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多囊卵巢综合症与表观遗传DNA甲基化调控的研究进展
多囊卵巢综合征（PCOS）是育龄妇女中最常见的内分泌疾病。尽管其发病率很高并且被认为是无排卵性不孕的主要原因，但人们对该综合征的了解仍然很少，仍存在诊断不足和治疗不足的情况，导致女性患者治疗方案的研究进展缓慢。这种复杂疾病的异质性是遗传、环境、内分泌和行为因素共同作用的结果。它通常与卵巢增大和功能障碍、雄激素水平升高和胰岛素抵抗有关。目前，尚无单一病因可以完全解释 PCOS 的发病机制。大多数证据表明 PCOS 是一种复杂的多因素疾病，具有高度的遗传性。表观遗传学是指基因组和基因表达的可遗传变化，而 DNA 序列没有任何改变。表观遗传学包括DNA甲基化、组蛋白修饰（乙酰化、磷酸化、甲基化等）和非编码RNA（ncRNA）含量的改变。现有研究认为表观遗传学，特别是DNA甲基化在PCOS的发病机制中起着至关重要的作用。
从全基因组 DNA 甲基化模式中获取见解
甲基化等表观遗传机制可以影响基因表达，并在适应当地环境条件方面发挥关键作用，从而引入物种内的非遗传变异性。在这里，我们使用简化表示亚硫酸氢盐测序方法 (RRBS)，比较了三个欧洲棕熊种群的血液和肌肉中的甲基化模式。我们的结果清楚地表明，除了组织驱动的分歧之外，三个种群的甲基化模式明显不同。差异甲基化位点可能与涉及发育和解剖分化的基因组特征有关，遍布整个熊基因组。这一发现支持了先前的研究，即改变发育途径在塑造具有潜在适应性意义的表型新颖性方面发挥着作用。我们的研究结果强调了在研究野生非模型生物时纳入表观遗传方法的重要性和有效性。研究表观基因组对于那些基因组多样性已严重丧失的濒危种群尤其重要。
DNA 甲基化是 STX6 和其他额颞叶变性遗传风险相关基因位点失调的一个因素
MAPT cg01934064 17 44064242 船体搁板 -0.14 0.024 MAPT cg15323584 17 44022846 5'UTR 搁板 0.11 0.009 MAPT cg17569492 17 44026659 5'UTR 岛 0.09 0.019 MAPT cg12727978 17 44075500 船体露天海域 0.08 0.009 TREM2 cg02828883 6 41131823 TSS1500 露天海域 0.08 0.005 TIA1 cg14434028 2 70452453 船体露天海域 0.08 0.036 TIA1 cg13119546 2 70444039 身体 opensea 0.05 0.041 RUNX2 cg16181497 6 45409732 身体 opensea -0.07 0.042 RUNX2 cg12755953 6 45430813 身体 opensea 0.06 0.039 RUNX2 cg04110902 6 45500999 身体 opensea 0.05 0.038 GRN cg06800040 17 42427647 身体 shelf 0.07 0.022 FTLD1m 按亚型分类：TDP Type A C9orf72 vs CTRL MAPT cg15323584 17 44022846 5'UTR shelf 0.17 0.002 MAPT cg12727978 17 44075500 船体 开海 0.15 0.001 MAPT cg17569492 17 44026659 5'UTR 岛 0.1 0.032 MAPT cg19276540 17 44060353 船体 岛 0.08 0.035 RUNX2 cg12041069 6 45341222 船体 搁板 0.15 0.04 RUNX2 cg17636752 6 45391973 船体 岸 0.09 0.036 RUNX2 cg12755953 6 45430813 船体 开海 0.08 0.026 TIA1 cg14434028 2 70452453 身体 开放海 0.13 0.011 TIA1 cg13119546 2 70444039 身体 开放海 0.06 0.047 TIA1 cg15836561 2 70442511 ExonBnd 开放海 0.06 0.028 TBK1 cg23175599 12 64848891 5'UTR 架 0.1 0.026 TREM2 cg02828883 6 41131823 TSS1500 开放海 0.09 0.017 CCNF cg26647200 16 2482775 身体 架 0.09 0.022 GRN cg06800040 17 42427647 车身搁板 0.08 0.031 GRN cg12837296 17 42426483 5'UTR 开海 0.07 0.033 GRN cg23570245 17 42426011 5'UTR 开海 0.06 0.048 GRN cg08491241 17 42421960 TSS1500 开海 0.06 0.05 SQSTM1 cg05578452 5 179255653 车身开海 0.07 0.005 SQSTM1 cg09046399 5 179264098 3'UTR 开海 0.06 0.025 FTLD1m 亚型：TDP C 型 vs CTRL MAPT cg01934064 17 44064242 船体架 -0.16 0.016 MAPT cg17569492 17 44026659 5'UTR 岛 0.08 0.045 MAPT cg26979107 17 44061355 船体岸 0.06 0.016 MAPT cg22635938 17 44039549 5'UTR 公海 -0.06 0.012 MAPT cg01582587 17 44036817 5'UTR 公海 0.05 0.022 TBK1 cg09999583 12 64878162 船体公海-0.1 0.029 TREM2 cg02828883 6 41131823 TSS1500 公海 0.08 0.009
二价启动子的北野DNA甲基化通过PRC2位移诱导基因激活
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版本的版权持有人于2025年2月8日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.02.07.636872 doi：Biorxiv Preprint
关于乳腺癌异常甲基化影响的回顾...
摘要：乳腺癌 (BC) 仍然是全球主要的健康问题，其病理生理学的一个关键因素是表观遗传异常，特别是 DNA 甲基化和组蛋白修饰。本综述全面介绍了当前关于 BC 中这些表观遗传变化的影响的研究，强调了预后、诊断和治疗策略领域的重大发现。特别是，乳腺癌的发展和患者生存与 BRCA1、DAPK1 和 RASSF1A 等基因启动子甲基化有关。此外，肿瘤大小和等级与 APAF1、GSTP1 和 ER 的甲基化状态之间存在相关性。组蛋白修饰，如乙酰化和甲基化，对于控制乳腺癌中的基因表达至关重要。这些修饰的变化与肿瘤的发展和对治疗的抵抗有关。该分析强调了甲基化靶向药物在提高传统化疗效果方面的潜力，并揭示了区分恶性组织和正常组织的特定甲基化指标。尽管结果令人鼓舞，但仍需要进一步的临床验证来确认 DNMT 和 HMT 抑制剂在减轻 BC 的激素耐药性和表观遗传修饰方面的有效性。需要进行大规模试验来验证这些结果，研究联合疗法（包括针对组蛋白修饰的疗法）以改善患者预后是主要建议之一。
对医疗保健环境中无生命表面的基于微生物的抗菌消毒的批判性评估粪便样品中的DNA甲基化生物标志物静止状态fMRI研究
结果：与HC相比，患有AUVP的患者在双侧岛状，右前中前回，左下额回和右侧额叶和右侧额叶以及左小脑前叶中的ALFF显示较低的ALFF。使用这些异常大脑区域作为种子，我们观察到AUVP患者的左岛和左前神经间的FC降低。此外，AUVP患者在左岛和左辅助运动区域之间显示FC增加。相关分析的结果表明，左岛中的ALFF值（Z值）与运河负率值（p = 0.005，r = -0.483）和左Insular Procuneus之间的FC（Z-Value）负相关，左二液和左precuneus之间的FC（Z-Value）与DIZZNICESS HINDICAP INSTICAP INVENTORY CRECTORY CONTISTORY CRESTORY SECTER（p = 0.012），r = 0.43。
多维综合分析显示 BCL2L1 甲基化是儿童恶性肿瘤中 MCL1 依赖性的预测因子
简介高级别胶质瘤 (HGG) 是一种中枢神经系统恶性肿瘤，在成人和儿童中均有发生（1、2）。WHO 将 HGG 归类为 3 级和 4 级肿瘤，其特征是细胞过多、细胞核异形性、微血管增生和中心坏死（3-5）。HGG 在成人中更为常见，超过一半 (60%) 的胶质瘤被诊断为 HGG，而儿童中只有大约 10%-15% 的中枢神经系统肿瘤被诊断为 HGG，而低级别胶质瘤更为常见（6-8）。治疗包括手术、放疗和化疗相结合的多模式方案。然而，这些治疗无效，不到 20% 的患者在诊断后 5 年内存活（9-11）。因此，迫切需要寻找这种毁灭性疾病的创新疗法并改善生存结果。
与青少年时期认知和大脑结构发育相关的共甲基化网络
1 神经影像和数据科学转化研究中心 (TReNDS)：（佐治亚州立大学、佐治亚理工学院和埃默里大学），美国佐治亚州亚特兰大，2 佐治亚州立大学神经科学研究所，美国佐治亚州亚特兰大，3 佐治亚州立大学计算机科学系，美国佐治亚州亚特兰大，4 俄亥俄州立大学韦克斯纳医学中心精神病学和行为健康系，美国俄亥俄州哥伦布，5 心智研究网络，美国新墨西哥州阿尔伯克基，6 杜兰大学生物医学工程系，美国路易斯安那州新奥尔良，7 男孩城国家研究医院人类神经科学研究所，美国内布拉斯加州奥马哈，8 佐治亚州立大学心理学系和神经科学研究所，美国佐治亚州亚特兰大
H3K4-H3K9组蛋白甲基化模式和肿瘤发育网络作为小儿高级神经胶质瘤中细胞命运决定的驱动因素
3 Oxford Immune Algorithmics, Reading, UK ABSTRACT This study employs systems medicine approaches, including complex networks and machine learning- driven discovery, to identify key biomarkers governing phenotypic plasticity in pediatric high-grade gliomas (pHGGs), namely, IDHWT glioblastoma and H3K27M diffuse intrinsic pontine glioma (DIPG).通过整合单细胞转录组学和组蛋白质量细胞术数据，我们将这些侵略性肿瘤概念化为复杂的自适应生态系统，该系统由被劫持的oncofetal发育程序和病理吸引力动力学驱动。Our analysis predicts lineage-plasticity markers, including KDM5B (JARID1B), ARID5B, GATA2/6, WNT, TGFβ, NOTCH, CAMK2D, ATF3, DOCK7, FOXO1/3, FOXA2, ASCL4, PRDM9, METTL5/8, RAP1B, CD99, RLIM, TERF1, and LAPTM5, as drivers of细胞命运控制论。此外，我们确定了内源性生物电特征，包括Grik3，Grin3，Slc5a9，Nkain4和KCNJ4/6，是潜在的重编程靶标。此外，我们验证了先前发现的可塑性基因，例如PDGFRA，EGFR靶标，OLIG1/2，FXYD5/6，MTSSS1，SEZ6L，MTRN2L1和SOX11，证实了我们复杂系统方法的鲁棒性。此系统肿瘤学框架为精确医学提供了有前途的途径，通过指导由单细胞多摩学告知的组合疗法来优化患者的结果，并以PHGG表型可塑性为治疗性脆弱性。此外，我们的发现表明肿瘤表型可塑性（即过渡疗法）和PHGG生态系统中疾病的表观遗传重编程性能朝向稳定的，转分化的状态。因此，了解关键字：小儿神经胶质瘤；表型可塑性；癌症多组学；数据科学；系统医学；精度肿瘤学。引言小儿高级神经胶质瘤（PHGGS）代表致命疾病，没有任何精确诊断，有效的治疗或预防（Swanton等，2024）。这些侵略性肿瘤破坏了发育过程和组织稳态，导致形态发生，对治疗的抵抗力和免疫逃避（Senft等，2017; Jessa等，2019）。对其病理学的中心是表型可塑性 - 细胞在谱系身份之间适应响应微环境压力的能力。This plasticity arises from epigenetic dysregulation, such as oncohistone mutations like H3K27M (H3F3A) and driver mutations like TP53, ACVR1, etc., which destabilize chromatin structure, trapping cells in metastable, multipotent states and impairing their differentiation hierarchy (Shpargel et al., 2014; Paugh et al., 2011; Jessa et al., 2019）。实际上，这些塑料状态促进了肿瘤的进展和耐药性作为新兴行为，从而创造了不稳定的生态系统。
![[新闻信息]《基于DNA甲基化谱的表观基因组》](/simg/c/c96354db414e1e22ae7ae3ecb3e4643505cd6928.webp)