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Synergynet：弥合离散和连续表示之间的差距，以进行精确的医学图像分割
近年来，已经提出了连续的潜在空间（CLS）和DISCRETE潜在空间（DLS）深度学习模型，以改善医学图像分析。但是，这些模型遇到了不同的挑战。cls模型捕获了复杂的细节，但由于其强调低级特征，因此在结构表示和易男性方面通常缺乏解释性。尤其是，DLS模型提供了可解释性，鲁棒性以及由于其结构性潜在空间而捕获粗粒度信息的能力。但是，DLS模型在捕获细粒细节方面的功效有限。为了确定DLS和CLS模型的局限性，我们采用了Synergynet，这是一种新型的瓶颈体系结构，旨在增强现有的编码器 - 核编码器分割框架。Synergynet无缝地将离散和连续的表示形式整合到利用互补信息中，并成功保留了细学的表示的细节。我们对多器官分割和CAR-DIAC数据集进行的实验实验表明，SynergyNet的表现优于包括Transunet：Transunet：DICE评分提高2.16％的其他最新方法，而Hausdorff分别分别提高了11.13％。在评估皮肤病变和脑肿瘤分割数据集时，我们观察到皮肤病变分割的交互分数的1.71％的重新提高，脑肿瘤分割的增长率为8.58％。我们的创新方法为增强医学图像分析关键领域中深度学习模型的整体性能和能力铺平了道路。
通过 Wnt 受体的联合调节和反馈对神经母细胞迁移进行精确的时间控制
摘要 许多发育过程依赖于基因表达的精确时间控制。我们之前已经建立了一个理论框架，用于控制如此高的时间精度的调控策略，但这些预测仍然缺乏实验验证。在这里，我们使用控制秀丽隐杆线虫神经母细胞迁移的 Wnt 受体的时间依赖性表达作为可处理系统，在体内研究强大的细胞内在计时机制。单分子 mRNA 定量显示受体的表达呈非线性增加，预计这种动态会提高计时精度，而不受控制的计时丰度呈线性增加。我们表明这种上调依赖于转录激活，为受体表达时间受累积激活剂调控的模型提供了体内证据，当达到特定阈值时，该激活剂会触发表达。这种计时机制在神经母细胞谱系中发生的细胞分裂中起作用，并受分裂不对称的影响。最后，我们表明通过经典 Wnt 通路对受体表达的正反馈可提高时间精度。我们得出结论，通过结合时间守护基因的调节和反馈，可以实现强大的细胞内在计时。
遗传资源和精确的基因编辑，以靶向改善大麦非生物胁迫耐受性
摘要：非生物胁迫，主要干旱，热，盐度，冷和水槽，对谷物作物产生不利影响。他们限制了全球大麦生产，并造成巨大的经济损失。在大麦中，多年来已经确定了各种应力下的功能基因，并且随着现代基因编辑平台的引入，对压力耐受性的遗传改善已经发生了新的转变。尤其是，簇状的定期间隔短的短质体重复序列（CRISPR）/CRISPR相关蛋白9（CAS9）是一种可靠且多功能的工具，用于精确的突变创造和性状改进。在这篇综述中，我们强调了受压力影响的地区以及主要大麦生产商之间的相应经济损失。我们将约150个与应激耐受性相关的关键基因整理成一个物理图，以进行潜在的繁殖实践。我们还概述了针对目标性状修改的精确基础编辑，主要编辑和多重技术的应用，并讨论了当前的挑战，包括高通量突变体基因型和基因型依赖性在遗传转化中以促进商业繁殖。列出的基因抵消了诸如干旱，盐度和营养缺乏等关键应力，并且各个基因编辑技术的潜在应用将提供对大麦改善气候弹性的洞察力。
连接辅助同源重组通过部署 MMEJ 和 HDR 实现精确的基因组编辑
CRISPR / Cas12a 是一种单效应核酸酶，与 CRISPR / Cas9 一样，由于其能够产生靶向 DNA 双链断裂 (DSB) 而被用于基因组编辑。与 Cas9 产生的平端 DSB 不同，Cas12a 产生的粘性末端 DSB 可能有助于精确的基因组编辑，但这一独特功能迄今为止尚未得到充分利用。在当前的研究中，我们发现，短双链 DNA (dsDNA) 修复模板包含一个与 Cas12a 产生的 DSB 末端之一匹配的粘性末端和一个与 DSB 另一端相邻的基因组区域具有同源性的同源臂，能够精确修复 DSB 并引入所需的核苷酸替换。我们将这种策略称为“连接辅助同源重组”(LAHR)。与单链寡脱氧核糖核苷酸 (ssODN) 介导的同源定向修复 (HDR) 相比，LAHR 的编辑效率相对较高，这在报告基因和内源基因中均有体现。我们发现 HDR 和微同源介导的末端连接 (MMEJ) 机制都参与了 LAHR 过程。我们的 LAHR 基因组编辑策略扩展了基因组编辑技术的范围，并更广泛地了解了基因组编辑中涉及的 DNA 修复机制的类型和作用。
具有可控凹度的微碗，用于精确的微尺度质谱分析
标题 可控凹度微碗可用于精确微尺度质谱分析 Linfeng Xu、Xiangpeng Li、Wenzong Li、Kai-chun Chang、Hyunjun Yang、Nannan Tao、Pengfei Zhang、Emory Payne、Cyrus Modavi、Jacqueline Humphries、Chia-Wei Lu 和 Adam R. Abate* L. Xu 博士、X. Li 博士、K. Chang 博士、C. Modavi 博士、P. Zhang 博士、AR Abate 教授 加利福尼亚大学旧金山分校生物工程和治疗科学系，美国加利福尼亚州旧金山 94158 电子邮件：adam@abatelab.org N. Tao 博士 Bruker Nano Surfaces，美国加利福尼亚州圣何塞 95134 H. Yang 博士 神经退行性疾病研究所，加利福尼亚大学威尔神经科学研究所，美国加利福尼亚州旧金山 94158 W. Li 博士、J. Humphries 博士、C. Lu、 Amyris Inc. 5885 Hollis St #100, Emeryville, CA, 94608 USA E. Payne 密歇根大学化学系，美国密歇根州安娜堡 48104 AR Abate Chan 教授 Zuckerberg Biohub，美国加利福尼亚州旧金山 94158 关键词：微碗、微孔阵列、质谱成像 摘要：图案化表面可通过分离和浓缩分析物来提高激光解吸电离质谱的灵敏度，但其制造可能具有挑战性。在这里，我们描述了一种简单的方法来制造带有微米级孔图案的基底，与平面相比，它可以产生更准确、更灵敏的质谱测量结果。这些孔还可以浓缩和定位细胞和珠子以进行基于细胞的分析。 1. 引言基质辅助激光解吸电离（MALDI）是一种软电离质谱（MS）技术，常用于蛋白质组学和代谢组学的生物学研究[1–
insitumetrix精确的原位应力测量，以使更安全，更有效的地理能力项目
瑞士，2021年。21。研究演讲，ETH董事会，瑞士，瑞士2021。22。年轻教师会议，瑞士化学学会，瑞士伯尔尼，2021年。23。Eurotech研讨会系列，2021。24。研讨会，印度科学研究所，班加罗尔，2021年。25。研究演讲，扩展EPFL能源事件：碳捕获，利用和存储，2021。26。研讨会，国家石墨烯研究所，英国曼彻斯特，2021年。27。研讨会，IBM研究中心，巴西，2021年。28。研讨会，剑桥大学石墨烯中心，2021年。29。研讨会，分离技术研讨会，Yonsei University，2021。 30。 研究演讲，EPFL校友日，2020年。 31。 研讨会，埃克森美孚研究与工程，美国克林顿，2019年。 32。 研讨会，斯德哥尔摩大学，瑞典，2019年。 33。 研讨会，EidgenösscheMitalPrüfungs-und forschungsanstalt（Empa），瑞士，2019年。 34。 研讨会，英国伦敦帝国学院，2018年。 35。 ，马萨诸塞州波士顿的马萨诸塞州理工学院，2018年。 36。 Gaznat全球天然气会议，EPFL，Lausanne，2018年。 37。 研讨会，印度理工学院，印度孟买，2018年。研讨会，分离技术研讨会，Yonsei University，2021。30。研究演讲，EPFL校友日，2020年。31。研讨会，埃克森美孚研究与工程，美国克林顿，2019年。32。研讨会，斯德哥尔摩大学，瑞典，2019年。33。研讨会，EidgenösscheMitalPrüfungs-und forschungsanstalt（Empa），瑞士，2019年。34。研讨会，英国伦敦帝国学院，2018年。 35。 ，马萨诸塞州波士顿的马萨诸塞州理工学院，2018年。 36。 Gaznat全球天然气会议，EPFL，Lausanne，2018年。 37。 研讨会，印度理工学院，印度孟买，2018年。研讨会，英国伦敦帝国学院，2018年。35。，马萨诸塞州波士顿的马萨诸塞州理工学院，2018年。36。Gaznat全球天然气会议，EPFL，Lausanne，2018年。37。研讨会，印度理工学院，印度孟买，2018年。
使用精确的基因组编辑技术开发自下而上的多能干细胞衍生的实体瘤模型
基因组和组织工程的抽象进步刺激了癌症建模创新的显着进步和机会。人类诱导的多能干细胞（IPSC）是在特定于疾病的遗传背景下研究细胞过程的已建立且强大的工具；然而，它们在癌症上的应用受到许多转化细胞对成功重编程的阻力的限制。在这里，我们在基因工程的背景下回顾了实体瘤的人IPSC建模的状态，包括如何将基础和主要编辑纳入“自下而上”的癌症建模中，这是我们使用基因工程来诱导转化的基于IPSC的癌症模型创造的术语。这种方法规定了对癌细胞进行重编程的需求，同时允许解剖具有高度的精度和对照的转化，进展和转移的遗传机制。我们还讨论了建立未来模型的重大工程方法的优势和局限性。
精确的聚糖补充：在高应力商业环境中提高母鸡的性能和肠道健康的策略
时机和管理。兽医记录，175（1），19。https：// doi。org/10.1136/vr.102327 Bergstrom，K。S. B.，＆Xia，L。（2013）。粘蛋白 - o-聚糖及其在肠内稳态中的作用。糖生物学，23（9），1026 - 1037。https：// doi.org/10.1093/glycob/glycob/cwt045 Blokker，B.，Bortoluzzi，Bortoluzzi，C.，Iaconis，C.，Iaconis，C. （2022）。在肠内挑战下对肠肝脏健康标志物的新型精密生物评估和肉鸡的生长表现。动物：MDPI，12（19），2502。https：//doi.org/10的开放访问期刊。3390/ani12192502 Bolyen，E.，Rideout，J.R.，Dillon，M.R.，Bokulich，N.A. A.，Brislawn，C.J.，Brown，C.T.，Callahan，B.J.，Caraballo -Rodríguez，A.M.，Chase，J.，…Caporaso，J.G。（2019）。使用Qiime 2。自然生物技术，37（8），852 - 857。https：//doi.org/10.10.1038/s41587-019-019-019-019-0209-9 Bortoluzzi，C.，Tamburini（2023）。微生物组调节，微生物组蛋白代谢指数和补充具有精度生物的肉鸡的生长性能。家禽科学，102（5），102595。https：//doi.org/10.1016/j.psj.2023.102595 Bright，A。，A。，＆Johnson，E。A.（2011）。在商业自由范围内植物中窒息：初步研究。A.，＆Holmes，S。P.（2016）。（2013）。（2020）。（2018）。兽医记录，168（19），512。https：//doi.org/10.1136/vr.c7462 Broecker，F.，Martin，C。E.合成脂肪甲酸聚糖是潜在的候选疫苗，可防止艰难梭菌感染。细胞化学生物学，23（8），1014 - 1022。https：//doi.org/10.1016/j.chembiol.2016.07.009 Callahan，B.J.，McMurdie，P.J.dada2：来自Illumina Amplicon数据的高分辨率样本推断。自然方法，13（7），581 - 583。https：//doi.org/10.1038/nmeth.3869Corthésy，B。粘膜表面分泌IgA的多相功能。免疫学领域，4，185。https：//doi.org/10.3389/fimmu.2013.00185 Falker- Gieske，C.，Mott，A.，Preuß，S.，S.，Franzenburg，S.分析脑转录组的分析母鸡分发作用于羽毛啄食的线条。BMC基因组学，21（1），595。https：//doi.org/10.1186/s12864-020-07002-1 Gornatti- C. D.鸡和火鸡的坏疽性皮炎。兽医诊断调查杂志，30（2），188 - 196。https：//doi.org/10.1177/ 1040638717742435 de Gussem，M。（2010）。肉鸡和火鸡中细菌性肠炎的宏观评分系统。WVPA会议01/04/2010。Merelbeke，比利时。 Herbert，G。T.，Redfearn，W。D.，Brass，E.，Dalton，H。A.，Gill，R.，Brass，D.，Smith，C.，Rayner，A.C。，＆Asher，L。（2021）。 兽医记录，188（12），E245。Merelbeke，比利时。Herbert，G。T.，Redfearn，W。D.，Brass，E.，Dalton，H。A.，Gill，R.，Brass，D.，Smith，C.，Rayner，A.C。，＆Asher，L。（2021）。 兽医记录，188（12），E245。Herbert，G。T.，Redfearn，W。D.，Brass，E.，Dalton，H。A.，Gill，R.，Brass，D.，Smith，C.，Rayner，A.C。，＆Asher，L。（2021）。兽医记录，188（12），E245。在反复的窒息爆发中躺下母鸡的极端拥挤。https://doi.org/10.1002/vetr.245 Jacquier，V.，Walsh，M.C.，Schyns，G.，Clypool，J.，Blokker，B.（2022）。<精确生物对生长性能，福利指标，阿曼尼亚产量和肉鸡质量的审判。动物：MDPI，12（3），231。Kobierecka，P。A.，Wyszy可能J.和Jagustyn -Krynicka，E。K.（2017）。乳酸杆菌的体外特征。菌株从鸡肉挖掘拖拉段及其在抑制弯曲杆菌定殖的作用中的作用。微生物学，6（5），E0https://doi.org/10.1002/mbo3.512 Marcobal，A.，Southwick，A.M.，Earle，K.A。，＆Sonnnburg，J.L。（2013）。 精致的口感：肠道中宿主聚糖的细菌消耗。https://doi.org/10.1002/mbo3.512 Marcobal，A.，Southwick，A.M.，Earle，K.A。，＆Sonnnburg，J.L。（2013）。精致的口感：肠道中宿主聚糖的细菌消耗。
基于遗传算法优化的最小电极子集的自动选择方法，用于精确的 EEG 源估计
高密度脑电图 (HD-EEG) 已被证明是估计大脑内部神经活动精度最高的 EEG 蒙太奇。多项研究报告了电极数量对特定源和特定电极配置的源定位的影响。这些配置的电极通常是手动选择的，以均匀覆盖整个头部，从 32 个电极到 128 个电极，但电极配置通常不是根据它们对估计精度的贡献来选择的。在本文中，提出了一项基于优化的研究，以确定可使用的最小电极数量，并确定可以保持 HD-EEG 重建定位精度的最佳电极组合。这种优化方法结合了广泛使用的 EEG 蒙太奇的头皮标志位置。这样，可以针对单源和多源定位问题系统地搜索最小电极子集。非支配排序遗传算法 II (NSGA-II) 结合源重建方法用于制定多目标优化问题，该问题同时最小化 (1) 每个源的定位误差和 (2) 所需的 EEG 电极数量。该方法可用于评估低密度 EEG 系统（例如消费级可穿戴 EEG）的源定位质量。我们对已知真实值的合成和真实 EEG 数据集进行了评估。实验结果表明，对于单个源情况，具有 6 个电极的最佳子集可以达到与 HD-EEG（具有 200 多个通道）相同或更好的精度。在重建特定大脑活动时，在合成信号中超过 88% 的情况和在真实信号中超过 63% 的情况都会发生这种情况，而在考虑具有 8 通道的最佳组合时，分别在超过 88% 和 73% 的情况下也会发生这种情况。对于三源多源情况（仅使用合成信号），研究发现，在至少 58%、76% 和 82% 的情况下，8、12 和 16 个电极的优化组合可达到与 231 个电极 HD-EEG 相同或更好的精度。此外，对于这样的电极数量，获得的平均误差和标准偏差低于 231 个电极。
使用ECOC-SVM大麦基因组学的历史和未来观点审查朝着精确的CRISPR DNA片段编辑...
©作者2020。由牛津大学出版社出版，代表《分子细胞生物学杂志》，IBCB，SIBS，CAS。这是根据Creative Commons Attribution许可条款（http://creativecommons.org/licenses/4.0/）分发的一篇开放访问文章，该文章允许在任何媒介中不受限制地重复使用，分发和再现，前提是适当地引用了原始工作。