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高型物质的读取级甲基化模式提取...
DNA甲基化的异常变化与癌变的早期阶段有关。确定循环肿瘤DNA（CTDNA）中这些表观遗传变化可以揭示潜在的生物标志物来早期诊断各种癌症。然而，分析此类数据会带来生物信息学挑战，因为在检测活检样本中低丰度的CTDNA信号方面缺乏灵敏度，这些ctDNA信号通常被包含数百个目标区域的库的复杂性所淹没。读取水平的甲基化分析有望由于稀有信号的广泛覆盖范围和高灵敏度，因此有望进行更深入的DNA甲基化检测。但是，由于缺乏能够生成适合基准科学家和专业生物信息学家的可解释报告的标准化工作流的缺乏，这种方法受到了阻碍。在这里，我们提出了一个生物信息学工作流，该工作流程检查下一代测序（NGS）数据并表征扩增子的读取级甲基化模式。与当前可用的其他工具相比，我们的方法旨在与高型，大规模的目标测定法一起使用。它有效地消除了从测序副产品（例如False CpG调用，二聚体和脱靶比对）得出的不希望的噪声。此外，为了容纳最新的NGS平台生成的大量数据，该工作流程可以并行处理与基于云的基于云和本地计算资源兼容的样品。此工作流程提供了DNA甲基化模式的全面可视化，并报告了读取水平的甲基化在“模式为a-a-a-a-feature”表中。在此表中，每个样品的扩增子层型单倍型（图案）的出现表示为“特征列”，并与实验中发现的所有模式一起汇总。这些读取级别的模式以及其他信息可用于开发机器学习算法，以重复收获真正的预测特征，并在预测癌症诊断时惩罚混淆信号。
社论：核苷，核苷酸和核酸
核苷和核苷酸构成核酸的基本构件，生命的基本分子成分通过传输和存储遗传信息在遗传中起着至关重要的作用（Minchin和Lodge，2019）。在这里，我们汇总了该研究主题的贡献，并将解决合成，表观遗传学和治疗方法的问题（Liu等人; Sabat等。;伯迪斯； Naciuk等。; Sergeeva等。）。DNA表达取决于复制后化学修饰后的核苷酸。其中之一是胞嘧啶嘧啶环在C-5处仅发生的DNA甲基化，作为CpG二核苷酸启动子中的表观遗传标记。甲基化水平直接连接到诸如癌变之类的生物学过程的促进或功能障碍。破坏甲基化平衡的因素问题引起了极大的兴趣，Liu等人。探索了金属在DNA甲基化水平上的作用。作者使用原位杂交（FISH）方法来确认金属离子对DNA甲基化的影响。核酸还参与了许多细胞过程，例如细胞信号传导（ATP作为能源和cAMP作为细胞内的第二个使者传输信息），使用构成构建体块传递正确的氨基酸或重复过程（DNA复制或转录到Messenger RNA）的转移RNA的蛋白质翻译。最好的例子是发现和生产M -RNA疫苗，例如反对Covid -19的一种。通过分子生物学技术（例如聚合酶链反应（PCR））合成核酸的合成，使得能够以良好的限制和舒适的数量获得大分子多样性。几种疫苗已经进行了传染病的临床试验（流体疾病，寨卡病毒，尼帕病毒，呼吸道合胞病毒），遗传疾病和癌症（Khan等，2023）。DNA是由4个核碱基编码的系统，近年来已被视为存储信息以满足当前服务器的能源成本的宝贵媒介。DNA具有足够的稳定
胆囊癌中的微生物组营养不良：全身评论
胆囊癌（GBC）始于上皮组织（胆管和胆囊的衬里）。这是一种称为腺癌的侵袭性癌症，可以扩散到其他组织。在所有胆道癌病例中，有50％来自GBC。这是一种致命的癌症，在2007年至2013年期间的存活率为17.6％。GBC在西方世界很少发现，但在南亚通常可以找到。在东南亚国家，GBC在与癌症有关的发病率和死亡率中起着重要作用。 GBC的发病率显示出明显的区域可变性，在西方人口中是罕见的状况，但在印度的频率较高，尤其是印度 - 抗议带和一些不包括那加兰邦的东北地区。 这可能归因于环境因素和遗传易感性调节癌变的差异。 在GBC中，在早期阶段仅确定10％的病例。 较低的早期检测率是由于缺乏筛查技术和肿瘤的攻击性特征所致。 各种危险因素与GBC有关，例如，有或没有胆结石的慢性胆囊炎，肥胖症，暴露于铅和砷，细菌感染，先天性胆道囊肿和胰腺异常的胰腺造成肌管连接。 危险因素可能导致慢性胆囊粘膜刺激，导致发育不良和肿瘤。 GBC可以在5 - 15年的时间内形成转移性异常，然后在原位进行癌，最后是侵入性癌症。 营养不良导致包括癌症在内的各种疾病。在东南亚国家，GBC在与癌症有关的发病率和死亡率中起着重要作用。GBC的发病率显示出明显的区域可变性，在西方人口中是罕见的状况，但在印度的频率较高，尤其是印度 - 抗议带和一些不包括那加兰邦的东北地区。这可能归因于环境因素和遗传易感性调节癌变的差异。在GBC中，在早期阶段仅确定10％的病例。较低的早期检测率是由于缺乏筛查技术和肿瘤的攻击性特征所致。各种危险因素与GBC有关，例如，有或没有胆结石的慢性胆囊炎，肥胖症，暴露于铅和砷，细菌感染，先天性胆道囊肿和胰腺异常的胰腺造成肌管连接。危险因素可能导致慢性胆囊粘膜刺激，导致发育不良和肿瘤。GBC可以在5 - 15年的时间内形成转移性异常，然后在原位进行癌，最后是侵入性癌症。营养不良导致包括癌症在内的各种疾病。多个触发因素会引起营养不良，例如环境变化，炎症，感染，药物，饮食变化或遗传易感性。各种研究表明，幽门螺杆菌，人乳头瘤病毒，丙型肝炎病毒和丙型肝炎病毒微生物物种会引起癌症。它们是负责90％与感染相关癌症的主要物种。各种研究表明，沙门氏菌和螺旋杆菌的菌株与发展GBC有关。虽然将肠道菌群与GBC联系起来的机制尚不完全了解，但一些研究表明潜在的关联。根据一项研究，与邻近的正常组织相比，某些肠道微生物组（例如核细菌）在GBC组织中发现了GLUT。通过评估肠道微生物组营养不良，我们可以看到肠道微生物组失调与GBC之间的潜在联系；它可以为GBC的发展和发展提供宝贵的见解。这可能导致鉴定新的诊断标记和新型治疗策略的发展。在GBC中，肠道微生物组营养不良的评估（涉及患者肠道微生物组的组成，多样性和功能能力）已成为一种有前途的方法，用于了解分子机制，并鉴定出早期预防和检测GBC的生物标志物，并在GBC之间进行任何疾病，并研究了任何链接之间的响应范围和距离guti的可能性。总而言之，在GBC中评估肠道微生物组营养不良是确定潜在的早期检测和预防生物标志物的有前途的方向。因此需要进行其他研究，以确定肠道微生物组营养不良在GBC的发展和进展中的作用，并确定可靠的生物标志物以供临床使用。
Margetuximab 与 retifanlimab 作为 HER2+/... 的一线治疗
1 美国芝加哥大学医学中心医学系；2 韩国首尔蔚山大学医学院峨山医学中心肿瘤学系；3 美国罗切斯特梅奥诊所综合癌症中心肿瘤内科；4 韩国水原天主教大学圣文森特医院肿瘤内科；5 首尔三星医疗中心血液学和肿瘤学；6 韩国首尔首尔国立大学医院内科、首尔国立大学医学院癌症研究所、首尔国立大学研究生院创新医学科学综合专业；7 费尔法克斯弗吉尼亚癌症专家研究所；8 俄克拉荷马大学健康科学中心和斯蒂芬森癌症中心，俄克拉荷马城；9 林肯内布拉斯加州血液肿瘤学中心血液学和肿瘤学分部；10 新不伦瑞克新泽西州罗格斯癌症研究所肿瘤内科； 11 美国杜阿尔特希望之城综合癌症中心肿瘤内科与治疗学研究系；12 韩国首尔延世大学医学院延世癌症中心肿瘤内科；13 佛罗里达癌症专家中心肿瘤内科；14 美国波士顿麻省总医院癌症中心；15 城南市首尔国立大学医学院盆唐首尔国立大学医院内科；16 韩国首尔高丽大学九老医院肿瘤科；17 休斯顿肿瘤顾问中心肿瘤内科；18 美国菲尼克斯梅奥诊所癌症中心内科；19 北京大学肿瘤医院暨研究所癌变及转化研究教育部重点实验室胃肠道肿瘤科；20 德国美因茨约翰内斯古腾堡大学； 21 MacroGenics, Inc.，罗克维尔；22 美国圣路易斯华盛顿大学医学院医学系
多发性骨髓瘤患者的心脏手术后因kleblebsiella eermogenes引起的胸骨骨髓炎的多学科管理：病例报告和文献讨论
在癌症，遗传和表观遗传学改变会导致转录程序失调，这使得癌细胞高度依赖基因表达的某些调节剂。这样的调节剂，例如转录因子（TFS），几乎是癌症的罪魁祸首（1）。例如，slug和蜗牛参与上皮到间质转变（EMT）（2），而STAT3是EGFR途径下游的主要效应器之一（3）。最近，非编码RNA（miRNA，LNCRNA等）已被揭示为重要的转录调节剂，其改变与多种机制有关，导致癌变，肿瘤进展或耐药性（4-8）。最新是一种关键现象，导致治疗失败并降低患者的生存率。大多数化学疗法药物都会诱导DNA损伤，最终促进癌细胞的死亡。转录因子或染色质调节剂的改变会影响肿瘤应对这种损害的能力，进而影响其生存率，从而使其对治疗具有抵抗力（9）。存在几个例子，但一个众所周知的情况是涉及核因子kappa b（nf-k b）蛋白。NF-K B途径的激活与多种化疗药物（包括氟嘧啶（10），紫杉烷（11）或白丁衍生物（12）中的多种化学疗法药物有关（12）。分别在thelastcase，TranscriptionFactorssuchasfoxo，Runx1andRunx2playimportanTrolersIntrolersIntrolerSinmediatiandimatianmediatiandimiatiation对Lapatinib，Quizartinib或Vemurafenib的抗性（14）。与化学疗法相似，抗药性治疗方法与癌细胞对这种药物的敏感性降低通常与驱动器癌基因的改变，关键信号通路的激活以及通过不同的信号传导途径（13）有关（13）。最近，基于免疫检查点阻塞的免疫疗法已被批准用于治疗几种恶性肿瘤，包括非小细胞肺癌，黑色素瘤或大肠杆菌癌具有微卫星不稳定的疾病（15）。尽管它们无疑且引人注目会导致某些环境，但肿瘤经常会对它们产生抵抗力。再次，转录调节剂已被证明参与了这种抗抑郁力。 STAT1调节在黑色素瘤中PD-L1的表达和RUNX1-ETO减少CD48，从而减少NK细胞杀伤（16）。此外
增强了脑肿瘤MR图像分割的增强区域
摘要：脑肿瘤是儿童和成人死亡率增加的最大原因之一。脑肿瘤是大量的组织，它无法控制调节大脑内部生长的正常力。脑肿瘤就会出现。大脑内部或颅骨内部的细胞异常生长，可能是癌变或非癌性的是成年人在埃塞俄比亚等发展中国家之下的成年人死亡的原因。研究表明，生长算法的区域可以手动或半手动初始化种子点，从而影响分割结果。但是，在本文中，我们提出了一种增强的自动种子点初始化区域生长算法。使用常见数据集Brats2015将拟议方法的性能与最先进的深度学习算法进行了比较。在拟议的方法中，我们应用了阈值技术来从每个输入脑图像中剥离头骨。剥去头骨后，将大脑图像分为8个块。然后，对于每个块，我们计算了平均强度，并从中从八个块中选择了最大平均强度的五个块。接下来，将五个最大平均强度用作分别生长算法的区域的种子点，并为每个头骨剥离的输入脑图像获得了五个不同的感兴趣区域（ROI）。我们提出的方法在三种不同的实验设置中得到了验证。使用骰子相似性评分（DSS），联合（IOU）的交叉点以及针对地面真实（GT）的准确性（GT）评估了使用拟议方法生成的五个ROI，并选择了最佳的感兴趣区域作为最佳ROI。最后，将最终的ROI与DSS的不同最新深度学习算法和基于区域的分割算法进行了比较。在第一个实验设置中，其中15个随机选择的大脑图像用于测试，并实现了DSS值为0.89。在第二和第三实验设置中，提出的方法分别为12个随机选择和800个脑图像的DSS值分别为0.90和0.80。三个实验设置的平均DSS值为0.86。
用于紧凑型反射检测装置的太赫兹衍射结构，
太赫兹辐射介于红外和微波之间，最常见的频率范围是 0.1 THz 至 10 THz [1]。由于缺乏有效的、在室温下工作的、紧凑的、成本高效的光源和探测器，太赫兹是整个电磁辐射谱中研究最少的范围之一，直到 20 世纪 80 年代才开始被探索。自过去几十年以来，太赫兹辐射谱引起了研究人员的注意。该辐射范围的具体特征包括非电离、非侵入性、在水中的高吸收率和弥散性（水是生物组织的主要成分）。除了国防应用 [2、3] 和危险物质检测 [4-6] 之外，太赫兹辐射对医学诊断也非常有用 [7]。亚毫米波长最重要的特性是尚未发现其对人体组织有任何负面影响 [8-11]。在医学应用中，这种类型的辐射可用于检测乳腺癌和皮肤癌 [ 12 - 16 ]、研究引入血液循环的标记物，甚至用于分析人眼的角膜 [ 17 ， 18 ]。在开发可在大量患者身上测试的设备时，太赫兹辐射的无创性非常重要，它比基于电离辐射的传统方法更具成本效益，诊断也更安全。水分子会强烈衰减太赫兹辐射，因此所研究的生物样本必须很薄或放在由水组成的材料表面。透射配置是可能的，但是它需要准备类似于组织病理学的生物样本，这在活体患者中是不可接受的。因此，反射配置是必要的，我们的研究重点将放在皮肤组织上。这项工作的主要目的是将先进的衍射光学元件 (DOE) 应用于太赫兹发射器和检测器装置。对比健康和癌变皮肤的光学特性可以区分危及生命的病变。由于太赫兹扫描的分辨率有限（波长相对较长），医生的检查无法替代，但这种设备在预防护理中非常有用。我们的目标是设计和制造薄型 DOE，这将使太赫兹皮肤扫描仪更加紧凑和实用。我们提出了一种基于利用的新颖方法，该方法是该领域的新方法
OMB编号0925-0046，传记草图格式页面
A.个人陈述我正在接受博士后培训的最后几年，并且渴望在未来两年内获得独立性。我的研究兴趣与RNA结合蛋白如何在健康和疾病中影响转录后基因调节（PTGR）的影响有关。自从我的学士研究以来，我对PTGR机制感兴趣。因此，我加入了一个团队，为我的本科论文进行相关研究。在耶鲁大学的研究生培训期间，我研究了FSHR变体在不育中的作用，并且对人类疾病的分子机制感兴趣。我在RNA生物学上攻读了MSC和博士学位，并完成了我的博士学位，描述了一种新型的denenylase。我的博士学位后，我决心在正常的细胞条件下以及发育，免疫反应和癌症的背景下遵循RNA生物学和PTGR网络的职业。因此，我申请并加入了Markus Hafner在Niams/NIH领导的RNA分子生物学团队。在NIH的第一年，我接受了高通量方法的培训，我在计算分析中变得独立，并开发了自己的管道以促进对复杂的实验数据集的分析。我开发了新的实验协议并优化了已经建立的实验协议。我成功地与四个不同的研究小组合作，并发表了十三篇科学论文。我通过他们的项目指导了后学生和夏季学生。最后，在当前的大流行期间，我构思并启动了一个Covid-19的项目，该项目被NIH授予了豁免研究重要性。最近，我一直在研究核PKM2在PTGR和转移中的作用，PTGR和Mentastasis是一个有前途的分子癌领域。因此，我决定继续我的博士后培训，重点是熟悉反映癌变和疾病结果的实验系统。i的目标是与专家合作，以对RNA结合蛋白的结构和生物物理表征进行培训，以及我可以在体外和体内衡量分子机制对肿瘤发生和转移的影响的方法和方案。在这些主题中获得经验将为我提供所有必要的工具，以领导一个将进行高位状态的高影响多学科研究，将基础科学与生物化学，RNA生物学和计算生物学领域的基础科学与以癌症为基础的研究相结合。
截至 2023 年 10 月 6 日
截至 2023 年 10 月 6 日 从提供的摘要中选出的简短演讲 PR01 鉴定和药理学靶向治疗耐药性、干细胞样乳腺癌细胞以进行联合治疗。Heeju Noh。哥伦比亚大学，纽约州纽约，美国。PR02 通过高灵活性和效率的体细胞精准基因编辑对乳腺癌进行建模。Wen Bu。贝勒医学院，德克萨斯州休斯顿，美国。PR03 CSF-1R 抗体靶向治疗联合节拍化疗和免疫检查点阻断可增强 B 细胞和 T 细胞反应以减轻转移性三阴性乳腺癌。Diego Pedroza。贝勒医学院，德克萨斯州休斯顿，美国。PR04 USP7 抑制剂通过诱导 UHRF1 蛋白降解来预防三阴性乳腺癌转移。Ahhyun Kim。加利福尼亚大学欧文分校，加利福尼亚州欧文，美国。 PR05 导管原位癌的空间转录组学揭示了肿瘤和基质细胞区室的亚型特异性差异。Helga Bergholtz。挪威奥斯陆大学医院癌症研究所。PR06 揭示核排出：来自垂死癌细胞的染色质结合信号通过 S100A4-RAGE 通路加速转移性生长。Wooyong Park。美国马里兰州贝塞斯达美国国立卫生研究院。PR07 肿瘤内注射 mRNA-2752 和抗 PD-1 可导致 HER2 阳性和/或激素受体阴性 DCIS 快速消退：第 1 阶段研究结果。Laura Esserman。美国加利福尼亚州旧金山市加利福尼亚大学旧金山分校外科系。 PR08 肿瘤内异质性导致抗体药物偶联疗法耐药：对局部性 TNBC 新辅助治疗 Sacituzumab govitecan 的 NeoSTAR 试验分析。莱夫·埃利森。美国马萨诸塞州波士顿麻省总医院癌症中心和哈佛医学院路德维希中心。PR09 BRCA2 癌症易感基因中亚等位基因错义变异的功能和临床特征。黄怀志 (Gilbert) 。美国明尼苏达州罗切斯特梅奥诊所。PR10 乳腺上皮结构调节区域癌变。亨德里克·梅萨尔。荷兰阿姆斯特丹荷兰癌症研究所。
肿瘤微环境可视化技术研究进展
[1] Anderson NM，Simon MC。肿瘤微环境。Curr Biol，2020，30：R921-5 [2] Mao X，Xu J，Wang W等。在肿瘤微环境中癌症相关的成纤维细胞和免疫细胞之间的串扰：新发现和未来的观点。mol Cancer，2021，20：131 [3] Lv B，Wang Y，Ma D等。免疫疗法：重塑肿瘤免疫微环境。前免疫，2022，13：844142 [4] Fu T，Dai LJ，Wu Sy等。免疫微环境的空间结构策划了肿瘤免疫和治疗反应。J Hematol Oncol，2021，14：98 [5] Matsumoto Ki，Mitchell JB，Krishna MC。基于MRI，EPRI和PET的癌症/肿瘤微环境的多模式功能成像。分子，2021，26：1614 [6] Li X，Wang R，Zhang Y等。癌症免疫疗法中肿瘤相关巨噬细胞的分子成像。the Adv Med Oncol，2022，14：17588359221076194 [7] Wang JJ，Lei KF，Han F.肿瘤微环境：各种癌症治疗的最新进展。Eur Rev Med Pharmacol Sci，2018，22：3855-64 [8] Kim Ee，Youn H，Kang KW。肿瘤免疫学成像。nucl med mol成像，2021，55：225-36 [9] liu r，hu y，liu t等。在骨肉癌肿瘤微环境中，免疫细胞浸润和免疫相关基因的特征。BMC癌症，2021，21：1345 [10] Yuki K，Cheng N，Nakano M等。肿瘤免疫学的器官模型。趋势Immunol，2020，41：652-64 [11] Li T，Fu J，Zeng Z等。timer2.0用于分析肿瘤浸润的免疫细胞。核酸Res，2020，48：W509-14 [12] Li Y，Hu X，Lin R等。单细胞景观揭示了活性细胞亚型及其在胃癌肿瘤微环境中的相互作用。Theranostics，2022，12：3818-33 [13] Davis-Marcisak EF，Deshpande A，Stein-O'Brien GL等。从长凳到床边：癌症免疫疗法的单细胞分析。癌细胞，2021，39：1062-80 [14] Seeeevassen L，Bessede E，Megraud F等。胃癌：癌变研究和新的治疗策略的进展。Int J Mol Sci，2021，22：3418