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叶片切割蜜蜂（Ashmeadiella sculleni）物种占据了潜在的保护问题，蓝山国家森林
俄勒冈州的个体动物发生是由基于Natureserve指南（Natureserve 2024a），Orbic Expert Review以及其他考虑因素的分离距离来定义的，该物种以及与另一家机构使用的分离距离或跟踪方法相匹配的其他考虑因素。俄勒冈州的叶切割器蜜蜂的出现的默认分离距离为5 km；元素的发生（EOS）也可能由于地理障碍，宽阔的时间分离（例如，非常古老的，模糊的标本记录与最近的GIS映射站点）或管理单元（Orbic 2024）而分开。爱达荷州自然遗产计划记录可用于目标物种的数据。爱达荷州自然遗产计划记录了野生动植物观察数据，而不是出现，并且这些观察数据可能彼此紧密接近（IDFG 2023）。华盛顿天然遗产计划数据不适合动物，因为该计划无法维持稀有的动物记录（WNHP 2022）。来自观察数据集的源源不使用分离距离，并且可能在接近近距离处发生。易于识别时，仅报告了对位置的最新观察。
小棕色myotis，myotis lucifugus，物种是潜在的保护问题，蓝山国家森林
小棕色myotis的人口趋势正在下降，由于白鼻子综合征[WNS]（Natureserve 2022），它们以前在北美东部地区丰富。目前“没有明显遏制病原体的向北或向西扩散”（Natureserve 2022）。该物种的长期人口趋势尚不清楚，但是建筑物和其他人为结构的建设增加了繁殖栖息地的可用性（Natureserve 2022）。然而，短期全球趋势显示人口下降了50-80％，因为“大多数全球露得西夫属大多数人都发生在现在感染了WNS的地区”（Kunz and Reichard 2010）。规划区域内的人口规模尚不清楚，但是由于WNS，风力涡轮机和栖息地损失的潜在威胁，俄勒冈生物多样性信息中心对该物种的威胁归为高（Orbic 2013）。Rodhouse等。 根据俄勒冈州和华盛顿蝙蝠电网产生的建模，没有发现自2010年以来小棕色小肌的区域下降的证据（Rodhouse等人。 2019）。Rodhouse等。根据俄勒冈州和华盛顿蝙蝠电网产生的建模，没有发现自2010年以来小棕色小肌的区域下降的证据（Rodhouse等人。2019）。
评估物种气候变化风险和
a Department of Earth System Science, Ministry of Education Key Laboratory for Earth System Modeling, Institute for Global Change Studies, Tsinghua University, Beijing 100084, China b Ministry of Education Ecological Field Station for East Asian Migratory Birds, Beijing 100084, China c Tsinghua University (Department of Earth System Science)- Xi'an Institute of Surveying and Mapping Joint Research Center for Next-Generation Smart Mapping, Beijing 100084，中国d国家主要的植被与环境变化实验室，植物学研究所，中国科学院，北京100093，中国E生态研究所，城市与环境科学学院，北京大学，北京102213，中国。f f北京，北京，100084，中国G景观建筑系100084中国北京100084大学。 电子邮件地址：leyu@tsinghua.edu.cn（L。yu）关键字：气候变化，风险评估，物种，生态系统，书目分析，脆弱性，模型，f北京，北京，100084，中国G景观建筑系100084中国北京100084大学。电子邮件地址：leyu@tsinghua.edu.cn（L。yu）关键字：气候变化，风险评估，物种，生态系统，书目分析，脆弱性，模型，
能力T4P的DNA结合的分子基础在革兰氏阳性和革兰氏阴性物种中是不同的
The molecular basis for DNA-binding by competence T4P is distinct in Gram-positive and Gram-negative species Nicholas D. Christman 1 and Ankur B. Dalia 1, * 1 Department of Biology, Indiana University, Bloomington, IN *Correspondence to: ankdalia@iu.edu ABSTRACT Competence type IV pili (T4P) are bacterial surface appendages that facilitate DNA uptake during通过自然转化的水平基因转移。这些动态结构从细胞表面积极延伸，与环境中的DNA结合，然后缩回以将结合的DNA进口到细胞中。能力T4P在不同的革兰氏阴性（DIDERS）和革兰氏阳性（单胚层）细菌中发现。虽然DIDERM能力T4P的DNA结合机制已成为强化研究的最近重点，但对单胚层能力T4P的DNA结合知之甚少。在这里，我们使用肺炎链球菌作为模型系统来解决此问题。能力T4P可能通过称为次要PILIN的尖端相关的蛋白质复合物与DNA结合，最近的工作突出了单胚层和DIDERM能力T4P之间的高度结构保护。在diderms中，一个次要的pilin fimt中带正电荷的残基对于DNA结合至关重要。我们表明，尽管这些残基在comgd中保存下来，但它们的单胚层同源物，但它们仅在DNA吸收中起较小的作用以进行自然转化。相反，我们发现邻近的小pilin comgf（单胚层的PILW同源物）中有两孔充电的残基在自然转化的DNA吸收中起主要作用。在diderm和单胚层中，一个此外，我们发现这些残基在其他单死机中是保守的，但不是diderms。在一起，这些结果表明，DNA结合的分子基础在单胚层和DIDERS能力T4P中独立发散或演变。作者摘要多种细菌使用称为IV型pili型能力（T4P）的细胞外结构，从其环境中吸收DNA。T4P对DNA的摄取是自然转化的第一步，这是一种水平基因转移模式，有助于抗生素抗性和毒力性状在各种临床上相关的革兰氏阴性（DIDERM）和革兰氏阳性（革兰氏阳性（单一型）细菌种类物种中的传播。虽然能力T4P在DIDERMS中的DNA结合的机理一直是最近研究的领域，但对单胚层能力T4P如何结合DNA的了解相对较少。在这里，我们探讨了单胚层能力T4P如何使用肺炎链球菌作为模型系统结合DNA。我们的结果表明，虽然单胚层T4P和DIDERS T4P可能具有保守的结构特征，但每个系统的DNA结合机制都是不同的。引言自然转化（NT；也称为遗传转化或自然能力）是多种细菌和古细菌中水平基因转移的广泛保守机制[1]。在此过程中，细胞从环境中占用自由DNA，通过同源重组将其整合到其基因组中。NT的第一步是细胞外DNA的吸收，这是由称为能力T4P的动态表面附属物促进的。能力T4P积极延伸到细胞外环境，与游离DNA结合，然后缩回以促进DNA的摄取，如Diderm Vibrio cholerae [2]和单肽S.肺炎[3]中所示。由细胞质ATPase Motor提供动力的跨膜分子机支持了Pili的主动延伸和缩回[4-6]。通过这种活性，T4P的能力促进了双链DNA在DIDERMS中的prode骨中的吸收，或单胚层中细胞壁和细胞质膜之间的空间（即“革兰氏阳性的periplasm” [7]）。这种DNA的弯曲被ComeA结合，ComeA是一种周围（DIDERS）或膜上的（单胚层）DNA结合蛋白，该蛋白充当分子棘轮，以进一步驱动DNA摄取[8-10]。
靶向基因组修饰：对牲畜物种的贡献和影响
第一只转基因小鼠于 20 世纪 80 年代初通过向受精卵的一个原核中显微注射外源遗传物质而诞生（Gordon 和 Ruddle 1981）。几年后，同样的技术被用来培育第一批转基因牲畜、哺乳动物（兔子、绵羊和猪；Hammer 等人，1985 年）或鱼类（特别是鲑鱼、鳟鱼和鲤鱼；Zhang 等人，1990 年，Du 等人，1992 年）。另一方面，由于禽类胚胎的特殊性，需要使用其他技术，例如在发育早期阶段对胚胎进行逆转录病毒和慢病毒感染，从而在 20 世纪 80 年代末获得第一批转基因鸡（Bosselman 等人 1989 年，Salter 和 Crittenden 1989 年，Nishijima 和 Iijima 2013 年）。
承认没有更多物种的更多生物多样性
划界和命名生物多样性是朝着野生动植物保护和研究迈出的至关重要的一步。但是，物种划界必须在生物群中保持一致，以便可以有效地和客观地花费可用的自然保护资源。迄今为止，新发现的谱系通常是未描述的，因此仍然没有保护，或者错误地提出了作为新物种的新物种，但反过来又导致了新兴的分类通货膨胀问题。受到最新概念和方法学进步的启发，我们提出了一种标准化的物种定界工作流程，结合了基因组数据集（“基因组分类法”）的植物遗传学和杂交区分析，其中植物地理位生谱系并非自由地将其作为物种自由排名，而这些物种不完全构成遗传学的物种。在这两种情况下，我们都鼓励其形式的分类命名，诊断和描述来促进对生物多样性的社会意识。当植物地理模式复杂时，整个基因组的使用克服了广泛使用的条形码基因的不可靠性，而对差异和生殖隔离的评估则统一了谱系物种和生物学物种的长期相反的概念。我们建议，保护评估从单个级别（物种）转变为两个水平的层次结构（物种和亚种）将导致对生物多样性的更加平衡的感知，在这种情况下，种内内和种间多样性均受到重视并受到更充分的保护。
AI驱动的物种识别和数字系统学-IJRPR
本文的结构是对AI对数字分类法和物种识别的影响进行全面分析。第2节探讨了物种识别中AI的技术基础，包括机器学习体系结构，计算机视觉应用和分类分类的自然语言处理[13]。第3节重点介绍了AI在生态监测中的作用，重点是生物多样性调查，入侵物种检测和环境DNA（EDNA）分析[14]。第4节深入研究了数字系统学中AI的整合，讨论了自动分类，系统发育分析和分类学标准化[15]。第5节研究了AI驱动的分类法中的数据偏见，模型解释性和道德考虑等关键挑战[16]。
土壤特性和气候影响地中海雨养谷物种植系统中的杂草菌根真菌和土壤微生物群落
d蛋白石海岸大学，环境化学和生活12（UCEIV）的互动单位（UCEIV），UR4492，SFR CONDORCET FR CNRS 3417，50 RUE FERDINAND BUISSON，62228，62228，13 CALAIS，法国。14 *蛋白石海岸大学的环境化学和相互作用单位（UCEIV）（UCEIV），UR4492，SFR CONDORCET FR CNRS 3417，50 RUE FERDINAND BUISSON，16 622228 RUE FERDINAND BUISSON，CALAIS CALAIS。17
物种形成和适应的遗传基础：从基因座到致病突变
进化是小步前进还是大步前进？进化的可重复性如何？进化过程受到多大限制？回答进化生物学中这些长期存在的问题对于理解现存生物多样性如何进化以及预测未来生物和生态系统如何应对不断变化的环境都是必不可少的。了解自然种群表型多样化和物种形成的遗传基础是正确回答这些问题的关键。基因组测序技术的飞跃使得研究遗传结构以及识别自然种群中适应和物种形成的变异位点变得越来越容易。此外，基因组编辑技术的最新进展使得研究自然种群生物中每个候选基因的功能成为可能。在本文中，我们讨论了这些最新技术进步如何使分析致病基因和突变成为可能，以及这种分析如何帮助回答长期存在的进化生物学问题。本文是主题期刊“适应和物种形成的遗传基础：从位点到致病突变”的一部分。
RTPCR：QPCR数据分析 DACC：气候变化的检测和归因分析 接吻：保持简单的物种迁移模型 SGOF：多个假设测试 创建R对象的紧凑型哈希摘要 MLMTS：多元时间序列的机器学习算法 分析依赖量表的生物多样性变化与MOBR 机器：机器学习模型和工具 nmf：非负矩阵分解（NMF）的算法和框架 软件包'mobr' ddml：双/辩护机器学习 胚胎：通过期望最大化的稳健贝叶斯变量选择 'Google gemini'api 的接口 Jackstraw：无监督学习的统计推断 ODT：最佳决策树算法 具有组成反应的多元随机森林 软件包'joinet' rgbif.pdf OpenCV.pdf 软件包'mapme.biodoverity' MLR3DATA：“ MLR3'的机器学习数据集的收集 生存：使用机器学习的灵活生存分析工具 bio3d.pdf
描述各种方法用于实时PCR（定量PCR或QPCR）数据的统计分析和图形表示。'rtpcr'负责基于多达两个参考基因的实时PCR数据的扩增效率计算，统计分析和图形表示。通过考虑放大效率值的考虑，“ RTPCR”是由Ganger等人描述的一般计算方法开发的。（2017）和Taylor等。（2019），涵盖了livak和pfaffl方法。基于实验条件，“ RTPCR”包装的功能使用t检验（用于具有两级因子的实验），方差分析（ANOVA），协方差分析（ANCOVA）分析（ANCOVA）或重复测量数据分析以计算到calcu- colcu- flta delta delta delta delta delta ct方法（delta cta）或dela dela dela dela（re）（re）（re）。该功能进一步提供了平均值的标准误差和置信度间，采用统计平均比较并具有重要意义。为了促进功能应用，使用了不同的数据集作为示例，并解释了输出。“ RT- PCR”软件包还使用各种控制参数提供条形图。“ rtpcr”包装是用户友好且易于使用的，并提供了用于分析实时PCR数据的适用资源。