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土壤生物学和肥力实用手册
森林土壤剖面研究；pH 值和 EC 值估算 – 有机碳 – 有效 N、P、K、Ca、Mg、S 和微量营养素 – CEC 和可交换阳离子的测定；土壤和植物分析数据的解释，以推荐肥料。基本灭菌技术；土壤中微生物的培养和维护；染色方法；通过 CO 2 释放法研究森林凋落物的分解；土壤硝化速率估算；豆科细菌和固氮菌的分离；菌根和生物肥料的制备和接种技术。
揭示了人类尿液受精对土壤细菌群落的影响：可持续施肥的道路
使用人尿作为农作物肥料，由于其潜在的好处引起了兴趣，但其应用对尿液如何影响土壤功能和微生物群落有所了解。本研究旨在阐明土壤细菌群落对用人尿液施肥的反应。为此，菠菜作物被2种不同剂量的分离和储存的人类尿液（170 kg n ha-1 + 8.5 kg p ha-1和510 kg n ha-1 + 25.5 kg p ha-1），并与合成受肥（170 kg n ha-h ha-8.5 ka + p ha-5 k p ha-5 k p ha-1）相比根据随机块方案，在温室条件下在四个土壤罐中进行了实验。我们在开始时和土壤和植物特性的开始时评估了尿液和土壤细菌组成的地位，以了解细菌组成变化中的驱动因素。储存12个月后，尿液具有耗尽的微生物组，但仍然含有很少的尿液或粪便菌株。总体而言，土壤细菌群落对尿液施肥有抵抗力，只有3％的分类单元受到影响。然而，与合成肥料相比，尿液受精的硝化和反硝化基团的相对丰度，这意味着在用尿液施肥时可能会发出更多的n 2 o，而无需发出。尿液的高盐浓度对BAC群落几乎没有明显的影响。在更广泛的背景下，该实验提供了证据表明，一年储存的尿液可以应用于植物土壤系统，而不会在短期内对土壤细菌群落产生负面影响。
添加硼酸对抗菌的影响...
微生物燃料电池（MFC）引起了极大的兴趣，它是一种使用微生物在阳极的有机和无机材料氧化的技术，以生成生物电性和生物修复。在MFC系统中，可以通过简单分子（乙酸，碳水化合物，葡萄糖等）将各种有机物作为底物获得能量到复杂化合物（糖蜜，纤维素，废水，废物污泥，家庭农业和动物废物等）。除了废水处理外，MFC技术还具有额外的好处，例如去除硫酸盐，去除重金属，反硝化和亚硝化。但是，这些系统的低功率效率和潜在损失限制了其实际规模的适用性。尽管已经在许多不同的参数上详细研究了MFC系统的阳极室，但研究了阴极电子受体的研究相对较少。在MFC系统中，电子受体是影响发电的主要参数之一，因为它们有助于克服阴极的潜在损失。氧气具有相对较高的氧化还原电位，并且是MFC系统中使用的传统电子受体，因为它可以减少以形成像水这样的干净产品。然而，由于向阴极室喂食氧气需要额外的能量，并且由于较慢的O 2降低速率而需要催化剂，因此对替代电子受体的需求增加了。本评论旨在总结MFC系统中使用的各种电子受体，比较其对MFC性能的影响，并讨论可能的未来领域。具有生物能源生产的潜力，并且使用诸如氮种，重金属和高氯酸盐的污染物作为电子受体减少了其特定处理的成本。
分子医学特殊中心...
真菌，寄生，细菌和病毒遗传学中的当前主题（具有可用序列数据库的新兴知识和正在进行的项目）。了解不同病原体遗传变异性的机制，以违抗宿主免疫系统。响应感染的宿主信号传导。细菌两个组件信号系统。细菌粘合剂，毒力因子。蛋白质和DNA分泌系统和致病岛。抗菌耐药性及其检测的分子基础。 临床微生物学中的分子方法。 CM603：代谢性疾病介绍的分子基础；胰岛素依赖性和独立糖尿病；肥胖和脂肪肝病；心血管疾病；神经退行性疾病，例如帕金森氏症；老化;继承的代谢障碍；代谢性疾病中的生理，氧化和硝化应激；代谢疾病的炎症和免疫力；代谢组学，代谢组分析，生物标志物和代谢疾病；在理解代谢疾病的分子基础中模拟生物和动物。 CM605：健康与疾病的核受体抗菌耐药性及其检测的分子基础。临床微生物学中的分子方法。CM603：代谢性疾病介绍的分子基础；胰岛素依赖性和独立糖尿病；肥胖和脂肪肝病；心血管疾病；神经退行性疾病，例如帕金森氏症；老化;继承的代谢障碍；代谢性疾病中的生理，氧化和硝化应激；代谢疾病的炎症和免疫力；代谢组学，代谢组分析，生物标志物和代谢疾病；在理解代谢疾病的分子基础中模拟生物和动物。CM605：健康与疾病的核受体CM605：健康与疾病的核受体
聚合物回收——对经济来说是机遇还是威胁？
这种产业结构不均衡导致化学生产在美国和欧洲开始得到更快的发展，其次是东方。例如，在上世纪 20-30 年代初期，欧洲开始在工业上应用聚合获得的聚合物。因此，人们尝试用更便宜、更实惠的合成类似物替代昂贵的天然原料。到 30 年代末，俄罗斯（或者更确切地说是前苏联）也开始生产硝化纤维素塑料。自上世纪中叶以来，全球塑料市场一直呈稳步增长的趋势。然而，到了 21 世纪初，人们意识到无法进行后续回收或处理的聚合物对环境构成的威胁。
硝化细菌的多样性和分布在红树林沉积物的氮循环中起重要作用
土地和海洋之间红树林生态系统的独特定位使它们在氮循环中至关重要。硝化在氮循环中的作用对于提供红树林易于吸收的氮化合物很重要。然而，红树林地区的硝化过程和硝化细菌尚未全面理解。这项研究的主要目的是通过进行系统的综述，对红树林沉积物中的硝化细菌进行全面分析。系统评价和荟萃分析方法的首选报告项目被用作有助于系统地报告评论的指南，并具有流程图以显示选择相关研究的过程。数据收集是通过使用6个数据库和包括Scopus，PubMed，ResearchGate，Google Scholar和Springer在内的期刊搜索引擎进行的，以实现更全面的发现。这项研究采用了广泛认可且常用的技术，通过首先识别人口，干预，比较和结果来以重点方式定义评论的范围。这项研究确定了358项研究，筛查后审查中包括了31项研究。基于筛查结果，关于红树林沉积物中硝化细菌的研究在地理上仅限于印度尼西亚，越南，泰国，中国，墨西哥，美国，印度和沙特阿拉伯等多个国家。氨氧化细菌通常是主要的群体，但是各种硝化细菌基团在不同的红树林环境中分布多样。这项研究表明，在红树林沉积物中硝化细菌之间存在高度的多样性，五个不同的组鉴定出来：氨氧化细菌，亚硝酸盐氧化细菌，厌氧菌细菌和comammammox细菌，最近鉴定出的组。在进行氮化合物的变化时，从硝化过程的不同步骤中使用功能基因的硝化作用，例如硝酸氨基酶，单加氧酶亚基A，亚硝酸盐氧化剂氧化液亚基A，硝酸盐亚基亚基，硝酸盐还原链链酶，一氧化氧酶，氮的再生氮，氢氮合酶，肼氧化还原酶和羟胺氧化还原酶基因。这项研究还表明了红树林沉积物中的植被类型和硝化细菌的分布。这些沉积物的深度通常从0到60厘米不等，大多数样品以0到20厘米的深度采集。采样位置的植被类型由Kandelia Candel，Avicennia Marina，Kandelia Obovata和Rhizophora Mangle的种类主导。关于硝化细菌在红树林沉积物中的限制为深入研究提供了机会。这项全面的综述提供了对硝化细菌的多样性和传播的深入概述，强调了它们在氮循环中的作用，并强调了发现红树林沉积物中新硝化细菌的潜力。
硝酸盐还原菌 Rhodanobacter denitrificans 中无标记缺失诱变系统的开发
摘要 在美国田纳西州橡树岭，Rhodanobacter 是受高浓度硝酸盐和铀污染的蓄水层中的优势菌属。原位刺激反硝化已被提出作为修复硝酸盐和铀污染的潜在方法。在 Rhodanobacter 种中，据报道 Rhodanobacter denitri filcans 菌株具有反硝化能力并含有丰富的金属抗性基因。然而，由于这些菌株缺乏诱变系统，我们对低 pH 抗性和在污染环境中占主导地位的能力的潜在机制的理解仍然有限。在这里，我们在两株 R. denitri filcans 菌株中开发了一种无标记缺失系统。首先，我们优化了 10 株 Rhodanobacter 菌株的生长条件，测试了抗生素抗性，并确定了合适的转化参数。然后，我们在 R. denitri filans 菌株 FW104-R3 和 FW104-R5 中删除了编码尿嘧啶磷酸核糖基转移酶的 upp 基因。所得菌株被命名为 R3_ D upp 和 R5_ D upp，并用作宿主菌株，以 5-氟尿嘧啶 (5- FU) 抗性作为反选择标记进行诱变，以产生无标记缺失突变体。为了测试开发的方案，在 R3_ D upp 和 R5_ D upp 宿主菌株中敲除了编码硝酸盐还原酶的 narG 基因。正如预期的那样，narG 突变体无法在以硝酸盐为电子受体的缺氧培养基中生长。总体而言，这些结果表明，同框无标记删除系统在两种 R. denitri ficans 菌株中有效，这将有助于未来对这些菌株进行功能基因组研究，进一步了解 Rhodanobacter 种中存在的代谢和抗性机制。
系统研究所，分子和综合生物学
用于使用氧化还原中心的反硝化酶，我们正在利用高级同步器和基于X射线激光的晶体学方法（在英国钻石，英国和日本萨克拉）以及高分辨率的冷冻方法来定义这些持续生命的酶的酶机制。冷冻革命使我们能够将其与细胞色素BC1的晶体学研究，电子传输链的复合物和经过验证的抗性靶标相结合。在利兹和钻石上使用冷冻设施，可以在高分辨率的BC1溶液中可视化候选者。X- Ray和冷冻方法还用于研究MAT酶和复合物，这是一种与肝病相关的关键酶。
理解 - 金属配体配位 -
图2：MD模拟。（a）不同LI +协调环境的示意图。（b-d）显示了liotf和（e-g）的结果：（b，e）配位矩阵，该矩阵对来自OTF-的氧和氧气对Li +的总协调的相对贡献，来自OTF-和来自聚合物终端组的硝化物。通过红色和黄线传递的网格代表了最有利的4和5的总坐标数。Pij是模拟时间内每个协调组合的概率。（c，f）阳离子，阴离子和聚合物链的MSD图。（d，g）离子聚类统计，其中网格通过红线代表中性簇。αIJ是模拟期间每个群集的平均计数。
硝酸盐还原菌 Rhodanobacter denitrificans 中无标记缺失诱变系统的开发
摘要 在美国田纳西州橡树岭，Rhodanobacter 是受高浓度硝酸盐和铀污染的蓄水层中的优势菌属。原位刺激反硝化已被提出作为修复硝酸盐和铀污染的潜在方法。在 Rhodanobacter 种中，据报道 Rhodanobacter denitri filcans 菌株具有反硝化能力并含有丰富的金属抗性基因。然而，由于这些菌株缺乏诱变系统，我们对低 pH 抗性和在污染环境中占主导地位的能力的潜在机制的理解仍然有限。在这里，我们在两株 R. denitri filcans 菌株中开发了一种无标记缺失系统。首先，我们优化了 10 株 Rhodanobacter 菌株的生长条件，测试了抗生素抗性，并确定了合适的转化参数。然后，我们在 R. denitri filans 菌株 FW104-R3 和 FW104-R5 中删除了编码尿嘧啶磷酸核糖基转移酶的 upp 基因。所得菌株被命名为 R3_ D upp 和 R5_ D upp，并用作宿主菌株，以 5-氟尿嘧啶 (5- FU) 抗性作为反选择标记进行诱变，以产生无标记缺失突变体。为了测试开发的方案，在 R3_ D upp 和 R5_ D upp 宿主菌株中敲除了编码硝酸盐还原酶的 narG 基因。正如预期的那样，narG 突变体无法在以硝酸盐为电子受体的缺氧培养基中生长。总体而言，这些结果表明，同框无标记删除系统在两种 R. denitri ficans 菌株中有效，这将有助于未来对这些菌株进行功能基因组研究，进一步了解 Rhodanobacter 种中存在的代谢和抗性机制。