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Brainbox——一种促进脑磁共振成像特征与组织病理学关联的工具
磁共振成像 (MRI) 在识别潜在组织病理方面存在局限性，这与多发性硬化症、中风或脑肿瘤等神经系统疾病有关。然而，目前没有将 MRI 特征与组织病理学相关联的标准化方法。因此，我们旨在开发和验证一种可以促进脑 MRI 特征与相应组织病理学相关联的工具。为此，我们设计了 Brainbox，这是一种防水且与 MRI 兼容的 3D 打印容器，具有集成的 3D 坐标系。我们使用 Brainbox 对八个人类大脑（新鲜的和福尔马林固定的）进行死后离体 MRI，并使用内置的 3D 坐标系将局部成像特征与组织病理学相关联。凭借其内置的 3D 坐标系，Brainbox 可以将 MRI 特征与相应的组织基质相关联。 Brainbox 用于将不同的 MRI 图像特征与相应的组织基质关联起来，包括正常的解剖结构，例如海马或血管周围空间，以及腔隙性中风。固定后脑体积减少了 7%（P = 0.01）。Brainbox 能够在扫描前对标本进行脱气，减少磁化伪影并最大限度地减少扫描过程中的体积运动。总之，我们的原理验证实验证明了 Brainbox 的可用性，它有助于提高 MRI 的特异性以及标准化死后离体人脑 MRI 与组织病理学之间的相关性。我们的机构可应要求提供 Brainbox。
伽马射线辐照的无荚膜 B 组链球菌可促进 T 细胞依赖性免疫并提供交叉保护反应
摘要：B 组链球菌 (GBS) 是一种革兰氏阳性菌，常见于泌尿道，也是新生儿败血症和肺炎的主要原因。尽管目前采用抗生素预防 (IAP)，但新生儿晚发型疾病和非妊娠成人感染的疾病负担仍在增加。最近，已证明通过伽玛射线灭活病原体可以消除其复制能力，但对关键表位的抗原性损害较小。在本研究中，我们通过辐射 (Rad-GBS) 或福尔马林 (Che-GBS) 灭活无荚膜 GBS 菌株，并进一步确定其作为疫苗的免疫原性和保护效果。值得注意的是，与 Che-GBS 相比，Rad-GBS 具有更高的免疫原性，并且在 BMDC 中产生更高的共刺激分子表达。流式细胞分析显示，Rad-GBS 在小鼠体内诱导出更强的 CD4 + IFN-γ + 和 CD4 + IL-17A + 群体。通过用高毒力菌株 CNCTC 10/84 进行攻击来测量保护效果，过继转移结果进一步表明，保护作用被功能性中和抗体和 T 细胞逆转。最后，Rad-GBS 诱导了对 GBS 流行血清型攻击的交叉保护。在用 Rad-GBS 免疫的小鼠血清中测定出针对多种血清型的更高调理吞噬杀灭活性。总体而言，我们的结果表明，灭活的全细胞包裹 GBS 可以作为开发针对侵袭性 GBS 感染的通用疫苗的替代策略。
自发性脑出血形成机制：基于解剖标本的研究
方法 支持本研究结果的数据可根据合理要求从通讯作者处获取。 作为国家科学中心获奖项目“在生理条件下和支架置入后小直径脑循环动脉的血流动力学建模”的一部分，我们创建了所提出的自发性基底神经节 ICH 模型。 研究方案经波兰华沙医科大学伦理委员会批准（编号 20/2021）。 我们将造影剂（硫酸钡和明胶的混合物）注入 40 个未固定的基底神经节解剖标本，随后将其固定在 10% 福尔马林缓冲溶液中，并用尼康/Metris XT H 225 ST 微型计算机断层扫描 (CT) 扫描仪进行扫描（有关标本准备的详细分步描述，请参阅我们的方法学文章 17 ）。由于分辨率高（体素大小高达 27 µm），该方法可以清晰地显示从大脑中动脉（豆纹动脉）分支出的所有穿支动脉。18 我们还收集了关于年龄、性别和 3 个区域动脉粥样硬化存在的尸检数据：冠状动脉、Willis 环和主动脉。动脉粥样硬化的严重程度分为无动脉粥样硬化、动脉粥样硬化、纤维粥样硬化或复杂病变。在附加实验中测量了注射压力（补充材料）。注射期间压力约为 60 mm Hg，造影剂凝固时最大压力为 260 mm Hg；这些数值在医学上是合理的，并且比导致颅内主要动脉破裂所需的平均压力低 5 倍以上。19,20
尼泊尔三级医院晚期肺腺癌常见驱动突变的流行情况
方法 对所有接受 DGM 检测（这是标准治疗方法）的晚期肺腺癌患者进行了回顾性横断面研究。该研究是在获得国家医学科学院 Bir 医院的机构批准后进行的。从文件记录中收集了 2022 年 1 月至 2023 年 7 月期间与晚期肺腺癌的年龄、性别和 DGM 相关的数据。使用非概率便利抽样技术进行数据收集。DGM 测试使用直接测序或聚合酶链反应 (PCR) 或下一个基因测序 (NGS) 技术检测 EGFR 突变，荧光原位杂交 (FISH)/PCR/NGS 检测 ALK 和 FISH 或 NGS 检测 ROS1，使用福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 组织样本。测试是通过单一测序技术或作为目标面板测试或 NGS 的一部分进行的，具体取决于活检样本和患者对测试方法的决定。所有 DGM 测试均在外包实验室进行，因为这些测试在公司内部无法进行。收集了 EGFR、ALK 和 ROS 1 突变报告，因为这三种是尼泊尔最常见的 DGM 测试，因为这些突变的治疗药物很容易获得，如果进行其他不常见的突变，也会收集。使用 SPSS-20 和描述性统计工具分析收集的数据。在描述性统计中，计算了分类变量的频率和百分比，然后使用饼图和条形图呈现数据。
将独立数据与Spike-In Silac（DIA-SIS）结合起来改善蛋白质组覆盖范围和定量
与数据无关的采集（DIA）越来越优于数据依赖性的获取，因为其吞吐量较高，缺失值较少。尽管数据依赖性采集通常使用稳定的同位素来改善量化，但DIA主要依赖于无标签的方法。将DIA与同位素标记整合的努力包括化学方法，例如用于相对和绝对定量和二甲基标记的质量差异标签，虽然有效地使样品制备复杂化。通过氨基酸在细胞培养物（SILAC）中通过氨基酸标记稳定的同位素标记，通过将重标记纳入体内蛋白质的代谢掺入中，实现了高标记的效率。但是，对代谢掺入的需求限制了在临床方案和某些高通量实验中的直接使用。Spike-In Silac（SIS）方法使用外部生成的重样品作为内部参考，即使对于无法直接标记的样品，也可以基于SILAC的定量。在这里，我们结合了DIA-SIS，利用SILAC的稳健定量，而没有与化学标记相关的复杂性。我们开发了DIA-SIS，并严格评估了其性能，并在散装和单细胞样水平上的混合物种基准样品进行了评估。我们证明，与无标签方法相比，DIA-SIS显着改善了蛋白质组的覆盖范围和定量，并减少了错误量化的蛋白质。此外，DIA-SIS被证明可有效分析低输入福尔马林固定的paraffiffinembedded组织切片中的蛋白质。dia-sis结合了稳定的基于同位素的量化的精度和无标签样品制备的简单性，促进了简单，准确且全面的蛋白质。
使用乙酸聚乙烯酯（PVA）和丙烯酸添加剂
摘要。一种粘合剂，以各种名称（例如胶水，水泥，粘液或糊状）而闻名，是一种材料，用于将两个不同物品的一个或两个表面应用于一个或两个表面，以将它们团结起来并承受将它们拉开的任何尝试。粘合剂可以自然发生或人为地生产。在这种特定情况下，讨论集中于使用丙烯酸和乙酸聚乙烯酯（PVA）作为所考虑的粘合剂的基本材料。在制定粘合剂的过程中，测量了大约2升水，然后倒入用作混合容器的塑料桶中。随后，将0.7千克碳酸钙引入水桶中，并搅拌以进行彻底混合。之后，将每个丙烯酸和乙酸聚乙烯酯（PVA）添加到桶中的混合物中，并有效地搅拌直至实现均匀且良好的混合物。然后将0.1 kg的硝基醇和0.07 kg的bamacol粉末掺入混合物中，以连续搅拌，以确保将其掺入混合物中。此外，将0.05千克的福尔马林作为防腐剂引入，并搅拌大约十分钟以最终确定产品。然后，通过测试其在各种材料组合上的键合特性来评估粘合剂的性能，包括木材到木材，纸箱到纸 - 卡顿，纸纸到纸，木材到金属和纸与木材的应用。结果表明，使用时，白色粘合剂可作为多功能，应用于多功能产品。测试了各种特性，例如干燥时间，粘结强度和pH水平，以确定粘合剂的最佳品质。此外，还彻底检查了配制粘合剂的保质期。最终，粘合剂证明了其在粘结纸纸，纸上和其他包装材料中的有效性，展示了其在各种应用中的多功能性和实用性。
临床适用微环境分类器作为软组织肉瘤肿瘤缺氧生物标志物的技术开发和验证
背景：软组织肉瘤 (STS) 是罕见的异质性肿瘤，需要生物标志物来指导治疗。我们之前得出了一个预后肿瘤微环境分类器（24 基因缺氧特征）。在这里，我们开发/验证了一种用于临床应用的检测方法。方法：在 28 份前瞻性收集的福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 活检样本中比较了靶向检测 (Taqman 低密度阵列、nanoString) 的技术性能。通过与临床样本中的 HIF- 1 α /CAIX 免疫组织化学 (IHC) 进行比较，对 nanoString 检测进行了生物学验证。曼彻斯特 (n = 165) 和 VORTEX III 期试验 (n = 203) 队列用于临床验证。主要结果是总生存期 (OS)。结果：两种检测均表现出极好的可重复性。 nanoString 检测在体外缺氧条件下检测到 24 个基因特征的上调，而在体内 CAIX 表达高的肿瘤中，16/24 个缺氧基因上调。在曼彻斯特队列（HR 3.05，95% CI 1.54 – 5.19，P = 0.0005）和 VORTEX 队列（HR 2.13，95% CI 1.19 – 3.77，P = 0.009）中，缺氧高肿瘤患者的 OS 较差。在合并队列中，缺氧高肿瘤患者的 OS 独立预后（HR 2.24，95% CI 1.42 – 3.53，P = 0.00096）并与较差的局部无复发生存期相关（HR 2.17，95% CI 1.01 – 4.68，P = 0.04）。结论：本研究全面验证了更适合 FFPE STS 活检的微环境分类。未来用途包括：(1) 选择高风险患者进行围手术期化疗；(2) 生物标志物驱动的缺氧靶向治疗试验。
通过Primerless PCR拯救高度退化的DNA
1医学实验室科学系，应用医学科学学院，国王阿卜杜勒齐兹大学，吉达，沙特阿拉伯2分子诊断实验室，国王阿卜杜勒齐兹大学医院，国王阿卜杜勒齐兹大学，沙特阿拉伯国王阿卜杜勒阿拉伯，阿拉伯人，mol。res。22（4）：GMR19097于2023年8月30日收到2023年10月26日，于2023年12月26日发表，doi http://dx.doi.org/10.4238/gmr19097摘要。下一代测序（NGS）平台现在作为治疗前结肠癌患者的K-RAS突变的常规分析实施。NGS平台中使用的DNA是从结肠癌福尔马林固定的石蜡包裹（FFPE）块中提取的。在这项研究中，我们利用了20个FFPE结肠癌块。通常，优质的DNA样品包括紧凑的高分子量DNA。通过琼脂糖凝胶电泳检查提取的DNA的质量。由于自动分解和自发脱尿，或细菌污染和提取的DNA的自然机制，发现某些样品被高度退化，然后通过超声处理将其定期碎片。在这项研究中，进行了PCR来重建较大的DNA片段，而不是扩增DNA片段。无原始PCR依赖于PCR循环的两个段的自然力量来重建碎片的PCR，作者：变性DNA可以随机退火为其互补序列（退火）和TAQ聚合酶在3'端（扩展）扩展DNA。通过重复150个循环，产生较大的DNA片段而不是扩增DNA。碎片的DNA通过无底漆PCR重建150个周期。然而，每50个周期将TAQ聚合酶的1U添加到PCR反应中。为这项研究选择的样品被高度降解。样品的降解程度为
含 Triton X-100 的李氏肉汤
20 世纪 40 年代早期，Weber 和 Black 建议使用卵磷脂和聚山梨醇酯来中和季铵化合物的抗菌作用 (6)。1965 年，AOAC 认可该方法用于抗菌测定，并将其应用扩展到所有阳离子洗涤剂。1978 年，FDA 将其作为每次化妆品微生物检查的预增菌培养基。化妆品的化学成分很有可能通过生物体的新陈代谢而改变，从而导致化妆品变质并对使用者造成伤害 (1,5,7)。直接菌落计数和增菌培养是从化妆品中分离微生物的首选方法。Letheen 这个词代表卵磷脂和聚山梨醇酯 (tween) 80 的组合。建议使用含有 Triton X-100 的 Letheen 肉汤来检测酵母和霉菌，因为这种肉汤可以让大多数生物大量生长。 Triton X-100 是非离子型的，可分散微生物，使计数更容易。蛋白胨、HM 蛋白胨 B 为微生物提供含氮营养物质、碳化合物和微量元素。在培养基中加入卵磷脂和聚山梨醇酯 80 可以从含有化妆品中使用的消毒剂或防腐剂残留物的材料中回收细菌。加入聚山梨醇酯 80 可消除酚类化合物、六氯酚和福尔马林，并与卵磷脂一起中和乙醇 ( 2 )。卵磷脂还可以中和化妆品中的季铵化合物。氯化钠可维持培养基的渗透平衡。Triton X-100 可用作表面活性剂。化妆品中含有防腐剂，在接种过程中应至少部分灭活，而该培养基有助于稀释和中和。
表皮生长因子受体靶向的荧光分子成像，用于口腔癌患者的术后淋巴结评估
在大多数口腔癌患者中，手术治疗包括切除原发性肿瘤以及切除淋巴结（LNS），以进行分期或进行治疗。手术期间收获的所有LN都需要组织加工和随后的微观组织疗法评估，以确定淋巴结阶段。在这项研究中，我们研究了在组织病理学检查之前溶于荧光示踪剂cetuximab-800CW的使用来区分肿瘤阳性和肿瘤阴性LN。在这里，我们报告了一项临床试验的回顾性临时分析，旨在评估口腔鳞状细胞癌患者的切除缘（NCT02415881）。方法：手术前两天，将患者静脉注射75 mg西妥昔单抗，然后是15 mg Cetuximab-800CW（一种表皮生长因子受体 - 靶向均匀的示踪剂。获得了切除的，福尔马林固定的LN的荧光图像，并与组织病理学评估相关。结果：514 LNS（61个病理性的淋巴结）的荧光分子成像可以检测具有100％敏感性的肿瘤阳性LNS exvo，且特定的86.8％（曲线下的面积为0.98）。在此队列中，需要微观评估的LN数量减少了77.4％，而不会缺少任何转移。此外，在7.5％的LNS假阳性对荧光成像的阳性中，我们鉴定了标准组织病理学分析所遗漏的转移酶。结论：我们的发现表明表皮生长因子受体 - 靶向荧光分子成像可以帮助检测口腔癌患者的离体环境中的LN跨阶段。这种图像引导的概念可以改善术后LN检查的有效性并确定其他转移，从而保护适当的术后治疗并有可能改善预后。