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World File Search System测序
DNA测序数据比对软件BWA原理及应用
STAR （ Spliced Transcripts Alignment to a Reference ）是用于将 RNA-seq 读取数据与 参考基因组序列进行高度准确和超快速的剪接感知（ splice aware ） 比对的工具。注意， STAR 是一个专门针对 RNA-seq 数据映射的比对工具，这意味着不能用于比对 DNA 数据。与 其它的 RNA-seq 比对工具相比，其具有较高的准确率，映射速度较其他比对软件高 50 多 倍。 STAR 在识别经典和非经典剪接位点方面具有很高的精确性，还可以检测到嵌合（融 合）转录本。除了映射短读取数据（例如 ≤ 200 bp ）， STAR 还可以准确地映射长读取数据 （例如来自 PacBio 或 Ion Torrent 的数 Kbp 读取数据）。 STAR 在变异检测（ SNP 和 INDEL ） 方面具有更好的灵敏度，因此， STAR 被用于 GATK 最佳实践工作流程，用于从 RNA-seq 数据 中识别短变异。
靶向高通量测序在感染性疾病中应用与实践专家共识
靶向二代测序在传染病应用与实践专家共识 中国医疗保健国际交流促进会临床微生物学分会 通讯作者：王晖，北京大学人民医院检验科，北京 100044，Email：whuibj@163. com；曹斌，中日友好医院呼吸与危重症医学科，北京 100029，Email：caobin_ben@163.com 【摘要】靶向二代测序（tNGS）技术通过设计特异的引物或捕获探针来检测临床样本中的病原微生物及耐药基因，为传染病的诊断、治疗和监测提供依据。但目前tNGS和宏基因组二代测序（mNGS）的临床应用场景尚不明确，不同厂家的tNGS系统质量和结果差异很大。该技术的临床适应症、实验室流程、质量控制、性能验证和报告解释等都亟待制定共识和标准。为规范tNGS在传染病领域的应用与实践，中国医疗保健国际交流促进会临床微生物学分会的微生物学、传染病、呼吸道疾病、流行病学等领域的专家针对上述问题进行了探讨，撰写了tNGS在传染病领域应用与实践专家共识。
DNA测序
1。底漆设计和反应设置我应该如何设计序列底漆？引物应至少长18个碱基，以确保良好的杂交尝试达到约55-60°C的T mGC含量应约为50-55％。较高的GC内容可能会导致变性不完整避免二级结构（作为发夹），尤其是在3'末端避免使用四个或更多一个基础的串链•可以避免可以混合形成二聚体的底漆不应避免使用替代性混合杂交站点。是的，重要的是考虑退火温度与底漆匹配。一般规则是，循环方案中的退火温度低于底漆的熔化温度（T m）。t m（大约）=（no a/t x 2） +（g/c x 4的否）通常，将退火温度为50-55°C，从标准引物中给出良好的序列。是否有可能减少测序预混合的量？是的，预用含有剩余的试剂。首先做出第四季度大小的反应。如果序列结果良好并且信号峰很强，则可以进一步稀释该试剂盒。始终使用套件中包含的稀释缓冲液，并将最终体积保持在20µL。保持DNA和底漆不变。请注意，仅当您使用相同类型的模板和底漆进行序列时，建议这样做。如果您使用新底漆或在DNA模板准备中进行更改，请返回到套件的第四季度稀释度并检查序列的结果。
DNA 测序
Sanger 测序或链终止或双脱氧方法基于 DNA 聚合酶的两个特性：聚合酶合成单链 DNA 模板的精确正确的互补拷贝，并且它们可以使用 2'，3'- 双脱氧核苷酸三磷酸 (ddNTP) 作为底物。双脱氧核苷酸的 3' 端缺少羟基并且只有氢，因此一旦该核苷酸在生长点被掺入链中，链的延长就会停止在 ddNTP 处并且不再充当链延长的底物。在实践中，使用 DNA 聚合酶 I 的 Klenow 片段，因为它不具有 5'- 3' 外切酶活性，这是完整酶的特性。所有 DNA 合成都需要引物，因此化学合成的寡核苷酸被用作引物，该引物退火到靠近需要测序的序列的位置。 （克列诺片段是大肠杆菌的DNA聚合酶I被蛋白酶枯草杆菌蛋白酶酶切时产生的一个大的蛋白质片段，它保留了5'→3'聚合酶活性和3'→5'外切酶活性，用于去除预编码核苷酸并进行校对，但失去了5'→3'外切酶活性，即引物去除活性）。