胶束。模块:1经典热力学I 5小时的热力学定律 - 卡诺循环,热发动机的效率,熵,熵计算 - 自由能,自发性标准,自由能作为温度和压力的功能。化学潜力 - 逃逸 - 活性系数 - 自由能的应用。3 rD热力学定律 - 绝对熵。模块:2化学动力学I 7小时经验率定律和温度依赖性;复杂的反应;稳态近似;确定反应机制;速率和过渡状态的速率常数理论 - Lindemann和Rice-Ramsperger-Kassel(RRK);单分子反应;平行的 - 相反反应的动力学 - 链反应(氢 - 释放反应)。催化均匀性催化异质催化 - 酶 - 催化 - 迈克尔斯 - 门顿动力学,盐效应 - 抑制作用 - 自闭症 - 催化性 - 催化性 -
复制蛋白A(RPA)是单个链DNA(ssDNA)结合蛋白,可协调各种DNA代谢过程,包括DNA复制,修复和重组。RPA是一种异三聚体蛋白,具有六个功能性寡糖/寡核苷酸(OB)结构域和柔性接头。 灵活性使RPA能够采用多种配置,并被认为可以调节其功能。 在此,使用单分子共焦荧光显微镜与光学镊子和粗粒细粒的分子动力学模拟结合使用,我们研究了在张力下ssDNA上单个RPA分子的扩散迁移。 在3 pn张力和100 mM KCl时,扩散系数D是最高(20,000个核苷酸2 /s),当张力或盐浓度增加时,则显着降低。 我们将张力效应归因于段转移,这受到DNA拉伸和盐效应的阻碍,降低了RPA-SSDNA的结合位点大小和相互作用能量的增加。 我们的综合研究使我们能够估计通过通过RPA上多个结合位点在DNA上的遥远位点的短暂桥接发生的细胞分段转移事件的大小和频率。 有趣的是,RPA三聚芯的删除仍然允许大量的ssDNA结合,尽管降低的接触面积使RPA的移动性增加了15倍。 最后,我们表征了RPA拥挤对RPA迁移的影响。 这些发现揭示了如何重塑高亲和力RPA-SSDNA相互作用以产生访问,这是多个DNA代谢过程中的关键步骤。RPA是一种异三聚体蛋白,具有六个功能性寡糖/寡核苷酸(OB)结构域和柔性接头。灵活性使RPA能够采用多种配置,并被认为可以调节其功能。在此,使用单分子共焦荧光显微镜与光学镊子和粗粒细粒的分子动力学模拟结合使用,我们研究了在张力下ssDNA上单个RPA分子的扩散迁移。在3 pn张力和100 mM KCl时,扩散系数D是最高(20,000个核苷酸2 /s),当张力或盐浓度增加时,则显着降低。我们将张力效应归因于段转移,这受到DNA拉伸和盐效应的阻碍,降低了RPA-SSDNA的结合位点大小和相互作用能量的增加。我们的综合研究使我们能够估计通过通过RPA上多个结合位点在DNA上的遥远位点的短暂桥接发生的细胞分段转移事件的大小和频率。有趣的是,RPA三聚芯的删除仍然允许大量的ssDNA结合,尽管降低的接触面积使RPA的移动性增加了15倍。最后,我们表征了RPA拥挤对RPA迁移的影响。这些发现揭示了如何重塑高亲和力RPA-SSDNA相互作用以产生访问,这是多个DNA代谢过程中的关键步骤。