图1。家族性肌原纤维肌病和杂合DES E439K变体。(a)受影响家庭的血统。圈子和正方形分别代表女性和男性受试者。实心符号显示患有肌病和心肌病的患者。交叉的符号代表已故的受试者。+符号代表患者存在致病性杂合DES变体。固体箭头指示其心脏活检的家庭成员用于组织学和生化分析。空箭头指示其外周血单核细胞用于产生IPSC克隆的家庭成员。(b)索引病例CII的心脏样本的双脑室横向心脏切片(A)显示两个心室的扩张。(c)福尔马林固定左心室截面的苏木精蛋白safran染色显示广泛的纤维化。
产品描述Quick-DNA/RNA™FFPE试剂盒为一个简单可靠的方法,用于从一个单独的福尔马林膜状帕片蛋白嵌入(FFPE)组织样品中的两个单独的部分中的一种洗脱酸或DNA和RNA中的总核酸分离(DNA/RNA)。该产品的独特化学成分已被优化,以最大程度地恢复DNA和大小和小RNA物种。只需使用脱氧蛋白溶液将组织脱氧化,使用蛋白酶K消化,进行热化学交联,然后使用Zymo-Spin™柱技术进行纯化。结果是不含DNA的高质量DNA和总RNA(包括小RNA),可以用于RT/QPCR,杂交,测序等。
缩写:AcCC,腺泡细胞癌;AdCC,腺样囊性癌;EOLP,糜烂性口腔扁平苔藓;F,冰冻;Fe,女性;FFPE,福尔马林固定石蜡包埋;FoM,口底;HNSCC,头颈部鳞状细胞癌;HPV,人乳头瘤病毒;M,男性;MEC,粘液表皮样癌;N,数量;NEOLP,非糜烂性口腔扁平苔藓;NR,未报告;OKC,口腔角化囊肿;OL,口腔白斑;OLP,口腔扁平苔藓;OP,口腔癌前病变;OPSCC,口咽鳞状细胞癌;OSCC,口腔鳞状细胞癌;PA,多形性腺瘤;PBMC,外周血单核细胞;R,范围;rOSCC,复发性口腔鳞状细胞癌; SGT,涎腺肿瘤;WA,沃辛瘤。
通常很难使用这些指标选择好的胚胎。因此,有必要阐明异常染色体分离的原因并防止异常胚胎的形成。迄今为止,为了研究异常分离的染色体和微核,已经进行了分析,包括使用一个受精卵的一个细胞对基因进行全面分析,以及对用福尔马林固定的受精卵的染色体观察的荧光观察。但是,由于综合细胞基因表达分析无法区分正常和异常的染色体,并且通过荧光观察观察异常的染色体仅允许分析一部分异常染色体,因此无法详细检查异常染色体。因此,在这项研究中,我们开发了一项技术,可以从染色体异常的小鼠2细胞阶段中去除微核,而无需杀死胚胎,并试图分析遗传切除的微核。
研究人员还可以使用 QIAseq 多模态 DNA/RNA 文库试剂盒生成仅含 DNA 或仅含 RNA 的文库。这是市场上第一款可兼容多种输入样本的 NGS 多模态试剂盒,包括血液、福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 样本和无细胞 DNA (cfDNA)。这在转化研究中尤其重要,例如在癌症研究中,可能会有不同类型的样本。该试剂盒灵敏度高,可检测 DNA 和 RNA 稀有变异。使用 QIAseq 多模态 DNA/RNA 文库试剂盒生成的 DNA 和 RNA 文库可直接与不同的测序平台兼容,例如 Illumina 仪器和 Element Aviti,并且可以通过增加转换步骤在其他测序仪上进行测序(Complete Genomics/MGI、Singular Genomics 和 Ultima Genomics)。
样本考虑:由于组织特征,例如纤维率,脂质组成,核酸酶水平和组织部分可用的细胞数,FFPE组织样品中的DNA纯化可能具有挑战性。此外,在固定之前和固定过程中处理组织的变化,包括在组织固定过程中组织暴露于福尔马林的持续时间,极大地影响了FFPE组织中核酸的交联程度和碎片。所有这些属性可能会影响可以从FFPE组织切片中纯化的可放大核酸的质量和量。在开发过程中,使用多种人类FFPE组织类型和格式(例如,幻灯片与卷发与卷曲的FFPE组织切片)评估了Maxwell®RSCXcelere DNA FFPE试剂盒,以确保对可用的可利用DNA的最佳纯化。
皮肤自显影。对 6 例疱疹的整个疱顶表皮和表皮细胞悬液进行了放射自显影分析。将两个完整的表皮和分离成细胞悬浮液的另外 22 个表皮在 1 ml 含有 2 µCi ["H]TdR 的 Hanks 溶液中在 37°C 下孵育 60 分钟。用 Hanks 溶液清洗两次后,将水泡表皮固定在 4% 福尔马林中,进行处理,并切成 4 µm 的切片。从表皮细胞悬浮液中制成细胞离心制剂。用剥离膜(Kodak AR-IO)覆盖制剂,暴露 7 天,并用 Harris 苏木精染色。通过计数每个样本中的 5 000 个细胞并将计数表示为标记细胞与所有未标记表皮细胞 XI 00 的比例来确定表皮细胞的标记指数。
•使用QIAAMP DNA FFPE组织试剂盒(Qiagen)进行DNA提取。•使用该套件的建议总DNA输入量(适用10 ng或100 ng)对五个样品进行了四种不同的处理,并进行了相关的模板量为1NG。•WGA使用GenomePlex®完整WGA试剂盒(Sigma-Aldrich),Illinea™Ready-Go™Genomiphi™V3(GE Healthcare Life Sciences),Repli-G FFPE Kit(Qiagen)进行。•根据制造商的协议,使用Infinium HD FFPE还原套件(Illumina)进行DNA修复。插入/删除(Indels)可以从福尔马林损坏(FD)样本中提供最有证明的信息,以实现人类识别(HID)目的。结果表明,FD样品的生产力方法可能是使用大量平行测序(MPS)技术利用Indel面板或SNP标记。
福尔马林固定石蜡包埋组织 (FFPE) 中的基因组 DNA 是基因组研究的常见来源,但由于固定损伤、碎片化和提取 DNA 的产量低,文库制备和测序具有挑战性。面对需要评估全基因组体细胞变异调用、正常边缘变异调用和甲基化状态的研究设计,输入的 FFPE DNA 数量和质量变得有限。用于生成全基因组测序和甲基化数据的既定方法(长读测序或标准短读 + 甲基化测序或阵列)需要高输入 DNA 数量和质量。生物模态 evoC 文库制备方法提供了一种替代化学方法,可实现标准全基因组测序,对 DNA 的输入要求低(<80ng),同时提供 5mC(和 5hmC 选项)调用。
某些癌症类型的肿瘤取样也仍然很困难,导致用于基因检测的组织量不足(Brock 等人,2015 年)。对于晚期或转移性非小细胞肺癌 (NSCLC),多达 69% 的病例没有可用的组织(Douillard 等人,2009 年)。即使可以收集组织,福尔马林固定等保存方法也会导致基因检测结果出现假阳性(Quach 等人,2004 年)。最后,由于肿瘤异质性,活检通常会受到样本偏差的影响(Bedard 等人,2013 年)。液体活检正变得越来越流行,因为它们提供了一种以侵入性较小且成本较低的方式进行基因分型的机会。然而,与传统组织活检相比,液体活检的灵敏度低(60-80% 之间)和假阴性病例数较高(Sequist & Neal,2024 年)。