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World File Search System残基
drpbind：内在无序蛋白序列中DNA，RNA和蛋白结合残基的预测
1斐济国立大学电气和电子工程学院，斐济苏瓦2号2 2医学科学数学实验室，生物科学系，东京大学科学学院，东京大学，113-0033，日本113-0033，日本3，医学科学数学实验室，计算生物学和医学科学学院，研究生科学，研究生，科学研究生，纽约市。 0033，日本4医学科学数学实验室，Riken综合医学科学中心，横滨，230-0045，日本5日本5综合和智能系统研究所，格里菲斯大学，内森，布里斯班，QLD，QLD，4111，澳大利亚 *，应向他们致辞。电子邮件地址：rs：sharmaronesh@yahoo.com tt：tsunoda@bs.s.s.u-tokyo.ac.ac.jp as：alok.fj@gmail.com
工程纳摩尔有效的蛋白质抑制剂，用于木瓜蛋白酶样蛋白酶，由残基相关网络引导
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未获得同行评审证书）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权所有，该版本于2023年3月15日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.03.15.532709 doi：biorxiv Preprint
鉴定含有决定简单 NNGG PAM 识别的保守丝氨酸残基的 SaCas9 直系同源物
1 复旦大学中山医院生命科学学院遗传工程国家重点实验室，上海，2 伊利诺伊大学医学院药理学系，美国伊利诺伊州芝加哥，3 伊利诺伊大学医学院医学系心脏病学分部，美国伊利诺伊州芝加哥，4 苏州大学苏州医学院第一附属医院心血管外科及心血管科学研究所、血液学协同创新中心、放射医学与防护国家重点实验室，苏州，5 东南大学生命科学与技术学院中大医院耳鼻咽喉头颈外科国家生物电子学重点实验室、生命健康高等研究院、江苏省生物医学研究高技术重点实验室，南京，6 南通大学神经再生协同创新中心，南通，7 四川省人民医院耳鼻咽喉头颈外科中国电子科技大学，成都，中国，8 上海工业微生物工程研究中心，上海，中国
使用基于抗体的新技术对细胞和病毒转录本上的假尿苷残基进行定位
伪尿苷 ( Ψ ) 是哺乳动物非编码 RNA (ncRNA)（包括 rRNA、tRNA 和 snRNA）中最常见的非规范核糖核苷，占总尿苷水平的 ∼ 7%。然而，Ψ 仅占 mRNA 上尿苷的 ∼ 0.1%，其对 mRNA 功能的影响仍不清楚。研究表明，Ψ 残基会抑制宿主先天免疫因子对外源 RNA 转录物的检测，因此病毒可能通过破坏宿主伪尿苷合酶 (PUS) 将 Ψ 残基添加到 mRNA 中来抑制受感染细胞的抗病毒反应。在这里，我们描述并验证了一种新型的基于抗体的 Ψ 映射技术，即光交联辅助 Ψ 测序 (PA- Ψ -seq)，并用它来映射不仅在多个细胞 RNA 上而且在 HIV-1 编码的 mRNA 和基因组 RNA 上的 Ψ 残基。我们描述了 293T 衍生细胞系，其中先前报道的人类 PUS 酶会将 Ψ 残基添加到人类 mRNA 中，特别是 PUS1、PUS7 和 TRUB1/PUS4，通过基因编辑被灭活。令人惊讶的是，虽然这使我们能够将细胞 mRNA 上的几个 Ψ 添加位点分配给这三种 PUS 酶中的每一种，但 HIV-1 转录本上的 Ψ 位点仍然不受影响。此外，PUS1、PUS7 或 TRUB1 功能的丧失并没有显著降低在人类总 mRNA 上检测到的 Ψ 残基水平（低于野生型细胞中的约 0.1% 水平），因此意味着将大量 Ψ 残基添加到人类 mRNA 中的 PUS 酶仍有待确定。
与其抑制剂复合的金属蛋白酶中氨基酸残基的质子化态：从头开始分子模拟
可能有助于PDB结构中HIS224和水分子之间的氢[3]。注意到，HIS223的PKA值较低，为5.51，对周围PLN残基没有任何空间障碍，这表明HIS223可以具有HID和HIE质子化状态。因此，我们考虑了HIS223的两个质子化状态，并根据Ab Inli算FMO计算评估的总能量确定了哪些更稳定。此外，我们在这里考虑了GLU141的三种类型的质子化状态，因为该残基位于抑制剂附近，GLU141和抑制剂之间的相互作用可能会受到GLU141质子化状态的变化的显着影响。在金属蛋白酶热蛋白的先前分子模拟[7，8]中，
环状细菌素 Plantacyclin B21AG 的晶体结构和定点诱变揭示了对抗菌活性很重要的阳离子和芳香族残基
环状细菌素 plantacyclin B21AG 的晶体结构和定点诱变揭示了对抗菌活性很重要的阳离子和芳香族残基 Mian-Chee Gor 1,2,+ , Ben Vezina 1,+ , Róisín M. McMahon 1 , Gordon J. King 3 , Santosh Panjikar 4,5 , Bernd HA Rehm 1,6 , Jennifer L. Martin 1,7 , Andrew T. Smith 1,8, * 1 格里菲斯大学格里菲斯药物发现研究所，Don Young Road，Nathan，昆士兰州，4111 澳大利亚。2 皇家墨尔本理工大学科学学院，Plenty Road，Bundoora，维多利亚州，3083 澳大利亚。3 昆士兰大学理学院，昆士兰州，澳大利亚。4 澳大利亚同步加速器，ANSTO Clayton，维多利亚州，澳大利亚。 5 莫纳什大学分子生物学和生物化学系，墨尔本，维多利亚州，3800 澳大利亚 6 格里菲斯大学细胞工厂和生物聚合物中心，格里菲斯药物发现研究所，内森，昆士兰州，4111 澳大利亚。 7 伍伦贡大学，诺斯菲尔兹大道，伍伦贡，新南威尔士州，2522 澳大利亚。 8 格里菲斯科学学院，格里菲斯大学，黄金海岸，昆士兰州，4222 澳大利亚。
研究文章 载脂蛋白 A-I 的前八个残基介导 C 端控制螺旋束展开及其脂化
载脂蛋白 A-I (apoA1) 的 C 端缺失的晶体结构显示，蛋白质氨基一半（从残基 8 到 115）中存在较大的螺旋束结构。使用定点诱变、胍或热变性、无细胞脂质体清除和细胞 ABCA1 介导的胆固醇流出试验，我们证明当该束展开的热力学障碍降低时，可以发生 apoA1 脂化。C 端的缺失使束更难展开，导致 apoA1 脂化的丧失，这可以通过点突变（例如 Trp8Ala）和氨基端短至 8 个残基的截断来逆转，这两种方法都有助于螺旋束展开。通过二硫键锁定束会导致 apoA1 脂化的丧失。我们提出了一个模型，其中 C 端作用于 N 端，使该螺旋束不稳定。当脂质与 C 端结合时，Trp8 与 Phe57、Arg61、Leu64、Val67、Phe71 和 Trp72 相互作用时被取代，从而使该束不稳定。但是，当 C 端被删除时，Trp8 无法被取代，束无法展开，apoA1 无法被脂质化。
一项关于从橄榄树（Olea Europaea L.）残基获得的自然纤维的特征和特性的新研究
摘要如今，从自然资源中提取的纤维具有广泛的有前途的应用，包括在聚合物复合材料中用作增强材料的前景。在这种情况下，这项研究的目的是从橄榄树的不同部分（叶子，大小分支）中提取纤维，并使用高级设备来表征其物理化学，热和形态学特性。橄榄叶（OL）纤维显示出不对称的尺寸分布，与从小橄榄分支（OSS）和大橄榄分支（obs）中提取的纤维分布相比。OL纤维表现出64.1％的结晶度，低于OSS纤维，其结晶度为65.4％。热分析表明，与OL纤维相比，OBS和OSS纤维更稳定。获得的结果得出的结论是，橄榄树纤维可以适合用作增强材料，以开发用于各种轻质应用的聚合物复合材料。