XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System片段
大肠癌中无基因组无细胞DNA片段长度分布的通道容量
该预印本版的版权持有人于2024年7月24日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.07.17.24310568 doi：medrxiv preprint
片段 - 印第安纳大学印第安纳波利斯分校 ScholarWorks
癌症将直接影响超过三分之一人口的生活。DNA损伤反应 (DDR) 是一个复杂的系统，涉及损伤识别、细胞周期调控、DNA 修复以及最终的细胞命运决定，在癌症病因和治疗中发挥着核心作用。涉及 DDR 靶向的两种主要治疗方法包括：采用抗癌基因毒性剂的组合疗法；以及合成致死，利用散发性 DDR 缺陷作为癌症特异性治疗的机制。尽管许多 DDR 蛋白已被证明“无法用药”，但基于片段和结构的药物发现 (FBDD、SBDD) 已推进了治疗剂的鉴定和开发。FBDD 已促成 4 种药物（另有约 50 种药物处于临床前和临床开发阶段），而据估计，SBDD 已促成 200 多种 FDA 批准药物的开发。基于蛋白质 X 射线晶体学的片段库筛选，特别是针对难以捉摸或“无法用药”的靶标，可以同时生成命中结果以及蛋白质-配体相互作用和结合位点（正构或变构）的详细信息，从而为化学可处理性、下游生物学和知识产权提供信息。使用一种新型的高通量基于晶体学的片段库筛选平台，我们筛选了五种不同的蛋白质，命中率约为 2 e 8%，晶体结构约为 1.8 至 3.2 Å。我们考虑了当前的 FBDD/SBDD 方法和一些设计针对 DDR 核酸酶减数分裂重组 11（MRE11，又名 MRE11A）、无嘌呤/无嘧啶核酸内切酶 1（APE1，又名 APEX1）和 flap 核酸内切酶 1（FEN1）的抑制剂的示例性结果。© 2020 作者。由 Elsevier Ltd. 出版。这是一篇根据 CC BY-NC-ND 许可协议 ( http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ ) 开放获取的文章。
基于片段的筛选针对SARS-COV-2主蛋白酶结合口袋的开放形式
PDB参考：SARS-COV-2主要蛋白酶，与CPD-1、7GRE复合；与CPD-2，7GRF复合；与CPD-3，7grg复合；与CPD-4，7GRH复合；与CPD-5，7Gri复合；与CPD-6，7grJ复合；与CPD-7，7grk复合；与CPD-8，7grl复合；与CPD-9，7grm复合；与CPD-10、7grn复合；与CPD-11、7Gro复合；与CPD-12、7GRP复合；与CPD-13、7grq复合；与CPD-14、7GRR复合；与CPD-15，7grs复合；与CPD-16、7grt复合；与CPD-17、7gru复合；与CPD-18、7GRV复合；与CPD-19、7grw复合；与CPD-20，7grx相关；与CPD-21、7Gry配合；与CPD-22、7grz复合；与CPD-23、7GS0复合；与CPD-24、7GS1复合；与CPD-25、7GS2复合；与CPD-26、7GS3复合；与CPD-27、7GS4复合；与CPD-28、7GS5复合；与CPD-29、7GS6
DNA聚合酶i Deinococcus radiodurans的大片段，尖端的室温灯
摘要：近年来，为微生物病原体检测而设计的环路介导的等温扩增（LAMP）技术已获得了生物医学领域的基本重要性，提供了快速而精确的反应。但是，它仍然存在一些缺点，这主要是由于需要达到63℃的恒温块，这是BSTI DNA聚合酶工作温度。在这里，我们报告了DNA聚合酶I大片段的鉴定和表征，该碎片来自deinococcus radiodurans（Dralf-Poli），该片段在室温下起作用，并且对各种环境应力条件有抵抗力。我们证明，Dralf-Poli在广泛的温度和pH值中显示出有效的催化活性，即使在各种应力条件下（包括干燥）存储后，仍保持其活性，并保留其等温扩增技术所需的链排化活性。所有这些特征使Dralf-Poli成为尖端室温灯的绝佳候选者，该灯有望在护理点快速而简单地检测病原体非常有用。
FAME：基于片段的条件分子生成，用于表型药物发现
摘要 由于化学空间的复杂性，从头分子设计是药物发现中的一个关键挑战。随着分子数据集的可用性和机器学习的进步，许多深度生成模型被提出来生成具有所需特性的新分子。然而，现有的大多数模型只关注分子分布学习和基于靶标的分子设计，从而阻碍了它们在实际应用中的潜力。在药物发现中，表型分子设计比基于靶标的分子设计具有优势，特别是在同类首个药物发现中。在这项工作中，我们提出了第一个针对表型分子设计，特别是基于基因表达的分子设计的深度图生成模型（FAME）。FAME 利用条件变分自动编码器框架从基因表达谱中学习条件分布生成分子。然而，由于分子空间的复杂性和基因表达数据中的噪声现象，这种分布很难学习。为了解决这些问题，首先提出了一种采用对比目标函数的基因表达去噪 (GED) 模型来降低基因表达数据中的噪声。然后设计 FAME 将分子视为片段序列并学习以自回归的方式生成这些片段。通过利用这种基于片段的生成策略和去噪的基因表达谱，FAME 可以生成具有高有效率和所需生物活性的新型分子。实验结果表明，FAME 优于现有的表型分子设计方法，包括基于 SMILES 和基于图的深度生成模型。此外，我们研究中提出的降低基因表达数据噪声的有效机制可应用于一般的组学数据建模，以促进表型药物的发现。关键词：片段、条件生成、基因表达、变分自动编码器、对比学习。
大肠癌中无基因组无细胞DNA片段长度分布的通道容量
此预印本版的版权持有人于2024年7月18日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.07.17.24310568 doi：medrxiv preprint
大肠癌中无基因组无细胞DNA片段长度分布的通道容量
该预印本版的版权持有人于2024年7月23日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.07.17.24310568 doi：medrxiv preprint
精子DNA片段化对无法解释不育症的体外受精结果的影响
背景：不育症是由异质风险引起的，但大多数是无法解释的。精子DNA碎片指数（DFI）越来越被认为是评估男性不育症的参数。这项研究旨在研究精子DFI与实验室之间的关联以及无法解释的不孕症的人口中的临床结果。方法：收集了不育群体的临床数据，以选择无法解释的不育症的生殖患者。作者对对照组（DFI <25％）和观察组（DFI≥25％）的患者进行了正常精子参数的分类，并比较了两组之间的基础特征，实验室和临床结果的差异。作者进行了相关分析，以检查DFI与D3良好胚胎数量之间的关系，以及临床妊娠率和活出生率。回顾性研究共有176例病例。结果：观察组（n = 88）比对照组显示出晚期男性年龄，精子浓度较低，进行性运动性和形态评估。此外，下部号在观察组中显示了良好质量胚胎，临床妊娠率和活出生率。DFI与No.显示了良好质量的胚胎（RS = -0.347，p <0.001）或活出生率（RS = -0.185，P = 0.028）。结论：精子DFI是在无法解释的不明显伴侣中预测D3良好胚胎的一个很好的指标，但它没有提供有关临床妊娠结局的足够信息，而是实时的预期。
片段的光电探测器效率提高了局部激光诱导的结晶
摘要：金属 - 半导体 - 金属等离激元纳米结构可以通过增强局部静电式和光学效果来实现芯片效果的操纵和超快光电检测。后者是通过使用纳米结构的薄膜（GE）等离子体 - 波导指导光电遗传学来实现的。虽然它们的大小和位置可以在纳米化过程中准确控制，但由于沉积的无定形性质，检测器的官能显着降低。我们证明，通过空间控制激光诱导的GE结晶，可以显着提高波导积分GE等离子光电探测器的效率（超过2个数量级）。我们研究了经过800 nm激光处理的自由空间和波导综合的GE光电探测器，通过拉曼光谱监测结晶程度，并通过检测电信辐射来证明效率提高。可以在各种纳米仪设备中使用所证明的局部后处理技术，以实现有效和超快的芯片辐射监测和检测，从而显着改善了检测器特性，而不会危及其他组件的性能。关键字：表面等离子体偏振子，等离激元波导，片上光反检测，激光诱导的结晶
有效扩增克隆插入片段和人类基因组 DNA 中的长靶标
摘要 我们利用聚合酶链式反应 (PCR) 从人类基因组 DNA 中扩增出长达 22 kb 的 3-珠蛋白基因簇，并从噬菌体 A DNA 中扩增出长达 42 kb 的 3-珠蛋白基因簇。我们还直接从重组 A 斑块中扩增出 91 个 9-23 kb 的人类基因组插入片段。为此，我们增加了 pH 值，添加了甘油和二甲基亚砜，减少了变性时间，增加了延伸时间，并使用了具有 3'-至-5'-外切酶或“校对”活性的次级热稳定 DNA 聚合酶。我们的“长 PCR”方案通过使用较低水平的聚合酶和温度和盐条件进行特定引物退火，保持了基因组 DNA 中目标所需的特异性。扩增10-40 kb DNA序列的能力将为基因组图谱和测序带来PCR的速度和简便性，并促进分子遗传学研究。