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iamjan，Sri-Arun，Veerasakul，Siriluk，Reynolds，Gavin，Thanoi，Samur和Nudmamud-Thanoi，Sutisa（2024）。大鼠脑BDNF的区域特异性变化
脑源性神经营养因子（BDNF）是神经营养蛋白家族的成员，在神经元保护和突触可塑性中起关键作用。BDNF的变化与各种病理条件有关，包括甲基苯丙胺（METH）成瘾，尽管Meth对BDNF表达的影响并不总是一致。我们先前已经证明了慢性甲基甲基化对大鼠脑中BDNF甲基化和表达的区域特异性作用。这项研究旨在确定慢性甲基施用对大鼠额叶皮层和海马中的免疫组织化学使用BDNF蛋白表达的影响。还确定了新颖的对象识别（NOR）作为认知功能的量度。雄性Sprague Dawley大鼠被施用甲基甲基或媒介物14天内的慢性升级剂量（0.1-4 mg/kg）；在没有测试前一天的最后一天，还给予接受甲基苯酚的动物亚组。结果表明，海马CA1 BDNF蛋白在ED-BING大鼠中显着增加了72％，而其他海马区域和额叶皮层没有显着影响。甲基采集的动物在延迟24小时后也表现出赤字。显而易见的是，额外的暴饮暴食对BDNF蛋白或没有发现的显着影响。这一发现与我们先前的DNA甲基化降低和BDNF基因表达增加的结果一致。海马BDNF的增加可能反映出响应于谷氨酸升高而产生的保护因子的初始增加，从而导致神经退行性兴奋性。
paras：非核糖体肽合成酶的底物特异性的高准确机器学习
非核糖体肽是化学和功能多样的天然产物，具有重要的医学和农业应用。细菌和真菌基因组包含数千种非知名功能的非核糖体肽生物合成基因簇（BGC），为肽发现提供了有希望的资源。可以通过预测非透射体肽合成酶（NRPSS）中腺苷酸（a）结构域的底物（a）结构域来推断这种肽的核心结构特征。但是，现有的域预测方法依赖于有限的数据集，并且经常与选择大型基材或较少研究的域中的域斗争。在这里，我们系统地策划和计算分析了3,254个域，并介绍了两个新的高准确性特异性预测指标，Paras和Parasect。通过应用PARAS鉴定出具有异常高的L- tryptophan特异性的一种新型域，并且在相应的NRP上进行完整的蛋白质质谱法表明它可以指导链霉菌物种中与色氨酸肽相关的代谢产物的产生。在一起，这些技术将加速新型NRPS及其代谢产物的表征。Paras和Parasect可在https://paras.bioinformatics.nl上找到。
生长阶段特异性基因的转录组谱图...
肝发育和免疫功能的机制。使用加权基因共表达网络分析（WGCNA），我们分析了10天（n = 3），2个月（n = 10），6个月（n = 6）和10个月（n = 10）hanwoo犊牛的肝样品，以鉴定生长阶段的基因模块。我们确定了与免疫反应，代谢过程和细胞外基质组织有关的重要基因表达模式，尤其是在关键发育阶段。这些发现表明，肝功能的动态转移，尤其是早期的免疫调节，这是由于免疫相关的HUB基因DOCK2的参与而强调的，并且随着犊牛成熟而增强了代谢活性。这些结果有助于了解肝脏特异性发育和
靶向 MTHFD2 以利用癌症特异性代谢和 DNA 损伤反应
引言 1 2 癌细胞的细胞代谢上调，以支持肿瘤的生长和转移。癌症代谢的一个关键部分是一碳 (1C) 叶酸循环，它支持维持快速增殖所需的核苷酸和氨基酸合成。针对一碳代谢进行癌症治疗的历史可以追溯到 1948 年，当时 Sydney Farber 使用抗叶酸药物治疗白血病 (1)。早期的抗叶酸化疗药物，如甲氨蝶呤，至今仍是有效的癌症治疗方法，但副作用很常见，而且可能很严重 (2,3)。8 9 亚甲基四氢叶酸脱氢酶/环化水解酶 2 (MTHFD2) 作为癌症靶点，一直备受关注，自 2012 年 Jain 及其同事证明 MTHFD2 是癌症中过表达最高的代谢酶之一 (4) 以来，该研究一直备受关注。 Nilsson 等人的荟萃分析证实了这一观点，他们发现 MTHFD2 在 16 种癌症类型中上调 (5)。这 13 促使大量研究表明 MTHFD2 敲低会抑制癌症生长，更重要的是，14 开发出针对 MTHFD2 表达癌症的抑制剂，这些抑制剂在小鼠 15 模型中有效 (6-8)。16
电场刺激指导目标特异性的轴突再生和视神经挤压损伤后视力的部分恢复
1 1，凯克医学院，南加州大学罗斯基眼科研究所，南加州大学，洛杉矶大学，洛杉矶，加利福尼亚州，美国，美国，生物医学工程系2，维特比工程学院，南加州大学，南加州大学，洛杉矶大学，洛杉矶大学，加利福尼亚州，加利福尼亚州，美国3号医学院，加利福尼亚州洛斯利亚大学，加利福尼亚州，凯克大学，凯克，校园，美国州，美国第四电气和计算机工程系，维特比工程学院，南加州大学，洛杉矶大学，加利福尼亚，美国，美国，波士顿科学神经调节5，美国，加利福尼亚州，美国加利福尼亚州瓦伦西亚，美国6约翰逊和约翰逊，美国6号约翰逊和约翰逊加利福尼亚州，美国，凯克医学院神经外科8号，南加州大学，洛杉矶，加利福尼亚，美国，美国1，凯克医学院，南加州大学罗斯基眼科研究所，南加州大学，洛杉矶大学，洛杉矶，加利福尼亚州，美国，美国，生物医学工程系2，维特比工程学院，南加州大学，南加州大学，洛杉矶大学，洛杉矶大学，加利福尼亚州，加利福尼亚州，美国3号医学院，加利福尼亚州洛斯利亚大学，加利福尼亚州，凯克大学，凯克，校园，美国州，美国第四电气和计算机工程系，维特比工程学院，南加州大学，洛杉矶大学，加利福尼亚，美国，美国，波士顿科学神经调节5，美国，加利福尼亚州，美国加利福尼亚州瓦伦西亚，美国6约翰逊和约翰逊，美国6号约翰逊和约翰逊加利福尼亚州，美国，凯克医学院神经外科8号，南加州大学，洛杉矶，加利福尼亚，美国，美国
奇异变形杆菌泛基因组景观中未表征和谱系特异性的附属基因
摘要 奇异变形杆菌是一种革兰氏阴性细菌，以其独特的群集运动能力和尿素酶活性而闻名。之前对四种菌株的蛋白质组学报告假设，与其他革兰氏阴性细菌不同，奇异变形杆菌可能不会表现出基因含量的显著种内变异。然而，目前还没有对来自各种来源的大量奇异变形杆菌基因组进行全面分析以支持或反驳这一假设。我们对 2,060 个变形杆菌基因组进行了比较基因组分析。我们对从美国三家大型学术医疗中心的临床标本中回收的 893 个分离株的基因组进行了测序，结合了来自 NCBI Assembly 的 1,006 个基因组和从公共域中的 Illumina 读取中组装的 161 个基因组。我们使用平均核苷酸同一性 (ANI) 来划分物种和亚种，使用核心基因组系统发育分析来识别高度相关的 P. mirabilis 基因组簇，并使用全基因组注释来识别模型 P. mirabilis 菌株 HI4320 中不存在的感兴趣基因。在我们的队列中，Proteus 由 10 个已命名的物种和 5 个未表征的基因组物种组成。P. mirabilis 可细分为三个亚种；亚种 1 占所有基因组的 96.7% (1,822/1,883)。P. mirabilis 全基因组包括 HI4320 之外的 15,399 个基因，其中 34.3% (5,282/15,399) 没有推定的指定功能。亚种 1 由几个高度相关的克隆群组成。编码假定面向细胞外的蛋白质的噬菌体和基因簇与克隆群相关。在泛基因组中可以识别出模型菌株 P. mirabilis HI4320 中不存在但与已知毒力相关操纵子具有同源性的未知基因。
Senset，一种新型的人类肺衰老细胞基因特征，确定细胞特异性衰老机制
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证。是根据作者/资助者提供的预印本（未经同行评审认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2024年12月26日发布的此版本中显示此版本的版权持有人。 https://doi.org/10.1101/2024.12.26.630373 doi：Biorxiv Preprint
鲍曼不动杆菌特异性噬菌体的研究
摘要 Öz 目的：近年来，许多重要细菌群落对抗生素的耐药性不断增加，导致人们对噬菌体分离和表征以及噬菌体不断扩大的临床潜力的文献兴趣日益浓厚。考虑到抗菌素耐药性特征，分离用于治疗鲍曼不动杆菌感染的噬菌体、确定其作用谱并进行表征非常重要。本研究旨在从环境水源中分离针对目标微生物鲍曼不动杆菌的特异性噬菌体。材料和方法：研究了 16 种不同的环境水样作为噬菌体的潜在来源。以具有多重耐药性的鲍曼不动杆菌临床分离株作为宿主细菌。使用单噬斑分离法分离针对目标细菌的特异性噬菌体。在体外研究期间，使用双琼脂法增加分离噬菌体的滴度，并评估其噬斑形态和宿主特异性。结果：噬菌体 vB_KlAcineto13 仅对目标细菌表现出溶解活性，不会感染其他细菌分离株。结论：根据本研究的结果，可以得出结论，噬菌体 vB_KlAcineto13 的宿主范围较窄，不会感染宿主细菌以外的其他测试细菌。然而，特性研究可能会提供有关噬菌体的更多详细信息。
GJB2的细胞特异性传递恢复了鼠标中的听觉功能1 DFNB1耳聋的模型，并介导了NHP Cochlea中的适当表达2
由无处不在的启动子驱动的记者。AAV9-PHP.B矢量（AAV-CBA-EGFP）在CBA启动子下表达EGFP 115（绿色），有效地转导了内毛细胞（IHC），外毛细胞（OHCS）116（Magenta）（Magenta），辅助细胞和其他小鼠Cochlea中的细胞。IHC和OHC通过117个荧光腓骨（Magenta）鉴定。 f。用AAV载体转导的细胞在GRES（AAV-GRE-EGFP）的控制下表达EGFP标记基因118。 值得注意的是，当GRE控制119表达时，在毛细胞中未观察到EGFP。 g，h。用AAV载体转导的细胞在调节元件的控制下表达120 mmgjb2.ha（g）或hsgjb2.ha（h）。 比例尺：10μm（E，F），30 121 µm（G，H）。 122IHC和OHC通过117个荧光腓骨（Magenta）鉴定。f。用AAV载体转导的细胞在GRES（AAV-GRE-EGFP）的控制下表达EGFP标记基因118。值得注意的是，当GRE控制119表达时，在毛细胞中未观察到EGFP。g，h。用AAV载体转导的细胞在调节元件的控制下表达120 mmgjb2.ha（g）或hsgjb2.ha（h）。比例尺：10μm（E，F），30 121 µm（G，H）。122
托管特异性和对啮齿动物感染的抗性H
狗钩虫（Ancylostoma caninum）仍然是狗的重要病原体，能够引起严重的贫血，甚至在幼犬和衰弱的狗中死亡（Bowman 2020）。这对天然发生的多动药抗药性（MADR）分离株的出现和传播加剧了（Kitchen等人2019; Jiminez Castro等。2019，2020，2021; Venkatesan等。2023; McKean等。2024）。与狗的驱虫测试以及寄生虫严格的宿主特异性相关的成本和道德问题是对治疗Madr Hookworms的新药物开发的严重障碍。开发用于抗体曲霉的啮齿动物模型将消除这些障碍。成功地感染了与同一属的通才钩虫Ancylostoma ceylanicum感染免疫缺陷的小鼠，尽管具有完全功能的免疫系统不是允许的宿主的小鼠，但已有率（Langeland et al。2024）。在此，我们报告的结果表明，宿主建立所必需的宿主 - 寄生虫相互作用的特异性在同一线虫属的成员之间差异很大，因为尽管免疫抑制或缺乏症，但专业寄生虫A. caninum仍无法感染非烷基宿主的宿主。