瘤或治疗类型无关。这四种基因的组合显示出最高的显著性和与较差结果的相关性：总体生存率（风险比（95% 置信区间 (CI)）= 10.5（3.43–31.9）p = 9.12E-07 在 Cox 比例风险回归模型中的对数秩检验）。在独立队列中验证了结果。结论：PLOD3、ARHGAP11A、RNF216 和 CDCA8 的表达结合起来可构成一种预后工具，与肿瘤类型和既往治疗无关。这些基因是拦截各种癌症中枢网络的潜在靶点，为新型治疗干预提供了途径。
四种细胞毒性化合物与血管生成靶蛋白 HIF-1α 和人类雄激素受体相互作用及其 ADMET 特性的计算机模拟研究
摘要背景：癌症是全球重大的公共卫生问题，是心血管疾病之后的第二大死亡原因。因此，本研究旨在从传统上用于治疗癌症的马达加斯加药用植物中识别新的天然化合物。方法：通过分子对接进行计算机模拟分析以模拟配体-蛋白质相互作用，并通过 SwissADME 和 ADMET 网络服务器建立四种研究化合物与血管生成靶蛋白 HIF-1α/乳腺癌 (PDB ID：3KCX) 和人类雄激素受体/前列腺癌 (PDB ID：1E3G) 相互作用的药代动力学特征。结果：对接结果显示，HIF-1α受体与化合物1（1′，4-二羟基-2，3′-二甲基-1，2′-联萘-5，5′，8，8′-四酮：-8.49kcal/mol）相互作用时结合能最好，其次是化合物3[(E)-5，6-二甲基-2-(2-甲基-3-(丙-1-烯基)苯基)-2H-色满：-8.43kcal/mol]、化合物2（6′-乙氧基-1′3′-二羟基-4，6-二甲基-1，2′-联萘-2，5′，8，8′-四酮：-7.80kcal/mol）和化合物4（甲基10-羟基- 2,4a,6a,9,12b,14a-六甲基-11-氧代-1,2,3,4,4a,5,6,6a,11,12b,13,14,14a,14b-十四氢吡啶-2-羧酸酯：-7.63 kcal/mol）。受体 1E3G 对所有测试化合物表现出较差的结合亲和能，能量值高于 -11.99 kcal/mol（共晶）。基于氢键相互作用，配体 1 和 2 对两个蛋白质靶标 3KCX 和 1E3G 均显示出良好的药效团特征。配体 3 不通过氢键与所选受体相互作用。这些植物化合物的药代动力学特征表明它们具有口服活性且安全。我们的团队之前使用色谱和光谱技术 (LC/MS/NMR) 分离了它们并阐明了它们的化学结构。结论：配体 1 和 2 可被视为热门药物，因为除了它们与受体的热力学稳定性之外，它们还表现出良好的药代动力学特征，因此可用作乳腺癌和前列腺癌的替代疗法。这项研究为开发新的、经济高效且安全的植物性天然抗癌药物提供了巨大的潜力。
Axion Quark Nugget暗物质的光芒
上下文。斧头夸克掘金的存在是轴突场的潜在结果，该结果为量子染色体动力学中的电荷结合奇偶校验违规提供了一种解决方案。除了解释物质抗逆点非对称性的宇宙学差异以及可见的 - 黑暗 /ω可见的比率外，这些复合材料的紧凑型物体还可以通过与普通的Baryonic Matter相互作用来代表潜在无处不在的电磁背景辐射。，我们对局部网络的受约束宇宙学模拟（慢）的群内培养基环境中的轴夸克掘金 - 巴里氏菌相互作用进行了深入分析。目标。在这里，我们旨在通过推断出来自轴突夸克nugget-Cluster-Cluster Gas Itsptrotions的热和非热发射光谱来对银河系簇环境中的电磁对应物进行上限预测。方法。我们使用缓慢的模拟分析了161个模拟星系簇的大型样本中轴夸克掘金的发射。这些集群分为150个星系簇的子样本，以五个质量箱为单位，范围为0。8至31。7×10 14 m⊙，以及11个跨识别星系簇的观测。，我们通过假设所有暗物质由轴夸克块组成，研究了Z = 0的红移，在当前阶段的星系簇中的暗物质 - 巴里氏物质相互作用。结果。19 GHz和νT∈[3。97，10。99]×10 10 GHz。结论。将所得的电磁特征与每个星系簇中的热bremsstrahlung和非热宇宙射线（CR）同步器发射进行了比较。我们进一步研究了模仿WMAP，PLANCK，EUCLID和XRISM望远镜的可观察范围的单个频带，用于最有前途的跨识别星系簇，这些星系簇载有轴突Quark Nugget nuggets发射的可检测到的特征。我们观察到在低能和高能频率窗口中的正值，在该窗口中，热和非热轴夸克掘金发射的发射可以显着有助于（甚至超出）频率（甚至超出）频率的发射（甚至超出），最高为νTt t t t≲3842。如果单个簇的Cr同步加速器发射足够低，则发现可以观察到Axion Quark金块的发射特征。导致发射过量的参数中的退化使得在指出正轴夸克nugget多余的特定区域的预测方面具有挑战性；但是，基于此暗物质模型，预期的总星系簇发射的总体增加。轴夸克掘金构成4。在低能量状态下的总星系簇发射的80％的占3842的低能状态。 19 GHz，用于选择跨识别的星系簇。 我们提出，在寻找斧头夸克掘金发射标志时，福纳克斯和处女群体代表了最有前途的候选人。 我们模拟的结果表明，如果可以充分地将其签名与ICM辐射完全分离，则可以在观察结果中检测出星系簇中的轴夸克掘金过量。占3842的低能状态。19 GHz，用于选择跨识别的星系簇。我们提出，在寻找斧头夸克掘金发射标志时，福纳克斯和处女群体代表了最有前途的候选人。我们模拟的结果表明，如果可以充分地将其签名与ICM辐射完全分离，则可以在观察结果中检测出星系簇中的轴夸克掘金过量。该模型提出了对暗物质组成的有前途的解释，并有可能通过观察结果来验证这种结果，但我们提出了进一步的变化，旨在完善我们的方法。我们的最终目标是确定在不久的将来提取的斧头夸克掘金的电磁对应物。