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World File Search System测序
纳米孔测序用于蛋白质
它的快速分析和超长读数，纳米孔测序改变了基因组学，转录和表观基因组学。现在，由于纳米孔设计和蛋白质工程的进步，使用该技术的蛋白质肛门可能正在追赶。“所有碎片都从那里开始进行单分子蛋白质组学，并使用纳米含量来识别蛋白质及其修饰。这不是确切的测序，但可以帮助您确定存在哪些蛋白质。“您可以通过多种不同的方式识别蛋白质，这些蛋白质实际上并不需要所有20种氨基酸的确切识别，”他指的是蛋白质中通常的数字。在纳米孔DNA测序中，单链DNA通过电流通过蛋白质孔驱动。作为DNA残基横穿孔，它破坏了电流以产生可以将其解码为DNA碱基的特征信号。
双重限制相关的DNA测序 -
芝麻（芝麻杂种L.）是广泛种植的最古老的油料种子农作物之一，在全球的热带地区生长，具有印度次大陆，作为其祖先的中心和祖先（Bedigian，2003年）。然而，非洲是芝麻之外的大多数芝麻野生亲戚的起源中心。在印地语，Nuvvulu（泰卢固语），Ellu（Tamil），Tal（Gujarathi），Zhima（中国），Goma（Japan），Chamkae（韩国）和Kun-Zhut（俄罗斯）（俄罗斯）中，它被称为TIL。古代印度文学记录了芝麻在宗教仪式中的常见用途，表明芝麻的培养年龄（超过5000年）（Pathak等，2014）。基于可用的种质，使用印度的表型数据开发了核心收集（CC）样品（I. S. Bisht等，1998）和中国（Xiurong等，2000）。
危重婴儿的快速基因组测序
1 土耳其伊斯坦布尔阿吉巴登穆罕默德·阿里·艾丁拉尔大学医学院儿科系，2 土耳其伊斯坦布尔阿吉巴登穆罕默德·阿里·艾丁拉尔大学医学院儿科遗传学系，3 土耳其伊斯坦布尔阿吉巴登穆罕默德·阿里·艾丁拉尔大学罕见疾病和孤儿药应用研究中心 (ACURARE)，4 土耳其伊斯坦布尔阿吉巴登穆罕默德·阿里·艾丁拉尔大学健康科学研究所过渡医学系，5 土耳其伊斯坦布尔阿吉巴登穆罕默德·阿里·艾丁拉尔大学健康科学研究所基因组研究系，6 土耳其伊斯坦布尔阿吉巴登穆罕默德·阿里·艾丁拉尔大学医学院基础科学系医学生物学系，7 土耳其伊斯坦布尔 SZA OMICS 基因诊断中心，8土耳其伊斯坦布尔阿吉巴登穆罕默德·阿里·艾丁拉尔大学医学院，9 土耳其伊斯坦布尔阿吉巴登穆罕默德·阿里·艾丁拉尔大学医学院，10 土耳其伊斯坦布尔阿吉巴登实验室基因诊断中心，11 土耳其伊斯坦布尔阿吉巴登穆罕默德·阿里·艾丁拉尔大学医学院儿科系新生儿学分部，12 土耳其伊斯坦布尔阿吉巴登穆罕默德·阿里·艾丁拉尔大学医学院儿科系重症监护分部，13 土耳其伊斯坦布尔阿吉巴登穆罕默德·阿里·艾丁拉尔大学医学院儿科系神经病学分部，14 土耳其伊斯坦布尔巴克伊尔科伊萨迪·孔努克博士培训与研究健康科学大学儿科系儿科代谢分部，15 牙科学院、口腔与颅面科学中心宿主-微生物组相互作用，伦敦国王学院，伦敦，英国，16 生命科学实验室，KTH-皇家理工学院，斯德哥尔摩，瑞典
全基因组测序和分析 - Illumina
全基因组测序和分析 - 基于 Illumina Rhabdoid (RT) Illumina 基因组板的文库构建（350-450bp 插入大小）：将 96 孔格式的 2ug 基因组 DNA 通过 Covaris E210 超声处理 30 秒进行碎裂，使用 20% 的“占空比”和 5 的“强度”。双端测序文库是按照 BC 癌症机构基因组科学中心 96 孔基因组 ~350bp-450bp 插入 Illumina 文库构建协议在 Biomek FX 机器人（Beckman-Coulter，美国）上准备的。简单来说，DNA在96孔微量滴定板中用Ampure XP SPRI 珠子纯化（每60uL DNA 40-45uL 珠子），在单一反应中分别用T4 DNA聚合酶、Klenow DNA聚合酶和T4多核苷酸激酶进行末端修复和磷酸化，然后用Ampure XP SPRI 珠子进行清理，并用Klenow片段（3'到5'外显子减去）进行3' A加尾。用Ampure XP SPRI 珠子清理后，进行picogreen定量以确定下一步接头连接反应中使用的Illumina PE接头的数量。使用 Ampure XP SPRI 珠子纯化接头连接产物，然后使用 Illumina 的 PE 索引引物组，用 Phusion DNA 聚合酶（美国赛默飞世尔科技公司）进行 PCR 扩增，循环条件为：98˚C 30 秒，然后 6 个循环，98˚C 15 秒，62˚C 30 秒，72˚C 30 秒，最后在 72˚C 延伸 5 分钟。使用 Ampure XP SPRI 珠子纯化 PCR 产物，并使用高灵敏度分析（美国珀金埃尔默公司）用 Caliper LabChip GX 检查 DNA 样本。所需大小范围的 PCR 产物经过凝胶纯化（在内部定制机器人中使用 8% PAGE 或 1.5% Metaphor 琼脂糖），并使用 Agilent DNA 1000 系列 II 检测和 Quant-iT dsDNA HS 检测试剂盒使用 Qubit 荧光计（Invitrogen）评估和量化 DNA 质量，然后稀释至 8nM。在使用 v3 化学法在 Illumina HiSeq 2000/2500 平台上生成 100bp 配对末端读数之前，通过 Quant-iT dsDNA HS 检测确认最终浓度。全基因组亚硫酸盐-Seq 文库构建和测序：使用 1-5 mg Qubit（Life Technologies，加利福尼亚州卡尔斯巴德）定量基因组 DNA 进行文库构建，如所述（Gascard 等人，2015 年）。为了追踪亚硫酸盐转化的效率，将 1 ng 未甲基化的 lambda DNA (Promega) 掺入使用 Qubit 荧光法定量的 1 µg 基因组 DNA 中，并排列在 96 孔微量滴定板中。使用 Covaris 超声处理将 DNA 剪切至 300 bp 的目标大小，并使用 DNA 连接酶和 dNTP 在 30o C 下对片段进行末端修复 30 分钟。使用 2:1 AMPure XP 珠子与样品比例纯化修复后的 DNA，并在 40 µL 洗脱缓冲液中洗脱以准备 A 尾；这涉及使用 Klenow 片段和 dATP 将腺苷添加到 DNA 片段的 3' 端，然后在 37o C 下孵育 30 分钟。用磁珠清理反应后，将胞嘧啶甲基化双端接头（5'-AmCAmCTmCTTTmCmCmCTAmCAmCGAmCGmCTmCTTmCmCGATmCT-3' 和 3'-GAGmCmCGTAAGGAmCGAmCTTGGmCGAGAAGGmCTAG-5'）在 30oC 下连接到 DNA 20 分钟，并纯化接头两侧的 DNA 片段珠。在亚硫酸盐转化之前，用 10 个 PCR 循环扩增一份文库片段，并在 Agilent Bioanalyzer 高灵敏度 DNA 芯片上进行大小测定。扩增子的长度在 200-700 bp 之间。使用 EZ Methylation-Gold 试剂盒（Zymo Research）按照制造商的方案实现甲基化接头连接的 DNA 片段的亚硫酸盐转化。五次循环
环境气溶胶背景监测测序
成员国目前正在利用现有项目和研究机构，共享数据、方法和结果以供审查和协作。目前正在努力联合资助和执行未来的研究，以进一步捕捉空气中微生物群的时空变化，并改进样本采集、提取、测序和分析策略和吞吐量。通过每两年一次的面对面会议，RTG 正在努力提高环境测序的速度、特异性和复杂性，以检测生物事件。
患者匹配的肿瘤 - 正常测序
• PMTN distinguishes true somatic variants from likely benign germline variants by directly comparing the tumor sample to the patient's own nor- mal DNA in a blood sample • PMTN is a gold-standard method for calculating tumor mutational burden (TMB), which is used to determine immune checkpoint eligibility 1 • PMTN addresses the health equity problem of racial and ethnic under- representation in normative databases by using each患者自己的DNA作为种系减法的参考样本•PMTN在OncoExtra测试中的集成意味着医生在有效的时间范围内为每位患者提供了这些优势。接受测试的患者中有98％的自付费用为$ 0，并且在收到两个样本后14天内，医生在4天内收到结果4
ELC- AMD测序和分析指南
a）员工可以通过学术合作伙伴或其他组织签约；可以在时间上要求资金，为人事成员获取和实施合同服务的费用。b）人员应专门用于实施，增强或扩大传染病测序和分析能力。这可能包括测序实验室科学家，生物信息学人员，数据科学家或其他直接致力于在管辖区内建立或扩大AMD测序和分析能力的人员。2。用于测序，自动化和生物信息学和必要维护合同的实验室设备。允许的设备应与建立，扩展或增强测序和生物信息学能力直接相关。
整个外显子组测序和分析
A1。整个外显子组测序（WES）是一种有效的策略，可以选择性地对基因组（通常是人类）的编码区（外显子）进行测序，以发现与疾病或表型相关的稀有或常见变体[1，2]。通过将序列产生聚焦在外显子上，该外显子约占人类基因组的2.5％，与对整个基因组进行测序相比，可以以显着降低的成本和时间来检查更多个体。最常见的方法依赖于寡核苷酸探针的杂交来“捕获”靶向的DNA片段，从而丰富了外显子序列。有针对性的外显子序列包括良好的注释编码和非编码外显子。区域不在目标区域的100个基准阶段的接近距离处，未测序。因此，通常未检测到内含子，启动子或基因间区域内的变体。注意，在接受NISC之前，必须同意从活着人类的DNA样品进行测序。Q2。 WES在NISC上的表现如何？Q2。WES在NISC上的表现如何？
实践：用DNA测序的土壤寿命
民用科学项目“土壤生命”：您的土壤健康？是Uhasselt区域分析研究中心（ORA），环境科学中心（CMK），Limburg（HBVL），环境和橙色部的重要性之间的合作项目。该项目由CMK的博士后研究员S. Thijs领导。该项目从2023年6月18日至2024年3月24日运行。该项目的目的以及一千名林堡，20所学校和一组国际研究人员的目标，以绘制，分析，遵循和改善1000名利堡花园的土壤寿命。https://www.bodleven.behttps://www.bodleven.be
早期的胆单元的生成测序...
抽象目标尽管成像和病理评估取得了重大进展，但良性和恶性胆道狭窄之间的早期分化仍然具有挑战性。内窥镜逆行胆管造影术（ERCP）用于研究胆道狭窄，使胆汁的收集。我们测试了下一代测序（NGS）突变无细胞DNA（CFDNA）的诊断潜力。设计了一组可疑胆汁狭窄的患者（n = 68）的前瞻性队列。使用对临床实验室实施开放的NGS面板，将初始病理诊断的性能与在第一次ERCP时收集的胆汁CFDNA的突变分析（oncomine pan-Cancancer无细胞的无细胞测定法）进行了比较。导致初始病理诊断将这些狭窄分类为良性（n = 26），不确定（n = 9）或恶性（n = 33）。该诊断的敏感性和特异性分别为60％和100％，因为在最初良性或不确定狭窄的26个随访中，有26个和八个。对我们的NGS分析的恶性肿瘤的敏感性和特异性，此处称为Bilemut，分别为96.4％和69.2％。重要的是，在扩展随访后，四个双双阳性阳性中的一个发生了胰腺癌。值得注意的是，在初始诊断良性或不确定狭窄的患者中，双肿瘤的恶性肿瘤的敏感性为100％。对30个配对胆汁和组织样品的分析也证明了双血片的出色表现。在初始诊断阶段实施BILEMUT的胆道狭窄可以显着改善恶性肿瘤的检测，减少患者临床治疗的延迟，并帮助选择靶向疗法的患者。