b“蛋白质折叠是一个细微的过程,由原代氨基酸序列和细胞蛋白质质量控制机制编码并取决于错误折叠的蛋白质可以汇总成有毒的寡聚物或淀粉样蛋白原纤维,并与包括阿尔茨海默氏症和帕金森氏病以及II型糖尿病在内的疾病有关。这些淀粉样蛋白沉积物具有共同的跨结构,无论其主要氨基酸序列如何。最近的研究表明,生物分子冷凝物的形成是某些淀粉样蛋白蛋白质固有的另一种共同点。冷凝物的新兴生物物理特性可以调节蛋白质聚集;因此,了解淀粉样蛋白形成的结构和动力学基础以及蛋白质质量控制机制对于理解蛋白质错误折叠疾病和治疗剂的下游发展至关重要。本期特刊需要进行多样化和全面的概述,这些概述说明了来自生物物理,生化或细胞生物学观点的蛋白质错误折叠和神经退行性疾病。”
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已测试至少20 nt。探针可以用3´或5´生物素/Desthiobiotin亲和力组设计,用于链霉亲和素富集(NEB#S1421)。为了获得最佳结果,受保护的DNA:RNA杂交区应为4或5个核苷酸
。CC-BY 4.0国际许可证可永久提供。是作者/资助者,他已授予Medrxiv的许可证,以显示预印本(未通过同行评审证明)预印版本的版权所有者,该版本发布于2024年2月20日。 https://doi.org/10.1101/2024.02.18.24303003 doi:medrxiv preprint
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靶向蛋白质的降解是一种新兴而有希望的治疗方法。降解的特异性和细胞稳态的维持是由E3泛素连接酶和脱脂信号(称为Degrons)之间的相互作用确定的。人类基因组编码超过600个E3连接酶;但是,到目前为止,仅确定了少数目标的DEGRON实例。在这项研究中,我们引入了DeGronmd,这是一个开放知识库,旨在研究DEGRON,它们相关的功能障碍事件和药物反应。我们驱逐出来,degrons在进化上是保守的,并且倾向于在蛋白质翻译修饰部位附近发生,尤其是在无序结构和较高溶剂可访问性的区域。通过模式识别和机器学习技术,我们构建了跨人类蛋白质组的降解景观,产生了超过18,000个新的脱脂剂,用于靶向蛋白质降解。此外,DEGRON的功能障碍会破坏降解过程,并导致蛋白质的异常积累。此过程与各种类型的人类癌症有关。基于由体细胞突变引起的估计表型变化,我们从系统地进行了量化并评估突变对pan-Canters degron功能的影响;这些结果有助于建立有关人类降解的全球突变图,其中包括89,318个可起作用的突变,这些突变可能引起降解和破坏蛋白质降解途径的功能障碍。多组合综合分析揭示了与功能性脱粒突变相关的400多个耐药性事件。degronmd,可在https://bioinfo.uth.edu/degronmd上访问,是探索生物学机制,推断蛋白质降解以及在Degron上的药物发现和设计的有用资源。
摘要展开的蛋白质反应(UPR)是一种细胞自主压力反应,旨在恢复稳态,这是由于内质网(ER)中错误折叠蛋白的积累。病毒经常劫持宿主细胞机制,导致ER中错误折叠的蛋白质积累。细胞自主UPR是感染细胞对这种压力的直接反应,旨在通过停止蛋白质翻译,降解错误折叠的蛋白质以及激活增加分子伴侣产生的信号通路来恢复正常功能。细胞 - 非摩托菌MOUS UPR涉及UPR信号从最初压力的细胞传播到缺乏压力源的无重大细胞。尽管病毒是已知的细胞自主UPR调节剂,但最近的进步强调,单个自主UPR在阐明局部感染如何引起全身作用方面起着至关重要的作用,从而有助于疾病症状和进展。另外,通过利用细胞 - 非自治UPR,病毒制定了新的策略来建立促病毒状态,从而促进病毒扩散。本综述讨论了通过超越细胞自主到非自主过程的细胞自主过程和诱导者,播种者和UPR信号接收器的机械细节,从而扩大了对UPR在病毒感染和疾病进展中的作用的理解。
Ferlizza,E。,他们,G.,Dondi,F。,Andreani,G.,Vasselyeva,K.,Bellei,E。等。(2020)。<狗(canis lupus familis)中的分裂蛋白质组和代谢组:慢性肾脏疾病的作用。蛋白质组学杂志,222,1-12 [10.1016/jprot.2020.103795]
蛋白质工程的巨大挑战是开发计算模型来表征和生成任意功能的蛋白质序列。进展受到缺乏1)为基准机会的限制,2)大蛋白质功能数据集和3)获得实验蛋白质表征。我们介绍了蛋白质工程锦标赛,这是一项旨在促进蛋白质工程中计算方法的开发和评估的全面竞争。该比赛由一个硅圆形组成,可预测蛋白质序列的生物物理特性,然后是一个体外圆形,其中使用自动方法设计,表达和表征新颖的蛋白质序列。完成后,所有数据集,实验协议和方法都可以公开可用。我们详细介绍了一场试点锦标赛的结构和结果,其中涉及七个蛋白质设计团队,由六个多目标数据集提供动力,并由我们的合作伙伴,国际风味和香水进行实验表征。即将举行的蛋白质工程锦标赛旨在动员科学界对该领域的进步进行透明评估。