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World File Search System沙门氏菌
槲皮素是一种新型的肠道沙门氏菌血清typhimurium typhimurium III型分泌系统
1中医研究中心，中国长春大学医学后的后期医院，中国长春； lqj19811005@163.com 2中国吉林农业科学技术大学中医学院，中国长春132101； ziliaowlp@163.com 3州诊断和治疗严重人畜共患感染疾病的州关键实验室，教育部人畜共患病研究的主要实验室，人畜共患病研究所，兽医学院，兽医学院，吉林大学，吉林大学，吉林大学，长春130062； XU18626969503@163.com（J.X. ）; 15504421028@163.com（Z.S. ）; chentt20@mails.jlu.edu.cn（t.c. ）; dengxm@jlu.edu.cn（X.D.） 4 Jilin Jinziyuan Biotech Inc.，Shuangliao 136400，中国； jzyliushuang@126.com 5动物科学与兽医学院，山东农业科学学院，吉南250100，中国 *通信： ）; lvqianghua129@163.com（q.l.） †这些作者为这项工作做出了同样的贡献。1中医研究中心，中国长春大学医学后的后期医院，中国长春； lqj19811005@163.com 2中国吉林农业科学技术大学中医学院，中国长春132101； ziliaowlp@163.com 3州诊断和治疗严重人畜共患感染疾病的州关键实验室，教育部人畜共患病研究的主要实验室，人畜共患病研究所，兽医学院，兽医学院，吉林大学，吉林大学，吉林大学，长春130062； XU18626969503@163.com（J.X.）; 15504421028@163.com（Z.S.）; chentt20@mails.jlu.edu.cn（t.c.）; dengxm@jlu.edu.cn（X.D.）4 Jilin Jinziyuan Biotech Inc.，Shuangliao 136400，中国； jzyliushuang@126.com 5动物科学与兽医学院，山东农业科学学院，吉南250100，中国 *通信：）; lvqianghua129@163.com（q.l.）†这些作者为这项工作做出了同样的贡献。
代谢网络重建是一种分析小鼠肠道鼠伤寒沙门氏菌SL1344生长的资源
非肾脏沙门氏菌菌株（NTS）是最常见的食源性肠道病原体之一，构成了全球发病率和死亡率的主要原因，对全球健康造成了重大负担。NTS细菌的抗生素耐药性的增加吸引了许多研究在感染过程中其作案手术的研究。肠道内的生长是NTS感染的关键阶段。这可能会提供干预措施。然而，肠腔环境的代谢丰富性以及NTS细菌代谢的固有复杂性和鲁棒性要求建模方法来指导研究工作。在这项研究中，我们重建了一种动态约束和上下文特异性基因组级代谢模型（GEM），用于鼠伤寒链球菌SL1344，这是一种在感染研究中良好研究的模型菌株。我们结合了序列注释，优化方法以及体外和体内实验数据。我们使用GEM探索营养需求，生长限制代谢基因以及NTS细菌在模拟鼠类肠道的丰富环境中使用NTS细菌的代谢途径。这项工作提供了有关SL1344生化能力和要求的洞察力和假设，除了通过传统序列注释获得的知识，并可以为未来的研究提供旨在更好地了解NTS代谢并确定预防感染的潜在目标。
通过实时定量PCR（QPCR）筛选食品和环境表面上沙门氏菌的方案（2023年11月28日）
这种FDA开发的QPCR方法适用于使用Applied Biosystems TM（ABI）7500快速实时PCR系统快速筛选食品和环境表面。该方法靶向沙门氏菌浸润基因（INVA），该基因已被证明与s的内在化有关。哺乳动物上皮细胞中的伤寒（1-4）。该基因被发现是沙门氏菌（3,5）独有的，其DNA序列在沙门氏菌属中高度保守。（2,4,6）。该方法使用定制设计的引物和塔克曼探针来扩增具有严格特异性的沙门氏菌特异性Inva基因的262 bp片段（7,8,9），并包括定制设计的内部扩增对照（9），这是识别通常在食物中发现的PCR抑制pCR抑制的虚假结果所需的。可以在BAM第5章E9（https://www.fda.gov/media/107724/107724/download）中找到使用此QPCR方法作为沙门氏菌分离株的验证性测定的协议。在我们的两项MLV研究中，QPCR方法被证明是一种可再现，敏感和特定的快速筛选方法（11）。在MLV婴儿菠菜研究中，qPCR方法的检测极限50（LOD 50）为0.811 cfu/ 25g，用于BAM培养方法的0.837 CFU/ 25G（13）。在MLV冷冻鱼类研究中，QPCR和培养方法的LOD 50为0.75 CFU/25G。使用QPCR方法作为快速筛选工具的协议如下所述。协议中的QPCR组件和数据分析是针对ABI 7500快速实时PCR系统的。This qPCR method has been shown to be an effective and rapid screening tool for a broad range of foods that includes fruits, fresh leafy green vegetables and herbs (blackberry, blueberry, raspberry, strawberry, baby spinach, cabbage, iceberg lettuce, romaine lettuce, spring mix, basil, cilantro, parsley, dill, oregano, watercress), low-moisture foods (almond, almond butter, chia seed powder, dried cereal, dried egg noodle, infant formula, peanut butter, pine nuts, soy formula, walnuts), seafoods (fish, shrimp, raw oyster), whole shell eggs, spices (crushed red pepper, ground basil, ground black pepper, ground cumin, ground white pepper, paprika, red chili powder), and environmental surfaces (plastic, stainless钢，陶瓷瓷砖，橡胶和铸铁）以及多个动物饲料（小鸡饲料，优质苜蓿颗粒，小麦麸，整燕麦），它们是在一系列SLV研究中用浸泡或混合程序制备的（7,8,9,10）。必须首先根据FDA微生物学方法验证指南（https://wwwww.fda.gov/media/83812/download）或其他国际认可的验证指南，例如AOAC International的Appendix j（httpp：htttp：htttp：/JAPF：标准化组织的16140：2 2016（www.iso.org）。
耦合CRISPR/Cas9和Lambda Red重组工程系统对鸡沙门氏菌进行基因组编辑及ssaU敲除突变体对细菌毒力的影响
摘要：发展中国家的养禽业仍然面临着鸡伤寒的巨大威胁，这种疾病由鸡沙门氏菌引起，在经济较发达国家已得到较好的控制。除了大型毒力质粒 (85 kb) 表现出的毒力外，鸡沙门氏菌致病岛 2 还通过其 III 型分泌系统 (TTSS) 在介导疾病方面发挥关键作用。TTSS 分泌效应蛋白穿过含有沙门氏菌的液泡，并通过调节囊泡通道介导细菌的内化。在本研究中，使用 CRISPR/Cas9 和 lambda 重组系统通过同源定向修复，成功从本土分离的鸡沙门氏菌基因组中删除编码 III 型分泌系统的候选毒性 ssaU 基因 (~1 kb)。基于 CRISPR/Cas9 的家禽鸡沙门氏菌基因组编辑此前尚未见报道，这可能与其遗传工具效率低下有关。这是首次展示从该细菌基因组中完全进行基于 CRISPR/Cas9 的基因删除的研究。更重要的是，采用家禽实验模型评估了该突变菌株 (∆ ssaU_ S G18) 的毒力潜力，与野生型菌株相比，该突变菌株无法在实验攻毒的鸟类中产生任何死亡率。在我们的攻毒模型中，没有观察到对体重增加的影响，而细菌无法在肠道和肝脏中定植。突变菌株体内毒力的丧失使该系统具有出色的功能，可用于开发针对这种耐药性和致病性细菌的活疫苗。
旧工具，新应用：使用环境噬菌体对伤寒监测和评估疫苗影响
伤寒 - 缀合物疫苗（TCV）提供了一个机会，以减轻特有区域沙门氏菌Typhi引起的伤寒负担。作为决策者设计疫苗接种策略，有关疾病负担的准确和高分辨率数据至关重要。然而，基于传统的血液培养监测是资源扩大的，禁止其大规模和可持续的实施。鼠伤寒沙门氏菌是一种水传播的病原体，在这里，我们测试了地表水体中Typhi特异性噬菌体监测的潜力，作为一种低成本工具，可确定沙门氏菌在环境中循环的地方。在2021年，收集了水样并测试了孟加拉国两个地点沙门氏菌鼠疫斑点的存在：达卡城市首都市和米尔萨普尔乡村地区。沙门氏菌特异性噬菌体在达卡的211个（31％）环境样本中的66个（与Mirzapur的92（3％）环境样本中的3个（3％）相比。在同年，达卡两家最大的小儿医院的4,620个血液培养物产生了215例（5％）培养确认的伤寒病例，在米尔扎普尔最大的医院产生了3,788种血液培养，产生了2（0.05％）病例。从污水中收集了75％（52/69）正噬菌体样品。对来自孟加拉国循环的不同sal-monella typhi基因型的一组分离株进行了测试，发现它们表现出各种杀戮谱，表明分离了各种噬菌体。这些结果表明，环境中特异性噬菌体的存在与伤寒的负担之间存在关联，以及利用环境噬菌体监视作为一种低成本工具的潜力，以协助对伤寒控制的政策决策。
Surface™取样解决方案
缓冲肽水（BPW） - 缓冲肽水是一种可从食物分离沙门氏菌的富集培养基。在许多食物过程中，沙门氏菌和其他物种可能会因涉及热，干燥，防腐剂，pH变化或渗透压力转移的过程而受到亚致死性损伤。bpw已被证明可以促进应力细胞的复苏，并在ISO 18593（食物链的微生物学 - 水平采样方法）中建议作为湿溶液采样装置，以从表面回收微生物。
评估酸性酸性和粪肠球菌NRRL B-2354作为用于植物内验证的沙门氏菌的热替代微生物ST
Pediococcus酸ATCC 8042和粪肠球菌NRRL B-2354被研究为使用热宠物食品等产物中的热死亡时间动力学的沙门氏菌血清射手的潜在替代物。酸性P.酸性ATCC 8042，E。Faeciumnrrl B-2354的D-值和七种与低摩斯疗法产品相关的七种沙门氏菌血清的鸡尾酒，在无防腐剂的干宠物食品中，在9.1、17.9.9和27.0％和27.0％和27.0％和87.7和87.7的湿度水平上，均为9.1、17.0％和87.8 U. C.线性回归。酸性P.酸性ATCC 8042的D值高于沙门氏菌血清鸡尾酒的d-值，但低于粪肠球大肠杆菌NRRL 2354。At 9.1 % moisture, D -values of 6.54, 11.51, and 11.66 min at 76.7 u C, 2.66, 3.22, and 4.08 min at 82.2 u C, and 1.07, 1.29, and 1.69 min at 87.8 u C were calculated for Salmonella serovars, P. acidilactici ATCC 8042, and E. faecium NRRL B-2354分别。数据表明，可以将酸性P.酸性ATCC 8042的热灭活特性用作替代物来预测沙门氏菌在干燥的宠物食品中的响应，这些食品在90 U C.
食源性疾病来源归因于沙门氏菌，大肠杆菌O157和李斯特菌单核细胞增生植物 - 美国，2021年
IFSAC使用用于先前估计的相同方法得出了2021的估计值，并进行了一些修改。 原始方法可以追溯到2012年的估计值，在一份报告，同行审查的期刊文章和公开会议上描述了。 今年报告中的数据来自1998年至2021年发生的1,322次疾病，与1,322次饮食疾病暴发有关，每种疾病都被确认或怀疑涉及的食物被分配给单一食物类别。 该方法最依赖于爆发数据的最后五年（2017 - 2021年）。 食品是使用IFSAC计划对食品进行分类的，该计划将食品分为17个类别，与美国食品监管机构的分类需求紧密一致。 可以在附录中找到每个食物类别中包含的食物的例子。IFSAC使用用于先前估计的相同方法得出了2021的估计值，并进行了一些修改。原始方法可以追溯到2012年的估计值，在一份报告，同行审查的期刊文章和公开会议上描述了。今年报告中的数据来自1998年至2021年发生的1,322次疾病，与1,322次饮食疾病暴发有关，每种疾病都被确认或怀疑涉及的食物被分配给单一食物类别。该方法最依赖于爆发数据的最后五年（2017 - 2021年）。食品是使用IFSAC计划对食品进行分类的，该计划将食品分为17个类别，与美国食品监管机构的分类需求紧密一致。可以在附录中找到每个食物类别中包含的食物的例子。