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嘧啶抑制剂靶向基孔肯尼亚病毒NSP3大域的基于片段的药物设计
NSP3（NSP3MD）的大域在甲虫病毒中高度保守，而Chikungunya病毒（CHIKV）NSP3MD的ADP-核糖基水合酶活性对于Chikv病毒复制和毒力至关重要。迄今已确定针对CHIKV NSP3的小分子药物。在这里，我们报告了与NSP3MD结合的小片段，这些片段实际上是通过筛选片段和X射线晶体学来解决的。这些鉴定出的片段具有相似的支架，2-吡啶酮-4-羧酸，并特别结合了NSP3MD的ADP-核糖结合位点。Among the fragments, 2-oxo-5,6-benzo- pyrimidine-4-carboxylic acid showed anti-CHIKV activity with an IC 50 of 23 μ M. Our frag- ment-based drug discovery approach provides valuable information to further develop a specific and potent nsP3 inhibitor of CHIKV viral replication based on the 2-pyrimidone-4- carboxylic acid scaffold.表明，这种嘧啶支架也可以与其他α病毒和冠状病毒的大域结合，因此具有潜在的抗病毒活性。
一站式靶向药物发现解决方案
基于片段的筛选 (FBDD) • 药明康德片段库 (~4600 个片段) • 药明康德共价片段库 (~2500 个共价片段) • 自动筛选 (MST/Dianthus、SPR、DSF/nanoDSF) • 通过 X 射线或 NMR 进行片段筛选
Apostle MiniEnrich® DNA 纯化珠
图 3. Bioanalyzer 2100 DNA 12000 右侧尺寸选择日期。A1：通过右侧去除步骤去除的 DNA 片段 – 0.5 倍。B1：通过右侧去除步骤去除的 DNA 片段 – 0.6 倍。C1：通过右侧去除步骤去除的 DNA 片段 – 0.7 倍。D1：通过右侧去除步骤去除的 DNA 片段 – 0.8 倍。E1：通过右侧去除步骤去除的 DNA 片段 – 1.0 倍。F1：通过右侧去除步骤去除的 DNA 片段 – 1.4 倍。A2：右侧尺寸选择后回收的 DNA 片段 – 0.5 倍/2.0 倍。B2：右侧尺寸选择后回收的 DNA 片段 – 0.6 倍/1.9 倍。C2：右侧尺寸选择后回收的 DNA 片段 – 0.7 倍/1.8 倍。 D2：右侧尺寸选择后回收的 DNA 片段 — 0.8×/1.7×。E2：右侧尺寸选择后回收的 DNA 片段 — 1.0×/1.5×。F2：右侧尺寸选择后回收的 DNA 片段 — 1.4×/1.1×。
抑制肿瘤依赖性的血管生成抑制剂在免疫学和功能上与血小板传播的片段无法区分
抽象是一种由仓鼠细胞中肿瘤抑制基因控制的血管生成的分泌抑制剂，与血小板和基质蛋白血小板传播的片段相似。这两种蛋白质在生化上相似，并且在免疫学上进行了交叉反应，并且可以在两个功能测定中互相代替。人类势头细胞蛋白在体内抑制了本体内的新血管形成，并且在体外抑制了内皮细胞的迁移，仓鼠蛋白GPL40也是如此。gpl4o和人血小板传播一样，使平滑肌细胞刺激了表皮生长因子。血小板传播基因已定位在人类铬-15。这些结果证明了泛素粘合剂糖蛋白血小板蛋白的功能，该功能可能在新生血管形成的正常生理下调中很重要。此外，它们增加了血小板传播可能是众多靶标分子之一，肿瘤抑制基因可以抑制肿瘤生长。
通过双链DNA片段的单链DNA寡桥构建SGRNA-CAS9表达载体
总结本申请说明证明了将SGRNA序列插入靶向DNA组件的9.5 kb载体中的便利性。与传统的克隆方法不同，必须合成和重新弥补两个寡核体，该新协议提供了一种设计寡核的简单方法，并与所需的向量组装。Nebuilder HIFI DNA组装主混合物对传统方法的实质性改进，特别是节省时间，易用性和成本。
使用ECOC-SVM大麦基因组学的历史和未来观点审查朝着精确的CRISPR DNA片段编辑...
©作者2020。由牛津大学出版社出版，代表《分子细胞生物学杂志》，IBCB，SIBS，CAS。这是根据Creative Commons Attribution许可条款（http://creativecommons.org/licenses/4.0/）分发的一篇开放访问文章，该文章允许在任何媒介中不受限制地重复使用，分发和再现，前提是适当地引用了原始工作。
使用基于共价片段的筛选方法发现细胞活性Chikungunya病毒NSP2蛋白酶抑制剂
Chikungunya病毒（Chikv）是一种蚊子播的α病毒，在过去的二十年中一直导致许多大规模爆发。当前，任何α病毒感染都没有FDA批准的治疗剂。CHIKV非结构蛋白2（NSP2）包含半胱氨酸蛋白酶域，对于病毒复制至关重要，使其成为药物发现运动的吸引人目标。在这里，我们优化了CHIKV NSP2蛋白酶（NSP2PRO）生化测定法，以筛选6,120个混合的半胱氨酸指导的共价片段。使用50％的抑制阈值，我们确定了153次命中（2.5％的命中率）。在剂量反应随访中，RA-0002034（一种共价片段，包含乙烯基磺基弹头，抑制了具有58±17 nm的IC 50的CHIKV NSP2PRO，并且具有时间依赖性抑制研究的进一步分析产生了6.4 x INACT /K IACT /K IACT /K INACT /k i k I k inact /k iinact /ki。LC-MS/MS分析确定RA-0002034以特定于位置的方式将催化半胱氨酸共价修改。此外，RA-0002034对一系列半胱氨酸蛋白酶没有明显的脱靶反应性。除了对CHIKV NSP2PRO活性和特殊选择性的有效生化抑制外，在α-病毒感染的细胞模型中测试了RA-0002034，并有效地抑制了CHIKV和相关α病毒的病毒复制。这项研究强调了化学探针ra-0002034的发现和表征，这是一种有希望的命中化合物，从基于共价碎片的筛选到CHIKV或PAN-α-阿尔巴病毒治疗。
TIPS-VF：具有序列，长度和位置意识的可变长度DNA片段的增强向量表示
TIPS-VF：具有序列，长度和位置意识的可变长度DNA片段的增强向量表示Marvin I.de los santos logia.co，马尼拉大都会，菲律宾Midelossantos1215@gmail.com摘要，在机器学习过程中准确编码和表示遗传序列的能力对于生物技术的进步至关重要，这对于生物技术的进步至关重要，特别是基因工程和合成生物学。传统的序列编码方法在处理序列变异性，保持阅读框架完整性并保留生物学相关的特征中面临着显着的限制。这项初步研究介绍了TIPS-VF（可变长度片段的翻译器互动预种植者），这是一个简单有效的编码框架，旨在解决代表机器学习遗传序列的一些关键挑战。结果表明，TIPS-VF启用了可变的长度序列表示，该表示可以保留生物学环境，同时确保编码与密码子边界的对齐，从而特别适合模块化遗传结构。TIPS-VF在截断和碎片分析，序列同源性检测，域评估和剪接连接识别方面表现出卓越的性能。与需要固定长度输入的常规方法不同，TIPS-VF动态适应序列长度变化，保留基本特征，例如域相似性和序列基序。此外，TIPS-VF通过将序列嵌入与三个可能的开放式阅读框架统一，改善了开放的阅读框架识别并增强了向量零件和质粒元素的识别。总的来说，TIPS-VF提供了一个强大的，生物学上有意义的编码框架，通过结合序列，长度和位置意识来克服传统序列表示的约束。TIPS-VF编码基础架构可在https://tips.logiacommunications.com上找到。利益冲突：作者宣布没有利益冲突资金资金信息：无
通过双链DNA片段的单链DNA寡桥构建SGRNA-CAS9表达载体
功能活性（粘性终端连接）：20μl含有0.5 µL快速T4 DNA连接酶，12μgHindiii消化的lambda DNA和1x T4 DNA连接酶在37°C下孵育37°C，过夜，由Agarose gelorophoresis确定的片段，在> 95％的片段中，> 95％的片段。重新消化的连接产物，50μl反应，其中含有6μg连接的片段，40个单位Hindiii和1x的Nebuffer 2在37°C下孵育2小时，导致未检测到的未检测到的未发现的片段，因为琼脂糖凝胶电基果实确定。
多部分病毒的基因组公式在单个节段和节段组水平上均受到调控
不同基因组片段的差异性积累是具有节段基因组的病毒的共同特征。宿主内基因组片段积累的可重复和特定模式被称为“基因组公式”。有人推测和一些实验支持基因组公式通过拷贝数变异调节基因表达发挥功能性作用。然而，基因组公式调控机制尚未确定。在本研究中，我们调查了八分体纳米病毒蚕豆坏死矮化病毒 (FBNSV) 的基因组公式是否由作用于单个片段而不是病毒种群水平的过程调控。我们使用叶片渗透系统来表明 FBNSV 的两个积累最多的基因组片段在蚕豆组织中比其他片段具有更大的内在积累能力。然而，作用于单个片段水平的过程不足以产生基因组公式，这表明涉及作用于超片段水平的其他机制。事实上，在系统性感染过程中，具有重要功能的片段的缺失会极大地改变其他片段的相对频率，这表明基因组公式是片段组的一个属性。总之，这些结果表明，FBNSV 基因组公式是由一个复杂的过程形成的，该过程在单个片段和片段组水平上起作用。