XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System种群
与野生动物种群中年龄和衰老有关的纵向肠道微生物组动力学
fi g u r e 1根据（a）寄主时代（b）平均区域质量（c）季节和（d）成年塞舌尔莺的时间中的寄托量（b）平均地区质量（c）季节和（d）时间。PCA排序使用基于中心对数比率（CLR）转换的扩增子测序变体（ASV）丰度计算的Aitchison距离进行。每个点代表一个独特的肠道微生物组样品（n = 273个个体的462个样品）。大钻石代表组质心。为了清楚起见，样品被分为绘制的离散类别：（a）年龄：1-3岁，3-6岁或> 6岁； （b）领土质量：低（下四分之一<17,136），中（四分位数范围）或高（上四分位数> 36,602）； （c）季节：专业或小季度； （d）一天中的时间：早晨收集的样本（日出后<6:00 am a am am am a p（日出>日出> 6 h）。主成分1、2、3和4分别解释了肠道微生物组结构变化的10.9％，4.4％，2.3％和1.9％。
主动采样：用于最佳子样本的有限种群推断的机器学习辅助框架
生物电子设备可以提供强大的工具，以充分地与电动性神经细胞和组织进行有效的沟通，从而使我们能够更好地了解复杂的生物学功能并治疗患有神经系统疾病的患者。[1]用于神经应用的生物电子设备的细胞或组织界面可以从使用与组织的机械和生化特性相匹配的合成水凝胶中受益。模仿细胞外基质的水凝胶也被广泛用作器官芯片设备中的细胞支持支架，[2] 3D细胞培养，[3]和用于3D生物印刷的生物互联。[4]使用含有细胞水凝胶的生物学的3D Bioprinting通过以3D空间分辨率排列细胞和材料来构建更复杂和功能性的组织和疾病模型，从而在神经组织工程中提供了para-digm的变化。[4,5]
成年心脏移植患者的他克莫司种群药代动力学
通讯作者：Jean-Baptiste Woillard标题：Pharmd，Phd OrcID：0000-0003-1695-0695； 0000-0001-6147-9201地址：大学。LIMOGES，INSERM U1248 P＆T，2 Rue du Pr Descottes，F-87000 Limoges，法国。电话：+33 5 55 05 61 40传真：+33 5 55 05 61 62电子邮件：Jean-Baptiste.woillard@unilim.fr作者确认本文的主要研究人员是Pierre Marquet教授和
坦桑尼亚濒危白斑鞭鳐 Maculabatis gerrardi (Gray, 1851) 的种群遗传状况
Harrison LR、Carlson JK、Davidson LN、Fordham SV、Francis MP、Pollock CM、Simpfendorfer CA、Burgess GH、Carpenter KE、Compagno LJ、Ebert DA、Gib son C、Heupel MR、Livingstone SR、Sanciangco JC、Stevens JD、ValentiS、White WT (2014) 世界鲨鱼和鳐鱼的灭绝风险和保护。eLife 3：1-34
堪萨斯州的抗咪唑疗法的施加乳肌（高粱双色L。）种群
Shattercane是产生谷物高粱的地区有问题的夏季一年草杂草物种。从堪萨斯州西北部的高粱田中收集的三个碎屑种群（DC8，GH4和PL8）幸存下来的现场使用率（52 g ha-1），这些率（52 g ha-1）被施加了imazamox。这项研究的主要目标是1）确认并表征了推定的抗胺氮杂（IMI-R）碎屑种群中对咪唑唑的抗性水平，2）研究耐药性的潜在机制，3）确定后孔剂的效果在升华后生物剂对控制IMI-R种群的有效性。使用了来自堪萨斯州鲁克斯县的先前已知的imazamox易感（SUS）碎片脉。与SUS人群相比，所有三个推定的人群对咪扎莫克斯的耐药性表现出4.1倍至6.0倍。来自所有IMI-R种群的ALS基因序列均未揭示任何已知的靶位点抗性突变。对马拉硫酮的预处理，它抑制细胞色素P450，其次是各种剂量的imazamox，逆转了PL8群体的耐药表型。在另一项温室研究中，使用尼克富龙，测quizalofop，clethodim和草甘膦的出现后处理导致所有IMI-R种群≥96％的损伤。缺乏已知的ALS靶位点突变和Malathion的抗药性表型的逆转表明，在PL8 Shattercane种群中，可能基于代谢对咪唑瘤的抗性。
hogvax：利用肽重叠以最大程度地提高疫苗设计中的种群覆盖范围
摘要。肽疫苗提供了传统疫苗的安全且有效的替代品。它们的效率取决于疫苗中包含的肽以及主要组织相容性复合物（MHC）分子结合并呈现这些肽的能力。由于MHC等位基因的高度多样性，它们的不同肽结合特异性以及对肽疫苗构建体的最大长度的物理约束，选择了一组肽，这些肽可以有效地在大部分人群中实现免疫力，这是挑战性的。在这里，我们提出了Hogvax，这是一种选择最大化人口覆盖率的组合优化方法。Hogvax背后的关键思想是利用肽序列之间的重叠，以在有限的空间中包括大量肽，从而涵盖稀有的MHC等位基因。我们将疫苗设计任务形式化为理论问题，我们称之为最大评分k-superstring概率（MSK）。我们表明，MSK是NP-HARD，使用层次重叠图（HOG）将其重新制定为图形问题，并呈现MSK的单倍型变体，以考虑MHC基因座之间的链接不平衡。我们为图形问题提供了整数线性编程公式，并提供开源实现。我们在SARS-COV-2案例研究中证明了Hogvax设计的疫苗的出现含有比由共同催化的肽建立的疫苗序列要多的肽。我们预测超过98％的人口覆盖范围和大量的人类呈现的肽，从而对新的病原体或病毒变异产生了良好的免疫力。
水稻现象选择的表现：种群大小和基因型 - 环境相互作用对预测能力的影响
现象预测（PP）是一种利用近红外光谱（NIRS）数据的新方法，为育种应用提供了基因组预测（GP）的替代方法。在PP中，高光谱关系矩阵取代了基因组关系矩阵，可能会导致添加剂和非加性遗传效应。与GP相比，PP具有成本和吞吐量的优势，但影响其准确性的因素尚不清楚，需要定义。本研究研究了各种因素的影响，即训练人群的规模，多种环境信息整合以及基因型X环境（GXE）效应对PP的影响与GP相比。我们评估了在四种不同环境中种植的水稻多样性面板中的几种农艺上重要特征（开花，植物高度，收获指数，千粒体重和谷物氮含量）的预测准确性。培训人群规模和GXE效应包容对PP准确性的影响最小。影响PP准确性的关键因素是包括的环境数量。使用来自单个环境的数据，GP通常超出执行的PP。但是，使用来自多个环境的数据，使用基因型随机效应和每个环境的关系矩阵，PP获得了与GP的可比精度。与使用单个信息源相比，将PP和GP信息组合在一起（例如，GP，PP的平均预测能力以及GP和合并的GP和PP的平均预测能力分别为0.44、0.42和0.44）。我们的发现表明，当所有基因型至少具有一个NIRS测量值时，PP可以与GP一样准确，这可能为水稻育种计划提供重要优势，降低育种周期并降低计划成本。
miRNA，miRNA簇和异构体在结直肠癌中癌症干细胞种群发展中的作用。
抽象的背景和目的：隆胺胺是己糖酶II抑制剂，作为抗癌分子，在临床试验中广泛探索。有限的信息占据了有关稳定性指示方法的占上风，这些方法可以确定在压力条件下强制降解隆替胺的降解。因此，我们报告了快速，敏感，可重复且高度准确的液相色谱和质谱法来分析孤立胺降解的使用。实验方法：使用同位物50:50水：具有0.1％甲酸的乙腈可以检测到lonidamine，可以在260 nm wavel的紫外（UV）检测器中，使用lonidamine检测Xbridge beh屏蔽层反向相C18列（2.5 µm，4.6×75 mm）。发现/结果：对于基于串联的液态色谱 - 质谱法（LC-MS）-UV检测，获得了R²> 0.99的线性曲线。这项研究证明（目前是由等司法洗脱的），基于LC-MS的检测具有相对较高的灵敏度（S/N（10 ng/ml）：220和S/N（20 ng/ml）：20 ng/ml）：分别在较低的检测和定量水平下的精度。除了开发LC-MS方法外，我们还报告说，当前方法是稳定性的，并表明在所有三个应力条件下，隆丹明随着时间的流逝会降解；酸性，碱性和氧化。结论和含义：与高性能液相色谱（HPLC）-UV检测结果相比，基于LC-MS的lonidamine的定量被证明是一种更好的方法。关键字：强制退化； LC-MS;隆田胺；稳定性表示。这是关于使用LC-MS方法研究lonidamine强迫降解的稳定性指示方法的第一份报告。
结构信息的微生物种群遗传学阐明了塑造蛋白质进化的选择性压力
对自然遗传多样性的全面取样具有宏基因组学，可以对生态学与进化之间的相互作用进行高度解决的见解。然而，从人口内基因组变异中解决自适应，中性或净化过程仍然是一个挑战，部分原因是唯一依赖基因序列来解释变体。在这里，我们描述了一种分析预测蛋白质结构背景下遗传变异的方法，并将其应用于SAR11 1A.3.V中的海洋微生物种群，该海洋微生物种群主导了低纬度表面海洋。我们的分析揭示了遗传变异与蛋白质结构之间的紧密关联。在氮代谢中的一个中心基因中，我们观察到来自配体结合位点的非源性变体的发生降低是硝酸盐浓度的函数，揭示了养分可用性所维持的不同进化压力的遗传靶标。我们的工作产生了对进化的管理原则的见解，并可以对微生物种群遗传学进行结构意识研究。
印度尼西亚尼罗罗非鱼优良种群形态特征和遗传多样性比较分析
摘要 。通过选择性育种而产生的优良品种对提高养殖生产力起着至关重要的作用。本研究旨在评估和建立几种印度尼西亚优良罗非鱼品种的基线遗传信息。对育种产生的四个优良尼罗罗非鱼种群进行了形态特征和遗传多样性观察，作为继续形成国家优良品种的重要基线数据。使用的四个尼罗罗非鱼品种是 Nilasa（日惹）、Sultanaa（苏加武眉）、Srikandi（苏卡曼迪）和 Larasati（克拉登）。测量的形态特征是体重 (BW)、头长 (HL)、体深 (BD)、体厚 (BT) 和标准长度 (SL)。以形态特征与标准长度、体面积 (BA) 和体体积 (BV) 的比率形式分析数据。使用的 DNA 分析是随机扩增多态性 DNA，引物为 OPA-01、OPA-05 和 OPA-16。观测参数包括种群的遗传多样性值，即等位基因多态性和杂合度值。品种间的系统发育关系用 Nei 遗传距离表示。品种对 BD/SL、BT/SL 和 HL/SL 比率值的影响存在统计学上的显著差异（P<0.05），但对 BW/SL、BA 和 BV 值的影响不显著。雄性和雌性个体之间的 BW/SL、BD/SL、BA 和 BV 参数也存在显著差异。尼拉罗非鱼的平均 BA 和 BV 值最大。杂合度值范围从尼拉罗非鱼的低（0.090）到拉拉萨蒂罗非鱼的中等（0.1227）。基因座多态性范围为 21.05% 至 34.21%。Nei 遗传距离值范围为 0.2658 至 0.4011。 Nilasa 和 Larasati 品种之间的遗传距离最近。杂合度值的波动与形态特征变异系数值的波动相似。Nilasa 和 Sultana 罗非鱼是建立优良罗非鱼种群的最佳候选者。关键词：衰退、多样性、应用、养殖、罗非鱼。介绍。罗非鱼是世界上第二大养殖鱼类，仅次于鲤鱼（Miao 等人，2020 年）。尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）的水产养殖在许多国家稳步增长（El-Sayed 和 Fitzsimmons，2023 年），目前在包括印度尼西亚在内的 140 多个国家开展（Zhang 等人，2020 年）。2023 年上半年，印度尼西亚成为全球第二大罗非鱼生产国。然而，现在大部分产量都用于满足国内需求。在此期间，印度尼西亚以冷冻鱼片的形式出口了 4,700 吨罗非鱼（粮农组织，2023 年）。通货膨胀加剧、饲料成本上升和罗非鱼供应减少等预期因素可能会导致这种情况的恶化。此外，全球变暖的影响日益增大且不可否认，令人担忧，Khallaf 等人（2020 年）发现全球变暖会加速性成熟并降低生殖能力。