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auranofin与PARP抑制剂Olaparib协同诱导突变体p53癌症中的ROS介导的细胞死亡
摘要：Aurano-Fin（AF）是一种有效的，低的硫氧还蛋白还原酶（TRXR）抑制剂，该抑制剂有效地通过活性氧（ROS）和DNA损伤介导的细胞死亡靶向癌症。这项研究的目的是通过将其与聚（ADP-核糖）聚合酶-1（PARP）抑制剂Olaparib（称为“ Aurola'”相结合来增强AF作为癌症治疗的效率。首先，我们研究了突变体p53是否可以使非小细胞肺癌（NSCLC）和胰腺导管腺癌（PDAC）癌细胞对AF和Olaparib治疗中的p53敲入和敲除模型中的p53蛋白质表达水平。其次，我们确定了AF和Olaparib之间协同细胞毒性的治疗范围，并阐明了潜在的分子细胞死亡机制。最后，我们在体内肺癌模型中评估了组合策略的有效性。我们证明了高浓度的AF和Olaparib在NSCLC和PDAC细胞系中协同诱导的细胞毒性，其最初对AF的耐药性较低的突变体p53蛋白。AUROLA组合也导致了ROS的最高积累，从而通过不同类型的细胞死亡（包括caspase-3/7依赖性细胞凋亡）导致ROS依赖性的p53 NSCLC细胞的细胞毒性，并由Z-VAD-FMK抑制，并由脂质的多质依赖性依赖于Ferroptos，并抑制了Ferroptos，并依赖于Ferroptos。也需要高浓度的两种化合物，以在鼠肺腺癌细胞系344SQ的3D球体中获得协同的细胞毒性作用，这在2D中很有趣。该细胞系用于合成小鼠模型中，在该模型中，Aurola的口服给药显着地延迟了129S2/SVPASCRL小鼠中突变体P53 344平方米肿瘤的生长，而单独的药物则没有作用。此外，RNA测序结果表明，AF-和AUROLA处理的344平方英尺肿瘤对免疫相关基因组负有负富集，这与AF的抗炎性药物作为抗毛发药物相符。仅用Aurola处理的344平方英尺肿瘤显示出与细胞周期相关的基因的下调，这可能解释了Aurola的生长抑制作用，因为没有富集与凋亡相关的基因组。 总体而言，这种新型的氧化应激诱导策略（AF）与PARP抑制（Olaparib）可能是突变体P53癌的有前途的治疗方法，尽管需要达到高浓度的两种化合物才能获得实质性的细胞毒性作用。仅用Aurola处理的344平方英尺肿瘤显示出与细胞周期相关的基因的下调，这可能解释了Aurola的生长抑制作用，因为没有富集与凋亡相关的基因组。总体而言，这种新型的氧化应激诱导策略（AF）与PARP抑制（Olaparib）可能是突变体P53癌的有前途的治疗方法，尽管需要达到高浓度的两种化合物才能获得实质性的细胞毒性作用。
果蝇CRISPR/CAS9突变体作为分析人类FLNC变体的心脏丝蛋白功能和致病性的工具
我们研究的目的是检验以下假设：再生胰岛衍生的蛋白3α（Reg3α）的给药，一种被描述为具有保护氧化应激和抗炎性活性的蛋白质，可以参与葡萄糖稳态的控制，并可能是对2型二世纪型糖尿病治疗的新目标。到此为止，重组人Reg3α蛋白在喂养高脂饮食的胰岛素耐药小鼠中施用一个月。我们进行了葡萄糖和胰岛素耐受性测试，测定了血浆中的循环趋化因子，并测量了胰岛素敏感组织中的葡萄糖摄取。我们证明了在ALF-5755处理的小鼠与对照中口服葡萄糖耐量测试期间胰岛素敏感性的提高，并降低了促炎性细胞因子C-X-C-C-X-C型趋化因子配体5（CXCL5）。我们还证明了骨骼肌中葡萄糖摄取的增加。最后，使用人和小鼠肌肉活检的相关研究显示肌内reg3αmRNA表达（或其鼠同工型Reg3γ）与胰岛素抵抗之间的负相关。因此，我们已经建立了概念证明，即reg3α可以通过通过骨骼肌效应提高胰岛素敏感性来治疗T2D的新分子。
免疫抑制剂A金属蛋白酶有助于芽孢杆菌内肉芽菌
抽象的内膜膜是一种毁灭性的感染，可能引起失明。超过一半的芽孢杆菌内膜病例导致有用视力的显着丧失。芽孢杆菌产生许多毒力因子，可能导致视网膜损伤和稳健的炎症。我们在这种疾病的背景下分析了免疫抑制剂A（INHA）金属抑制，假设INHA有助于眼内毒力和炎症。我们分析了野生型（WT），INHA1-抑制剂（D INHA1），INHA2-偏高（D INHA2）或INHA1，A2，A2和A3偏见的表型和感染率（D Inha2）和A3 deenigent（d inha1-3）芽孢杆菌芽孢杆菌。比较了对生长，蛋白水解和细胞毒性的体外分析。WT和INHA突变体类似地对视网膜细胞具有细胞毒性。d inha1和d inha2突变体比苏云金氏菌早于木相相生长。D Inha1-3突变体的蛋白水解降低，但这种菌株在体外的生长与WT相似。 通过静脉内感染了C57BL/6J小鼠，具有200 cfu的WT B.苏云金或INHA突变体，从而启动了实验性内膜。 分析眼睛的眼内芽孢杆菌和髓过氧化物酶浓度，恢复功能丧失和组织学变化。 在整个感染过程中，感染了DINHA1或D INHA2突变菌株的眼睛含有比感染WT的眼睛的细菌数量更多的眼睛。 被单个突变体感染的眼睛具有炎症和视网膜功能损失，类似于感染WT菌株的眼睛。 感染了D inha1-3突变体的眼睛清除了感染。蛋白水解降低，但这种菌株在体外的生长与WT相似。通过静脉内感染了C57BL/6J小鼠，具有200 cfu的WT B.苏云金或INHA突变体，从而启动了实验性内膜。分析眼睛的眼内芽孢杆菌和髓过氧化物酶浓度，恢复功能丧失和组织学变化。在整个感染过程中，感染了DINHA1或D INHA2突变菌株的眼睛含有比感染WT的眼睛的细菌数量更多的眼睛。被单个突变体感染的眼睛具有炎症和视网膜功能损失，类似于感染WT菌株的眼睛。感染了D inha1-3突变体的眼睛清除了感染。定量实时PCR（QRT-PCR）结果表明，单个INHA突变体中其他INHA可能存在补偿性表达。这些结果表明，INHA金属蛋白酶有助于感染的严重程度和芽孢杆菌内po虫的炎症。
Synechococcus elongatus 基因组中的系统性大片段缺失及其导致的转录组学变化
摘要：基因组精简是微生物进化过程中的自然过程，已成为生成理想底盘细胞用于合成生物学研究和工业应用的常用方法。然而，由于基因操作非常耗时，系统性基因组减少仍然是蓝藻生成此类底盘细胞的瓶颈。Synechococcus elongatus PCC 7942 是一种单细胞蓝藻，是系统性基因组减少的候选者，因为其必需基因和非必需基因已通过实验确定。本文报告，23 个超过 10 kb 的非必需基因区域中至少有 20 个可以被删除，并且可以实现这些区域的逐步删除。生成了一个七重缺失突变体（基因组减少了 3.8%），并研究了基因组减少对生长和全基因组转录的影响。在祖先三重至六重突变体（ b 、 c 、 d 、 e1 ）中，与野生型相比，上调的基因数量越来越多（最多 998 个），而在七重突变体（ f ）中上调的基因数量略少（831 个）。在来自五重突变体 d 的另一个六重突变体（ e2 ）中，上调的基因数量要少得多（232 个）。在本研究的标准条件下，突变体 e2 的生长率高于野生型、e1 和 f 。我们的结果表明，大量减少蓝藻基因组以生成底盘细胞和进行实验进化研究是可行的。
莱茵衣藻 CLiP2 突变体集合通过高可信度破坏等位基因扩大基因组覆盖范围
作者：Alice Lunardon 1*、Weronika Patena 1*、Cole Pacini 1、Michelle Warren-Williams 1、Yuliya Zubak 1、Matthew Laudon 2、Carolyn Silflow 2、Paul Lefebvre 2、Martin Jonikas 1,3 1 普林斯顿大学，新泽西州，美国；2 明尼苏达大学，明尼苏达州，美国；3 霍华德休斯医学研究所 * 这些作者贡献相同。摘要。莱茵衣藻（以下简称衣藻）是研究光合作用、纤毛运动和其他细胞过程的有力模式生物 [1–4]。已映射的核随机插入突变体的 CLiP 文库 [5,6] 通过提供目标基因的突变体，加速了数百个实验室在这些领域的进展。然而，由于其对高置信度破坏等位基因的基因组覆盖率有限（46% 的核蛋白编码基因在外显子/内含子中具有 1+ 高置信度等位基因；12% 的基因在外显子/内含子中具有 3+ 等位基因），因此其价值受到限制。我们在此介绍 CLiP2（衣藻文库计划 2）文库，它大大扩展了可用的已映射高置信度插入突变体的数量。CLiP2 文库包含 71,700 个菌株，覆盖 79% 的核蛋白编码基因在外显子/内含子中具有 1+ 高置信度等位基因，以及 49% 的基因在外显子/内含子中具有 3+ 等位基因。社区可通过衣藻资源中心获取突变体。
锌塑造了 p53 的折叠景观，并建立了重新激活结构多样的癌症突变体的途径
摘要 p53 DNA 结合域 (DBD) 中的错义突变是每年新发癌症病例的一半原因。本文我们提出了一个热力学模型，该模型量化并关联了突变使 p53 失活的主要途径。我们发现 DBD 具有两种不寻常的特性——所有真核蛋白质中锌亲和力最高的特性之一，以及在缺乏锌的情况下极度不稳定性——预计这会使 p53 处于细胞内折叠/展开的边缘，而主要决定因素是可用的锌浓度。我们分析了 20 种最常见的致瘤性 p53 突变，发现 80% 会削弱锌亲和力、热力学稳定性或两者兼而有之。生物物理、基于细胞和鼠异种移植实验表明，合成的锌金属伴侣不仅可以挽救降低锌亲和力的突变，还可以挽救使 DBD 不稳定但不损害锌结合的突变。研究结果表明，锌金属伴侣每年可在美国治疗 120,500 名患者
在CBP突变体癌症中发现和表征具有有效抗肿瘤活性的P300选择性降解器
（a）通过A549细胞中的p300或CBP测量的降解的选择性。化合物1：ABSDC 50 = 3.2nm，dmax = 90％;化合物2：ABSDC 50 = 1.2nm，DMAX = 87％。（b）孵育6H后通过蛋白质印迹的剂量反应显示H1299细胞中P300的选择性。（c）全局蛋白质组学说明了H1299细胞的选择性。（d）p300的降解取决于UPS系统，这是通过对Neddylation抑制剂（MLN-4924，1μM），Creblon（CC-220，1μM）或蛋白酶体（MG-132，1μm）进行预处理所证明的。（E）通过Hibit测定法测量的p300降解的动力学。
串联和整个基因组重复的蜘蛛soneobox基因库的演变adeno到Quamous的过渡驱动对LKB1突变体1
此预印本版的版权持有人于2023年9月10日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.09.07.556567 doi：Biorxiv Preprint
EXO70 和 MLO 蛋白的相互作用调节毛状体细胞壁组成和对白粉病的易感性
70 kDa (EXO70) 蛋白的胞外囊泡成分是胞外囊泡复合物的组成部分，与胞吐过程中的囊泡束缚有关。抗霉菌位点 O (MLO) 蛋白是植物特异性钙通道，一些 MLO 同工型可促进真菌白粉病的致病。我们在此检测到拟南芥 exo70H4 和 mlo2 mlo6 mlo12 三重突变体植物在叶毛状体次生细胞壁的生物发生方面存在意外的表型重叠。生化和傅里叶变换红外光谱分析证实了这些突变体中毛状体细胞壁组成的缺陷。表达荧光团标记的 EXO70H4 和 MLO 的转基因系表现出这些蛋白质的广泛共定位。此外，mCherry-EXO70H4 错误定位在 mlo 三重突变体的毛状体中，反之亦然，MLO6-GFP 错误定位在 exo70H4 突变体的毛状体中。GFP 标记的 PMR4 胼胝体合酶（EXO70H4 依赖性胞吐的已知货物）的表达表明，mlo 三重突变体植物的毛状体中 GFP-PMR4 的细胞壁输送减少。植物和酵母细胞中的体内蛋白质-蛋白质相互作用测定揭示了 EXO70.2 亚家族成员和 MLO 蛋白之间的异构体优先相互作用。最后，exo70H4 和 mlo6 突变体结合时表现出协同增强的对白粉病攻击的抗性。总之，我们的数据表明 EXO70 和 MLO 蛋白在调节毛状体细胞壁生物合成和白粉病易感性方面存在异构体特异性相互作用。
拟南芥中 CRISPR/LbCas12a 介导的基因编辑的优化
CRISPR/LbCas12a系统（LbCpf1）被广泛应用于包括植物物种在内的基因组改造，但CRISPR/LbCas12a在不同植物物种和组织中的效率差异较大，编辑效率有待进一步提高。本研究通过优化crRNA表达策略和Pol II启动子，尝试提高CRISPR/LbCas12a在拟南芥中的编辑效率。值得注意的是，CRISPR/LbCas12a系统中tRNA-crRNA融合策略与RPS5A启动子的组合具有最高的编辑效率，而EC1f-in(crR)p驱动的CRISPR/LbCas12a的纯合突变体和双等位基因突变体比例最高。此外，所有纯合突变体和双等位基因突变体都可以稳定遗传到下一代，没有发生表型分离。本研究通过筛选出拟南芥中LbCas12a的最佳crRNA表达策略和启动子，提高了CRISPR/LbCas12a系统的编辑效率，为其他植物中CRISPR/LbCas12a方法的优化提供借鉴。