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World File Search System突变谱
循环肿瘤 DNA 突变分析及配对...
摘要：循环肿瘤DNA（ctDNA）是一种常规的液体活检样本，可通过采集来动态监测疾病状态。然而，其潜在的临床价值以及与腹水样本或肿瘤活检的一致性对于卵巢癌患者还有待进一步评估。因此，本研究比较了ctDNA、配对肿瘤组织和腹水样本之间的突变谱，以探讨它们在卵巢癌中的可能临床价值。使用靶向下一代测序筛查卵巢癌患者18个外周血样本、6个配对腹水样本和8个配对肿瘤组织中的突变。使用公共数据库进行功能分析。使用WebGestalt进行基因本体论和通路富集分析。使用cBioPortal for Cancer Genomics评估治疗靶点。使用Chilibot和检索相互作用基因/蛋白质的搜索工具来获取关键基因及其功能相互作用。使用维恩图对三类样本进行比较分析。在ctDNA样本中共发现104个癌症相关突变基因，在肿瘤组织中共发现95个基因，在腹水样本中共发现44个基因。通过Chilibot分析获得了一个涵盖10个基因的簇，即NOTCH2、NOTCH3、赖氨酸甲基转移酶2A、PTEN、雄激素受体、DNA活化蛋白激酶催化亚基、肝细胞核因子1同源框A、SRC、胰岛素受体底物2和SRY盒转录因子10。该基因组可能具有监测卵巢癌转移和确定治疗靶点的潜力
小说
摘要背景：由于可预测对 TRK 抑制剂反应的可操作事件，因此在肿瘤中识别 NTRK 融合变得至关重要。目前尚不清楚 NTRK 断点位置是否因靶向治疗的反应而不同，以及 NTRK 融合是否影响免疫治疗的疗效。病例介绍：我们报道了一名 60 岁的女性，被诊断患有晚期肺腺癌。基于 NGS 的分子分析确定了此病例中新的 NCOR2-NTRK1 融合和高肿瘤突变负荷 (TMB) (58.58 个突变/Mb)。此外，通过免疫组织化学 (IHC) 染色，在 20-30% 的肿瘤细胞中检测到程序性死亡配体 1 (PD-L1) 表达。患者接受了抗 PD-1 免疫检查点抑制剂卡瑞利珠单抗治疗。经过两个周期的治疗后，CT 扫描显示一些肿瘤结节仍然增大，表明病情进展。然后她改用 TRK 抑制剂拉罗替尼。一个月后CT扫描显示部分病灶体积开始减小，未发现转移病灶。患者随后继续使用larotrectinib，随后几个月部分病灶明显缩小甚至消失。目前，该患者仍然活着。结论：总之，本报告提供了肺腺癌的新驱动因素，扩大了NTRK1融合变异的突变谱，并建议对于同时存在NTRK融合、PD-L1阳性表达和高TMB的肺腺癌，使用larotrectinib作为靶向治疗比抗PD-1抑制剂更有效。关键词：肺腺癌，NTRK融合，PD-L1，Larotrectinib，病例报告
STK11 是一种潜在的治疗和预后生物标志物，与非小细胞肺癌的免疫浸润相关
目的：本研究旨在阐明丝氨酸苏氨酸激酶 11 (STK11) 在非小细胞肺癌 (NSCLC) 中的作用，特别是其在 KRAS 突变 NSCLC 对抗 PD-1 单克隆抗体治疗的耐药性中的作用。该研究还探讨了 STK11 改变对预后、蛋白质相互作用、免疫细胞参与和药物敏感性的影响。方法：进行全面的生物信息学分析以评估各种 NSCLC 亚型中的 STK11 表达水平和突变谱。该研究将这些发现与临床病理特征相关联，并评估了免疫细胞浸润、免疫微环境和潜在的治疗选择。还进行了分子对接分析以研究与各种抑制剂的相互作用。结果：结果显示整个 NSCLC 中的 STK11 表达升高，突变率为 14%，并且与良好的预后相关。发现 STK11 表达与免疫细胞浸润和以免疫活性较低为特征的冷免疫微环境相关。 Nutlin-3a (-) 被确定为 STK11 突变 NSCLC 病例的潜在治疗选择。分子对接分析提供了与各种抑制剂相互作用的见解，为个性化治疗策略提供了前景。结论：本研究强调 STK11 是 NSCLC 的双重预后和治疗生物标志物。研究结果强调了 STK11 与免疫活动之间的复杂相互作用，为 NSCLC 的个性化治疗方法提供了创新途径。关键词：非小细胞肺癌、STK11、免疫细胞浸润、预后生物标志物、治疗生物标志物、免疫疗法耐药性
MUSICiAn：通过无控制突变谱分析对参与 DNA 修复的基因进行全基因组识别
动机：了解 DNA 双链断裂 (DSB) 修复所涉及的因素对于开发靶向抗癌疗法至关重要，但许多基因的作用仍不清楚。最近的研究表明，某些基因的扰动可以改变 DSB 修复后留下的序列特异性突变的分布。这表明全基因组筛选可以通过识别基因来揭示新的 DSB 修复因子，这些基因的扰动会导致在给定 DSB 位点观察到的突变分布谱与野生型有显著偏差。然而，为全基因组扰动筛选设计适当的对照可能具有挑战性。我们探索了这样一种想法，即全基因组筛选可能允许我们放弃使用传统的非靶向对照，方法是将分析重新定义为异常值检测问题，假设大多数基因对 DSB 修复的影响最小。结果：我们提出了 MUSICiAn（突变特征目录分析），这是一种组合数据分析方法，通过测量所有光谱分布与集中趋势的偏差，对没有对照的基因扰动特定突变谱进行排序。我们表明 MUSICiAn 可以有效估计现有 Repair-seq 数据集的伪对照，筛选 476 个基因和 60 个非靶向对照。我们进一步将 MUSICiAn 应用于全基因组数据集，该数据集分析了 CRISPR-Cas9 在三个靶位点诱导的突变结果，这些突变发生在细胞中，每个细胞的个体扰动为 18,406 个基因。MUSICiAn 成功恢复了已知基因，突出了剪接体在 DSB 修复中不太受重视的作用，并揭示了进一步研究的候选基因。可用：github.com/joanagoncalveslab/MUSICiAn。
小细胞肺癌和 3D 共培养的进展
摘要肺癌 (LC) 是全球癌症相关死亡的主要原因。化疗或放疗等传统治疗方法对肺癌的治疗效果仅有微小改善。针对非小细胞肺癌 (NSCLC)（最常见的亚型，占 85%）中存在的特定基因畸变的抑制剂改善了预后前景，但由于 LC 突变谱的复杂性，只有一小部分患者受益于这些靶向分子疗法。最近，人们意识到实体瘤周围的免疫浸润可以促进促肿瘤炎症，这导致了抗癌免疫疗法在临床上的开发和实施。在 NSCLC 中，最丰富的白细胞浸润之一是巨噬细胞。这些高度可塑的吞噬细胞是先天免疫细胞库的一部分，可在早期 NSCLC 建立、恶性进展和肿瘤侵袭中发挥关键作用。新兴的巨噬细胞靶向疗法主要集中在使巨噬细胞重新分化为抗肿瘤表型、消除促肿瘤巨噬细胞亚型或将传统细胞毒性治疗与免疫治疗药物相结合的联合疗法。用于探索 NSCLC 生物学和治疗的最广泛使用的模型是 2D 细胞系和小鼠模型。然而，研究癌症免疫学需要相当复杂的模型。3D 平台（包括类器官模型）正在迅速发展成为研究肿瘤微环境中免疫细胞-上皮细胞相互作用的有力工具。免疫细胞与 NSCLC 类器官共培养允许体外观察与体内环境非常相似的肿瘤微环境动态。最终，将 3D 类器官技术应用于肿瘤微环境建模平台可能有助于在 NSCLC 免疫治疗研究中探索巨噬细胞靶向疗法，从而开辟 NSCLC 治疗的新领域。
94 个 CRISPR-Cas9 表达 T0 转基因烟草株系的基因编辑谱揭示了目标基因的高嵌合编辑频率
摘要：嵌合编辑是基因编辑中经常报道的技术。为了评估嵌合编辑的普遍情况，我们构建了携带标记β-葡萄糖醛酸酶基因（gusA）的转基因烟草品系，并将CRISPR-Cas9编辑载体引入转基因烟草品系中以敲除gusA，然后研究T0代及后续代中gusA的编辑效率。编辑载体携带一个由花椰菜花叶病毒35S启动子驱动的Cas9基因，以及两个引导RNA，gRNA1和gRNA2，分别由拟南芥U6（AtU6）和U3（AtU3）启动子驱动。两个gRNA被设计用于敲除gusA编码区的一个42个核苷酸的片段。利用农杆菌介导的转化和潮霉素选择将编辑载体转化到含有gusA的烟草叶中。使用抗潮霉素的独立 T 0 转基因株系通过组织化学 GUS 测定、聚合酶链式反应 (PCR) 和 PCR 扩增子的下一代测序来评估 gusA 编辑效率。94 个 T 0 转基因株系的靶序列图谱显示，这些株系是由未经编辑的细胞再生而来的，随后进行了编辑，并在再生期间或之后在这些株系中产生了嵌合编辑细胞。其中两个株系的 42 bp 核苷酸对的靶片段被去除。详细分析表明，在 4.3% 和 77.7% 的 T 0 转基因株系中分别发现了 AtU6-gRNA1 位点和 AtU3-gRNA2 位点的靶突变。为了解决 T 0 株系中编辑效率极低的问题，我们从嵌合株系进行了第二轮芽诱导，以提高获得所有或大多数细胞都经过编辑的株系的成功率。 T 0 转基因系中的突变谱为理解利用组成型表达的 CRISPR-Cas9 和 gRNA 进行植物细胞中的基因编辑提供了宝贵的信息。
2022; 13(5): 1565-1572。doi: 10.7150/jca.65370 研究论文下一代测序揭示肺腺癌的年龄依赖性遗传基础
背景：超过 40% 的肺癌患者在 70 岁以上时才被确诊。然而，他们之间的基因组和临床特征仍然难以捉摸。在这里，我们进行了靶向捕获序列分析，以表征中国肺腺癌 (LUAD) 患者各年龄段的突变谱。患者和方法：2025 名 LUAD 患者分为三组：年轻（≤50 岁）（n=416，20.54%）、中年（51~69 岁）（n=1271，62.77%）和老年（≥70 岁）（n=338，16.69%）。使用 1,021 个基因组和 59 个基因组对组织样本进行测序。研究了 LUAD 患者的基因改变和肿瘤突变负荷 (TMB)。结果 ：20个基因的突变频率在老年组中显著高于青年组，其中14个基因突变以前没有被报道过，包括涉及细胞周期/凋亡信号转导（FAT1、FAT2）、DNA损伤修复（FANCA和FANCM）、染色质组蛋白修饰（KDM6A）、RTK/RAS/PI3K信号转导（FLT4和MTOR）、NOTCH信号转导（NOTCH1、NOTCH2和NOTCH4）以及其他信号通路或细胞调控因子（KEAP1、ASXL1、EPHB1和ABCB1）。6个以前报道的突变基因（RBM10、KRAS、LRP1B、CDKN2A和KMT2C/D）在老年组中的发生率也显著高于青年组。在临床可操作的突变位点中，KRAS突变在老年组中更为常见； MET 14号外显子跳跃和MET扩增均与高龄呈显著正相关；ALK、ROS1、RET和ERBB2 20号外显子插入等融合在老年组中较少见。此外，老年组的TMB水平高于青年组。结论：本研究揭示了青年和老年LUAD患者体细胞基因突变和TMB的差异，为今后针对老年患者的靶向治疗和免疫治疗提供优势。
符合双重标志物引导的靶向靶向态度 -
治疗。最初有很高的患者反应，但这种疾病通常复发，导致5年生存率约为30％（2，3）。血管生成和PARP抑制剂在卵巢癌中的总生存率提高了（4、5），并且在组合使用时，最近已证明这些药物显着增加了肿瘤控制的持续时间（6），尽管尚不知道长期缓解的速度。FDA最近批准了Olaparib加上贝伐单抗作为同源重组的第一线维护治疗 - 有效的卵巢癌（7），这使得该组合成为了卵巢癌的第一线靶向治疗的第一个策略的成功。因此，在目睹了相对较少的新治疗策略的数十年之后，将靶向疗法用作第一线治疗的希望越来越有希望。在开发针对上皮卵巢癌的靶向疗法的困难部分是由于疾病的突变谱并没有在基因中表现出许多复发突变，这些突变可能使具有吸引力的治疗靶标的疾病。这与其他类型的癌症相反，该癌症已针对特定的生物标记剂亚型开发了靶向疗法（例如，肺腺癌，慢性和急性髓样白血病，黑色素瘤，黑色素瘤，HER2Þ乳腺癌）。在卵巢癌中，p53中的突变和同源重组修复途径很常见（分别为96％和22％的肿瘤），但是很少有患者有其他可用于指导治疗的突变（在Coward and Careagues 2015中进行了审查；参考4）。卵巢癌尽管在治疗反应中表现出很大的室内异质性，这表明存在尚未确定的药物敏感性和耐药性决定因素，并且具有个性化治疗方案的潜力。反映该癌症异质生物学的临床前模型具有通过提供有关特定生物标志物有关的治疗漏洞的数据来改善治疗方法的潜力。反映该癌症异质生物学的临床前模型具有通过提供有关特定生物标志物有关的治疗漏洞的数据来改善治疗方法的潜力。
实现多千碱基长距离传输的方法和技术......
1 CRISP-HR Therapeutics，加利福尼亚州圣卡洛斯 94070 摘要 CRISPR 支持的细胞和基因疗法有可能彻底改变遗传医学领域。然而，由于当前工具和技术的局限性，绝大多数罕见病仍然无法治愈。到目前为止，大多数矫正治疗方法仅限于逐个突变的方法，其中 HDR 或较新的技术（如碱基编辑或主要编辑）一次重写小片段 DNA（~1-100 bp）。虽然这些方法很强大，但短编辑窗口（相对于人类基因的大小）在经济和/或技术上与大多数罕见疾病突变谱不兼容。在这里，我们首次证明 CRISPR/Cas9 可用于通过我们称为“长距离重写”的无选择过程同时“重写”人类基因组的 7kb+ 部分。长距离重写方法与多种核酸酶、细胞类型和基因组位点兼容，并且可以与基于双链断裂 (DSB) 和非 DSB 的方法一起使用。简介 CRISPR 和相关技术已被证明在从基础研发到工业以及最近的治疗应用的各个领域都非常有用。CRISPR/Cas9 系统最基本的用途是针对基因组中的特定 DNA 片段并创建小的插入或删除 (INDEL) 来破坏各种遗传元素（蛋白质编码序列、启动子/增强子、剪接位点等）。1–4 虽然这是一种强大的技术，但由于“破坏”基因可产生治疗益处的疾病非常有限，因此该方法在治疗应用方面受到限制。此外，人们越来越担心通过有害的双链断裂 (DSB) 介导的编辑产生的不良局部和全局副作用。5,6 因此，人们一直在努力开发工具和技术，以实现更可编程和更复杂的编辑，同时减少不良副作用。这些努力促成了各种具有扩展功能的 Cas9 融合蛋白的开发，例如 Base 和 Prime 编辑器 7,8 、CRISPRa 和 CRISPRi 9,10 、旨在操纵内源性修复途径选择的 Cas 蛋白工程 11-13 ，以及无数其他功能 14 。这些努力使得我们能够选择性地替换特定碱基、将任何碱基交换为另一个碱基、在不进行基因组修饰的情况下调节基因表达，以及操纵
乳腺化生梭形细胞癌的分子分析揭示了潜在的可靶向生物标志物
梭形细胞癌是一种罕见的化生性乳腺癌亚型，具有三阴性表型。使用免疫组织化学和 DNA/RNA 测序对 23 例梭形细胞癌进行了全面探索，以寻找免疫肿瘤学和靶向治疗的生物标志物。梭形细胞癌在大多数情况下以可靶向的分子改变为特征，但由于缺乏统一的结果，需要对个体患者进行分析。简介：梭形细胞癌是一种罕见的化生性乳腺癌亚型，具有三阴性（TNBC：雌激素受体阴性/孕激素受体阴性/人表皮生长因子受体 2 阴性）表型。它与对常规化疗的明显耐药性有关，总体预后较差。材料与方法：利用免疫组织化学和 DNA/RNA 测序技术对 23 例乳腺纯梭形细胞癌（18 例原发性癌和 5 例复发/转移性癌）进行全面探索，以寻找免疫肿瘤学和靶向治疗的生物标志物。结果：大多数（21/23）梭形细胞癌为 TNBC。在 2 例中检测到雌激素和雄激素受体表达超过治疗阈值。在 23 例中，21 例确诊为致病基因突变，包括 PIK3CA 、 TP53 、 HRAS 、 NF1 和 PTEN 。1 例化疗前后样本匹配的病例在两个样本中显示出一致的突变谱（ PIK3CA 和 HRAS 突变）。5 例出现基因扩增，其中 1 例未检测到突变。梭形细胞癌队列的总突变负荷始终较低（整个 TNBC 队列的总突变负荷均低于 80 百分位数）。所有肿瘤均为微卫星稳定。程序性死亡配体 1 表达在肿瘤细胞（7/21 例）和肿瘤内滤过免疫细胞（2/21 例）中均有观察到。结论：梭形细胞癌在大多数情况下以可靶向的分子改变为特征，但由于缺乏统一的结果，需要对个体患者进行分析。检测个体生物标志物组合应能改善这种罕见但侵袭性疾病的治疗方案。