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真核生物核糖体中药物结合残基的自然变异
标题 真核核糖体中药物结合残基的天然变异 作者 Lewis I. Chan 1,& 、Chinenye L. Ekemezie 1,& 、Karla Helena-Bueno 1 、Charlotte R. Brown 1 、Tom A. Williams 2,* Sergey V. Melnikov 1,* 附属机构 1 纽卡斯尔大学生物科学研究所，英国泰恩河畔纽卡斯尔，NE2 4HH 2 布里斯托尔大学生物科学学院，英国布里斯托尔，BS8 1TQ & 贡献相同 通讯 * 通讯地址：tom.a.williams@bristol.ac.uk 和 sergey.melnikov@newcastle.ac.uk 摘要 针对真核核糖体的药物作为研究工具和针对癌症、真菌和其他致病性的潜在疗法正变得越来越重要真核生物。然而，由于缺乏比较研究，我们目前不知道有多少真核生物拥有与人类相同的核糖体药物结合位点，以及有多少与人类有显著差异。目前，这种知识上的差距因真核生物基因组中存在假基因而加剧，由于我们无法区分真正的突变、假基因和测序伪影，使得这些比较分析具有挑战性。在本研究中，我们通过使用一种利用物种间进化关系的新方法解决了这个问题。使用这种方法，我们确定了 8,563 种代表性真核生物中 58 种核糖体药物结合残基的序列变体，追溯了这些变异的进化历史，从 20 亿年前真核生物的出现到它们随后分化成不同的谱系。出乎意料的是，我们发现酵母和人类（通常用作研究核糖体/药物相互作用的模型真核生物）与大多数其他真核生物不同，因为 rRNA 替换主要发生在动物和真菌中，但在大多数其他真核生物中不存在。此外，我们证明了以前在常见病原体利什曼原虫和疟原虫中发现的结构变异，这些变异被视为少数真核生物物种所特有的，但实际上为大量真核生物所共有。值得注意的是，一些真核生物谱系的核糖体药物结合位点与人类的差异比人类与细菌的差异更大。总体而言，我们的研究提供了真核生物核糖体药物结合位点进化的最完整概述（在单个物种、单个残基和单个药物的水平上），确定了与人类相比具有结构不同的核糖体药物结合位点的真核生物谱系。这些发现为利用核糖体靶向药物作为研究工具和开发针对真核寄生虫的谱系特异性抑制剂开辟了新的途径。
如何在真核细胞内包装DNA
ISSN印刷：2617-4693 ISSN在线：2617-4707 IJABR 2024; 8（10）：1445-1449 www.biochemjournal.com收到：17-07-2024接受：21-09-2024拉贾斯坦邦农业研究所（Sknau，jobner）durgapura和rajasan of jaas sharma，rajastua of rajastua，rajaus of jaastu sharma of rajastu of jajoriya遗传学和植物育种系拉贾斯坦邦农业研究所（Sknau，Jobner）繁殖繁殖库马尔·梅纳（Kumar Meena）遗传学和植物育种系，拉贾斯坦邦农业研究所（Sknau，jobner）杜尔加普拉（Jobner），斋浦尔，斋浦尔，拉贾斯坦邦，印度湿婆湿婆植物科学系，乔达斯，印度拉贾斯坦邦，印度拉贾斯坦邦，印度拉贾斯坦Institute（Sknau，Jobner）Durgapura，斋浦尔，拉贾斯坦邦，印度
真核陆生Microalga coccomyxa viridis sag 216-4
coccomyxa属的单细胞绿藻以其全球分布和生态多功能性而被认可。迄今为止所描述的大多数物种与各种宿主物种密切相关，例如地衣关联。然而，对驱动这种共生生活方式的分子机制知之甚少。，我们为地衣coccomyxa viridis sag 216-4（相当于粘菌）生成了高质量的基因组组装。使用长阅读的PACBIO HIFI和牛津纳米孔技术与染色质构象捕获（HI-C）测序结合使用，我们将基因组组装成21个SCA效率，总长度为50.9 MB，N50的N50和2.7 MB的N50和BUSCO得分为98.6％。虽然19个sca o olds代表了全长的核染色体，但两个添加的sca o olds代表了线粒体和质体基因组。转录组引导的基因注释导致13,557个蛋白质编码基因鉴定，其中68％的PFAM结构域和962被预测被分泌。
作者校正：细菌和真核先天免疫的保护和相似性
In the version of the article initially published, in the “Effector-triggered immunity” sec- tion, the sentence now reading “Bacteria detect phage by monitoring transcription using a constitutively produced antitoxin ToxI, which is depleted when phage inhibit transcription, releasing the RNase ToxN that aborts phage infection” read “Bacteria link phage detection to cell death by monitoring transcription using组成性产生的抗毒素毒素，当噬菌体抑制转录，释放毒素并杀死细胞时会耗尽。”这已在本文的HTML和PDF版本中进行了纠正。
具有双果冻的真核DNA病毒的自然史
门前病毒（Kingdom Bamfordvirae，Realm varidnaviria）是多种病毒的广泛组合，其相对较短的双链DNA基因组（<50 kbp）产生了由双果冻 - 双果冻 - 卷胶卷蛋白构建的二十os虫。前肿瘤动物感染所有细胞结构域的宿主，证明其古老的起源，尤其是与真核生物的七个超级组中的六个有关。前肿瘤分子包括四个主要的病毒组，即Polinton，Polinton，例如病毒（PLV），病毒噬细胞和腺毒。我们使用蛋白质结构建模和分析来表明蛋白质的DNA聚合酶（PPOLBS），polins，病毒噬细胞和细胞质线性质粒涵盖了n-终末结构域与末端蛋白（TPS）的N-末端域同源物（TPS），例如原始prd1-涉及tpectiricotic andototic artectirIdotics和eukaryotic artirIdotics artirIdotic artirIdotic artineciridotics anden tectirifiridotic toNERIFIRIDICRIDOTICSIRIATICS -ETENIRIDOTIOTICTIRIDOTOCTIOTICTIRIDS复制启动，以病毒卵巢肿瘤 - 类半胱氨酸去泛素酶（votu）结构域为由。投票域可能是导致TP从大型PPOLB多肽裂解的原因，并且在腺毒中被灭活，其中TP是单独的蛋白质。许多PLV和转囊编码了Polinton的独特衍生物 - 例如保留TP，Fotu和PPOLB聚合棕榈域的PPOLB，但缺乏外核酸酶域，而含有一个超家族1个旋转酶结构域。分析了在真核前肿瘤前胞菌中，对投票域的存在/不存在和将PPOLB用其他DNA聚合酶代替，使我们能够概述其起源和进化的完整情况。
建立基于丝氨酸整合酶的平台对真核细胞中的基因开关控制器进行功能验证的协议
1 巴西利亚大学生物科学研究所细胞生物学系，巴西联邦区巴西利亚，2 巴西联邦区巴西利亚国家合成生物学科学技术研究所 (INCT BioSyn)，巴西联邦区巴西利亚，3 Embrapa 遗传资源和生物技术，巴西联邦区巴西利亚，4 癌症转化研究中心，Instituto do Caˆncer do圣保罗州医院，圣保罗大学医学院临床医院，圣保罗，巴西，5 分子致癌计划，研究协调，国家癌症研究所 (INCA)，里约热内卢，巴西，6 D'Or 研究与教育研究所 (IDOR)，里约热内卢，巴西，7 里约联邦大学生物医学科学研究所热内卢, 里约热内卢, 巴西, 8 Cell巴西里约热内卢国家癌症研究所 (INCA) 研究协调和基因治疗项目、9 研究和生物收藏副总裁 (VPPCB)、FIOCRUZ – 奥斯瓦尔多·克鲁兹基金会研究所，巴西里约热内卢
真核SMC蛋白在每个DNA处诱导-0.6的扭曲...
真核生物携带三种类型的结构性维持（SMC）蛋白复合物，冷凝蛋白，粘着素和SMC5/6，它们是ATP依赖性运动蛋白，通过DNA环挤出重塑基因组。SMCS调制DNA超螺旋，但仍未完全了解如何实现这一目标。在这里，我们提出了一个单分子磁性镊子测定法，该测定法直接测量每个回路 - 分解步骤中单个SMC诱导的扭曲程度。我们证明，所有三个SMC复合物都将相同的较大的负扭曲（即，链接数变化δk k k k占-0.6在每个回路 - 排除步骤中）中的挤压循环，与步长大小无关。使用ATP-Hydrolsyssys突变体和不可用的ATP类似物，我们发现ATP结合是ATPase循环期间的扭曲诱导事件，它与产生力的环路 - 分解步骤相吻合。所有三种真核SMC蛋白诱导相同数量的扭曲表明这些SMC复合物中常见的DNA环境解开机制这一事实。
真核ITS和rRNA扩增子的全长HIFI测序
与简短的读数相比，覆盖范围仅限于ITS1或ITS2区域，HIFI读取的读数涵盖了全真菌其区域的全长。这包含800 bp，如果包括18s和/或28S基因以跨越操纵子，则可以提供约5 kb的扩增子。以及更保守的rRNA基因，这些区域允许在物种水平上降低序列相似性和更高分辨率的分类信息（Tedersoo等，2018； Tedersoo等人，2021年，图2）。除了产生更高的分类价值外，HIFI全长扩增子测序的成本与短阅读的部分扩增子测序相当。在本申请注释中，我们提供了从复杂社区DNA样品中扩增全长真核ITS和rRNA区域的一般指导。
真核基因组数据发现了广泛的寄主范围1
建立在Hemimetablos昆虫中基于CRISPR/CAS9的基于CRISPR/CAS9的敲门：目标基因1在Crcket Gryllus bimacultus中标记2 3 Yuji Matsuoka 1,3* A. Barnett 2,5，Barnett 2，5 2,7,9* 6 7 1。生命系统系，技术与科学研究所，8托库希马大学研究生院，201 Minami-Jyosanjima-Cho，Tokushima City，770-8506，日本9有机和进化生物学系，剑桥大学16号，MA 10 02138，美国11 3。当前地址：国家基本生物学研究所，Nishigonaka 38，Myodaiji，Okazaki 444-12 8585，ACHI，日本，13 4。生物创新研究中心，Tokushima University，2272-2，Her-Cho，My-Gun，14 Tokushima 779-3233，日本15 5。5.当前地址：DeSales University，宾夕法尼亚州中心谷地2755 Station Avenue，美国18034，美国16 6。生物化学，生物物理学和生物技术学院，贾吉伦大学，克拉科夫，30-17 387，波兰18 7.Howward Hughes Medical Institute，Chevy Chase MD，美国19 8。大学，2-14 Shinkur-Cho，Tokushima City，770-8501，日本20 9。<分子和细胞生物学的划分，剑桥MA 02138，21 USA 22 23 24 *通信：yuji matsuoka matsuka@nibb.nib.nib.nib.nib.nib.nib.nib.nib.nib.nib.nib.jp 25塔罗Nakamura taro@nib。 taro mito.taro@tokushima-u.ac.jp 27 Cassandra G. extavour extavour extavour@oeb.harverd.edu 28 29跑步标题：CRISPR/CAS9敲门板30 30 2