常见 B 型 DNA 和其他 DNA 构象之间的动态结构转变为基因表达提供了额外的调控层。1–4 G-四链体 (G4) 和 i-基序 (iM) 是两类重要的非规范 DNA 结构,分别在人类基因组中某些富含鸟嘌呤和胞嘧啶的区域形成。由于 iM 结构是通过堆叠插入的半质子化胞嘧啶碱基对 (C+:C) 形成的,因此最初认为 iM 的形成需要弱酸性 pH 值,然而,现在已经确定这些结构是在细胞环境中的生理 pH 值下形成的。5,6 G4 结构由 pi 堆叠的平面 G 四联体形成,其中每个 G 四联体由四个鸟嘌呤碱基组成,通过 Hoogsteen 氢键结合在一起,并通过生理相关的阳离子进一步稳定。 7–10 G4 和 iM 折叠机制已用于预测它们在基因组中形成的倾向以及它们在调控区域中的过度表达。5,11 此外,它们的结构特征
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■词汇表1)基因组选择(GS):一种基于有关DNA差异的信息来预测和选择个人遗传能力的方法。关于DNA和果实特征差异的数据,使用大量品种和菌株作为训练数据对两者之间的关系进行建模,并且基于“基因组预测(GP)模型”预测个体的遗传能力。可以预测未来在发芽阶段可以实现的水果的特征。注2)全基因组关联研究(GWAS):一种使用数学公式来建模DNA与果实特征的差异与大量品种和菌株中的果实特征之间的关系,并在统计学上检测到果实特征和相关DNA的差异。一旦揭示了与果实性状相关的DNA差异,可以通过寻找DNA差异的附近来识别控制果实性状的候选基因。注意3)下一代序列:可以一次解码大量DNA序列的设备。注4)单核苷酸多态性(SNP):DNA是一种称为脱氧核糖核酸的物质,由四种类型的碱基组成:腺嘌呤(a),胸腺胺(T),鸟嘌呤(G)和细胞儿童(C)。品种之间的碱基差异称为单核苷酸多态性。注5)Infinium系统:Illumina Co.,Ltd.提供的单个核苷酸多态性检测系统。注6)GRAS-DI(由随机扩增子测序 - 主测序引导的基因分型)系统:一种由丰田汽车公司开发的单核苷酸多态性检测系统。 ■研究项目这项研究是在以下项目的支持下进行的:
摘要遗传物质的稳定性和完整性对于维持和延续生活至关重要。人类基因组由三十亿对碱基组成,编码30,000-40,000个基因,并不断受到内源性反应性代谢产物,治疗药物和众多影响其完整性的环境诱变药物的攻击。因此,很明显,基因组的稳定性必须在连续监测之下。这是通过DNA修复机制实现的,DNA修复机制已开发出来去除或耐受DNA损伤和误差。在生物体中存在的DNA修复机制中,它们可以分为:i)基础切除修复(BER),ii)核苷酸切除(NER),iii)基本MALPASE(MMR)和IV)DNA修复,通过非同型末端(NHEJ)。对于这些机制正常工作,很明显,负责修复功能的蛋白质之间相互作用的重要性,以及对负责提到的机制的蛋白质正确位置的核进口调节。在负责调节核进口的机制中,由进口异二聚体α/β组成的经典途径是位移的主要机制之一。某些修复蛋白似乎仅与进口α(IMP)的某些同样蛋白相互作用,表明对修复过程的额外调节,但对这些蛋白质的核位置序列(NLS)的识别知之甚少。通过这些结果,阐明了包含NLSS KU80和FEN1的结构。这项工作特别涉及使用晶体学技术与蛋白质相关DNA修复的NLSS肽的IMP复合物的结构复合物的研究。进行了在其N末端部分截断的Musculus印象的表达和纯化,以及与DNA相关蛋白的NLS肽的IMP偶然化,对应于KU80,PMS2和MLH1蛋白质和MLH1蛋白质和BIPARTARTARTARTATTITE序列的单型序列。X射线衍射数据,并以2.1-2.38Å的分辨率进行处理。肽NLS KU80与NHEJ修复有关,与主连接位点上的IMPα相似,类似于SV40 T抗原的NLS(S 1)。已经与ber修复有关的NLS FEN1肽与Sitia S 1和次级位点(S 2)有关,证明是两部分序列。此外,仅具有10种废物的Fen1肽接头区域使与IMPα的联系更好,并且与具有11-12废物的肽的连接相比,与IMPα的连接更扩展,可能更有利的构象。在连接位点上的特定位置被确认为必不可少的,以及在这些区域中保守的残留物,表明这些位点中分子间相互作用的重要性。此信息表明这些蛋白质可以通过IMP-α独立运输到核心,而无需与有关修复的其他蛋白质形成复合物。关键字:进口α,核进口,NLS,射线晶体学-X,KU80,FEN1,PMS2,MLH1。