调整甲基C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 assocComp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ... 。 。 。 。 。 。 。 。 13 数据模拟。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 14 diffMethPerChr 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 16 摘录。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 ..................................................................................................................................................................................17 filterByCoverage ..................................................................................................................................................................................................................19 getAssembly ..................................................................................................................................................................................................................................................19 getContext ..................................................................................................................................................................................................19 getContext ..................................................................................................................................................................................19 ..................................................................................................................................................................................................................................................................................22 获取Correlation ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................23 获取CoverageStats ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................24 获取Data ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................24 获取Data .................. ... . . . 28 getMethylDiff . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ... . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ... . ... 。。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 47
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参考(1)fu,l。; niu,b。 Z。Z。; Wu,S。; Li,W。序列分析CD-HIT:加速用于聚类下一代测序数据。2012,28(23),3150–3152。https://doi.org/10.1093/bioinformatics/BTS565。 (2)Boyd,E。S。; Barkay,T。汞电阻操纵子:从地热环境中的起源到有效的排毒机。 Front Microbiol 2012,3(10月),349。https://doi.org/10.3389/fmicb.2012.00349。 (3)Pitts,K。E。;萨默斯,A。O。 硫醇在细菌有机灰裂(MERB)中的作用。 生物化学2002,41(32),10287–10296。 https://doi.org/10.1021/bi0259148。 (4)Kozlov,A。M。;达里巴(Darriba),d。面粉,t。;莫雷尔,b。 Stamatakis,A。Raxml-NG:一种快速,可扩展和用户友好的工具,可用于最大似然系统发育推断。 生物信息学2019,35(21),4453–4455。 https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz305。 (5)Christakis,C。A。; Barkay,T。;博伊德(E. S. 前微生物2021,12,682605。https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.682605/full。https://doi.org/10.1093/bioinformatics/BTS565。(2)Boyd,E。S。; Barkay,T。汞电阻操纵子:从地热环境中的起源到有效的排毒机。Front Microbiol 2012,3(10月),349。https://doi.org/10.3389/fmicb.2012.00349。(3)Pitts,K。E。;萨默斯,A。O。硫醇在细菌有机灰裂(MERB)中的作用。生物化学2002,41(32),10287–10296。https://doi.org/10.1021/bi0259148。 (4)Kozlov,A。M。;达里巴(Darriba),d。面粉,t。;莫雷尔,b。 Stamatakis,A。Raxml-NG:一种快速,可扩展和用户友好的工具,可用于最大似然系统发育推断。 生物信息学2019,35(21),4453–4455。 https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz305。 (5)Christakis,C。A。; Barkay,T。;博伊德(E. S. 前微生物2021,12,682605。https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.682605/full。https://doi.org/10.1021/bi0259148。(4)Kozlov,A。M。;达里巴(Darriba),d。面粉,t。;莫雷尔,b。 Stamatakis,A。Raxml-NG:一种快速,可扩展和用户友好的工具,可用于最大似然系统发育推断。生物信息学2019,35(21),4453–4455。https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz305。 (5)Christakis,C。A。; Barkay,T。;博伊德(E. S. 前微生物2021,12,682605。https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.682605/full。https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz305。(5)Christakis,C。A。; Barkay,T。;博伊德(E. S.前微生物2021,12,682605。https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.682605/full。
该方法是从水产养殖产品中的10种不同类别的药物中开发出42种不同兽药残基的定量和验证性测定的。这些药物类别包括苯乙酚,β乳酸,氟喹诺酮类,喹诺酮类,磺酰胺,四环素,大环内酯类,林糖酰胺,triphenenyl甲烷染料和驱虫药。提取程序基于先前发布的LIB#4615,该LIB#4615从水产养殖组织中去除不需要的基质组件,同时允许覆盖广泛的残基。这种提取方法与在正和负离子模式下使用电喷雾电离的优化LC-MS/MS采集方法结合使用,提供了准确的定量结果。方法已针对虾,青蛙腿,barramundi,croaker和cobia进行了验证。
Zn 2+是大约850个人类转录因子所需的必需金属。这些蛋白质如何获得其必需的Zn 2+辅因子,以及它们是否对细胞中不稳定的Zn 2+池的变化敏感仍然是开放的问题。使用ATAC-SEQ进行可访问的染色质的区域,并结合转训练因子富集分析,我们研究了不稳定锌池的增加和减少如何影响染色质的可及性和转录因子富集。我们发现685个转录因子基序被差异富集,对应于507个独特的转录因子。在启动子与基因间区域的扰动模式和转录因子的类型截然不同,锌 - 纤维转录因子在升高的Zn 2+中强烈富集在基因间区域中。测试ATAC-SEQ和转录因子富集分析预测是否与转录因子结合的变化相关,我们使用ChIP-QPCR来实现六个p53结合位点。我们发现,对于六个目标,p53结合与ATAC-SEQ确定的局部可访问性相关。这些结果降低了不稳定锌的变化改变染色质的可及性和转录因子与DNA的结合。
22 E.,Annandale,NJ 08801,美国摘要:芳烃的初始热反应与许多工业应用有关。然而,跟踪越来越多的重度多环芳烃(PAH)的产物极具挑战性,因为许多反应都与分子混合物并行展开。在此,我们研究了2,7-二甲基苯乙烯(DMPY)的反应,以解读轻度热处理过程中甲基取代基的作用。我们发现,甲基取代基的存在是减少自然分子混合物中化学反应所需的热严重程度的关键。通过NMR,质谱和非接触式原子力显微镜(NC-AFM)表征了包括单体,二聚体和三聚体在内的热产物的复杂混合物。确定了广泛的结构转化,包括甲基转移和聚合反应。在多环芳烃在聚合过程中的作用上获得了一种详细的理解。
致谢我要感谢吉姆·道林(Jim Dowling)博士是一位善良而热情的主管,尽管我的论文和指导了我的项目。他为我提供了一个养育环境,以学习和成长为科学家。我要感谢Dowling Lab始终保持支持,并允许我享受我作为研究生的时间。Dowling Lab,PGCRL的第15层和斑马鱼设施为我提供了这样的培养环境,以使我学习,在智力上挑战,成长为科学家并学会进行研究。我一直被知识渊博的专家所包围,他们总是愿意分享自己的知识和经验。我要衷心感谢我的委员会,克雷格·斯米伯特(Craig Smibert)博士,伊恩·斯科特(Ian Scott)博士和罗纳德·科恩(Ronald Cohn)博士提供了宝贵的支持和投入,以使我的项目在整个论文中保持顺利进行。最后,我要感谢我的父母为我一生和通过这篇论文提供了我所需要的所有无条件支持。他们不断的支持和鼓励使我能够进一步发展科学教育并成为一名科学家,我将永远感谢。