建林“杰克”程——策展人杰出教授和威廉和南希汤普森杰出工程学教授——获得了 NSF 的资助,用于开发一种软件,该软件将根据蛋白质的氨基酸顺序预测蛋白质的功能。就像单词是口语的基础一样,蛋白质序列是生物系统语言的基础。程使用了一个大型语言深度转换模型,该模型与 ChatGPT 所用的模型有些相似,ChatGPT 是一个流行的人工智能 (AI) 程序,可根据用户提示生成文本。由于蛋白质是生命的基石,因此其应用范围从抗旱作物工程到高级药物开发。
1 Max Planck复杂技术系统动态研究所,德国Magdeburg 39106 2系统微生物学,莱布尼兹生物工程系,莱布尼兹农业工程和生物经济研究所科学,柏林TechnischeUniversität,Ernst-Reuter-Platz 1,10587柏林,德国4研究所4农业和城市生态项目,柏林洪堡大学(IASP),Philippstr。 13,13,10115德国柏林5个生物系统工程部,洪堡大学,伯林大学,阿尔布雷希特 - 阿尔布雷希特--weg 3,3,14195柏林,德国6柏林6号糖科学司,化学科学工程科学学院化学科学,化学,生物技术和健康(CBH)的化学科学学院,鲁斯(CBH)。 21, 10691 Stockholm, Sweden 7 Bioprocess Engineering, Otto von Guericke University Magdeburg, Universitätsplatz 2, 39106 Magdeburg, Germany 8 Applied Biosciences and Process Engineering, Anhalt University of Applied Sciences, Bernburger Straße 55, 06366 Köthen, Germany * Correspondence: benndorf@mpi-magdeburg.mpg.de†这些作者对这项工作也同样贡献。Max Planck复杂技术系统动态研究所,德国Magdeburg 39106 2系统微生物学,莱布尼兹生物工程系,莱布尼兹农业工程和生物经济研究所科学,柏林TechnischeUniversität,Ernst-Reuter-Platz 1,10587柏林,德国4研究所4农业和城市生态项目,柏林洪堡大学(IASP),Philippstr。 13,13,10115德国柏林5个生物系统工程部,洪堡大学,伯林大学,阿尔布雷希特 - 阿尔布雷希特--weg 3,3,14195柏林,德国6柏林6号糖科学司,化学科学工程科学学院化学科学,化学,生物技术和健康(CBH)的化学科学学院,鲁斯(CBH)。 21, 10691 Stockholm, Sweden 7 Bioprocess Engineering, Otto von Guericke University Magdeburg, Universitätsplatz 2, 39106 Magdeburg, Germany 8 Applied Biosciences and Process Engineering, Anhalt University of Applied Sciences, Bernburger Straße 55, 06366 Köthen, Germany * Correspondence: benndorf@mpi-magdeburg.mpg.de†这些作者对这项工作也同样贡献。Max Planck复杂技术系统动态研究所,德国Magdeburg 39106 2系统微生物学,莱布尼兹生物工程系,莱布尼兹农业工程和生物经济研究所科学,柏林TechnischeUniversität,Ernst-Reuter-Platz 1,10587柏林,德国4研究所4农业和城市生态项目,柏林洪堡大学(IASP),Philippstr。 13,13,10115德国柏林5个生物系统工程部,洪堡大学,伯林大学,阿尔布雷希特 - 阿尔布雷希特--weg 3,3,14195柏林,德国6柏林6号糖科学司,化学科学工程科学学院化学科学,化学,生物技术和健康(CBH)的化学科学学院,鲁斯(CBH)。 21, 10691 Stockholm, Sweden 7 Bioprocess Engineering, Otto von Guericke University Magdeburg, Universitätsplatz 2, 39106 Magdeburg, Germany 8 Applied Biosciences and Process Engineering, Anhalt University of Applied Sciences, Bernburger Straße 55, 06366 Köthen, Germany * Correspondence: benndorf@mpi-magdeburg.mpg.de†这些作者对这项工作也同样贡献。Max Planck复杂技术系统动态研究所,德国Magdeburg 39106 2系统微生物学,莱布尼兹生物工程系,莱布尼兹农业工程和生物经济研究所科学,柏林TechnischeUniversität,Ernst-Reuter-Platz 1,10587柏林,德国4研究所4农业和城市生态项目,柏林洪堡大学(IASP),Philippstr。 13,13,10115德国柏林5个生物系统工程部,洪堡大学,伯林大学,阿尔布雷希特 - 阿尔布雷希特--weg 3,3,14195柏林,德国6柏林6号糖科学司,化学科学工程科学学院化学科学,化学,生物技术和健康(CBH)的化学科学学院,鲁斯(CBH)。 21, 10691 Stockholm, Sweden 7 Bioprocess Engineering, Otto von Guericke University Magdeburg, Universitätsplatz 2, 39106 Magdeburg, Germany 8 Applied Biosciences and Process Engineering, Anhalt University of Applied Sciences, Bernburger Straße 55, 06366 Köthen, Germany * Correspondence: benndorf@mpi-magdeburg.mpg.de†这些作者对这项工作也同样贡献。Max Planck复杂技术系统动态研究所,德国Magdeburg 39106 2系统微生物学,莱布尼兹生物工程系,莱布尼兹农业工程和生物经济研究所科学,柏林TechnischeUniversität,Ernst-Reuter-Platz 1,10587柏林,德国4研究所4农业和城市生态项目,柏林洪堡大学(IASP),Philippstr。13,13,10115德国柏林5个生物系统工程部,洪堡大学,伯林大学,阿尔布雷希特 - 阿尔布雷希特--weg 3,3,14195柏林,德国6柏林6号糖科学司,化学科学工程科学学院化学科学,化学,生物技术和健康(CBH)的化学科学学院,鲁斯(CBH)。 21, 10691 Stockholm, Sweden 7 Bioprocess Engineering, Otto von Guericke University Magdeburg, Universitätsplatz 2, 39106 Magdeburg, Germany 8 Applied Biosciences and Process Engineering, Anhalt University of Applied Sciences, Bernburger Straße 55, 06366 Köthen, Germany * Correspondence: benndorf@mpi-magdeburg.mpg.de†这些作者对这项工作也同样贡献。
Niklas F.C. Hummel,1,2,3,4 Kasey Markel,1,2,3 Jordan Stefani,5 Max V. Staller,5,6,7 *和Patrick M. Shih 1,2,2,2,3,3,8,9,9,9, * 1工厂和微生物系,加利福尼亚大学,伯克利大学,CA 94720,CA 94720,USAD CACTUTTE 94608,美国3美国3环境基因组学和系统生物学部,劳伦斯·伯克利国家实验室,伯克利,CA 94720,美国4美国4号生物学系,Technische Universit,Darmstadt,64287 Darmstadt,DARMSTADT,DARMSTADT,DEMANY DEMANY,DEMANY 5 MATILIA of CALICALIA of CALICATION of CALICATIA美国伯克利,加利福尼亚州94720,美国7 Chan Zuckerberg Biohub-San Francisco,旧金山,CA 9415,美国8 Innovative Genomics Institute,加利福尼亚大学,伯克利分校,CA 94720,美国94720,美国9铅联系 *通讯 ),pmshih@berkeley.edu(p.m.s.) https://doi.org/10.1016/j.cels.2024.05.007Niklas F.C.Hummel,1,2,3,4 Kasey Markel,1,2,3 Jordan Stefani,5 Max V. Staller,5,6,7 *和Patrick M. Shih 1,2,2,2,3,3,8,9,9,9, * 1工厂和微生物系,加利福尼亚大学,伯克利大学,CA 94720,CA 94720,USAD CACTUTTE 94608,美国3美国3环境基因组学和系统生物学部,劳伦斯·伯克利国家实验室,伯克利,CA 94720,美国4美国4号生物学系,Technische Universit,Darmstadt,64287 Darmstadt,DARMSTADT,DARMSTADT,DEMANY DEMANY,DEMANY 5 MATILIA of CALICALIA of CALICATION of CALICATIA美国伯克利,加利福尼亚州94720,美国7 Chan Zuckerberg Biohub-San Francisco,旧金山,CA 9415,美国8 Innovative Genomics Institute,加利福尼亚大学,伯克利分校,CA 94720,美国94720,美国9铅联系 *通讯),pmshih@berkeley.edu(p.m.s.)https://doi.org/10.1016/j.cels.2024.05.007
Niklas F.C. Hummel,1,2,3,4 Kasey Markel,1,2,3 Jordan Stefani,5 Max V. Staller,5,6,7 *和Patrick M. Shih 1,2,2,2,3,3,8,9,9,9, * 1工厂和微生物系,加利福尼亚大学,伯克利大学,CA 94720,CA 94720,USAD CACTUTTE 94608,美国3美国3环境基因组学和系统生物学部,劳伦斯·伯克利国家实验室,伯克利,CA 94720,美国4美国4号生物学系,Technische Universit,Darmstadt,64287 Darmstadt,DARMSTADT,DARMSTADT,DEMANY DEMANY,DEMANY 5 MATILIA of CALICALIA of CALICATION of CALICATIA美国伯克利,加利福尼亚州94720,美国7 Chan Zuckerberg Biohub-San Francisco,旧金山,CA 9415,美国8 Innovative Genomics Institute,加利福尼亚大学,伯克利分校,CA 94720,美国94720,美国9铅联系 *通讯 ),pmshih@berkeley.edu(p.m.s.) https://doi.org/10.1016/j.cels.2024.05.007Niklas F.C.Hummel,1,2,3,4 Kasey Markel,1,2,3 Jordan Stefani,5 Max V. Staller,5,6,7 *和Patrick M. Shih 1,2,2,2,3,3,8,9,9,9, * 1工厂和微生物系,加利福尼亚大学,伯克利大学,CA 94720,CA 94720,USAD CACTUTTE 94608,美国3美国3环境基因组学和系统生物学部,劳伦斯·伯克利国家实验室,伯克利,CA 94720,美国4美国4号生物学系,Technische Universit,Darmstadt,64287 Darmstadt,DARMSTADT,DARMSTADT,DEMANY DEMANY,DEMANY 5 MATILIA of CALICALIA of CALICATION of CALICATIA美国伯克利,加利福尼亚州94720,美国7 Chan Zuckerberg Biohub-San Francisco,旧金山,CA 9415,美国8 Innovative Genomics Institute,加利福尼亚大学,伯克利分校,CA 94720,美国94720,美国9铅联系 *通讯),pmshih@berkeley.edu(p.m.s.)https://doi.org/10.1016/j.cels.2024.05.007
1 俄勒冈大学生物系和生态与进化研究所,尤金,美国;2 牛津大学韦瑟罗尔分子医学研究所,牛津,英国;3 冷泉港实验室西蒙斯定量生物学中心,冷泉港,美国;4 北卡罗来纳大学教堂山分校遗传学系,教堂山,美国;5 哥本哈根大学全球研究所伦贝克地球遗传学中心,哥本哈根,丹麦;6 加利福尼亚大学洛杉矶分校生态与进化生物学系,洛杉矶,美国;7 麦吉尔大学人类遗传学系,蒙特利尔,加拿大;8 墨尔本大学数学与统计学院墨尔本综合基因组学,墨尔本,澳大利亚;9 弗莱堡大学数学随机学系,弗莱堡,德国;10 华盛顿大学基因组科学系,西雅图,美国; 11 美国亚利桑那州立大学生物设计研究所和生命科学学院,坦佩;12 美国加利福尼亚大学洛杉矶分校大卫·格芬医学院人类遗传学系,洛杉矶;13 以色列赫兹利亚赫兹利亚跨学科中心 Efi Arazi 计算机科学学院,赫兹利亚,以色列;14 美国斯坦福大学生物系,斯坦福,美国;15 美国哥伦比亚大学生态、进化与环境生物学系,纽约;16 美国康奈尔大学计算生物学系,伊萨卡,美国;17 俄罗斯联邦圣彼得堡信息技术与光学大学计算机技术实验室;18 墨西哥国立自治大学国际人类基因组研究实验室,墨西哥尤里基亚;19 美国亚利桑那大学分子与细胞生物学系,图森,美国;20 美国俄勒冈大学数学系,尤金,美国; 21 英国牛津大学李嘉诚健康信息与发现中心大数据研究所
位点特异性 DNA 重组酶以极其整齐的方式催化单向 DNA 插入、反转和缺失反应,不会留下断裂的磷酸二酯键。然而,它们这样做的机制给它们留下了一个有趣的热力学问题:产物中的共价键净数量与底物中的共价键净数量相同。这些酶如何推动它们的反应完成?此外,它们如何“决定”将哪些 DNA 位点配对为底物以及以何种相对方向配对?我们最近的一系列低温电子显微镜结构为我们最喜欢的位点特异性重组酶(大型丝氨酸整合酶)如何实现这一目标提供了结构解释。主办方:生物系
5 加拿大魁北克省蒙特利尔市麦吉尔大学解剖学和细胞生物学系,6 加拿大魁北克省蒙特利尔市麦吉尔大学药理学和治疗学系,7 英国牛津大学药理学系,8 意大利罗马 EBRI Rita Levi-Montalcini 基金会神经药理学实验室,9 意大利罗马第二大学药学院生物系,10 意大利米兰 Casa Cura Policlinico 神经康复科学系,11 法国巴黎医院大道 INSERM U 1127 CNRS UMR 7225 脑与脊柱研究所 (ICM),12 法国巴黎 AP-HP Pitié-Salpêtrière 医院神经内科记忆与阿尔茨海默病研究所 (IM2A),13比萨,意大利,比萨,
a 澳门大学健康科学学院生殖、发育与衰老研究中心及转化医学研究所,澳门 999078,中国 b 南方科技大学生命科学学院脑研究中心及生物系,广东省深圳市南山区学苑大道 1088 号,518055,中国 c 哈达萨-希伯来大学医学中心医学部过敏与临床免疫学科,耶路撒冷 9112001,以色列 d 加拿大安大略省多伦多大学圣米迦勒医院麻醉科、重症医学与生理学科 e 英国贝尔法斯特女王大学生物科学学院全球粮食安全研究所,贝尔法斯特 BT9 5DL,英国 f 耶路撒冷希伯来大学医学院药学院药物研究所药理学科,耶路撒冷 9112002,以色列