XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System测序
集成分析工具将空间RNA测序转变为成像师
新的计算工具，具有伪单细胞分辨率组织学（Spotiphy）的现场成像仪，采用机器学习算法来显着改善常规的空间转录组技术。这些技术着眼于捕获基因表达的网格上的预定义的“斑点”。这些本质上是在整个组织段中形成最终基因表达图像的像素。每个位置通常包含多个，通常是异质的细胞，使它们难以分类和分析单个细胞。
法医学中的下一代测序
法医学中的下一代测序：一个引物解决了其针对法医科学应用的下一代测序（NGS）。本书的第一部分提供了人类认同方法的历史，包括VNTR，RFLP，STR和SNP DNA键入。它讨论了针对人DNA键入的测序历史，包括Sanger测序，快照，pyrosequencing和下一代测序的原理。这些章节概述了使用常染色体，Y和X染色体STR和SNP使用MISEQ FGX和ION TORRENT系统，概述了人类DNA键入的forenspo foseq，forenseq，forenseq，precision ID，powerSeq和QIASEQ面板。作者概述了在准备使用NGS试剂盒的库之前执行的DNA提取和DNA定量中包含的步骤。本书的后半部分详细介绍了ForenseQ和Precision ID的实现，以扩大和标记目标以创建库，丰富目标，以附加索引和适配器，执行库纯化和归一化，填充库，并将样品加载到墨盒上以在乐器上执行排序。覆盖范围解决了Miseq FGX和ION厨师的操作，包括创建样本列表，执行洗涤步骤，执行NG，了解仪器中的Run反馈文件以及故障排除。forenseq和精密ID面板数据分析将解释，包括如何分析和解释NGS数据以及输出图和图表。本书以线粒体DNA（mtDNA）测序和SNP分析结束，包括异质问题。最终章节回顾了微生物DNA，NGS在体液分析中的法医应用以及未来应用的挑战和考虑。特征 - 使用传统和NGS DNA键入方法针对人类识别，靶向短串联重复（Strs） - 将技术及其应用于执法调查，身份以及祖先的单核苷酸多态性（SNP）（SNP），以进行研究领导，大规模灾难和祖先的学生 - 在NG的习惯中，以实践为准。在法医计划中研究DNA这是第一本为从业人员准备并在其实验室中实施这项新技术的书籍，以进行案例工作，并强调了如何在法庭上使用NGS结果的早期应用。这本书可用于上级本科生和研究生，并参加了专注于NGS概念的课程。读者有望对分子和细胞生物学和DNA分类有基本的理解。
有史以来最大的DNA测序数据集提供了英国儿童发展研究
“ MRC的资金是我们在理解疾病驱动因素的整体投资的一部分，以实现预防和个性化治疗，并最大化现有的基础设施以确保实际价值。这项工作与MRC和ESRC的新的令人兴奋的国家资源完全吻合，英国人口研究，这一切都涉及协调和利用英国同伙。” Richard Evans博士说。
来自慢性肺疾病患者的非结核分枝杆菌分离株，没有流行病学关系显示通过全基因组测序
1微生物学服务，医院的管理基金会基金会，西班牙巴塞罗那，西班牙2号，生物医学研究所Sant Pau（IIB SANT PAU），巴塞罗那，巴塞罗那3号，巴塞罗那大学医学与健康科学系3号临床基础，巴塞罗那，巴塞罗那，巴塞罗那，SPARNA，SPORNA，4 ISGLOBNARNA，4巴塞罗那，巴塞罗那，巴塞罗那，巴塞罗那，巴塞罗那医院，巴塞罗那，西班牙，6个生物医学研究所，8月Pi i Sunyer（Idibaps）Rosselló，西班牙，巴塞罗那，巴塞罗那，巴特尔，巴塞尔郡7，制药部，药物和物理和化学技术。纳米技术，In2ub，化学学院，
标准化的术语和PACBIO HIFI测序和RAAV基因治疗载体分析的报告
尽管重组腺相关病毒（RAAV）是基因疗法的主要平台，但缺乏标准化的计算分析方法和通过长阅读测序评估每个帽子的内容的报告。PACBIO高度准确的长阅读HIFI测序可以对AAV基因组进行全面表征，但需要生物信息学专业知识来分析，解释和比较结果。为了满足这一需求并提高对功能性病毒有效载荷的理解，我们的工作组建立了标准化的命名法，并报告了RAAV矢量的长阅读测序数据。工作组建议涵盖与矢量纯度（全长与零散基因组）和污染物（宿主DNA，质粒DNA）鉴定有关的关键质量属性（CQA）。通过推荐的协议，我们对从头制造的数据分析揭示了全部和部分填充的衣壳的特异性以及部分/截断的载体物种的高分辨率表征。最后，我们提供了实施此
估计大型单细胞测序项目的完整性
在胚胎发育过程中，细胞将分化为高度专业的细胞类型。利用单细胞RNA测序，已经投入了大量资源，以通过其跨性别的pro文件来分类这些差异化的细胞类型。尽管为涉及杂货器官及其细胞组成而做出了广泛的努力，但我们缺乏评估测序项目完整性的指标。在这种细胞生物多样性分析中，我们利用了日益获得的单细胞数据以及统计方法，原始开发了用于评估生态群落的物种丰富性，以估计基于单细胞填充技术的数据的任何ORGAN的细胞多样性。从这种细胞丰富度估计中，我们建立了一个统计框架，可以评估任何大型单细胞专业填充项目的完整框架，此后，其他的测序工作不再揭示出对器官细胞组成的新信息。这种估计值可以作为正在进行的单细胞测序项目的停止点，因此指导对各种人体组织的pro填充的成本更明确。
使用牛津纳米孔测序的放大DNA异质性评估应用于细胞无细胞表达模板
摘要在这项工作中，将牛津纳米孔测序作为量化放大DNA异质性的可访问方法。此方法可以快速量化缺失，插入和取代，每个突变误差的概率及其在复制序列中的位置。放大技术测试的是传统的聚合酶链反应（PCR），具有不同水平的聚合酶保真度（OnETAQ，phusion和Q5），以及滚动圆扩增（RCA）和PHI29聚合酶。还评估了使用细菌扩增的质粒扩增。通过分析每个样本中大量序列中误差的分布，我们检查了每个样本中的异质性和误差模式。该分析表明，Q5和渗流聚合酶表现出在扩增的DNA中观察到的最低错误率。作为二级验证，我们分析了使用细胞游离表达与放大DNA合成的SFGFP荧光蛋白的发射光谱。易易受错误的聚合酶链反应证实了报道蛋白发射光谱峰宽度与DNA误差率的依赖性。所提出的纳米孔测序方法是量化其他基因扩增技术准确性的路线图，从而使它们被发现，从而实现了所需蛋白质的更无均匀的细胞表达。
人类粪便的宏基因组学采样，存储和测序方案
DNA准备（M）标记（鳕鱼20060059）准备参考指南，没有任何修改。这是完整的Illumina文档（https://emea.support.illumina.com/downloads/illumina-dna-prep-reference-guide-guide-1000000025416.html）的链接。填写Illumina DNA库准备清单可能很有用：https：//emea.support.illumina.com/downloads/illumina-dna-dna-prep-checklist- 100000000033561.html
dive novo纳米孔基因组测序临床Diutina catenulata型型cbs565
受污染的奶酪，但这种物种越来越多地据报道，该物种越来越多地显示出高丙核麦克风的奶酪，这是人类侵入性感染的原因[4-6]。在这里，我们提供了从头基因组组装和临床D. catenulata型CBS565的注释。D. catenulata型CBS565在1926年是从一个痴呆症患者的粪便中分离出来的，当时居住在波多黎各[1]。基因组DNA提取。使用连接测序试剂盒（SQK-LSK109; ONT，UK，UK）和本机条形码套件（EXP-NBD114; ONT）进行连接测序试剂盒（SQK-LSK109； ONT）进行纳米孔测序文库制备。根据制造商的协议，将两个库运行到奴才流中心（Flo-Min106; ont）上。使用Guppy v5.0.16对原始的纳米孔读数进行了基础？B9FCD7B5B（ONT）使用设置 - 浮雕flo-min106-Kit SQK-LSK109-Barcode_kits exp-nbd114-device cuda：0，由消除电源和条形码放在同一软件中。使用参数-nano- raw \ fastq [ - uot-dir \ directory \ div> flye v2.9（https：//github.com/ fenderglass/flye; [8]）进行 de Novo基因组组装。使用GenomeQC评估了组装的基因组质量[9]。总基因组大小为14,464,696 bp，n50为2,438,920 bp，在9个重叠群上分配（范围为3,918,888-888-370,337 bp;
利用 RNA 测序数据分析，构建阿尔茨海默病药物再利用和 microRNA 识别流程
引言：阿尔茨海默病 (AD) 是一种进行性神经退行性疾病，全球至少有 2700 万人受其影响。这种疾病不仅严重影响患者及其家人的生活，还给社会带来沉重的经济负担。目前尚无明确的疾病改良疗法，各种疗法已被开发用于控制 AD 的症状。药物再利用是一种有价值的替代方法，可以发现已获批或正在研究的药物在其原有适应症之外的新用途。RNA 测序 (RNA-seq) 是发现疾病异质性基因表达的一种实用方法。因此，我们的研究应用了一种计算药物再利用流程，基于从 RNA-seq 数据中提取的 AD 差异基因表达特征来探索候选药物。方法与材料：从 GEO 数据库 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) 获取了 10 例对照和 8 例 AD 死后人类海马脑组织（登录号为 GSE173955）的表达谱。使用 GEO2R 识别 AD 与正常组织之间的差异表达基因 (DEG)。接下来，使用 LINCS 数据库识别 AD 疾病的潜在候选药物。然后，通过大量文献综述和药物研究，筛选出排名靠前的 FDA 批准药物。反过来，将 DEG 导入 STRING 数据库，以识别蛋白质之间的相互作用关联。之后，选择所有显著性综合评分为 0.7 的相互作用进行进一步分析。选择连接度最高的合适基因作为枢纽基因。靶标扫描数据库是一个专门收集 microRNA-mRNA 靶向关系的数据库。这些数据库用于获取枢纽基因相关的 miRNA。结果：本研究鉴定出 1,878 个 |log2FC| ≥ 1 且 p 值 ≤ 0.05 的基因为 DEG：909 个基因上调，969 个基因下调。能够逆转 AD 表达模式的显著改变的药物谱包括奥沙利德、莫米洛替尼和恩扎妥林。此外，S100A8 已被确定为 Cytoscape 中最突出的枢纽基因之一，在 AD 的背景下它可以被 miR-98-5p 抑制。结论和讨论：在本研究中，我们提出了几种潜在的可重新利用的候选药物，莫沙必利、莫米洛替尼和恩扎斯塔林，以及 miR-9-5p，用于治疗 AD 进展。莫沙必利目前用于治疗 2 型糖尿病、功能性消化不良、功能性便秘和上腹痛综合征。莫米洛替尼是一种 Janus 激酶 1 和 2 抑制剂，用于治疗骨髓纤维化。恩扎斯塔林已用于治疗复发性多形性胶质母细胞瘤。我们的研究结果可能指导针对不同疾病进展阶段的进一步重新利用研究。此外，我们报告 S100A8 充当炎症介质，其水平随着大脑年龄的增长而增加。MiR-98-5p 有可能抑制 AD 中的 S100A8 表达。