收集和储存福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 临床样本是世界各地医院的标准程序,是回顾性分析的宝贵资源。为了分解和识别致癌作用、患者治疗和疾病结果之间的分子相关性,纯化大量高质量 DNA 至关重要。然而,在使用 FFPE 材料进行后续下游分子应用时存在几个问题。固定过程会导致核酸交联,从而导致严重碎片化。此外,FFPE 提取方案通常涉及繁琐的手动步骤和二甲苯等危险化学品。
NFE2L2 (NRF2) 致癌基因和转录因子驱动基因表达程序,促进癌症进展、代谢重编程、免疫逃避和放化疗抗性。根据 NRF2 活性对患者进行分层可指导治疗决策以改善结果。在这里,我们开发了一种基于内部标准触发平行反应监测的质谱靶向蛋白质组学检测,以量化 69 种 NRF2 通路成分和靶标,以及 21 种在头颈部鳞状细胞癌 (HNSCC) 中具有广泛临床意义的蛋白质。我们改进了现有的内部标准触发平行反应监测采集算法 SureQuant,以提高吞吐量、灵敏度和精度。在 27 种肺癌和上消化道癌细胞模型上测试优化平台,发现了 35 种 NRF2 反应蛋白。在福尔马林固定石蜡包埋的 HNSCC 中,NRF2 信号强度与 NRF2 激活突变和 SOX2 蛋白表达呈正相关。滤过性 T 细胞的蛋白质标记物彼此呈正相关,并与人乳头瘤病毒感染状态呈正相关。CDKN2A (p16) 蛋白表达与人乳头瘤病毒致癌 E7 蛋白呈正相关,并证实存在翻译活性病毒。这项工作建立了一种临床上可行的 HNSCC 蛋白质生物标志物检测方法,能够在 90 分钟内量化来自冷冻或福尔马林固定石蜡包埋的存档组织中的 600 多种肽。
Illumina DNA Prep with Enrichment Dx 是一种文库制备和富集解决方案,符合欧盟 (EU) 关于体外诊断医疗器械的法规 2017/746,并受美国食品药品管理局 (FDA) 监管。它支持来自人体细胞和组织的各种基因组 DNA (gDNA) 的文库制备,包括从全血或福尔马林固定、石蜡包埋 (FFPE) 组织中提取的 gDNA(表 1)。作为下一代测序 (NGS) 工作流程的一部分,Illumina DNA Prep with Enrichment Dx 使临床实验室能够将有针对性的测序富集面板添加到其诊断应用程序中(图 1)。
鱼类免疫 目的:开发致病菌株(嗜水气单胞菌)的疫苗(福尔马林灭活全细胞抗原)和鱼类免疫技术。 简介:疫苗是一种生物制剂,可提高对特定疾病的免疫力。疫苗含有一种识别致病微生物的药剂,通常由微生物的弱化或灭活形式、其毒素或其表面蛋白之一制成。它刺激人体的免疫系统将该药剂识别为外来物质,将其摧毁并记住它,以便免疫系统可以更容易地识别和摧毁它后来遇到的任何这些微生物。 理想疫苗的特征:
组织样品 - 可以从任何富细胞的组织中提取DNA。如果要在验尸后测试狗,则舌头1英寸(或同等),其他肌肉,脾脏,肾脏或肝脏将提供大量DNA(一种组织就足够 - 不要发送多个组织)。组织样品应放在清晰标记的冰柜袋或其他无菌容器中,然后冷冻。不要放在福尔马林!将袋装纸巾放在另一个袋子里,冷冻,然后用冷冻的凉爽包装(请勿使用干冰或放在自封袋中的冰块)。如果这是唯一的样本(无血液样本),请在常规测试费中增加40美元的特殊处理费。
摘要:提取过程中附着细菌的完全恢复的不确定性是这些微生物计数的主要问题。均质化和超声波处理是最常用的物理提取技术,每一种技术都基于能产生最大产量的假设。使用频率范围在 40 至 50 kHz 之间的超声波处理浴对福尔马林固定的沙质沉积物进行超声波处理,同时输出功率在 100 至 200 W 之间变化,比 23000 rpm 的均质化更有效。超声波处理破坏了许多细菌,对于所研究的沉积物,估计在乘以 1.44 倍时,经过 2.5 分钟的最佳处理后获得的计数可以校正提取过程中的不足。
无论是否存在雄激素,其转录活性都会受到影响。我们评估了 AR 和 PIM1 的表达及其在 TNBC 中的预后意义。材料和方法:通过定量逆转录聚合酶链式反应对 141 例 TNBC 患者的福尔马林固定石蜡包埋肿瘤中的 AR 和 PIM1 转录本进行量化。结果:38.3% 表达 AR,10.6% 表达 PIM1,而在 7/141 例(5.0%)中检测到 AR 和 PIM1 共同表达。AR 或 PIM1 对总体或无病生存期没有预后意义。结论:只有一小部分 TNBC 患者存在 AR 和 PIM1 共同表达。应在更大的患者队列中研究这一发现对 TNBC 患者治疗管理的意义。