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使用 ACEofBASEs 靶标预测对具有碱基编辑的 DNA 变异进行精确的体内功能分析
摘要单核苷酸变异 (SNV) 是影响个体性状和疾病易感性的普遍遗传因素。碱基编辑器、橡胶和铅笔基因组编辑工具的最新开发和优化现在有望实现对模型生物中的 SNV 进行直接功能评估。然而，缺乏有助于靶标预测的生物信息学工具限制了碱基编辑在体内的应用。在这里，我们为青鳉 (Oryzias latipes) 和斑马鱼 (Danio rerio) 中的腺嘌呤和胞嘧啶碱基编辑提供了一个框架，非常适合可扩展的验证研究。我们开发了一个在线碱基编辑工具 ACEofBASEs（对碱基编辑的仔细评估），通过简化 sgRNA 设计和进行脱靶评估来促进决策。我们在青鳉和斑马鱼中使用最先进的腺嘌呤 (ABE) 和胞嘧啶碱基编辑器 (CBE) 来高效编辑眼色素沉着基因和转基因 GFP 功能。编码肌钙蛋白 T 和钾通道 ERG 的基因中的碱基编辑忠实地再现了已知的心脏表型。等位基因的深度测序揭示了预期编辑的丰富性，而 ABE8e 和 evoBE4max 的插入或删除 (indel) 事件水平较低。我们最终在 F0 和 F1 中验证了先天性心脏病 (CHD) dapk3、ube2b、usp44 和 ptpn11 的新候选基因中的错义突变，这些目标基因中有基因型-表型相关性。该碱基编辑框架适用于鱼类中可获得的多种 SNV 易感性状，有助于直接验证候选基因并确定其优先级，以便进行详细的机制下游研究。
工程精确的腺嘌呤基本编辑器，具有旁观者突变的无限速度和脱靶编辑
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未获得同行评审证书）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权所有，该版本发布于2022年8月13日。 https://doi.org/10.1101/2022.08.12.503700 doi：Biorxiv Preprint
精确的fMRI表明，语言网络在4岁之前表现出类似成人的左垂直偏侧化
成年中抽象的左半球损害通常会导致语言缺陷，但是许多早期损害的案例都保留了语言处理，并且右半球可以发展功能性语言系统。解释了两个半球对语言的早期明显等电位，有些人提出语言体系在早期发展过程中是双边的，并且只会随着年龄的增长而左侧。我们使用功能性磁共振成像与两个大儿科队列（总n = 273名4-16岁的儿童; n = 107成人）检查了语言横向化。强，成人级的左半球侧向化（在激活体积和响应幅度中）在4岁时都显现出来。因此，尽管右半球可以在某些早期脑损伤的情况下接管语言功能，尽管语言系统的某些特征确实显示出旷日持久的发展（语言网络中语言响应的幅度和区域间相关性的强度），但左 - 透明的语言偏见是在4岁时强烈地存在语言的偏见。这些结果要求对语言两个半球的早期等级性进行替代性说明。
遗传学 利用 dCas9 控制的 CRISPR/Cas3 在哺乳动物细胞和小鼠中产生精确的大片段缺失
目前，Cas9 和 Cas12a 系统被广泛用于基因组编辑，但它们精确产生大片段染色体缺失的能力有限。I-E 型 CRISPR 介导广泛和单向的 DNA 降解，但迄今为止，控制 Cas3 介导的 DNA 缺失的大小已被证明是难以捉摸的。在这里，我们证明了 Cas9 的内切酶失活 (dCas9) 可以精确控制哺乳动物细胞中 Cas3 介导的大片段缺失。此外，我们分别报告了使用 CRISPR/Cas3 和 dCas9 控制的 CRISPR/Cas3 在小鼠中消除 Y 染色体和精确保留 Sry 基因。总之，dCas9 控制的 CRISPR/Cas3 介导的精确大片段缺失为通过染色体消除建立动物模型提供了一种方法。该方法也有望成为治疗涉及额外染色体的片段突变或人类非整倍体疾病的潜在治疗策略。
一个空间矩阵精确的大规模光遗传学刺激对非人类灵长类动物的深层皮质层
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是此预印本版本的版权持有人，该版本发布于2023年2月16日。 https://doi.org/10.1101/2022.02.09.479779 doi：Biorxiv Preprint
使用通过进化枝概率参数的树分布进行精确的贝叶斯系统发育点估计
使用MCMC算法的贝叶斯系统发育分析产生了以系统发育树和相关参数样本形式的系统发育树的poserior分布。树空间的高维度和非欧几里得性质使总结树空间中后验分布的核心趋势和方差复杂。在这里，我们介绍了一个可从树的后部样本构建的可构造的新的树木分布和相关的点估计器。通过模拟研究，我们表明，这一点估计器的性能也至少要比产生贝叶斯后摘要树的标准方法更好。我们还表明，执行最佳的摘要方法取决于样本量和以非平凡的方式的尺寸 - 问题。
超级金属：一种生成的AI框架，用于蛋白质中的快速，精确的金属离子位置预测
最初的计算方法用于mRNA定位是单个标签分类任务，其中每个mRNA被预测仅定位为一个特定的隔室。rnatracker采用了深层复发的神经网络来预测mRNA定位[6]。iloc-mRNA，利用支持载体机（SVM）来预测在同性恋中的mRNA定位，[7]。sublocep通过集中在特定的细胞室，同时保留在单标签分类框架内[8]，进一步完善了预测。但是，它们本质上受到这样的假设，即每个mRNA仅定位到一个与生物学现实不符的隔间。许多mRNA众所周知，可以定位在多个隔间中，从而在细胞内履行各种作用[9，8]。
bando a cascata partenariato esteso“健康扩展的创新疗法联盟，高级实验室研究和精确的综合方法
鉴于大学法规，由D.R.发行n.2711，2012年2月27日以及随后的修正案；鉴于Pisan大学社区的道德规范，并于D.R.发行n。 2011年7月25日的9699；鉴于全国复苏和弹性计划（以下简称“ PNRR”），于2021年4月30日根据艺术提交给欧洲委员会。
通过二阶对称适应微扰理论在嘈杂的中型量子计算机上实现精确的非共价相互作用能量
量子算法 2,14 – 16 可用于求解薛定谔方程，其资源成本随量子比特数呈多项式增长。不幸的是，目前可用的嘈杂中尺度量子 (NISQ) 硬件 17 存在相对较差的门保真度和较低的量子比特数，18 这带来了两个关键挑战。首先，对于 NISQ 定制的量子算法 19 来说，最小化量子资源非常重要。最突出的 NISQ 方法是混合量子经典算法，如变分量子特征求解器 (VQE)、20,21 量子 Krylov 方法、18,22 – 26
基于2D硫醇酸盐配位聚合物的有机无机杂化固体润滑剂，具有精确的层间
https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2025-t5www orcid：https：//orcid.org/0009-0009-2330-0241 content content content contem content not chemrxiv未通过chemrxiv进行同行查看。许可证：CC BY-NC-ND 4.0