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CAS9变体特异性的高度平行分析
确定可编程核酸酶的脱靶裂解谱是任何基因组编辑实验的重要考虑因素，并且已经报道了许多提高特异性的CAS9变体。我们在这里描述了基于标记的标签积分位点测序（TTISS），这是一种有效的，可扩展的方法，用于分析我们在59个目标中与八个CAS9变体平行应用的双链断裂。此外，我们生成了数千种其他CAS9变体，并筛选了具有增强特异性和活动的变体，识别LZ3 Cas9，这是具有唯一+1插入曲线的高特异性变体。这种全面的比较揭示了CAS9活动和特异性之间的一般权衡，并提供了有关+1插入频率的信息，这对校正移码突变具有影响。
关于治疗数据共享的关键信息
TDC.Leenay：原代 T 细胞是一种很有前途的治疗性基因组编辑细胞类型，因为它们可以在体外有效地进行工程改造，然后转移到患者体内。该数据集包括对来自 15 名供体的原代 CD4+ T 细胞进行 CRISPR-CAS9 敲除实验的 DNA 修复结果 [ 82 ]。对于来自 553 个基因的 1,521 个独特基因组位置中的每一个，都提供了 20 个核苷酸的指导序列以及 3 个核苷酸的 PAM 序列。预测包括 5 个修复结果：插入的 indel 读取分数、平均插入长度、平均删除长度、indel 多样性、移码修复结果分数。建议的数据拆分：随机拆分；评估：MAE；单位：长度为 #、分数为 %、多样性为位；许可证：CC BY 3.0。
基因敲除试剂盒 v2 - NET
图 1. 多引导 sgRNA 可实现高敲除效率。为三个基因（ ALPK3 、 JAK1 、 NUAK2 ）设计了三个单引导 RNA，并分别引入（sgRNA1、sgRNA2、sgRNA3）和一起引入（多引导）。平均而言，多引导 sgRNA 的表现分别比 ALPK3 、 JAK1 和 NUAK2 的单个引导 RNA 好 50.8%、32.1% 和 48.2%。通过核转染将核糖核蛋白 (RNP) 转染到 HEK293 细胞（针对 ALPK3 ）和 MCF7 细胞（针对 JAK1 和 NUAK2 ）。对每个靶标周围的区域进行 PCR 扩增、桑格测序，并使用 CRISPR 编辑推断 (ICE) 分析进行分析。敲除 (KO) 分数是指导致推定敲除（移码诱导插入/缺失和 21+ bp 片段缺失）的序列百分比。
基因型无关的转化和基因组编辑，使用新型的外植体材料
农杆菌介导的菜籽（甘蓝纳普斯）通过下胚轴段转化是过去30年来常用的一种方法。虽然基于下胚基的方法是良好的，但它不容易适应精英种质，并且延长过程对于生产转化设置并不理想。我们开发了一种基于上皮基和较高的茎（损伤）段的农杆菌介导的转化方法，该方法有效，快速且可用于高通量转化和基因组编辑。该方法已在多种低芥酸菜籽基因型中成功实现。该方法似乎是与基因型无关的，具有不同的转化效率。节日段转换用于产生转基因事件以及CRISPR-CAS9介导的移码基因敲除。
LPA 海报 ASGCT 2023
A) RT4 细胞转染 312 pM TALEN mRNA 16 小时后的免疫荧光显微镜图像。B) RT4 细胞转染 TALEN mRNA 5 天后，通过 RT-qPCR 测量 LPA 转录本的剂量反应性减少。C) TALEN mRNA 转染后 RT4 全细胞裂解物中 Apo(a) 蛋白水平的毛细管电泳图像。D) TALEN mRNA 转染后 RT4 细胞的靶向基因编辑分析。通过基因组 DNA (gDNA) 模板的 PCR 扩增子的下一代测序 (NGS) 确定导致移码的插入和缺失的频率 (编辑百分比)。E) mRNA 序列优化的示意图。转染 TALEN-Ex3_v2 mRNA 后 RT4 全细胞裂解物中 Apo(a) 蛋白水平的毛细管电泳图像 (F) 和靶向基因编辑分析 (G)。
使用 CRISPR 技术进行基因编辑
哺乳动物 CRISPR-Cas9 基因编辑系统利用 Cas9 使用 CRISPR 序列作为向导来识别和切割互补 DNA 链的能力。通过在哺乳动物细胞中表达 Cas9 核酸酶并引入针对目标基因的单个向导 RNA 序列 (sgRNA)，可以强制 Cas9 募集到目标 DNA 序列，从而将双链断裂引入基因组 DNA。在哺乳动物细胞中，这种双链断裂最常见的修复方法是非同源末端连接 (NHEJ)，这会导致切割位点删除或插入几个碱基对，通常导致移码和目标基因的功能失活。或者，同源重组 (HR) 系统可以参与修复，可以通过提供模板 DNA 来产生敲入突变或引入标签。
进化和基因变异的驱动力。
突变是生物体基因组 DNA 序列的变化。这些改变可能是自然发生的，也可能是由于环境因素造成的，它们在进化和遗传多样性过程中起着至关重要的作用。本文探讨了突变的类型、原因和后果，以及它们在医学、农业和进化生物学等各个领域的意义。突变可以根据其性质和涉及的遗传物质的程度进行分类。这些涉及 DNA 序列中单个核苷酸碱基对的变化。点突变可以更进一步。一个碱基被另一个碱基取代。这可能导致沉默突变（蛋白质没有变化）、错义突变（产生不同的氨基酸）或无义突变（产生过早的终止密码子）。增加或丢失一个或多个核苷酸碱基对，如果它们发生在蛋白质编码区，则可能导致移码突变，通常导致无功能蛋白质 [1,2]。
食品与功能
严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 被世界卫生组织 (WHO) 命名为 2019 冠状病毒病 (COVID-19)。1 这种呼吸道病毒已在世界范围内造成严重局势，并对成人和儿童群体产生持久的负面影响。2,3 SARS-CoV-2 属于感染脊椎动物的有包膜正链 RNA 病毒家族。4 其基因组由 14 个功能性开放阅读框 (ORF) 组成，其中包括编码非结构蛋白 (NSP) 以及辅助蛋白和结构蛋白的区域。5 当这种病毒感染宿主细胞时，ORF1a 和 ORF1b 分别通过核糖体移码翻译为多聚蛋白 pp1a 和 pp1ab。 6 然后，NSP 由两种病毒蛋白酶的作用形成，即主蛋白酶 (Mpro)，也称为胰凝乳蛋白酶样蛋白酶 3CLpro，以及木瓜蛋白酶样蛋白酶 (PLpro)。最后，具有少量宿主因子的 NSP 是病毒基因组复制的主要参与者，并且
用BATH对蛋白质编码DNA的敏感且耐误差的注释
我们提出了Bath，这是一种基于该DNA与蛋白质序列数据库的直接比对或对蛋白质序列的数据库的直接比对或蛋白质序列或profe file file file隐藏的马尔可夫模型（PHMMS）的高度敏感注释的工具。BATH建立在HMMER3代码库的顶部，并通过提供直接的输入接口和易于解释的输出来简化基于PHMM的注释的注释工作。BATH还引入了新型的Frameshift感知算法，以检测诱导核苷酸插入和缺失（Indels）。BATH匹配HM-MER3对于包含误差的序列注释的准确性，并产生与所有经过测试的工具相比，用于含有核苷酸indels的序列的所有测试工具。这些结果表明，当需要高注释灵敏度时，应使用浴缸，尤其是当预期的移码误差被期望中断蛋白质编码区域时，与长期读取的数据和假基因的背景下一样。
本周的主题：DNA突变与维修（18）
1。DNA突变的词是什么，它会改变蛋白质中的氨基酸序列，但不会改变蛋白质身份？a。边框b。中性c。沉默d。废话2。DNA对DNA和染色体结构造成了严重损害。他们最有可能遇到什么类型的辐射？a。非电离（UV）b。中性c。慢d。电离3。DNA分子由于其___________电荷而向__________移动。a。阳极;负b。阴极;正c。阳极;正d。阴极;负4。鲍勃的家人患有由单个突变蛋白引起的长期遗传疾病。但是，鲍勃没有显示此内容。完成DNA序列后，发现引起疾病的基因完好无损并转录mRNA，但是还有另一个突变阻止了帽结合蛋白将其连接到核糖体上。他有哪种类型的突变？a。中性突变b。移码突变c。基因间抑制突变d。基因内抑制突变