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World File Search System粪便
腺病毒 DNA PCR、体液、呼吸道、粪便、组织
人类腺病毒可引起多种疾病，包括肺炎、膀胱炎、结膜炎、腹泻、肝炎、心肌炎和脑炎。在人类中，几乎每个器官系统都可发现腺病毒。一年中的任何时候和所有年龄组都可感染腺病毒。目前，腺病毒有 51 种血清型，分为 6 个独立的亚属。
通过结肠镜检查进行活性溃疡性结肠炎的串行粪便菌群输注：可行性，安全性和转化单体意大利研究
1单元IBD，CEMAD，遥远地区，国际医学和Gasstranterology，医学科学和Chirurgic Sciences，资助大学政策“ A. irccs，L。Go A. Gief 8，00168罗马，意大利； latusloris@gmail.com（l.r.l.r.l ）;光泽。 ）; wortsy.betoty@nats。 ）; syllable.pecer@polyclines.it（S.P. ）; pgpuca@gpoke.com（p.p. ）; helis.sscouvotonum@polyclinicles.it（E.S. ）; giveElele.napoliaum@polyclinical.it（D.N. ）;给它。 ）; Anony.gsbarrinium@nats.it（A.G.）2医学和艾滋病科学系，“ G。 公告” Chieti-Pescara大学，66100 Chiets，意大利3号高级研究与技术中心（CAST），” G。 公告” Chieti-pescara大学，66100个Chiets，意大利4药物和traslational Schools，大学，Caree Custerms，L。Go F. F. F. F. Little 1，0016 Rome，0016 Rome，0016 Rome，0016 Rome，0016 Romes（Gg。 ）; Youth.camcrat@nat.it（G.C。） <2 5 5微生物学，大学政策基金会‘A. ICCS，Caree Sacred University，意大利罗马00168； gianluca.perty@polyclinical。 ）; maurice.sanguines@polyclinicles.it（M.S. ）; light.mafes@polyclinical.it（l.m.）1单元IBD，CEMAD，遥远地区，国际医学和Gasstranterology，医学科学和Chirurgic Sciences，资助大学政策“ A.irccs，L。Go A. Gief 8，00168罗马，意大利； latusloris@gmail.com（l.r.l.r.l）;光泽。）; wortsy.betoty@nats。）; syllable.pecer@polyclines.it（S.P.）; pgpuca@gpoke.com（p.p.）; helis.sscouvotonum@polyclinicles.it（E.S.）; giveElele.napoliaum@polyclinical.it（D.N.）;给它。）; Anony.gsbarrinium@nats.it（A.G.）2医学和艾滋病科学系，“ G。公告” Chieti-Pescara大学，66100 Chiets，意大利3号高级研究与技术中心（CAST），” G。公告” Chieti-pescara大学，66100个Chiets，意大利4药物和traslational Schools，大学，Caree Custerms，L。Go F. F. F. F. Little 1，0016 Rome，0016 Rome，0016 Rome，0016 Rome，0016 Romes（Gg。）; Youth.camcrat@nat.it（G.C。）<2 5 5微生物学，大学政策基金会‘A.ICCS，Caree Sacred University，意大利罗马00168； gianluca.perty@polyclinical。）; maurice.sanguines@polyclinicles.it（M.S.）; light.mafes@polyclinical.it（l.m.）6人类微生物组的单位，班比诺GESù儿童医院，IRCCS，00168，意大利罗马； federica.delchierico@opbg.net 7卫生科，大学生命科学系和公共卫生，Cattolica del Sacro Cuore大学，意大利00168，意大利00168； andreaposcia@yahoo.com 8 UOC ISP预防和监视感染和慢性疾病，预防局，地方卫生局（ASUR-AV2），60035 JESI，意大利90035 9 UOC DI GASTROENTEROLOGIA，FONDAZIONE POLICINICO INRICOTIOGemelli” IRCCS, L. Go A. Gemelli 8, 00168 Rome, Italy 10 Unit of Microbiomics and Unit of Human Microbiome, Bambino Ges ù Children's Hospital, IRCCS, 00168 Rome, Italy; lorenza.putignani@opbg.net 11 IBD Center, IRCCS Humanitas Research Hospital, Rozzano, 20089 Milan,意大利; Alessandro.armuzzi@unicatt.it *通信：franco.scaldaferri@policlinicogemelli.it或franco.scaldaferri@unicatt.it
粪便中的物种：DNA metabarcoding以检测潜力...
摘要：由于宿主之间观察到接触的困难，我们对野生动植物多层病原体传播系统的理解通常是不完整的。了解这些相互作用对于防止疾病引起的野生动植物的下降至关重要。高通量测序技术的扩散为更好地探索这些隐秘相互作用提供了新的机会。多层寄生虫Parelaphaphoptrongylus tenuis是一些驼鹿（Alces Alces）人口的主要死亡原因，受到中西部和加拿大东北部和东北地区局部灭绝的威胁。驼鹿合同P. tenuis通过食用受感染的腹足动物中间体宿主，但对哪种腹足动物的驼鹿消耗量知之甚少。为了获得更多的见解，我们在258种地理参与和时间分层的驼鹿粪便样本上使用了一种遗传元法编码方法，该方法是从美国中北部人口下降的2017年5月至2017年10月收集的。我们在五个阳性样品中检测到了三种腹足动物的驼鹿消耗。其中两个（点细分和螺旋瘤SP。）已对托管假单胞菌的能力进行了最小的研究，而一位（Zonitoides arboreus）是一位有记录良好的宿主。驼鹿消耗本文记录的腹足动物发生在6月和9月。我们的发现证明，驼鹿消耗了已知被P. tenuis感染的腹足动物物种，并证明粪便metabarcoding可以为多种病原体传播系统的宿主之间的相互作用提供新的见解。确定和提高了测试敏感性后，这些方法也可以扩展以记录其他多次疾病系统中的重要相互作用。关键词：脑虫，腹足动物，脑膜蠕虫，明尼苏达州，分子流行病学，驼鹿，溢出传播。
人类中肠道选择性的泛型抑制剂的代谢命运。鉴定异常的粪便代谢物及其对雾的影响
[14 C] -Izencitinib。在人粪便，血浆和尿液中的代表性放射击图如图s1至S3。在血浆中，观察到以下代谢产物，并总结在表1：M1（N-甲基化），M6（羟基化）（羟基化），M9（甲基化，环化和氧化），M10（甲基化和环化），M11（Formylation和Dimeration和Dimeration），M12（M12（M12）（M12（Hydroxylation））和M18（盐）和M18（盐）和M18。在血浆中没有代谢物在与药物相关的总暴露量的10％或更高时期循环。不变的Izencitinib占总循环放射性的7.2％，两种最丰富的代谢产物代表7.8％（M18）和5.3％（M12）的循环放射性。几个
Spineasy®DNAPro套件的粪便
注意：样品的核酸浓度是根据260 nm的紫外吸光度计算的，其中1（1 cm路径长度）等于50μlDNA/mL。对RNA，蛋白质，盐，乙醇和腐殖酸或其他非核酸污染物的污染促成260 nm处的总吸收，因此导致实际DNA浓度高估。使用紫外光谱法测量时，A260/A280的比率在1.80–1.90和A260/A230> 1.8之间表示纯DNA。A260/A280和260/230比率高于2.0的比例表示RNA污染。相反，A260/A280比1.8低于1.8表示蛋白质污染。此外，低的A260 / A230比表明腐殖酸可能存在，还可能存在蛋白质，糖，乙醇，盐和其他可能抑制后续酶促反应的污染物。
通过将粪便收集管与DNA稳定器（Invitek）和Zymobiomics™DNA/RNA Miniprep Kit（Zymo Resear
•使用上面概述的修改协议，可以使用Zymobiomics™DNA/RNA小型RNA小型RNA小型RNA小型RNA稳定器收集的人类粪便样品可以成功处理DNA稳定剂。•修改的协议可产生高产量和良好的DNA质量。•实时PCR证明了标准协议的修改不会影响下游分析。分离的DNA不含任何抑制剂。
SPINeasy® 粪便 DNA/RNA 试剂盒
将柱子转移到新的 DNA 和/或 RNA 洗脱管（已提供）中。向膜柱中心添加 100 μL 无 RNAse 的水，等待 1 分钟，然后以最大速度离心 1 分钟。RNA/DNA 样本现在可以用于下游应用了。注意：用 100 μL 无 RNAse 的水洗脱将最大程度地提高核酸的产量。为了获得更浓缩的样品，至少可以使用 50 μL 无 RNAse 的水。注意：样品的核酸浓度是通过其在 260 nm 下的紫外吸光度计算的，其中吸光度 1（1 cm 光程长度）相当于 50 μL DNA/mL。RNA、蛋白质、盐、乙醇、腐殖酸或其他非核酸污染物的污染会导致 260 nm 下的总吸收，因此导致对真实 DNA 浓度的估计过高。使用紫外光谱法测量时，A260/A280 比率在 1.80–1.90 之间且 A260/A230 >1.8 表示纯 DNA。A260/A280 和 A260/230 比率高于 2.0 表示 RNA 污染。相反，A260/A280 比率低于 1.8 表示蛋白质污染。此外，较低的 A260/A230 比率表示存在腐殖酸以及蛋白质、糖类、乙醇、盐和其他可能抑制后续酶促反应的污染物。
SARS-COV-2，胡椒温和的斑点病毒和crassphage的纵向和定量粪便脱落动力学
在2019年冠状病毒病（COVID-19）中出现了基于废水的流行病学（WBE），这是一种可扩展且广泛适用的方法，用于社区级别监测感染性疾病负担。缺乏严重急性呼吸综合征2（SARS-COV-2）的高分辨率粪便脱落数据限制了我们将WBE测量与疾病负担联系起来的能力。在这项研究中，我们提出了SARS-COV-2 RNA的纵向，定量的粪便脱落数据，以及常用的粪便指标胡椒轻度斑驳病毒（PMMOV）RNA和Crass-like-Phage（Crassphage）DNA。来自48个SARS-COV-2感染者的脱落轨迹表明，SARS-COV-2 RNA粪便脱落的高度个性化的动态过程。提供了至少三个跨越超过14天的粪便样品的个体，有77％的个体有一个或多个样品对SARS-COV-2 RNA呈阳性。，我们在所有个体的至少一个样本中检测到PMMOV RNA，总体上96％（352/367）的样本中检测到了PMMOV RNA。crassphage DNA，并在所有样品的48％（179/371）中检测到。所有个体的粪便中PMMOV和Crassphage的几何平均浓度均为8.7×10 4
粪便抗生素耐药性基因通过土壤 - 塞尾食品链的分布转移
（gactachvgggtatctaatcc）和341F（cctacgggnggcwgcag）用于放大土壤封闭食物链系统中每个组件的V3-V4区域。Studies have shown that the V3-V4 region of the selected bacteria can reduce genomic heterogeneity and can be closer to the full-length comparison information than other variable regions(DONG-LEI S et al.,2013).The PCR amplification reaction consisted of 1 µL of 10 mM upstream and downstream primers (805 R primer with Barcode at the 5 ' end), 25 µL of Ex Taq酶，1 µL DNA模板和22 µL DDH2O形成50 µL×2反应系统。表4-1显示了特定的PCR扩增反应条件。放大后，通过DNA纯化和恢复试剂盒（Thermo Fisher）回收产物。确定纯化产物的浓度，并将每个样品与
不饱和多孔介质中粪便指标细菌的运输和保留：瞬态水流的影响
摘要用于生产清洁饮用水的摘要，即在瞬态水流中不饱和区域中细菌重新启动的过程至关重要。尽管含有含水的含水层补给是处置病原体的有效方法，但人们担心沉淀后的重新固定。可以更好地了解最初保留在多孔培养基中的细菌如何由于瞬态水含量，运输实验和大肠杆菌和肠球菌摩拉维氏菌的建模而释放到地下水中。用细菌悬浮液接种沙丘砂柱后，以24小时的间隔进行了三个降雨事件。收集了从沙柱中的EF充足，以分析细菌突破曲线（BTC）。降雨实验后，确定了砂柱中的细菌分布。使用不同的模型概念（包括一站动力学附件/脱离（M1），Langmuirian（M2），Langmuirian和Blocking（M3）和两站点附件/分离（M4），使用不同的模型概念（M1），Langmuirian（M2）和两站附件（M4）对收集的BTC和ProFEL保留进行建模。接种后，几乎99％的细菌保留在土壤中。M1和M2细菌模型在观察到的浓度和建模浓度之间具有很高的一致性，并且附着和脱离是在水流中具有频率的多孔培养基中调节细菌运动的两种显着机制。在体验结束时，大多数细菌仍在5 cm至15 cm的深度范围内发现。我们的实验表明，大肠杆菌在沙质土壤中比大肠杆菌更可移动。这项研究的结果还表明，不饱和区是土壤表面和地下水微生物污染之间的重要障碍。需要进行后续研究，以完全理解调节在沙丘砂中未诱发的区域中细菌重新临床的变量。