Machine learning prediction of enzyme optimum pH Japheth E. Gado, 1,2,3,4 Matthew Knotts, 4 Ada Y. Shaw, 4 Debora Marks, 4,5 Nicholas P. Gauthier, 4,6 Chris Sander, 4,5 Gregg T. Beckham 1,2,3* 1 Renewable Resources and Enabling Sciences Center, National Renewable Energy Laboratory, Golden, CO,美国2瓶财团,美国加利福尼亚州埃默里维尔的敏捷生物基础,美国4个系统生物学系,美国马萨诸塞州波士顿,哈佛医学院。5哈佛大学和麻省理工学院,美国马萨诸塞州剑桥市6数据科学系,达纳 - 法伯癌症研究所,美国马萨诸塞州波士顿 *通信:gregg.beckham@nrel.gov摘要pH和酶催化活性之间的关系,尤其是最佳pH(phopt),eNzyme ph(phopt)的关系至关重要。因此,预测PHOPT的计算方法将通过促进准确鉴定在特定pH水平上最佳起作用的酶,并阐明序列 - 功能功能关系,从而增强酶的发现和设计。在这项研究中,我们提出并评估了预测PHOPT,进行广泛的超参数优化以及培训11,000多个模型实例的各种机器学习方法。我们的结果表明,利用语言模型嵌入的模型在预测PHOPT时明显超过其他方法。我们提出了预测PHOPT的表现最好的模型Ephod,这使研究人员公开使用。从序列数据中,以ephod直接学习与PHOPT相关的结构和生物物理特征,包括残基与催化中心的接近度以及溶剂分子的可及性。总体而言,Ephod提出了PHOPT预测的有希望的进步,并有可能加快酶技术的发展。引言酶活性受反应环境的pH值的显着影响,通常由于催化失活和结构不稳定而超出特定pH范围的活性下降。1,2虽然大多数特征性的酶具有最佳的活性pH值(PHOPT)接近7.0的中性值,但某些酶在极度酸性或碱性条件下最佳起作用,酸性或碱性PHOPT值分别低至1.0或高达1.0或高至12.5。3–5在工业生物化学过程中,酶经常被使用或希望使用,远离其PHOPT,从而大大减少了活性。结果,人们对发现和工程酶具有增强的pH耐受性,以克服这些限制。
1 This algorithm contains the following subtypes: PTCL - not otherwise specified (NOS), angioimmunoblastic T-cell lymphoma (AITL), anaplastic large cell lymphoma (ALCL), anaplastic lymphoma kinase (ALK) positive and ALK negative, enteropathy associated T-cell lymphoma (EATL), monomorphic epitheliotropic intestinal T-cell lymphoma (MEITL), hepatosplenic gamma-delta T-cell lymphoma (HSGDTL), primary cutaneous gamma-delta T-cell lymphoma (PCGDTL), extranodal natural killer T-cell lymphoma (ENKTCL), and adult T-cell leukemia//lymphoma (ATLL).该算法中未包括以下亚型:T细胞促进性白血病(T-PLL),T细胞T细胞大颗粒状淋巴细胞性白血病(T-LGL),原发性皮肤ALCL,乳腺植入物,乳腺植入物(BIA) - ALCL(BIA) - ALCL(BIA) - ALCL和所有其他皮肤T-Cellys t-Cellys cutcly(请参阅)(请参阅)CUTCLAMA(cel)(cel)(cel)clymphane(ct) 算法 )。
在某些情况下,白血病细胞在化疗的第一个周期中被从血液中销毁,仅部分在骨髓中。这称为诱导。在这些情况下,还需要第二个称为重新诱导的循环来破坏骨髓中的白血病细胞。如果白血病在1或2个周期后或复发发生,则可以使用不同的化学药物或组合来获得缓解。复发是在化学疗法治疗期间或之后的白血病细胞继续增加的时候。
原发性皮肤淋巴瘤被世界卫生组织(WHO)和欧洲癌症研究与治疗组织(EORTC)分为两种主要类型:皮肤B细胞淋巴瘤(CBCL)和皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)[1]。CTCL占主导地位,因为它们的AC计数为所有原发性皮肤淋巴瘤的70%至82%。真菌病真菌(MF)是最常见的CTCL类型,大约是所有原发性皮肤淋巴瘤的一半[2]。尽管MF的确切原因仍然未知,但遗传学,环境和传染性药物等因素(例如人类T细胞白血病病毒的感染1)与淋巴细胞的激活或转化有关[3]。预后和治疗取决于阶段和特定特征,疗法范围从皮肤定向到全身治疗,包括具有创新方法,例如同种异体骨髓移植和体外光遗相[4]。
摘要目的此更新的评论旨在确定动态神经肌肉稳定(DNS)技术在神经系统条件下的有效性。方法从2013年至2024年在PubMed,Google Scholar,Research Gate和Scopus数据库进行了文献搜索。以下关键字用于识别相关文章,例如动态神经肌肉稳定,反复介导的DNS,神经系统疾病,DNS,DNS,脑瘫,中风,帕金森氏病,多发性硬化症,多发性硬化,多发性疾病,神经退化性条件,Ataxia,Alzheimer的疾病和多重作战者,以及多种作战者。无论其实验研究设计如何,在综述中都纳入了所有基于包含和排除标准的全文,英语写的文章,仅排除了评论文章。结果此更新的评论包括与神经系统疾病有关的10篇文章,包括中风,多发性硬化症,阿尔茨海默氏病,帕金森氏病和脑瘫。结果表明,在纳入研究的各种结果度量中存在显着差异。结论的发现表明,DNS是神经学障碍患者康复方案中使用的有效使用方法,对改善其健康成果和整体生活质量是有益的。本综述得出结论,在这一研究领域需要更多的证据,并具有高质量的研究和长期的随访期。
随着口服靶向疗法的发展,CLL/SLL的自然史(疾病如何发展)发生了巨大变化(口服靶向疗法的药物(靶向特定分子)癌细胞用于生长和/或扩散的药物)。许多CLL/ SLL患者在诊断时不需要治疗,并通过几个月到几年的积极监视进行监测。在这种情况下,除非出现症状,否则请密切监测患者的病情,但未治疗,或者疾病恶化。其他CLL/SLL患者应对初始治疗并缓解(体征和症状消失)。在某些情况下,癌症会变得难治性(停止对治疗反应)或复发(治疗后疾病恢复)。对于疾病复发或难治性的患者,不同的疗法可能会改善结局和缓解。但是,大多数CLL/SLL患者对治疗和难治性疾病有反应。但是,大多数CLL/SLL患者对治疗和难治性疾病有反应。
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•考虑到吉西他滨和顺铂或卡铂的剂量降低至70岁以上的患者¶¶吉西他滨在peisplatin期间可以给出吉西他滨的剂量,而顺铂则可以使用cisplatin,而不是顺铂。参见剂量修饰下的肾功能障碍。注意:除了减少GFR以外的原因,医生可以将卡铂替代顺铂替代(例如,对顺铂的耳毒性的担忧)是可以接受的。*以50 mg/h的速度开始(首剂量)初始输注,1小时后,每30分钟增加50 mg/h,直到达到400 mg/h的速率。对于所有随后的治疗方法,在30分钟内注入50 mL(或100 mL)的剂量,然后在1小时内注入剩余的200 mL(或400毫升)(4/5)(4/5)(总输液时间= 1小时30分钟)。过敏反应的发展可能需要较慢的输注率。请参阅下面的超敏反应。**细胞因子释放综合征的风险很低,但是当周围血液淋巴细胞计数大于30至50 x 10 9 /L时增加。虽然不需要基于淋巴细胞计数扣留利妥昔单抗,但临床医生可能希望预先对肿瘤负担高的药物治疗前用类固醇施加的患者进行利妥昔单抗输液,或从第一个治疗周期中忽略利妥昔单抗。†患者必须通过IV输注(使用IV配方)接受初次剂量,因为第一次输注的反应风险最高。IV给药可以通过减慢或停止输注来更好地管理反应。 IV也应给先前6个月前接受治疗的患者。IV给药可以通过减慢或停止输注来更好地管理反应。IV也应给先前6个月前接受治疗的患者。IV也应给先前6个月前接受治疗的患者。
摘要在健康和营养的背景下,口腔和肠道微生物群之间的复杂相互作用使人们着迷。作为通往胃肠道的门户,口腔微生物群拥有各种各样的微生物物种,这些微生物物种显着影响或有助于各种疾病。与龋齿,牙周疾病和全身性疾病等疾病有关,包括糖尿病,心血管疾病,肥胖症,rheuma- Toid关节炎,阿尔茨海默氏病和结直肠癌。本综述旨在结合口腔和肠道菌群之间细微的关系,探讨饮食在制定健康促进和预防疾病的策略中的关键作用。从涵盖动物和人类的无数研究中汲取见解,我们研究了微生物营养不良及其对健康的影响的含义。从2000年1月至2023年8月,在PubMed Central,Web of Science,Scopus,Google Scholar和沙特数字图书馆进行了78篇科学文章的书目搜索。在严格的筛选过程之后,对选定文章的全文进行了严格审查以提取相关信息。不符合纳入标准的文章(特定于口服 - 肠道菌群相互作用,饮食和营养)被精心排除。饮食是影响口服和肠道菌群的关键参与者。这项全面的评论深入研究了复杂的各种饮食组成部分,例如纤维,益生元,益生菌和生物活性化合物,对这些生态系统中微生物的多样性和功能产生了显着影响。相反,加工食品中高的饮食,添加的糖和饱和脂肪与营养不良相关,口服和胃肠道疾病的风险升高。理解这种相互作用的复杂性对于开发创新方法的发展至关重要,从而促进了平衡的口服 - 肠道菌群轴并改善整体人类健康。的含义扩展到预防和治疗性相互作用,强调了将这些复杂性在公共卫生和临床实践中揭示这些复杂性的实际重要性。