Motu Profiler或Short Motus是一种软件工具,可以从分类学组成,代谢活性成员的丰富性以及菌株群体的多样性方面对微生物群落的生产。为此,它维护了单拷贝系统发育标记基因序列的数据库,该数据库被用作参考,简短读取的元基因组和元文字读数被映射为识别和定量微生物分类群。在这里,我们描述了两个基本协议中最常见的MOTU剖面用例。其他支持协议提供有关其安装和深入指南的信息,以调整其设置,以增加或降低检测和量化分类单元的严格度,以及用于自定义输出文件格式。提供了解释分析结果的指南,以及有关独特功能,方法学细节和工具的开发历史的其他信息。©2021作者。Wiley Perigonicals LLC发布的当前协议。
在临床变异解释数据库的背景下,一个潜在的问题是,当它们实际上是种系(与患者的祖先人群相关的)时,将变体的分类错误(与癌症相关)。这可能取决于所使用的参考基因组,如果错误分类的变体与诊断,治疗或预后直接相关,则可能在临床上有问题(13)。换句话说,当这种变体可能不是癌症特异性时,可以用作潜在治疗的指示,或者在诊断过程中肿瘤学家可能会意外使用的是提供不准确的预后信息或分子病理学家。错误分类的变体对于在癌症研究的背景下也要意识到。人类变体起源(无论是种系还是躯体)通常是转化肿瘤学研究中的必要规范,从药物机理到临床试验的纳入标准(14,15)。
抽象斑点斑点(SB)是一种普遍的大麦叶子疾病,是由半野生真菌病原体索罗基尼亚人引起的。主要发生在全球潮湿的生长区域中,SB可能导致高达30%的收益率损失。遗传抗性仍然是疾病管理的最有效策略;然而,尽管先前鉴定出主要的抗性基因座,但大多数澳大利亚大麦品种都表现出敏感性。这项研究调查了澳大利亚大麦育种计划中的遗传结构潜在的斑点斑点抗性。连续两年使用单个分生孢子(SB61)在幼苗和成人生长阶段进行了抗药性。总共将337条大麦线与16,824个多态性飞镖seq™标记物一起键入。采用了两种映射方法:全基因组关联研究(GWAS)和基于单倍型的局部基因组估计值(局部GEBV)方法。两种方法都鉴定出在3H和7H铬的两个主要抗性相关区域,在跨生长阶段有效。此外,基于单倍型的局部GEBV方法揭示了GWAS未检测到的1H,3H和6H的抗性相关区域。单倍型堆叠分析强调了7H区域与其他抗药性单倍型相结合时,7H区域对成人植物抗性的批评作用,表明by-Gene的相互作用显着,并突出了斑点斑点耐药性的复杂,定量性质。这项研究证实了澳大利亚大麦繁殖种群中关键阻力基因座的存在,为斑点抗性抗性的遗传结构提供了新的见解,并强调了通过单倍型堆叠和全基因组预测方法增强抵抗力的潜力。
抽象糖尿病会导致涉及人体多个器官和系统的长期并发症。在并发症列表中,相对血管并发症增加了病情的发病率。糖尿病患者受到多种因素的影响,例如高血糖状态,胰岛素抵抗,氧化应激和肥胖症(如肥胖症)的代谢状况,以及所有提到的疾病也出现了血小板多动症。平均血小板体积(MPV)可以用作了解血小板功能和激活的实验室参数之一,这反映了患者的血管谱。因此,本研究比较了糖尿病组之间平均血小板体积的值,以确定血管并发症与平均血小板体积之间的关系。这项研究与90名参与者进行,分为三组。A组是非糖尿病患者,B组为2型糖尿病患者,C组是具有血管并发症和MPV的2型糖尿病患者。在分析平均血小板体积的统计平均值时,B组(2型糖尿病患者)值高于A组(非糖尿病患者),并且具有统计学意义,P - 值为0.001。同样,在有和没有血管并发症的糖尿病患者中,C组(2型糖尿病)的平均值(具有并发症的2型糖尿病)高于B组(2型糖尿病患者),P - 值为0.049。在比较不同研究组的MPV时,与没有并发症的糖尿病患者相比,糖尿病患者的MPV较高。
1 农业食品、动物和环境科学研究所—ICA3,奥希金斯大学,圣费尔南多 3070000,智利; carlos.maldonado@uoh.cl (CM); rodrigo.contreras@uoh.cl (RIC-S.) 2 塔尔卡大学生物科学研究所,塔尔卡 3460000,智利 3 康塞普西翁大学林业科学学院景观生态学实验室,康塞普西翁 4030000,智利; cristian.echeverria@udec.cl 4 智利大学林业科学与自然保护学院,拉平塔纳,圣地亚哥 8820000,智利; ricardo.baettig@uchile.cl 5 生物多样性和全球变化研究组(GIBCG),比奥比奥大学基础科学系,奇廉 3780000,智利; crtorres@ubiobio.cl 6 伊朗沙鲁德理工大学农业学院,沙鲁德 3619995161; heidarip@shahroodut.ac.ir 7 塔尔卡大学农业科学学院植物育种和表型中心,塔尔卡 3460000,智利; globosp@utalca.cl 8 植物育种实验室、农业科学与技术中心、北里约热内卢达西里贝罗州立大学、Campos dos Goytacazes 28013-602,巴西; amaraljr@uenf.br * 通信地址:fmora@utalca.cl
。cc-by-nc 4.0国际许可(未获得同行评审证明),他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可,以永久显示预印本。它是制作
1。2。Medicina,洛杉矶大学,圣地亚哥,智利。 div>3。医学外科医生,洛杉矶大学,圣地亚哥,智利。 div>4。制药化学家,安德烈斯·贝洛大学(Andres Bello University),圣地亚哥,智利。 div>摘要 div>
皮质神经元种群的尖峰活性通过少数人口范围的协方差模式(“潜在动力学”)很好地描述。这些潜在动力学在很大程度上是由确定局部场电位(LFP)产生的相同相关的突触电流驱动的。然而,潜在动力学和LFP之间的关系仍然在很大程度上尚未探索。在这里,我们为灵长类动物感觉运动皮层的三个不同区域表征了这种关系。潜在动力学和LFP之间的相关性是频率依赖性的,并且在各个区域之间有所不同。但是,对于任何给定的区域,这种关系在各个行为之间保持稳定:在主电动机和前皮层中,LFP-LANTENT动力学相关曲线在运动计划和执行之间非常相似。LFP与神经群体潜在动力学之间的这些强大关联有助于弥合使用两种记录的行为神经相关性的研究丰富的研究。
摘要 当细菌细胞接触时,通常会通过毒素传递介导拮抗作用。此类接触对受体细胞产生长期有益影响的可能性尚未得到研究。在这里,我们研究了 DddA 中毒的影响,DddA 是一种胞嘧啶脱氨酶,通过伯克霍尔德菌的 VI 型分泌系统 (T6SS) 传递。尽管 DddA 具有杀灭潜力,但我们观察到几种细菌对 DddA 有抵抗力,反而会积累突变。这些突变可导致获得抗生素耐药性,这表明即使在没有杀灭的情况下,细菌间拮抗作用也会对目标群体产生深远影响。对脱氨酶超家族中其他毒素的研究表明,诱变活性是这些蛋白质的共同特征,包括我们展示的代表性毒素,它以单链 DNA 为目标,并显示出明显不同的结构。我们的研究结果表明,细菌间拮抗相互作用的一个令人惊讶的结果可能是通过直接诱变毒素的作用促进适应。
影响遗传漂移强度的关键因素之一是人口规模。在小种群中,由于偶然事件的随机等位基因固定或丢失的可能性增加,遗传漂移更加明显。因此,少数人群更容易受到遗传漂移的影响,从而导致遗传多样性降低并增加了种群之间的遗传分化。这种现象被称为“创始人效应”,它发生在一小群个人在新的栖息地中殖民或与较大人群中隔离时,导致遗传变异的丧失并建立具有独特遗传组成的创始人人群。